May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
TY-3
Genes: A B A+B
Length: 229 410 600
Sequences: 245 1118 211
Seq/Len: 1.07 2.73 0.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.33
2 0.00 0.01 0.33
5 0.01 0.02 0.33
10 0.01 0.03 0.33
20 0.01 0.03 0.33
100 0.01 0.03 0.34
∞ 0.06 0.06 0.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
114_P 34_D 2.20 0.86 0.36
135_L 34_D 1.51 0.47 0.06
17_L 221_Q 1.51 0.46 0.06
125_E 137_I 1.46 0.43 0.05
52_I 138_I 1.39 0.38 0.04
29_V 242_F 1.38 0.38 0.04
138_F 15_E 1.36 0.36 0.04
112_D 35_I 1.36 0.36 0.04
65_H 150_V 1.34 0.35 0.04
135_L 282_S 1.31 0.33 0.03
15_Y 186_C 1.31 0.33 0.03
72_L 358_L 1.30 0.32 0.03
104_Y 206_V 1.29 0.32 0.03
103_V 226_G 1.26 0.30 0.03
142_L 103_Q 1.24 0.29 0.03
71_A 176_S 1.24 0.29 0.03
205_T 240_L 1.24 0.29 0.03
134_P 159_Q 1.23 0.28 0.03
65_H 164_G 1.20 0.26 0.02
62_A 45_V 1.18 0.26 0.02
136_I 226_G 1.17 0.25 0.02
112_D 22_Q 1.17 0.25 0.02
92_M 83_S 1.17 0.25 0.02
62_A 288_H 1.17 0.25 0.02
151_I 43_M 1.16 0.25 0.02
83_S 293_D 1.15 0.24 0.02
95_L 52_Y 1.14 0.23 0.02
61_P 264_L 1.14 0.23 0.02
82_S 59_N 1.13 0.23 0.02
128_W 240_L 1.12 0.23 0.02
83_S 291_R 1.12 0.23 0.02
65_H 50_R 1.12 0.23 0.02
120_L 232_R 1.12 0.22 0.02
111_E 206_V 1.11 0.22 0.02
29_V 83_S 1.11 0.22 0.02
62_A 149_L 1.11 0.22 0.02
190_S 211_E 1.11 0.22 0.02
172_T 72_K 1.10 0.22 0.02
6_I 227_L 1.10 0.21 0.01
69_K 29_V 1.10 0.21 0.01
194_M 264_L 1.10 0.21 0.01
145_A 35_I 1.09 0.21 0.01
116_D 270_I 1.08 0.21 0.01
159_L 327_M 1.07 0.20 0.01
132_S 237_A 1.07 0.20 0.01
189_Q 20_A 1.07 0.20 0.01
174_T 206_V 1.07 0.20 0.01
178_K 145_I 1.07 0.20 0.01
172_T 189_L 1.07 0.20 0.01
133_E 369_P 1.07 0.20 0.01
30_F 350_K 1.06 0.20 0.01
134_P 258_V 1.06 0.20 0.01
168_F 249_E 1.06 0.20 0.01
138_F 168_T 1.06 0.20 0.01
66_V 59_N 1.06 0.20 0.01
136_I 24_A 1.05 0.19 0.01
139_E 33_T 1.05 0.19 0.01
103_V 109_G 1.04 0.19 0.01
177_R 380_L 1.03 0.19 0.01
66_V 62_N 1.03 0.18 0.01
120_L 62_N 1.03 0.18 0.01
21_Q 220_K 1.02 0.18 0.01
62_A 49_I 1.01 0.18 0.01
63_V 50_R 1.00 0.17 0.01
168_F 34_D 1.00 0.17 0.01
138_F 34_D 1.00 0.17 0.01
72_L 184_G 1.00 0.17 0.01
63_V 86_E 0.99 0.17 0.01
95_L 77_M 0.99 0.17 0.01
137_H 320_I 0.99 0.17 0.01
172_T 14_E 0.99 0.17 0.01
92_M 280_A 0.99 0.17 0.01
107_F 149_L 0.99 0.17 0.01
112_D 150_V 0.99 0.17 0.01
137_H 363_V 0.98 0.17 0.01
165_N 241_P 0.98 0.17 0.01
119_A 102_V 0.98 0.16 0.01
200_D 329_F 0.98 0.16 0.01
98_K 37_W 0.97 0.16 0.01
87_I 102_V 0.97 0.16 0.01
98_K 270_I 0.97 0.16 0.01
143_N 143_S 0.97 0.16 0.01
79_W 126_E 0.96 0.16 0.01
61_P 58_L 0.96 0.16 0.01
103_V 239_Q 0.96 0.16 0.01
34_R 373_F 0.96 0.16 0.01
135_L 182_V 0.96 0.16 0.01
164_Q 144_L 0.96 0.16 0.01
164_Q 34_D 0.96 0.16 0.01
81_L 29_V 0.95 0.15 0.01
138_F 385_F 0.95 0.15 0.01
204_K 81_E 0.95 0.15 0.01
204_K 190_E 0.95 0.15 0.01
173_I 294_I 0.95 0.15 0.01
66_V 52_Y 0.95 0.15 0.01
170_D 344_A 0.95 0.15 0.01
137_H 149_L 0.95 0.15 0.01
147_R 226_G 0.94 0.15 0.01
168_F 250_P 0.94 0.15 0.01
53_V 74_G 0.94 0.15 0.01
208_V 33_T 0.94 0.15 0.01
92_M 84_L 0.94 0.15 0.01
14_A 338_P 0.93 0.15 0.01
13_T 245_A 0.93 0.15 0.01
7_Y 167_T 0.93 0.15 0.01
103_V 25_R 0.93 0.14 0.01
76_W 72_K 0.93 0.14 0.01
112_D 76_F 0.93 0.14 0.01
142_L 183_H 0.92 0.14 0.01
81_L 154_V 0.92 0.14 0.01
10_I 168_T 0.92 0.14 0.01
76_W 182_V 0.92 0.14 0.01
138_F 400_A 0.92 0.14 0.01
65_H 212_P 0.92 0.14 0.01
103_V 370_D 0.92 0.14 0.01
66_V 288_H 0.92 0.14 0.01
155_V 272_A 0.92 0.14 0.01
189_Q 363_V 0.91 0.14 0.01
66_V 171_L 0.91 0.14 0.01
185_N 184_G 0.91 0.14 0.01
72_L 15_E 0.91 0.14 0.01
39_Q 116_G 0.91 0.14 0.01
125_E 61_H 0.91 0.14 0.01
117_Y 33_T 0.91 0.14 0.01
98_K 374_S 0.91 0.14 0.01
109_D 21_Q 0.91 0.14 0.01
9_Y 109_G 0.90 0.14 0.01
6_I 59_N 0.90 0.14 0.01
16_N 206_V 0.90 0.14 0.01
118_V 291_R 0.90 0.14 0.01
103_V 380_L 0.90 0.14 0.01
158_I 240_L 0.90 0.14 0.01
145_A 382_Y 0.90 0.14 0.01
8_L 24_A 0.90 0.14 0.01
143_N 331_A 0.90 0.13 0.01
48_A 249_E 0.90 0.13 0.01
150_V 132_V 0.89 0.13 0.01
14_A 213_E 0.89 0.13 0.01
104_Y 227_L 0.89 0.13 0.01
167_W 367_S 0.89 0.13 0.01
197_R 189_L 0.89 0.13 0.01
164_Q 342_M 0.89 0.13 0.01
18_P 227_L 0.89 0.13 0.01
122_H 375_V 0.89 0.13 0.01
204_K 291_R 0.89 0.13 0.01
132_S 341_S 0.89 0.13 0.01
127_P 33_T 0.89 0.13 0.01
180_S 134_A 0.89 0.13 0.01
135_L 349_I 0.89 0.13 0.01
92_M 232_R 0.89 0.13 0.01
212_F 206_V 0.88 0.13 0.01
177_R 331_A 0.88 0.13 0.01
208_V 131_C 0.88 0.13 0.01
46_S 238_F 0.88 0.13 0.01
152_T 126_E 0.88 0.13 0.01
82_S 67_R 0.88 0.13 0.01
53_V 132_V 0.88 0.13 0.01
62_A 70_E 0.88 0.13 0.01
100_Y 192_D 0.88 0.13 0.01
6_I 7_S 0.88 0.13 0.01
139_E 215_I 0.88 0.13 0.01
172_T 217_Q 0.88 0.13 0.01
161_H 331_A 0.88 0.13 0.01
133_E 367_S 0.88 0.13 0.01
47_P 249_E 0.87 0.13 0.01
64_S 233_K 0.87 0.13 0.01
12_P 383_A 0.87 0.13 0.01
100_Y 43_M 0.87 0.13 0.01
62_A 50_R 0.87 0.13 0.01
6_I 169_N 0.87 0.12 0.01
107_F 290_G 0.87 0.12 0.01
189_Q 25_R 0.87 0.12 0.01
117_Y 382_Y 0.87 0.12 0.01
116_D 83_S 0.87 0.12 0.01
134_P 259_A 0.86 0.12 0.01
104_Y 199_I 0.86 0.12 0.01
152_T 184_G 0.86 0.12 0.01
171_R 283_R 0.86 0.12 0.01
141_L 115_F 0.86 0.12 0.01
18_P 350_K 0.86 0.12 0.01
117_Y 243_Y 0.86 0.12 0.01
172_T 231_L 0.86 0.12 0.01
94_E 352_R 0.86 0.12 0.01
120_L 245_A 0.86 0.12 0.01
81_L 53_A 0.86 0.12 0.01
60_F 285_T 0.86 0.12 0.01
65_H 29_V 0.86 0.12 0.01
160_M 382_Y 0.86 0.12 0.01
82_S 12_T 0.86 0.12 0.01
151_I 114_S 0.85 0.12 0.01
100_Y 189_L 0.85 0.12 0.01
131_V 218_L 0.85 0.12 0.01
135_L 184_G 0.85 0.12 0.01
76_W 298_I 0.85 0.12 0.01
159_L 284_L 0.85 0.12 0.01
113_L 145_I 0.85 0.12 0.01
40_H 209_T 0.85 0.12 0.01
13_T 311_S 0.85 0.12 0.01
126_S 346_W 0.84 0.12 0.01
56_T 185_V 0.84 0.12 0.01
37_D 277_T 0.84 0.12 0.01
112_D 364_Y 0.84 0.12 0.01
168_F 47_A 0.84 0.12 0.01
94_E 58_L 0.84 0.12 0.01
38_I 228_M 0.84 0.12 0.01
9_Y 65_G 0.84 0.12 0.01
122_H 243_Y 0.84 0.12 0.01
206_R 79_S 0.84 0.12 0.01
103_V 350_K 0.84 0.12 0.01
71_A 36_T 0.84 0.12 0.01
92_M 50_R 0.84 0.12 0.01
41_L 219_R 0.84 0.12 0.01
170_D 23_V 0.84 0.12 0.01
165_N 18_V 0.83 0.12 0.01
170_D 262_Y 0.83 0.12 0.01
28_E 99_L 0.83 0.12 0.01
58_H 197_D 0.83 0.12 0.01
179_K 209_T 0.83 0.12 0.01
13_T 260_D 0.83 0.11 0.01
122_H 292_D 0.83 0.11 0.01
180_S 145_I 0.83 0.11 0.01
110_D 179_E 0.83 0.11 0.01
163_L 361_C 0.82 0.11 0.01
176_L 37_W 0.82 0.11 0.01
62_A 373_F 0.82 0.11 0.01
108_I 290_G 0.82 0.11 0.01
145_A 7_S 0.82 0.11 0.01
108_I 199_I 0.82 0.11 0.01
23_L 168_T 0.82 0.11 0.01
139_E 363_V 0.82 0.11 0.01
94_E 25_R 0.82 0.11 0.01
103_V 264_L 0.82 0.11 0.01
103_V 328_P 0.82 0.11 0.01
82_S 266_P 0.82 0.11 0.01
73_T 379_V 0.82 0.11 0.01
90_A 22_Q 0.82 0.11 0.01
28_E 242_F 0.81 0.11 0.01
38_I 230_A 0.81 0.11 0.01
194_M 234_T 0.81 0.11 0.01
84_M 291_R 0.81 0.11 0.01
204_K 281_Q 0.81 0.11 0.01
167_W 34_D 0.81 0.11 0.01
167_W 173_S 0.81 0.11 0.01
121_V 276_V 0.81 0.11 0.01
30_F 88_K 0.81 0.11 0.01
122_H 153_P 0.81 0.11 0.01
50_I 386_I 0.81 0.11 0.01
156_H 76_F 0.81 0.11 0.01
36_G 181_V 0.81 0.11 0.00
162_N 53_A 0.81 0.11 0.00
82_S 292_D 0.81 0.11 0.00
107_F 107_P 0.80 0.11 0.00
83_S 81_E 0.80 0.11 0.00
83_S 190_E 0.80 0.11 0.00
98_K 361_C 0.80 0.11 0.00
131_V 41_I 0.80 0.11 0.00
199_E 353_M 0.80 0.11 0.00
30_F 217_Q 0.80 0.11 0.00
167_W 161_S 0.80 0.11 0.00
68_I 280_A 0.80 0.11 0.00
35_R 46_F 0.80 0.11 0.00
72_L 133_E 0.80 0.11 0.00
143_N 351_T 0.80 0.10 0.00
193_A 126_E 0.80 0.10 0.00
135_L 183_H 0.80 0.10 0.00
146_L 75_A 0.79 0.10 0.00
202_R 282_S 0.79 0.10 0.00
9_Y 36_T 0.79 0.10 0.00
33_V 284_L 0.79 0.10 0.00
116_D 232_R 0.79 0.10 0.00
58_H 232_R 0.79 0.10 0.00
47_P 238_F 0.79 0.10 0.00
134_P 62_N 0.79 0.10 0.00
84_M 285_T 0.79 0.10 0.00
13_T 178_L 0.79 0.10 0.00
123_S 279_A 0.79 0.10 0.00
134_P 367_S 0.79 0.10 0.00
120_L 112_F 0.79 0.10 0.00
103_V 196_F 0.79 0.10 0.00
30_F 181_V 0.79 0.10 0.00
173_I 164_G 0.79 0.10 0.00
164_Q 169_N 0.78 0.10 0.00
102_M 69_C 0.78 0.10 0.00
161_H 351_T 0.78 0.10 0.00
169_G 82_F 0.78 0.10 0.00
38_I 35_I 0.78 0.10 0.00
72_L 399_E 0.78 0.10 0.00
141_L 164_G 0.78 0.10 0.00
109_D 154_V 0.78 0.10 0.00
8_L 120_G 0.78 0.10 0.00
104_Y 222_I 0.78 0.10 0.00
53_V 387_E 0.78 0.10 0.00
137_H 115_F 0.78 0.10 0.00
134_P 299_H 0.78 0.10 0.00
153_R 352_R 0.78 0.10 0.00
163_L 41_I 0.78 0.10 0.00
25_Q 150_V 0.78 0.10 0.00
204_K 64_K 0.78 0.10 0.00
141_L 62_N 0.78 0.10 0.00
60_F 237_A 0.78 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0735 seconds.