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OPENSEQ.org
TY-1
Genes: A B A+B
Length: 235 402 613
Sequences: 250 1156 219
Seq/Len: 1.06 2.88 0.36
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.34
2 0.01 0.01 0.34
5 0.02 0.02 0.34
10 0.02 0.02 0.34
20 0.02 0.03 0.34
100 0.02 0.03 0.35
∞ 0.06 0.05 0.36
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
107_D 24_R 2.27 0.89 0.52
21_I 150_S 1.55 0.50 0.10
118_S 123_I 1.54 0.50 0.10
129_L 24_R 1.53 0.49 0.10
58_H 136_V 1.50 0.47 0.09
23_V 229_C 1.37 0.38 0.06
198_R 227_I 1.34 0.36 0.05
130_V 213_G 1.31 0.34 0.05
136_L 89_Q 1.28 0.32 0.04
64_A 158_N 1.26 0.31 0.04
13_A 208_K 1.25 0.30 0.04
129_L 286_S 1.23 0.29 0.04
45_L 124_L 1.23 0.29 0.03
97_F 192_T 1.21 0.28 0.03
207_A 150_S 1.21 0.28 0.03
162_F 236_P 1.20 0.27 0.03
168_R 192_T 1.20 0.27 0.03
113_L 219_F 1.19 0.27 0.03
208_V 10_V 1.17 0.26 0.03
193_A 328_S 1.17 0.26 0.03
93_I 33_I 1.16 0.25 0.03
54_A 268_A 1.16 0.25 0.03
129_L 164_F 1.15 0.25 0.03
58_H 146_Y 1.15 0.24 0.03
139_M 25_H 1.14 0.24 0.03
130_V 14_L 1.14 0.24 0.02
96_I 213_G 1.14 0.24 0.02
23_V 71_A 1.14 0.24 0.02
85_C 71_A 1.13 0.24 0.02
126_T 224_D 1.13 0.23 0.02
54_A 46_I 1.12 0.23 0.02
76_S 297_D 1.12 0.23 0.02
113_L 50_Q 1.11 0.23 0.02
58_H 40_S 1.11 0.22 0.02
88_F 42_N 1.11 0.22 0.02
109_A 274_R 1.10 0.22 0.02
74_A 19_I 1.10 0.22 0.02
128_P 262_V 1.09 0.22 0.02
75_A 47_V 1.09 0.22 0.02
100_Y 294_A 1.09 0.21 0.02
45_L 319_A 1.09 0.21 0.02
76_S 295_R 1.09 0.21 0.02
132_V 24_R 1.09 0.21 0.02
57_W 260_V 1.09 0.21 0.02
59_K 47_V 1.08 0.21 0.02
105_L 361_V 1.08 0.21 0.02
51_E 260_V 1.07 0.21 0.02
93_I 171_I 1.07 0.21 0.02
55_P 35_V 1.07 0.20 0.02
158_S 130_Y 1.06 0.20 0.02
143_G 97_A 1.06 0.20 0.02
121_G 343_L 1.06 0.20 0.02
132_V 5_E 1.06 0.20 0.02
96_I 95_T 1.05 0.20 0.02
101_R 294_A 1.04 0.19 0.02
62_L 19_I 1.04 0.19 0.02
133_S 23_A 1.04 0.19 0.02
88_F 65_M 1.03 0.19 0.02
104_R 192_T 1.03 0.19 0.02
33_L 102_T 1.03 0.19 0.02
145_L 33_I 1.03 0.19 0.02
160_I 227_I 1.03 0.19 0.02
59_K 153_L 1.03 0.19 0.02
129_L 346_V 1.02 0.18 0.01
181_D 192_T 1.02 0.18 0.01
11_P 168_L 1.01 0.18 0.01
40_A 236_P 1.01 0.18 0.01
105_L 12_P 1.01 0.18 0.01
132_V 150_S 1.01 0.18 0.01
172_E 131_I 1.00 0.18 0.01
91_T 274_R 0.99 0.17 0.01
65_L 355_I 0.99 0.17 0.01
85_C 72_V 0.99 0.17 0.01
162_F 276_A 0.99 0.17 0.01
127_V 364_S 0.99 0.17 0.01
24_L 347_L 0.99 0.17 0.01
188_A 268_A 0.99 0.17 0.01
127_V 366_D 0.98 0.17 0.01
110_A 23_A 0.98 0.17 0.01
160_I 83_G 0.98 0.17 0.01
171_V 377_I 0.97 0.17 0.01
59_K 42_N 0.97 0.16 0.01
115_H 372_V 0.97 0.16 0.01
149_L 276_A 0.97 0.16 0.01
55_P 40_S 0.97 0.16 0.01
153_L 326_M 0.97 0.16 0.01
100_Y 135_A 0.97 0.16 0.01
55_P 135_A 0.96 0.16 0.01
3_L 149_S 0.96 0.16 0.01
65_L 81_V 0.96 0.16 0.01
56_V 74_G 0.96 0.16 0.01
167_W 298_I 0.95 0.16 0.01
65_L 166_G 0.95 0.16 0.01
135_T 101_L 0.95 0.16 0.01
141_D 213_G 0.95 0.16 0.01
91_T 16_G 0.95 0.15 0.01
128_P 303_F 0.95 0.15 0.01
9_S 232_A 0.95 0.15 0.01
96_I 347_L 0.94 0.15 0.01
105_L 136_V 0.94 0.15 0.01
166_T 218_L 0.94 0.15 0.01
158_S 24_R 0.94 0.15 0.01
5_F 53_G 0.94 0.15 0.01
166_T 171_I 0.94 0.15 0.01
56_V 40_S 0.94 0.15 0.01
68_G 353_R 0.93 0.15 0.01
197_K 69_E 0.93 0.15 0.01
197_K 172_E 0.93 0.15 0.01
55_P 74_G 0.93 0.15 0.01
59_K 50_Q 0.93 0.15 0.01
137_D 129_V 0.93 0.15 0.01
191_S 171_I 0.92 0.15 0.01
159_A 228_P 0.92 0.15 0.01
55_P 292_S 0.92 0.14 0.01
55_P 58_D 0.92 0.14 0.01
28_T 370_F 0.92 0.14 0.01
69_V 60_K 0.92 0.14 0.01
161_F 364_S 0.92 0.14 0.01
181_D 346_V 0.92 0.14 0.01
22_R 84_T 0.92 0.14 0.01
97_F 309_P 0.92 0.14 0.01
139_M 379_E 0.92 0.14 0.01
69_V 302_T 0.91 0.14 0.01
50_F 361_V 0.91 0.14 0.01
22_R 229_C 0.91 0.14 0.01
57_W 350_L 0.91 0.14 0.01
93_I 174_D 0.91 0.14 0.01
87_P 349_A 0.91 0.14 0.01
122_S 227_I 0.91 0.14 0.01
131_N 15_A 0.91 0.14 0.01
85_C 219_F 0.91 0.14 0.01
52_Y 276_A 0.90 0.14 0.01
196_Q 99_N 0.90 0.14 0.01
208_V 149_S 0.90 0.14 0.01
169_A 120_G 0.90 0.14 0.01
59_K 292_S 0.90 0.14 0.01
53_A 289_T 0.90 0.14 0.01
57_W 220_D 0.90 0.14 0.01
209_Q 166_G 0.90 0.14 0.01
4_I 336_Q 0.90 0.14 0.01
174_C 120_G 0.89 0.14 0.01
96_I 377_I 0.89 0.14 0.01
162_F 37_C 0.89 0.14 0.01
8_P 380_L 0.89 0.14 0.01
103_G 161_E 0.89 0.14 0.01
32_V 93_H 0.89 0.14 0.01
198_R 194_P 0.89 0.14 0.01
96_I 367_T 0.89 0.13 0.01
199_I 261_E 0.89 0.13 0.01
115_H 230_F 0.88 0.13 0.01
158_S 151_D 0.88 0.13 0.01
91_T 27_G 0.88 0.13 0.01
112_A 88_L 0.88 0.13 0.01
96_I 15_A 0.88 0.13 0.01
11_P 10_V 0.88 0.13 0.01
131_N 360_A 0.88 0.13 0.01
166_T 60_K 0.88 0.13 0.01
184_R 197_F 0.88 0.13 0.01
125_L 31_I 0.87 0.13 0.01
186_L 120_G 0.87 0.13 0.01
197_K 295_R 0.87 0.13 0.01
206_K 39_Y 0.87 0.13 0.01
45_L 324_D 0.87 0.13 0.01
101_R 181_V 0.87 0.13 0.01
122_S 150_S 0.87 0.13 0.01
210_D 4_R 0.87 0.13 0.01
161_F 24_R 0.87 0.13 0.01
110_A 230_F 0.87 0.13 0.01
45_L 31_I 0.87 0.13 0.01
219_D 254_L 0.86 0.13 0.01
65_L 5_E 0.86 0.13 0.01
55_P 374_K 0.86 0.13 0.01
24_L 76_P 0.86 0.13 0.01
115_H 139_D 0.86 0.13 0.01
21_I 232_A 0.86 0.12 0.01
109_A 71_A 0.86 0.12 0.01
64_A 26_T 0.86 0.12 0.01
166_T 204_G 0.86 0.12 0.01
105_L 25_H 0.86 0.12 0.01
132_V 382_N 0.86 0.12 0.01
145_L 124_L 0.85 0.12 0.01
91_T 371_S 0.85 0.12 0.01
29_Q 36_W 0.85 0.12 0.01
96_I 268_A 0.85 0.12 0.01
5_F 26_T 0.85 0.12 0.01
9_S 150_S 0.85 0.12 0.01
128_P 218_L 0.85 0.12 0.01
113_L 232_A 0.85 0.12 0.01
164_K 266_T 0.85 0.12 0.01
157_A 358_V 0.85 0.12 0.01
128_P 4_R 0.85 0.12 0.01
161_F 155_S 0.85 0.12 0.01
100_Y 231_T 0.84 0.12 0.01
195_D 161_E 0.84 0.12 0.01
6_A 150_S 0.84 0.12 0.01
58_H 19_I 0.84 0.12 0.01
96_I 178_L 0.84 0.12 0.01
96_I 226_G 0.84 0.12 0.01
115_H 296_D 0.84 0.12 0.01
87_P 46_I 0.84 0.12 0.01
46_I 118_V 0.84 0.12 0.01
80_L 88_L 0.84 0.12 0.01
4_I 14_L 0.84 0.12 0.01
162_F 24_R 0.84 0.12 0.01
85_C 40_S 0.84 0.12 0.01
49_G 167_V 0.84 0.12 0.01
155_E 348_D 0.84 0.12 0.01
124_P 359_I 0.84 0.12 0.01
6_A 369_P 0.84 0.12 0.01
65_L 119_A 0.84 0.12 0.01
124_P 125_T 0.84 0.12 0.01
165_R 287_R 0.84 0.12 0.01
204_L 166_G 0.84 0.12 0.01
136_L 165_H 0.84 0.12 0.01
32_V 217_R 0.84 0.12 0.01
55_P 39_Y 0.84 0.12 0.01
145_L 327_G 0.84 0.12 0.01
35_A 67_A 0.84 0.12 0.01
75_A 296_D 0.83 0.12 0.01
111_V 295_R 0.83 0.12 0.01
85_C 232_A 0.83 0.12 0.01
59_K 395_A 0.83 0.12 0.01
50_F 175_A 0.83 0.12 0.01
216_S 254_L 0.83 0.12 0.01
152_R 227_I 0.83 0.12 0.01
129_L 166_G 0.83 0.12 0.01
189_L 380_L 0.83 0.12 0.01
130_V 297_D 0.83 0.12 0.01
75_A 268_A 0.82 0.12 0.01
189_L 88_L 0.82 0.11 0.01
208_V 280_V 0.82 0.11 0.01
55_P 47_V 0.82 0.11 0.01
57_W 42_N 0.82 0.11 0.01
167_W 149_S 0.82 0.11 0.01
166_T 100_C 0.82 0.11 0.01
128_P 50_Q 0.82 0.11 0.01
128_P 263_T 0.82 0.11 0.01
144_L 118_V 0.82 0.11 0.01
65_L 343_L 0.82 0.11 0.01
51_E 179_W 0.82 0.11 0.01
146_E 280_V 0.82 0.11 0.01
29_Q 292_S 0.82 0.11 0.01
51_E 258_R 0.82 0.11 0.01
126_T 338_D 0.82 0.11 0.01
23_V 300_P 0.82 0.11 0.01
169_A 322_P 0.82 0.11 0.01
131_N 135_A 0.82 0.11 0.01
96_I 150_S 0.81 0.11 0.01
204_L 22_V 0.81 0.11 0.01
116_A 283_A 0.81 0.11 0.01
170_V 358_V 0.81 0.11 0.01
51_E 219_F 0.81 0.11 0.01
91_T 19_I 0.81 0.11 0.01
220_L 255_G 0.81 0.11 0.01
34_A 195_R 0.81 0.11 0.01
77_M 295_R 0.81 0.11 0.01
154_E 120_G 0.81 0.11 0.01
85_C 284_V 0.81 0.11 0.01
74_A 142_R 0.81 0.11 0.01
109_A 24_R 0.81 0.11 0.01
180_P 127_E 0.81 0.11 0.01
164_K 353_R 0.80 0.11 0.01
55_P 184_E 0.80 0.11 0.01
158_S 339_L 0.80 0.11 0.01
65_L 84_T 0.80 0.11 0.01
129_L 165_H 0.80 0.11 0.01
32_V 215_A 0.80 0.11 0.01
77_M 294_A 0.80 0.11 0.01
206_K 213_G 0.80 0.11 0.01
170_V 357_S 0.80 0.11 0.01
125_L 205_L 0.80 0.11 0.01
87_P 15_A 0.80 0.11 0.01
170_V 308_P 0.80 0.11 0.01
135_T 44_R 0.80 0.11 0.01
129_L 95_T 0.80 0.11 0.01
69_V 377_I 0.80 0.11 0.01
57_W 261_E 0.80 0.11 0.01
55_P 188_Y 0.80 0.11 0.01
109_A 72_V 0.79 0.11 0.01
211_V 166_G 0.79 0.11 0.01
39_G 225_I 0.79 0.10 0.01
162_F 294_A 0.79 0.10 0.01
216_S 23_A 0.79 0.10 0.01
109_A 219_F 0.79 0.10 0.01
46_I 330_G 0.79 0.10 0.01
86_H 360_A 0.79 0.10 0.01
190_L 92_G 0.79 0.10 0.01
134_A 42_N 0.79 0.10 0.01
162_F 237_G 0.79 0.10 0.01
66_S 258_R 0.79 0.10 0.01
100_Y 122_N 0.78 0.10 0.01
10_L 200_G 0.78 0.10 0.01
209_Q 98_L 0.78 0.10 0.01
133_S 202_L 0.78 0.10 0.01
77_M 289_T 0.78 0.10 0.01
65_L 397_A 0.78 0.10 0.01
115_H 72_V 0.78 0.10 0.01
45_L 68_L 0.78 0.10 0.01
151_Q 2_S 0.78 0.10 0.01
134_A 139_D 0.78 0.10 0.01
76_S 69_E 0.78 0.10 0.01
76_S 172_E 0.78 0.10 0.01
102_T 138_L 0.78 0.10 0.01
107_D 179_W 0.78 0.10 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3104 0.36 TY-1 fixed Δgene:(1, 2) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.30 Done - Shared
3101 0.36 TY-1 Δgene:(1, 2) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.52 Done - Shared
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