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OPENSEQ.org
BalhC-BalhD
Genes: A B A+B
Length: 319 429 719
Sequences: 576 821 136
Seq/Len: 1.81 1.91 0.19
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.15
2 0.02 0.01 0.18
5 0.02 0.02 0.19
10 0.02 0.03 0.19
20 0.02 0.04 0.19
100 0.02 0.04 0.19
∞ 0.07 0.06 0.23
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
219_R 429_P 1.52 0.32 0.00
107_I 62_S 1.45 0.28 0.00
296_L 119_Q 1.43 0.28 0.00
27_F 141_A 1.41 0.27 0.00
58_E 107_L 1.41 0.27 0.00
273_P 13_K 1.35 0.24 0.00
285_V 97_N 1.34 0.23 0.00
111_T 191_A 1.34 0.23 0.00
247_G 94_N 1.32 0.22 0.00
202_G 422_N 1.31 0.22 0.00
78_L 187_A 1.27 0.21 0.00
53_G 139_V 1.27 0.21 0.00
294_P 200_A 1.27 0.21 0.00
287_N 139_V 1.27 0.20 0.00
111_T 270_A 1.26 0.20 0.00
293_N 413_M 1.26 0.20 0.00
207_S 240_F 1.26 0.20 0.00
58_E 17_I 1.25 0.20 0.00
160_A 214_I 1.23 0.19 0.00
257_S 224_I 1.22 0.19 0.00
212_C 212_P 1.22 0.18 0.00
178_A 92_I 1.21 0.18 0.00
190_L 387_L 1.21 0.18 0.00
56_S 314_K 1.21 0.18 0.00
157_I 280_L 1.20 0.18 0.00
219_R 16_G 1.20 0.18 0.00
304_C 383_V 1.19 0.18 0.00
147_T 99_L 1.18 0.17 0.00
215_C 41_N 1.18 0.17 0.00
62_E 366_L 1.17 0.17 0.00
57_T 284_L 1.17 0.17 0.00
151_F 213_L 1.17 0.17 0.00
71_M 152_V 1.17 0.17 0.00
188_P 333_D 1.16 0.17 0.00
56_S 62_S 1.16 0.17 0.00
209_E 284_L 1.16 0.17 0.00
211_G 342_P 1.16 0.17 0.00
299_P 75_G 1.15 0.16 0.00
202_G 423_K 1.15 0.16 0.00
255_M 128_K 1.14 0.16 0.00
102_R 196_I 1.14 0.16 0.00
272_M 252_Y 1.13 0.16 0.00
311_I 375_D 1.13 0.16 0.00
207_S 155_N 1.12 0.15 0.00
157_I 255_L 1.12 0.15 0.00
203_P 16_G 1.11 0.15 0.00
281_F 62_S 1.11 0.15 0.00
250_P 144_E 1.11 0.15 0.00
57_T 10_I 1.10 0.15 0.00
50_L 69_A 1.10 0.15 0.00
157_I 363_N 1.10 0.15 0.00
49_P 143_D 1.10 0.15 0.00
84_I 303_E 1.10 0.15 0.00
296_L 274_Y 1.09 0.15 0.00
40_S 249_V 1.09 0.14 0.00
219_R 426_H 1.08 0.14 0.00
212_C 41_N 1.08 0.14 0.00
129_I 17_I 1.08 0.14 0.00
133_G 109_P 1.07 0.14 0.00
75_I 26_N 1.07 0.14 0.00
89_L 296_D 1.07 0.14 0.00
257_S 394_L 1.06 0.14 0.00
250_P 200_A 1.06 0.14 0.00
294_P 252_Y 1.05 0.13 0.00
111_T 240_F 1.05 0.13 0.00
305_A 203_I 1.05 0.13 0.00
38_G 70_L 1.05 0.13 0.00
163_I 227_Y 1.05 0.13 0.00
153_E 96_Y 1.04 0.13 0.00
215_C 246_D 1.04 0.13 0.00
129_I 350_N 1.04 0.13 0.00
304_C 394_L 1.03 0.13 0.00
196_E 7_L 1.03 0.13 0.00
96_M 84_C 1.03 0.13 0.00
271_C 252_Y 1.03 0.13 0.00
82_N 379_L 1.02 0.13 0.00
112_G 287_T 1.02 0.12 0.00
153_E 129_E 1.02 0.12 0.00
250_P 112_I 1.02 0.12 0.00
97_D 147_K 1.02 0.12 0.00
138_Q 72_S 1.02 0.12 0.00
269_S 74_V 1.01 0.12 0.00
24_G 351_N 1.01 0.12 0.00
268_F 63_Y 1.01 0.12 0.00
131_L 392_A 1.01 0.12 0.00
182_S 422_N 1.01 0.12 0.00
73_D 254_V 1.01 0.12 0.00
127_K 93_K 1.01 0.12 0.00
190_L 204_T 1.01 0.12 0.00
81_K 390_E 1.01 0.12 0.00
75_I 58_G 1.00 0.12 0.00
133_G 287_T 1.00 0.12 0.00
100_L 287_T 1.00 0.12 0.00
299_P 81_Y 1.00 0.12 0.00
47_L 402_S 1.00 0.12 0.00
145_C 272_A 0.99 0.12 0.00
186_K 117_R 0.99 0.12 0.00
52_T 235_G 0.99 0.12 0.00
222_T 303_E 0.99 0.12 0.00
109_N 401_L 0.99 0.12 0.00
311_I 284_L 0.98 0.12 0.00
129_I 252_Y 0.98 0.12 0.00
304_C 375_D 0.98 0.12 0.00
202_G 152_V 0.98 0.11 0.00
315_F 214_I 0.98 0.11 0.00
97_D 344_N 0.98 0.11 0.00
75_I 375_D 0.97 0.11 0.00
312_M 208_E 0.97 0.11 0.00
280_E 107_L 0.97 0.11 0.00
296_L 362_M 0.97 0.11 0.00
300_G 332_F 0.97 0.11 0.00
142_R 280_L 0.97 0.11 0.00
189_F 269_G 0.96 0.11 0.00
146_G 230_V 0.96 0.11 0.00
86_N 422_N 0.96 0.11 0.00
200_S 190_N 0.96 0.11 0.00
203_P 76_E 0.96 0.11 0.00
203_P 79_E 0.96 0.11 0.00
203_P 153_P 0.96 0.11 0.00
203_P 177_G 0.96 0.11 0.00
203_P 194_E 0.96 0.11 0.00
112_G 108_N 0.96 0.11 0.00
281_F 193_L 0.96 0.11 0.00
210_T 13_K 0.96 0.11 0.00
108_S 241_F 0.96 0.11 0.00
212_C 370_D 0.96 0.11 0.00
186_K 415_Y 0.96 0.11 0.00
219_R 376_I 0.95 0.11 0.00
205_F 382_Y 0.95 0.11 0.00
84_I 287_T 0.95 0.11 0.00
271_C 17_I 0.95 0.11 0.00
189_F 151_L 0.95 0.11 0.00
142_R 200_A 0.95 0.11 0.00
275_E 95_S 0.95 0.11 0.00
270_D 316_I 0.95 0.11 0.00
196_E 274_Y 0.94 0.11 0.00
166_V 373_T 0.94 0.11 0.00
284_N 158_Y 0.94 0.11 0.00
44_I 326_G 0.94 0.11 0.00
212_C 196_I 0.94 0.11 0.00
60_L 428_F 0.94 0.11 0.00
142_R 235_G 0.94 0.11 0.00
75_I 82_C 0.94 0.10 0.00
127_K 404_N 0.94 0.10 0.00
301_C 383_V 0.94 0.10 0.00
138_Q 404_N 0.94 0.10 0.00
100_L 295_A 0.94 0.10 0.00
107_I 382_Y 0.93 0.10 0.00
205_F 81_Y 0.93 0.10 0.00
101_Q 116_L 0.93 0.10 0.00
268_F 377_S 0.93 0.10 0.00
250_P 408_D 0.93 0.10 0.00
131_L 115_P 0.93 0.10 0.00
124_I 193_L 0.93 0.10 0.00
78_L 252_Y 0.93 0.10 0.00
185_Y 387_L 0.93 0.10 0.00
312_M 300_K 0.93 0.10 0.00
134_N 253_F 0.93 0.10 0.00
147_T 214_I 0.93 0.10 0.00
29_N 83_S 0.93 0.10 0.00
204_I 238_V 0.93 0.10 0.00
96_M 119_Q 0.93 0.10 0.00
301_C 246_D 0.93 0.10 0.00
315_F 240_F 0.93 0.10 0.00
182_S 126_I 0.93 0.10 0.00
312_M 124_Y 0.93 0.10 0.00
187_V 387_L 0.92 0.10 0.00
261_L 97_N 0.92 0.10 0.00
96_M 214_I 0.92 0.10 0.00
311_I 26_N 0.92 0.10 0.00
283_Y 356_K 0.92 0.10 0.00
138_Q 196_I 0.92 0.10 0.00
120_G 375_D 0.92 0.10 0.00
131_L 215_D 0.92 0.10 0.00
161_S 387_L 0.92 0.10 0.00
169_C 208_E 0.92 0.10 0.00
83_I 77_I 0.92 0.10 0.00
266_K 319_H 0.91 0.10 0.00
73_D 183_T 0.91 0.10 0.00
96_M 373_T 0.91 0.10 0.00
40_S 366_L 0.91 0.10 0.00
271_C 280_L 0.91 0.10 0.00
178_A 243_I 0.91 0.10 0.00
245_H 101_K 0.91 0.10 0.00
144_A 172_D 0.91 0.10 0.00
284_N 418_A 0.91 0.10 0.00
191_R 183_T 0.91 0.10 0.00
302_S 356_K 0.91 0.10 0.00
106_F 221_D 0.91 0.10 0.00
311_I 208_E 0.91 0.10 0.00
101_Q 363_N 0.91 0.10 0.00
253_I 93_K 0.91 0.10 0.00
60_L 366_L 0.91 0.10 0.00
141_V 78_L 0.90 0.10 0.00
78_L 76_E 0.90 0.10 0.00
78_L 79_E 0.90 0.10 0.00
78_L 153_P 0.90 0.10 0.00
78_L 177_G 0.90 0.10 0.00
78_L 194_E 0.90 0.10 0.00
213_Y 62_S 0.90 0.10 0.00
302_S 122_E 0.90 0.10 0.00
203_P 269_G 0.90 0.10 0.00
110_L 131_D 0.90 0.10 0.00
52_T 33_M 0.90 0.10 0.00
163_I 278_I 0.90 0.10 0.00
41_V 239_F 0.90 0.10 0.00
83_I 274_Y 0.90 0.10 0.00
76_K 242_D 0.90 0.10 0.00
99_E 282_G 0.90 0.10 0.00
157_I 317_K 0.90 0.10 0.00
294_P 129_E 0.90 0.10 0.00
189_F 108_N 0.89 0.10 0.00
297_K 136_F 0.89 0.10 0.00
34_I 426_H 0.89 0.10 0.00
107_I 191_A 0.89 0.10 0.00
59_Q 354_E 0.89 0.10 0.00
270_D 106_A 0.89 0.10 0.00
315_F 219_I 0.89 0.10 0.00
158_Q 416_A 0.89 0.10 0.00
186_K 255_L 0.89 0.10 0.00
214_N 11_I 0.89 0.09 0.00
216_F 369_Y 0.89 0.09 0.00
94_K 110_L 0.89 0.09 0.00
78_L 31_F 0.89 0.09 0.00
65_E 140_Q 0.89 0.09 0.00
196_E 287_T 0.89 0.09 0.00
313_K 222_E 0.89 0.09 0.00
311_I 58_G 0.89 0.09 0.00
164_I 376_I 0.88 0.09 0.00
62_E 249_V 0.88 0.09 0.00
144_A 93_K 0.88 0.09 0.00
131_L 297_P 0.88 0.09 0.00
87_Y 95_S 0.88 0.09 0.00
278_G 363_N 0.88 0.09 0.00
94_K 417_P 0.88 0.09 0.00
78_L 414_G 0.88 0.09 0.00
71_M 277_L 0.88 0.09 0.00
281_F 203_I 0.88 0.09 0.00
202_G 16_G 0.88 0.09 0.00
269_S 339_S 0.88 0.09 0.00
215_C 127_S 0.88 0.09 0.00
179_N 18_I 0.88 0.09 0.00
56_S 209_L 0.88 0.09 0.00
111_T 350_N 0.87 0.09 0.00
133_G 270_A 0.87 0.09 0.00
288_L 366_L 0.87 0.09 0.00
60_L 370_D 0.87 0.09 0.00
109_N 291_L 0.87 0.09 0.00
158_Q 417_P 0.87 0.09 0.00
190_L 377_S 0.87 0.09 0.00
202_G 414_G 0.87 0.09 0.00
267_Y 192_A 0.87 0.09 0.00
127_K 363_N 0.87 0.09 0.00
96_M 52_I 0.87 0.09 0.00
53_G 106_A 0.87 0.09 0.00
251_G 342_P 0.87 0.09 0.00
314_D 363_N 0.87 0.09 0.00
204_I 352_F 0.87 0.09 0.00
217_L 376_I 0.87 0.09 0.00
22_D 73_A 0.87 0.09 0.00
111_T 381_L 0.87 0.09 0.00
314_D 267_Q 0.87 0.09 0.00
60_L 380_G 0.87 0.09 0.00
107_I 278_I 0.86 0.09 0.00
139_E 18_I 0.86 0.09 0.00
188_P 99_L 0.86 0.09 0.00
296_L 114_Q 0.86 0.09 0.00
66_L 357_V 0.86 0.09 0.00
75_I 5_N 0.86 0.09 0.00
189_F 412_N 0.86 0.09 0.00
162_L 375_D 0.86 0.09 0.00
140_S 387_L 0.86 0.09 0.00
142_R 385_R 0.86 0.09 0.00
314_D 71_I 0.86 0.09 0.00
214_N 214_I 0.86 0.09 0.00
312_M 95_S 0.86 0.09 0.00
180_E 338_S 0.86 0.09 0.00
100_L 68_S 0.86 0.09 0.00
304_C 75_G 0.86 0.09 0.00
98_K 320_M 0.86 0.09 0.00
252_T 185_L 0.85 0.09 0.00
125_Y 348_E 0.85 0.09 0.00
132_M 230_V 0.85 0.09 0.00
259_N 407_L 0.85 0.09 0.00
73_D 370_D 0.85 0.09 0.00
311_I 300_K 0.85 0.09 0.00
156_Q 412_N 0.85 0.09 0.00
301_C 394_L 0.85 0.09 0.00
279_K 254_V 0.85 0.09 0.00
108_S 84_C 0.85 0.09 0.00
110_L 404_N 0.85 0.09 0.00
182_S 414_G 0.85 0.09 0.00
23_E 269_G 0.85 0.09 0.00
166_V 95_S 0.85 0.09 0.00
106_F 77_I 0.85 0.09 0.00
108_S 131_D 0.85 0.09 0.00
234_M 103_N 0.84 0.09 0.00
259_N 264_P 0.84 0.09 0.00
195_Q 317_K 0.84 0.09 0.00
129_I 109_P 0.84 0.09 0.00
123_A 274_Y 0.84 0.09 0.00
306_G 214_I 0.84 0.09 0.00
139_E 101_K 0.84 0.09 0.00
155_S 101_K 0.84 0.09 0.00
184_C 136_F 0.84 0.09 0.00
257_S 373_T 0.84 0.09 0.00
284_N 108_N 0.84 0.09 0.00
160_A 227_Y 0.84 0.09 0.00
103_Y 238_V 0.84 0.09 0.00
107_I 183_T 0.84 0.09 0.00
121_I 371_L 0.84 0.09 0.00
149_F 77_I 0.84 0.09 0.00
296_L 358_K 0.84 0.09 0.00
109_N 429_P 0.84 0.09 0.00
313_K 97_N 0.84 0.09 0.00
268_F 382_Y 0.84 0.09 0.00
145_C 391_L 0.84 0.09 0.00
124_I 291_L 0.84 0.09 0.00
39_G 249_V 0.84 0.08 0.00
107_I 284_L 0.84 0.08 0.00
108_S 243_I 0.83 0.08 0.00
310_N 7_L 0.83 0.08 0.00
246_V 350_N 0.83 0.08 0.00
82_N 126_I 0.83 0.08 0.00
281_F 346_Y 0.83 0.08 0.00
48_I 416_A 0.83 0.08 0.00
286_F 62_S 0.83 0.08 0.00
310_N 63_Y 0.83 0.08 0.00
131_L 166_L 0.83 0.08 0.00
280_E 359_L 0.83 0.08 0.00
56_S 417_P 0.83 0.08 0.00
44_I 357_V 0.82 0.08 0.00
305_A 273_H 0.82 0.08 0.00
182_S 244_T 0.82 0.08 0.00
62_E 7_L 0.82 0.08 0.00
157_I 238_V 0.82 0.08 0.00
297_K 26_N 0.82 0.08 0.00
244_T 358_K 0.82 0.08 0.00
270_D 15_T 0.82 0.08 0.00
86_N 43_L 0.82 0.08 0.00
33_Y 246_D 0.82 0.08 0.00
222_T 150_V 0.82 0.08 0.00
229_L 206_L 0.82 0.08 0.00
178_A 121_Q 0.82 0.08 0.00
84_I 256_V 0.82 0.08 0.00
39_G 167_L 0.82 0.08 0.00
74_I 363_N 0.82 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3133 0.16 BalhC-BalhD Δgene:(1, 2) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3131 0.19 BalhC-BalhD Δgene:(1, 2) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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