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OPENSEQ.org
cIV_B_60_cIII_cyt1_20_Pdenitr
Genes: A B A+B
Length: 252 263 493
Sequences: 2518 651 172
Seq/Len: 9.99 2.48 0.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.01
10 0.00 0.02 0.01
20 0.00 0.02 0.01
100 0.00 0.02 0.04
∞ 0.00 0.02 0.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
185_I 141_L 1.73 0.62 0.00
86_V 28_I 1.58 0.52 0.00
72_T 219_T 1.40 0.39 0.00
108_N 42_F 1.39 0.38 0.00
89_L 246_Y 1.37 0.37 0.00
213_F 153_Y 1.35 0.36 0.00
92_I 130_R 1.35 0.36 0.00
188_F 143_Q 1.34 0.35 0.00
118_G 253_W 1.34 0.35 0.00
25_S 161_Y 1.32 0.34 0.00
211_V 213_A 1.32 0.34 0.00
28_A 256_I 1.31 0.33 0.00
17_G 33_F 1.27 0.31 0.00
187_A 187_A 1.26 0.30 0.00
130_D 240_V 1.25 0.30 0.00
126_E 232_F 1.24 0.29 0.00
167_G 204_T 1.23 0.28 0.00
171_L 52_Q 1.21 0.27 0.00
117_I 80_L 1.20 0.27 0.00
84_V 42_F 1.19 0.26 0.00
99_I 136_P 1.18 0.26 0.00
189_A 135_G 1.18 0.26 0.00
72_T 177_A 1.18 0.26 0.00
39_L 38_P 1.18 0.26 0.00
80_I 177_A 1.18 0.26 0.00
187_A 74_D 1.18 0.26 0.00
223_N 69_L 1.14 0.23 0.00
95_F 182_N 1.13 0.23 0.00
158_T 234_S 1.13 0.23 0.00
51_L 10_T 1.13 0.23 0.00
113_V 224_M 1.13 0.23 0.00
89_L 249_N 1.13 0.23 0.00
45_V 253_W 1.12 0.22 0.00
133_A 68_P 1.11 0.22 0.00
84_V 108_T 1.11 0.22 0.00
225_A 161_Y 1.10 0.22 0.00
104_Q 147_G 1.10 0.21 0.00
86_V 206_D 1.09 0.21 0.00
43_T 81_P 1.09 0.21 0.00
83_L 41_K 1.09 0.21 0.00
189_A 96_D 1.09 0.21 0.00
173_Q 149_G 1.08 0.21 0.00
56_C 219_T 1.08 0.21 0.00
70_R 235_V 1.08 0.21 0.00
38_V 154_I 1.07 0.20 0.00
70_R 208_M 1.07 0.20 0.00
245_G 236_I 1.07 0.20 0.00
116_A 209_A 1.07 0.20 0.00
237_E 134_H 1.07 0.20 0.00
207_D 47_L 1.06 0.20 0.00
25_S 107_P 1.05 0.19 0.00
93_G 86_R 1.05 0.19 0.00
233_A 152_E 1.04 0.19 0.00
154_Y 98_E 1.04 0.19 0.00
226_Y 219_T 1.03 0.19 0.00
238_K 59_S 1.03 0.18 0.00
90_V 130_R 1.02 0.18 0.00
52_L 70_R 1.01 0.18 0.00
232_K 208_M 1.01 0.18 0.00
59_R 65_R 1.01 0.18 0.00
40_Y 249_N 1.01 0.18 0.00
185_I 144_L 1.01 0.18 0.00
239_Y 143_Q 1.01 0.18 0.00
208_Q 144_L 1.01 0.18 0.00
237_E 84_Q 1.00 0.17 0.00
71_F 156_A 1.00 0.17 0.00
239_Y 141_L 1.00 0.17 0.00
72_T 155_H 0.99 0.17 0.00
90_V 73_A 0.99 0.17 0.00
118_G 181_G 0.99 0.17 0.00
141_K 85_V 0.99 0.17 0.00
244_A 82_E 0.99 0.17 0.00
180_I 179_F 0.99 0.17 0.00
211_V 18_E 0.98 0.17 0.00
239_Y 144_L 0.98 0.16 0.00
171_L 234_S 0.98 0.16 0.00
139_L 230_V 0.97 0.16 0.00
57_I 240_V 0.97 0.16 0.00
195_V 59_S 0.97 0.16 0.00
161_P 208_M 0.96 0.16 0.00
25_S 104_P 0.96 0.16 0.00
200_A 178_A 0.96 0.16 0.00
117_I 38_P 0.95 0.15 0.00
13_P 244_L 0.95 0.15 0.00
44_A 52_Q 0.94 0.15 0.00
212_Y 29_E 0.94 0.15 0.00
89_L 217_M 0.94 0.15 0.00
18_M 41_K 0.94 0.15 0.00
61_N 232_F 0.94 0.15 0.00
100_L 246_Y 0.94 0.15 0.00
187_A 249_N 0.93 0.15 0.00
41_I 152_E 0.93 0.15 0.00
243_L 196_T 0.93 0.15 0.00
64_A 239_I 0.93 0.15 0.00
90_V 42_F 0.93 0.14 0.00
89_L 181_G 0.92 0.14 0.00
88_I 7_P 0.92 0.14 0.00
183_W 194_Q 0.92 0.14 0.00
213_F 136_P 0.92 0.14 0.00
112_L 113_T 0.92 0.14 0.00
173_Q 241_L 0.91 0.14 0.00
152_D 173_L 0.91 0.14 0.00
112_L 14_G 0.91 0.14 0.00
131_G 22_S 0.90 0.14 0.00
232_K 88_Y 0.90 0.14 0.00
25_S 94_I 0.90 0.14 0.00
208_Q 11_A 0.90 0.14 0.00
177_T 121_P 0.90 0.14 0.00
116_A 165_E 0.90 0.13 0.00
184_T 33_F 0.89 0.13 0.00
249_E 143_Q 0.89 0.13 0.00
208_Q 110_H 0.89 0.13 0.00
129_N 130_R 0.89 0.13 0.00
222_I 147_G 0.89 0.13 0.00
51_L 243_A 0.89 0.13 0.00
68_P 241_L 0.88 0.13 0.00
238_K 15_A 0.88 0.13 0.00
48_F 115_S 0.88 0.13 0.00
48_F 130_R 0.88 0.13 0.00
219_L 179_F 0.88 0.13 0.00
50_C 164_E 0.88 0.13 0.00
53_L 179_F 0.88 0.13 0.00
182_A 100_E 0.87 0.13 0.00
65_N 103_R 0.87 0.13 0.00
91_A 205_V 0.87 0.13 0.00
126_E 152_E 0.87 0.13 0.00
154_Y 197_Y 0.87 0.12 0.00
157_A 214_A 0.87 0.12 0.00
112_L 196_T 0.87 0.12 0.00
235_S 250_K 0.87 0.12 0.00
59_R 137_Y 0.86 0.12 0.00
162_V 52_Q 0.86 0.12 0.00
161_P 84_Q 0.86 0.12 0.00
203_W 96_D 0.86 0.12 0.00
190_V 239_I 0.86 0.12 0.00
74_N 180_A 0.86 0.12 0.00
79_V 232_F 0.86 0.12 0.00
172_V 250_K 0.86 0.12 0.00
79_V 209_A 0.86 0.12 0.00
86_V 207_Q 0.86 0.12 0.00
241_A 219_T 0.86 0.12 0.00
17_G 86_R 0.86 0.12 0.00
38_V 85_V 0.86 0.12 0.00
219_L 149_G 0.85 0.12 0.00
25_S 250_K 0.85 0.12 0.00
26_P 210_T 0.85 0.12 0.00
114_I 151_P 0.85 0.12 0.00
170_V 84_Q 0.85 0.12 0.00
170_V 163_G 0.85 0.12 0.00
16_G 98_E 0.85 0.12 0.00
28_A 52_Q 0.84 0.12 0.00
158_T 36_E 0.84 0.12 0.00
230_V 179_F 0.84 0.12 0.00
206_V 219_T 0.84 0.12 0.00
63_R 23_H 0.84 0.12 0.00
83_L 45_H 0.84 0.12 0.00
116_A 11_A 0.84 0.12 0.00
53_L 106_V 0.84 0.12 0.00
185_I 255_P 0.84 0.12 0.00
97_L 33_F 0.84 0.12 0.00
56_C 82_E 0.84 0.12 0.00
84_V 15_A 0.84 0.12 0.00
102_R 100_E 0.84 0.12 0.00
28_A 127_A 0.84 0.12 0.00
226_Y 133_F 0.84 0.12 0.00
143_A 203_A 0.84 0.12 0.00
31_Q 18_E 0.84 0.12 0.00
51_L 235_V 0.83 0.12 0.00
176_A 223_K 0.83 0.12 0.00
158_T 249_N 0.83 0.12 0.00
241_A 101_E 0.83 0.12 0.00
16_G 133_F 0.83 0.11 0.00
39_L 56_E 0.83 0.11 0.00
172_V 6_A 0.83 0.11 0.00
58_V 9_T 0.83 0.11 0.00
233_A 154_I 0.83 0.11 0.00
160_N 145_F 0.83 0.11 0.00
183_W 112_P 0.83 0.11 0.00
237_E 194_Q 0.83 0.11 0.00
112_L 174_Y 0.82 0.11 0.00
60_F 165_E 0.82 0.11 0.00
31_Q 97_P 0.82 0.11 0.00
204_F 218_W 0.82 0.11 0.00
182_A 74_D 0.82 0.11 0.00
24_S 96_D 0.82 0.11 0.00
203_W 135_G 0.82 0.11 0.00
208_Q 210_T 0.82 0.11 0.00
54_L 235_V 0.82 0.11 0.00
176_A 130_R 0.82 0.11 0.00
174_V 159_T 0.82 0.11 0.00
30_D 74_D 0.82 0.11 0.00
161_P 147_G 0.82 0.11 0.00
14_V 8_G 0.82 0.11 0.00
72_T 187_A 0.82 0.11 0.00
222_I 208_M 0.82 0.11 0.00
128_P 193_D 0.82 0.11 0.00
238_K 226_D 0.82 0.11 0.00
203_W 97_P 0.82 0.11 0.00
44_A 25_A 0.82 0.11 0.00
208_Q 180_A 0.81 0.11 0.00
80_I 180_A 0.81 0.11 0.00
48_F 80_L 0.81 0.11 0.00
30_D 152_E 0.81 0.11 0.00
117_I 235_V 0.81 0.11 0.00
116_A 31_I 0.81 0.11 0.00
89_L 213_A 0.81 0.11 0.00
111_D 64_L 0.81 0.11 0.00
72_T 241_L 0.81 0.11 0.00
13_P 55_T 0.81 0.11 0.00
89_L 73_A 0.81 0.11 0.00
57_I 16_A 0.81 0.11 0.00
142_E 151_P 0.81 0.11 0.00
72_T 147_G 0.81 0.11 0.00
30_D 73_A 0.81 0.11 0.00
80_I 182_N 0.81 0.11 0.00
166_V 161_Y 0.81 0.11 0.00
239_Y 46_Q 0.80 0.11 0.00
93_G 147_G 0.80 0.11 0.00
200_A 63_G 0.80 0.11 0.00
62_R 88_Y 0.80 0.11 0.00
174_V 69_L 0.80 0.11 0.00
47_I 209_A 0.80 0.11 0.00
242_W 211_D 0.80 0.10 0.00
60_F 107_P 0.80 0.10 0.00
11_G 46_Q 0.80 0.10 0.00
168_K 158_L 0.80 0.10 0.00
116_A 136_P 0.79 0.10 0.00
213_F 33_F 0.79 0.10 0.00
112_L 243_A 0.79 0.10 0.00
233_A 175_H 0.79 0.10 0.00
213_F 225_M 0.79 0.10 0.00
152_D 249_N 0.79 0.10 0.00
122_Y 53_V 0.79 0.10 0.00
200_A 128_K 0.79 0.10 0.00
17_G 145_F 0.79 0.10 0.00
98_P 217_M 0.79 0.10 0.00
195_V 179_F 0.79 0.10 0.00
154_Y 44_Q 0.79 0.10 0.00
38_V 19_A 0.79 0.10 0.00
142_E 252_L 0.79 0.10 0.00
137_L 81_P 0.78 0.10 0.00
213_F 133_F 0.78 0.10 0.00
92_I 127_A 0.78 0.10 0.00
114_I 63_G 0.78 0.10 0.00
170_V 36_E 0.78 0.10 0.00
156_L 153_Y 0.78 0.10 0.00
191_K 216_L 0.78 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3119 0.35 cIV_B_60_cIII_cyt1_20_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3118 0.46 cIV_B_20_cIII_cyt1_20_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3116 0.41 cIV_B_40_cIII_cyt1_20_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.06 Done - Shared
3115 0.67 cIV_B_40_cIII_cyt1_10_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3114 0.32 cIV_B_40_cIII_cyt1_40_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
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