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OPENSEQ.org
cIV_C_40_cIII_cyt1_20_Pdenitr
Genes: A B A+B
Length: 273 263 517
Sequences: 2504 651 177
Seq/Len: 9.17 2.48 0.34
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.01
20 0.00 0.02 0.01
100 0.00 0.02 0.04
∞ 0.00 0.02 0.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
221_I 104_P 1.53 0.47 0.00
10_I 213_A 1.46 0.42 0.00
179_V 94_I 1.43 0.40 0.00
183_V 52_Q 1.37 0.36 0.00
150_L 156_A 1.33 0.34 0.00
146_L 130_R 1.31 0.32 0.00
178_A 140_G 1.30 0.32 0.00
222_I 54_Y 1.29 0.31 0.00
154_A 140_G 1.28 0.30 0.00
138_W 75_E 1.24 0.28 0.00
249_A 95_T 1.23 0.28 0.00
178_A 139_T 1.23 0.28 0.00
236_K 256_I 1.22 0.27 0.00
34_W 214_A 1.21 0.27 0.00
121_P 240_V 1.20 0.26 0.00
79_T 37_G 1.20 0.26 0.00
25_F 151_P 1.19 0.26 0.00
190_A 42_F 1.18 0.25 0.00
138_W 77_G 1.18 0.25 0.00
23_G 95_T 1.17 0.25 0.00
178_A 138_G 1.17 0.24 0.00
10_I 90_A 1.17 0.24 0.00
60_Y 232_F 1.15 0.24 0.00
177_V 224_M 1.15 0.24 0.00
232_I 243_A 1.13 0.23 0.00
191_Y 206_D 1.11 0.22 0.00
243_Q 143_Q 1.10 0.21 0.00
188_L 41_K 1.10 0.21 0.00
210_Y 201_T 1.10 0.21 0.00
55_L 19_A 1.08 0.20 0.00
59_L 91_N 1.07 0.20 0.00
12_P 99_T 1.07 0.20 0.00
250_A 218_W 1.06 0.19 0.00
70_V 75_E 1.06 0.19 0.00
268_I 156_A 1.06 0.19 0.00
266_V 163_G 1.06 0.19 0.00
198_F 197_Y 1.06 0.19 0.00
210_Y 203_A 1.05 0.19 0.00
112_A 184_I 1.05 0.19 0.00
186_T 54_Y 1.05 0.19 0.00
62_M 242_A 1.04 0.19 0.00
245_V 95_T 1.04 0.19 0.00
5_N 27_H 1.03 0.18 0.00
92_L 130_R 1.02 0.18 0.00
238_Q 22_S 1.02 0.18 0.00
167_D 204_T 1.02 0.18 0.00
186_T 248_T 1.02 0.18 0.00
60_Y 242_A 1.01 0.17 0.00
67_A 7_P 1.01 0.17 0.00
143_I 128_K 1.01 0.17 0.00
210_Y 88_Y 1.01 0.17 0.00
142_L 223_K 1.00 0.17 0.00
10_I 134_H 1.00 0.17 0.00
201_A 209_A 1.00 0.17 0.00
268_I 187_A 1.00 0.17 0.00
138_W 134_H 0.99 0.17 0.00
242_K 164_E 0.99 0.17 0.00
179_V 65_R 0.99 0.17 0.00
134_T 130_R 0.99 0.16 0.00
21_A 136_P 0.98 0.16 0.00
154_A 234_S 0.98 0.16 0.00
138_W 41_K 0.98 0.16 0.00
267_V 68_P 0.98 0.16 0.00
134_T 174_Y 0.98 0.16 0.00
186_T 77_G 0.97 0.16 0.00
221_I 59_S 0.97 0.16 0.00
111_N 191_S 0.97 0.16 0.00
176_I 82_E 0.97 0.16 0.00
48_P 44_Q 0.97 0.16 0.00
55_L 232_F 0.97 0.16 0.00
138_W 78_P 0.97 0.16 0.00
63_F 185_Q 0.97 0.16 0.00
154_A 138_G 0.97 0.16 0.00
238_Q 194_Q 0.97 0.16 0.00
27_M 108_T 0.96 0.16 0.00
23_G 196_T 0.96 0.15 0.00
103_A 152_E 0.96 0.15 0.00
132_I 239_I 0.96 0.15 0.00
82_V 176_N 0.96 0.15 0.00
173_N 44_Q 0.95 0.15 0.00
140_L 43_D 0.95 0.15 0.00
9_Q 157_V 0.95 0.15 0.00
28_L 225_M 0.94 0.15 0.00
167_D 191_S 0.94 0.15 0.00
29_T 52_Q 0.94 0.14 0.00
205_Y 252_L 0.94 0.14 0.00
73_G 21_D 0.94 0.14 0.00
131_G 112_P 0.93 0.14 0.00
162_F 212_V 0.93 0.14 0.00
134_T 28_I 0.93 0.14 0.00
90_F 140_G 0.93 0.14 0.00
61_V 134_H 0.93 0.14 0.00
238_Q 26_A 0.93 0.14 0.00
154_A 139_T 0.93 0.14 0.00
104_W 233_V 0.93 0.14 0.00
53_I 130_R 0.92 0.14 0.00
210_Y 147_G 0.92 0.14 0.00
27_M 244_L 0.92 0.14 0.00
184_C 169_A 0.92 0.14 0.00
8_Y 77_G 0.92 0.14 0.00
18_F 235_V 0.92 0.14 0.00
6_H 146_N 0.92 0.14 0.00
154_A 124_S 0.91 0.14 0.00
56_V 17_Q 0.91 0.14 0.00
25_F 202_P 0.90 0.14 0.00
84_I 145_F 0.90 0.14 0.00
175_L 176_N 0.90 0.13 0.00
238_Q 102_D 0.90 0.13 0.00
240_T 52_Q 0.90 0.13 0.00
67_A 45_H 0.90 0.13 0.00
104_W 223_K 0.90 0.13 0.00
104_W 46_Q 0.90 0.13 0.00
69_V 184_I 0.90 0.13 0.00
267_V 18_E 0.89 0.13 0.00
165_E 11_A 0.89 0.13 0.00
56_V 202_P 0.89 0.13 0.00
138_W 107_P 0.89 0.13 0.00
89_G 246_Y 0.89 0.13 0.00
12_P 207_Q 0.89 0.13 0.00
150_L 180_A 0.89 0.13 0.00
272_G 52_Q 0.89 0.13 0.00
187_G 11_A 0.88 0.13 0.00
155_V 240_V 0.88 0.13 0.00
85_G 69_L 0.88 0.13 0.00
6_H 161_Y 0.88 0.13 0.00
178_A 125_L 0.88 0.13 0.00
110_K 249_N 0.88 0.13 0.00
18_F 65_R 0.87 0.12 0.00
208_A 148_I 0.87 0.12 0.00
12_P 18_E 0.87 0.12 0.00
168_R 38_P 0.87 0.12 0.00
48_P 201_T 0.87 0.12 0.00
138_W 147_G 0.87 0.12 0.00
134_T 23_H 0.87 0.12 0.00
18_F 59_S 0.87 0.12 0.00
153_V 175_H 0.87 0.12 0.00
246_G 153_Y 0.86 0.12 0.00
63_F 230_V 0.86 0.12 0.00
70_V 12_P 0.86 0.12 0.00
81_V 46_Q 0.86 0.12 0.00
222_I 217_M 0.86 0.12 0.00
36_K 173_L 0.86 0.12 0.00
195_H 238_L 0.86 0.12 0.00
19_F 105_R 0.86 0.12 0.00
271_W 220_A 0.86 0.12 0.00
108_F 223_K 0.86 0.12 0.00
76_G 47_L 0.85 0.12 0.00
22_I 59_S 0.85 0.12 0.00
123_K 167_E 0.85 0.12 0.00
59_L 242_A 0.85 0.12 0.00
123_K 97_P 0.85 0.12 0.00
8_Y 223_K 0.85 0.12 0.00
135_F 71_T 0.85 0.12 0.00
206_A 130_R 0.85 0.12 0.00
162_F 56_E 0.85 0.12 0.00
201_A 60_A 0.85 0.12 0.00
154_A 249_N 0.84 0.12 0.00
42_G 66_Y 0.84 0.12 0.00
188_L 137_Y 0.84 0.12 0.00
180_I 12_P 0.84 0.12 0.00
232_I 254_Q 0.84 0.12 0.00
26_V 236_I 0.84 0.12 0.00
28_L 51_L 0.84 0.12 0.00
245_V 241_L 0.84 0.12 0.00
238_Q 32_S 0.84 0.11 0.00
85_G 68_P 0.84 0.11 0.00
130_E 168_E 0.84 0.11 0.00
190_A 214_A 0.84 0.11 0.00
239_M 64_L 0.84 0.11 0.00
169_K 10_T 0.83 0.11 0.00
23_G 193_D 0.83 0.11 0.00
230_C 54_Y 0.83 0.11 0.00
27_M 242_A 0.83 0.11 0.00
228_F 167_E 0.83 0.11 0.00
228_F 52_Q 0.83 0.11 0.00
140_L 46_Q 0.83 0.11 0.00
47_G 45_H 0.83 0.11 0.00
250_A 153_Y 0.83 0.11 0.00
88_Y 223_K 0.83 0.11 0.00
161_A 87_A 0.83 0.11 0.00
186_T 73_A 0.83 0.11 0.00
117_G 180_A 0.82 0.11 0.00
143_I 149_G 0.82 0.11 0.00
135_F 171_A 0.82 0.11 0.00
154_A 143_Q 0.82 0.11 0.00
197_A 6_A 0.82 0.11 0.00
56_V 201_T 0.82 0.11 0.00
169_K 51_L 0.82 0.11 0.00
240_T 248_T 0.82 0.11 0.00
197_A 21_D 0.82 0.11 0.00
34_W 67_V 0.82 0.11 0.00
188_L 250_K 0.82 0.11 0.00
129_P 184_I 0.81 0.11 0.00
64_G 196_T 0.81 0.11 0.00
230_C 228_K 0.81 0.11 0.00
11_L 134_H 0.81 0.11 0.00
155_V 254_Q 0.81 0.11 0.00
266_V 17_Q 0.81 0.11 0.00
90_F 124_S 0.81 0.11 0.00
270_I 226_D 0.81 0.11 0.00
207_G 155_H 0.81 0.11 0.00
195_H 87_A 0.81 0.11 0.00
178_A 143_Q 0.81 0.11 0.00
102_V 83_D 0.81 0.11 0.00
176_I 86_R 0.81 0.11 0.00
47_G 173_L 0.80 0.10 0.00
168_R 34_S 0.80 0.10 0.00
108_F 246_Y 0.80 0.10 0.00
186_T 130_R 0.80 0.10 0.00
199_G 11_A 0.80 0.10 0.00
7_D 85_V 0.80 0.10 0.00
63_F 242_A 0.80 0.10 0.00
104_W 56_E 0.80 0.10 0.00
70_V 220_A 0.79 0.10 0.00
92_L 91_N 0.79 0.10 0.00
58_V 52_Q 0.79 0.10 0.00
79_T 176_N 0.79 0.10 0.00
200_L 179_F 0.79 0.10 0.00
218_A 38_P 0.79 0.10 0.00
234_L 143_Q 0.79 0.10 0.00
125_G 23_H 0.79 0.10 0.00
242_K 250_K 0.79 0.10 0.00
21_A 202_P 0.79 0.10 0.00
221_I 152_E 0.79 0.10 0.00
231_L 85_V 0.79 0.10 0.00
232_I 11_A 0.79 0.10 0.00
90_F 138_G 0.79 0.10 0.00
268_I 97_P 0.79 0.10 0.00
108_F 255_P 0.79 0.10 0.00
271_W 182_N 0.79 0.10 0.00
184_C 102_D 0.79 0.10 0.00
29_T 14_G 0.79 0.10 0.00
199_G 100_E 0.79 0.10 0.00
83_R 25_A 0.78 0.10 0.00
250_A 76_G 0.78 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3142 0.63 cIV_C_4_cIII_cyt1_4_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3137 0.26 cIV_C_60_cIII_cyt1_60_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3136 0.26 cIV_C_60_cIII_cyt1_40_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.01 Done - Shared
3135 0.34 cIV_C_40_cIII_cyt1_20_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3134 0.26 cIV_C_40_cIII_cyt1_40_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
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