May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
BalhC-BalhD
Genes: A B A+B
Length: 319 429 726
Sequences: 630 1147 118
Seq/Len: 1.97 2.67 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.13
2 0.01 0.01 0.16
5 0.01 0.02 0.16
10 0.02 0.02 0.16
20 0.02 0.03 0.17
100 0.03 0.03 0.17
∞ 0.06 0.06 0.22
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
157_I 216_S 1.81 0.44 0.00
8_Y 310_T 1.74 0.40 0.00
202_G 422_N 1.57 0.31 0.00
297_K 375_D 1.55 0.30 0.00
60_L 366_L 1.49 0.27 0.00
10_P 242_D 1.45 0.25 0.00
178_A 359_L 1.42 0.24 0.00
12_I 358_K 1.39 0.23 0.00
34_I 77_I 1.38 0.23 0.00
285_V 97_N 1.37 0.22 0.00
178_A 254_V 1.36 0.22 0.00
120_G 206_L 1.34 0.21 0.00
83_I 77_I 1.33 0.21 0.00
49_P 181_G 1.31 0.20 0.00
153_E 326_G 1.30 0.20 0.00
75_I 58_G 1.29 0.19 0.00
162_L 355_L 1.29 0.19 0.00
296_L 119_Q 1.26 0.18 0.00
78_L 187_A 1.25 0.18 0.00
170_E 148_K 1.24 0.17 0.00
207_S 121_Q 1.23 0.17 0.00
298_V 69_A 1.21 0.17 0.00
189_F 108_N 1.20 0.16 0.00
215_C 269_G 1.20 0.16 0.00
75_I 375_D 1.20 0.16 0.00
60_L 89_E 1.20 0.16 0.00
263_F 156_T 1.19 0.16 0.00
6_L 240_F 1.19 0.16 0.00
44_I 255_L 1.19 0.16 0.00
78_L 405_R 1.19 0.16 0.00
146_G 231_A 1.19 0.16 0.00
222_T 300_K 1.19 0.16 0.00
67_P 98_S 1.18 0.16 0.00
53_G 139_V 1.18 0.15 0.00
258_F 236_F 1.18 0.15 0.00
191_R 183_T 1.17 0.15 0.00
25_L 212_P 1.16 0.15 0.00
257_S 394_L 1.16 0.15 0.00
190_L 387_L 1.16 0.15 0.00
268_F 377_S 1.15 0.15 0.00
133_G 319_H 1.15 0.14 0.00
207_S 117_R 1.14 0.14 0.00
284_N 422_N 1.14 0.14 0.00
301_C 269_G 1.14 0.14 0.00
149_F 150_V 1.13 0.14 0.00
190_L 340_P 1.12 0.14 0.00
269_S 131_D 1.11 0.14 0.00
144_A 93_K 1.10 0.13 0.00
287_N 385_R 1.10 0.13 0.00
130_V 221_D 1.10 0.13 0.00
275_E 95_S 1.10 0.13 0.00
272_M 252_Y 1.09 0.13 0.00
32_T 298_N 1.09 0.13 0.00
301_C 268_I 1.08 0.13 0.00
151_F 219_I 1.08 0.13 0.00
219_R 426_H 1.08 0.13 0.00
207_S 213_L 1.08 0.13 0.00
47_L 185_L 1.08 0.13 0.00
274_C 191_A 1.08 0.13 0.00
136_E 62_S 1.08 0.13 0.00
84_I 256_V 1.08 0.13 0.00
287_N 82_C 1.07 0.13 0.00
261_L 255_L 1.07 0.13 0.00
162_L 412_N 1.07 0.13 0.00
177_E 131_D 1.07 0.12 0.00
10_P 91_L 1.07 0.12 0.00
210_T 274_Y 1.07 0.12 0.00
253_I 365_N 1.06 0.12 0.00
128_K 123_T 1.06 0.12 0.00
12_I 267_Q 1.06 0.12 0.00
8_Y 375_D 1.06 0.12 0.00
44_I 310_T 1.06 0.12 0.00
212_C 81_Y 1.06 0.12 0.00
60_L 370_D 1.05 0.12 0.00
145_C 211_V 1.05 0.12 0.00
208_N 97_N 1.05 0.12 0.00
132_M 231_A 1.05 0.12 0.00
257_S 125_G 1.04 0.12 0.00
204_I 119_Q 1.04 0.12 0.00
129_I 398_L 1.04 0.12 0.00
261_L 95_S 1.03 0.12 0.00
262_S 236_F 1.03 0.12 0.00
171_N 191_A 1.03 0.12 0.00
298_V 351_N 1.03 0.12 0.00
52_T 74_V 1.03 0.12 0.00
41_V 192_A 1.02 0.11 0.00
99_E 132_G 1.02 0.11 0.00
17_F 285_M 1.02 0.11 0.00
182_S 126_I 1.02 0.11 0.00
74_I 201_I 1.02 0.11 0.00
203_P 198_R 1.02 0.11 0.00
285_V 112_I 1.01 0.11 0.00
73_D 370_D 1.01 0.11 0.00
250_P 112_I 1.01 0.11 0.00
303_I 106_A 1.01 0.11 0.00
16_C 160_D 1.01 0.11 0.00
297_K 350_N 1.01 0.11 0.00
110_L 293_L 1.01 0.11 0.00
133_G 429_P 1.00 0.11 0.00
18_V 214_I 1.00 0.11 0.00
258_F 18_I 1.00 0.11 0.00
133_G 427_P 1.00 0.11 0.00
133_G 109_P 1.00 0.11 0.00
207_S 387_L 1.00 0.11 0.00
60_L 195_C 1.00 0.11 0.00
127_K 363_N 1.00 0.11 0.00
68_I 180_T 0.99 0.11 0.00
297_K 326_G 0.99 0.11 0.00
68_I 347_S 0.99 0.11 0.00
299_P 279_A 0.99 0.11 0.00
215_C 268_I 0.99 0.11 0.00
268_F 124_Y 0.99 0.11 0.00
268_F 193_L 0.99 0.11 0.00
180_E 361_T 0.98 0.11 0.00
219_R 201_I 0.98 0.10 0.00
96_M 117_R 0.98 0.10 0.00
192_G 392_A 0.98 0.10 0.00
3_N 333_D 0.98 0.10 0.00
185_Y 387_L 0.98 0.10 0.00
27_F 146_Y 0.97 0.10 0.00
265_M 178_L 0.97 0.10 0.00
21_D 291_L 0.97 0.10 0.00
304_C 76_E 0.97 0.10 0.00
304_C 79_E 0.97 0.10 0.00
304_C 138_W 0.97 0.10 0.00
304_C 153_P 0.97 0.10 0.00
304_C 177_G 0.97 0.10 0.00
304_C 194_E 0.97 0.10 0.00
304_C 199_D 0.97 0.10 0.00
304_C 205_W 0.97 0.10 0.00
248_V 95_S 0.97 0.10 0.00
250_P 146_Y 0.97 0.10 0.00
284_N 40_R 0.97 0.10 0.00
297_K 373_T 0.97 0.10 0.00
263_F 146_Y 0.97 0.10 0.00
111_T 84_C 0.97 0.10 0.00
45_F 210_S 0.97 0.10 0.00
3_N 363_N 0.96 0.10 0.00
255_M 128_K 0.96 0.10 0.00
141_V 74_V 0.96 0.10 0.00
266_K 319_H 0.96 0.10 0.00
240_E 409_A 0.96 0.10 0.00
168_F 213_L 0.96 0.10 0.00
78_L 76_E 0.96 0.10 0.00
78_L 79_E 0.96 0.10 0.00
78_L 138_W 0.96 0.10 0.00
78_L 153_P 0.96 0.10 0.00
78_L 177_G 0.96 0.10 0.00
78_L 194_E 0.96 0.10 0.00
78_L 199_D 0.96 0.10 0.00
78_L 205_W 0.96 0.10 0.00
297_K 171_R 0.96 0.10 0.00
44_I 302_T 0.96 0.10 0.00
64_L 106_A 0.96 0.10 0.00
117_A 214_I 0.96 0.10 0.00
174_L 265_H 0.96 0.10 0.00
283_Y 141_A 0.96 0.10 0.00
293_N 146_Y 0.96 0.10 0.00
78_L 175_S 0.96 0.10 0.00
291_N 204_T 0.96 0.10 0.00
259_N 360_N 0.95 0.10 0.00
206_I 144_E 0.95 0.10 0.00
191_R 324_A 0.95 0.10 0.00
189_F 225_Q 0.95 0.10 0.00
145_C 336_I 0.94 0.10 0.00
127_K 148_K 0.94 0.10 0.00
55_L 208_E 0.94 0.10 0.00
288_L 140_Q 0.94 0.10 0.00
44_I 124_Y 0.94 0.10 0.00
280_E 370_D 0.94 0.10 0.00
105_R 394_L 0.94 0.10 0.00
297_K 134_T 0.94 0.10 0.00
260_I 355_L 0.94 0.10 0.00
178_A 243_I 0.94 0.10 0.00
281_F 193_L 0.94 0.10 0.00
78_L 201_I 0.94 0.10 0.00
210_T 307_I 0.94 0.10 0.00
85_K 385_R 0.94 0.10 0.00
132_M 270_A 0.94 0.10 0.00
304_C 391_L 0.94 0.10 0.00
18_V 420_A 0.93 0.10 0.00
22_D 291_L 0.93 0.10 0.00
56_S 204_T 0.93 0.09 0.00
300_G 206_L 0.93 0.09 0.00
268_F 196_I 0.92 0.09 0.00
38_G 209_L 0.92 0.09 0.00
212_C 370_D 0.92 0.09 0.00
160_A 314_K 0.92 0.09 0.00
18_V 170_I 0.92 0.09 0.00
272_M 62_S 0.92 0.09 0.00
44_I 238_V 0.92 0.09 0.00
100_L 287_T 0.92 0.09 0.00
178_A 92_I 0.92 0.09 0.00
287_N 139_V 0.92 0.09 0.00
211_G 240_F 0.92 0.09 0.00
12_I 112_I 0.92 0.09 0.00
14_S 253_F 0.92 0.09 0.00
206_I 98_S 0.92 0.09 0.00
121_I 173_S 0.92 0.09 0.00
110_L 85_Y 0.91 0.09 0.00
142_R 341_R 0.91 0.09 0.00
113_S 123_T 0.91 0.09 0.00
13_D 180_T 0.91 0.09 0.00
133_G 426_H 0.91 0.09 0.00
128_K 305_V 0.91 0.09 0.00
179_N 315_S 0.91 0.09 0.00
202_G 427_P 0.91 0.09 0.00
84_I 40_R 0.91 0.09 0.00
270_D 283_A 0.91 0.09 0.00
220_K 200_A 0.91 0.09 0.00
203_P 76_E 0.91 0.09 0.00
203_P 79_E 0.91 0.09 0.00
203_P 138_W 0.91 0.09 0.00
203_P 153_P 0.91 0.09 0.00
203_P 177_G 0.91 0.09 0.00
203_P 194_E 0.91 0.09 0.00
203_P 199_D 0.91 0.09 0.00
203_P 205_W 0.91 0.09 0.00
268_F 278_I 0.91 0.09 0.00
206_I 363_N 0.90 0.09 0.00
215_C 75_G 0.90 0.09 0.00
110_L 181_G 0.90 0.09 0.00
44_I 65_S 0.90 0.09 0.00
13_D 259_L 0.90 0.09 0.00
64_L 188_I 0.90 0.09 0.00
240_E 117_R 0.90 0.09 0.00
49_P 271_K 0.90 0.09 0.00
9_K 252_Y 0.90 0.09 0.00
203_P 197_E 0.90 0.09 0.00
218_S 359_L 0.90 0.09 0.00
130_V 364_L 0.90 0.09 0.00
304_C 269_G 0.90 0.09 0.00
190_L 135_I 0.90 0.09 0.00
48_I 92_I 0.89 0.09 0.00
49_P 158_Y 0.89 0.09 0.00
64_L 323_Y 0.89 0.09 0.00
154_M 408_D 0.89 0.09 0.00
258_F 323_Y 0.89 0.09 0.00
176_S 214_I 0.89 0.09 0.00
137_L 137_N 0.89 0.09 0.00
299_P 76_E 0.89 0.09 0.00
299_P 79_E 0.89 0.09 0.00
299_P 138_W 0.89 0.09 0.00
299_P 153_P 0.89 0.09 0.00
299_P 177_G 0.89 0.09 0.00
299_P 194_E 0.89 0.09 0.00
299_P 199_D 0.89 0.09 0.00
299_P 205_W 0.89 0.09 0.00
111_T 58_G 0.89 0.09 0.00
23_E 280_L 0.89 0.09 0.00
222_T 234_K 0.89 0.09 0.00
304_C 246_D 0.89 0.09 0.00
270_D 316_I 0.89 0.09 0.00
85_K 13_K 0.89 0.09 0.00
73_D 254_V 0.89 0.09 0.00
285_V 123_T 0.89 0.09 0.00
298_V 75_G 0.89 0.09 0.00
124_I 193_L 0.88 0.09 0.00
284_N 418_A 0.88 0.09 0.00
281_F 203_I 0.88 0.09 0.00
219_R 319_H 0.88 0.09 0.00
87_Y 140_Q 0.88 0.09 0.00
100_L 295_A 0.88 0.09 0.00
288_L 323_Y 0.88 0.09 0.00
151_F 135_I 0.88 0.09 0.00
295_V 404_N 0.88 0.09 0.00
44_I 337_S 0.88 0.08 0.00
74_I 284_L 0.88 0.08 0.00
295_V 136_F 0.88 0.08 0.00
202_G 414_G 0.88 0.08 0.00
53_G 106_A 0.87 0.08 0.00
301_C 76_E 0.87 0.08 0.00
301_C 79_E 0.87 0.08 0.00
301_C 138_W 0.87 0.08 0.00
301_C 153_P 0.87 0.08 0.00
301_C 177_G 0.87 0.08 0.00
301_C 194_E 0.87 0.08 0.00
301_C 199_D 0.87 0.08 0.00
301_C 205_W 0.87 0.08 0.00
123_A 401_L 0.87 0.08 0.00
250_P 262_K 0.87 0.08 0.00
48_I 365_N 0.87 0.08 0.00
269_S 152_V 0.87 0.08 0.00
26_T 196_I 0.87 0.08 0.00
99_E 136_F 0.87 0.08 0.00
289_S 332_F 0.87 0.08 0.00
108_S 223_T 0.87 0.08 0.00
137_L 110_L 0.87 0.08 0.00
44_I 239_F 0.87 0.08 0.00
44_I 284_L 0.87 0.08 0.00
281_F 315_S 0.87 0.08 0.00
218_S 395_E 0.87 0.08 0.00
186_K 117_R 0.86 0.08 0.00
300_G 201_I 0.86 0.08 0.00
12_I 314_K 0.86 0.08 0.00
154_M 124_Y 0.86 0.08 0.00
133_G 125_G 0.86 0.08 0.00
83_I 381_L 0.86 0.08 0.00
146_G 58_G 0.86 0.08 0.00
48_I 128_K 0.86 0.08 0.00
87_Y 183_T 0.86 0.08 0.00
147_T 219_I 0.86 0.08 0.00
190_L 62_S 0.86 0.08 0.00
142_R 254_V 0.86 0.08 0.00
121_I 371_L 0.86 0.08 0.00
84_I 332_F 0.86 0.08 0.00
5_V 308_K 0.86 0.08 0.00
110_L 209_L 0.86 0.08 0.00
211_G 193_L 0.86 0.08 0.00
118_F 172_D 0.86 0.08 0.00
22_D 292_N 0.86 0.08 0.00
133_G 198_R 0.86 0.08 0.00
213_Y 99_L 0.86 0.08 0.00
268_F 85_Y 0.86 0.08 0.00
92_K 302_T 0.86 0.08 0.00
52_T 272_A 0.86 0.08 0.00
160_A 220_P 0.85 0.08 0.00
96_M 373_T 0.85 0.08 0.00
125_Y 151_L 0.85 0.08 0.00
151_F 411_K 0.85 0.08 0.00
214_N 387_L 0.85 0.08 0.00
222_T 150_V 0.85 0.08 0.00
304_C 16_G 0.85 0.08 0.00
304_C 268_I 0.85 0.08 0.00
128_K 107_L 0.85 0.08 0.00
24_G 35_I 0.85 0.08 0.00
301_C 251_T 0.85 0.08 0.00
84_I 398_L 0.85 0.08 0.00
281_F 314_K 0.85 0.08 0.00
3_N 95_S 0.85 0.08 0.00
284_N 350_N 0.85 0.08 0.00
145_C 272_A 0.85 0.08 0.00
161_S 324_A 0.85 0.08 0.00
115_S 348_E 0.85 0.08 0.00
202_G 423_K 0.85 0.08 0.00
4_E 417_P 0.85 0.08 0.00
22_D 333_D 0.85 0.08 0.00
6_L 190_N 0.85 0.08 0.00
119_E 274_Y 0.85 0.08 0.00
182_S 244_T 0.85 0.08 0.00
129_I 309_D 0.84 0.08 0.00
27_F 54_G 0.84 0.08 0.00
117_A 141_A 0.84 0.08 0.00
167_D 232_D 0.84 0.08 0.00
64_L 383_V 0.84 0.08 0.00
139_E 363_N 0.84 0.08 0.00
283_Y 127_S 0.84 0.08 0.00
120_G 241_F 0.84 0.08 0.00
161_S 164_E 0.84 0.08 0.00
91_E 123_T 0.84 0.08 0.00
110_L 124_Y 0.84 0.08 0.00
256_L 388_M 0.84 0.08 0.00
64_L 42_E 0.84 0.08 0.00
87_Y 330_E 0.84 0.08 0.00
202_G 198_R 0.84 0.08 0.00
115_S 101_K 0.84 0.08 0.00
154_M 129_E 0.84 0.08 0.00
125_Y 178_L 0.84 0.08 0.00
141_V 78_L 0.84 0.08 0.00
110_L 62_S 0.83 0.08 0.00
129_I 18_I 0.83 0.08 0.00
288_L 151_L 0.83 0.08 0.00
266_K 188_I 0.83 0.08 0.00
98_K 350_N 0.83 0.08 0.00
196_E 287_T 0.83 0.08 0.00
297_K 58_G 0.83 0.08 0.00
218_S 123_T 0.83 0.08 0.00
9_K 350_N 0.83 0.08 0.00
247_G 217_Q 0.83 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3133 0.16 BalhC-BalhD Δgene:(1, 2) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3131 0.19 BalhC-BalhD Δgene:(1, 2) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.0762 seconds.