May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
TfuA-YcaO
Genes: A B A+B
Length: 268 359 564
Sequences: 191 1154 169
Seq/Len: 0.71 3.21 0.3
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.27
2 0.00 0.01 0.27
5 0.01 0.02 0.27
10 0.01 0.03 0.27
20 0.01 0.03 0.27
100 0.01 0.03 0.27
∞ 0.06 0.06 0.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
129_P 14_D 1.93 0.69 0.01
151_L 14_D 1.55 0.45 0.01
21_A 199_V 1.51 0.42 0.01
150_S 40_L 1.48 0.40 0.01
67_H 124_V 1.47 0.39 0.01
54_L 112_A 1.45 0.38 0.01
67_H 30_R 1.40 0.35 0.00
114_L 15_L 1.37 0.33 0.00
78_I 160_V 1.36 0.33 0.00
74_M 326_L 1.35 0.32 0.00
188_T 164_I 1.33 0.31 0.00
102_V 164_I 1.33 0.31 0.00
64_A 25_V 1.32 0.30 0.00
169_P 218_I 1.31 0.30 0.00
32_L 318_L 1.29 0.29 0.00
132_A 13_A 1.27 0.28 0.00
152_V 204_G 1.27 0.28 0.00
151_L 262_A 1.26 0.27 0.00
140_A 111_I 1.24 0.26 0.00
148_T 215_P 1.24 0.26 0.00
10_I 205_I 1.23 0.26 0.00
78_I 349_L 1.22 0.25 0.00
17_T 223_C 1.22 0.25 0.00
67_H 139_F 1.21 0.25 0.00
146_Q 330_I 1.18 0.23 0.00
31_Y 220_V 1.18 0.23 0.00
135_V 210_W 1.17 0.23 0.00
85_S 271_R 1.17 0.23 0.00
135_V 40_L 1.15 0.22 0.00
221_A 159_G 1.13 0.21 0.00
84_S 102_E 1.13 0.21 0.00
78_I 278_H 1.12 0.20 0.00
67_H 64_E 1.11 0.20 0.00
182_M 264_A 1.10 0.20 0.00
110_R 270_A 1.10 0.20 0.00
215_G 218_I 1.10 0.20 0.00
65_V 64_E 1.10 0.19 0.00
194_G 119_V 1.09 0.19 0.00
175_L 301_R 1.09 0.19 0.00
68_K 37_V 1.09 0.19 0.00
49_P 216_A 1.08 0.19 0.00
114_L 250_A 1.08 0.19 0.00
210_V 303_V 1.08 0.19 0.00
177_T 305_A 1.07 0.18 0.00
151_L 157_L 1.07 0.18 0.00
222_L 340_T 1.07 0.18 0.00
131_D 250_A 1.07 0.18 0.00
80_M 350_A 1.06 0.18 0.00
105_I 349_L 1.06 0.18 0.00
68_K 40_L 1.06 0.18 0.00
78_I 9_I 1.05 0.17 0.00
54_L 101_R 1.05 0.17 0.00
97_F 32_A 1.05 0.17 0.00
73_A 151_D 1.05 0.17 0.00
96_D 36_E 1.05 0.17 0.00
158_F 52_G 1.04 0.17 0.00
184_F 14_D 1.04 0.17 0.00
17_T 143_T 1.04 0.17 0.00
84_S 37_V 1.04 0.17 0.00
43_A 329_V 1.04 0.17 0.00
112_W 223_C 1.04 0.17 0.00
102_V 47_T 1.03 0.17 0.00
157_T 139_F 1.03 0.17 0.00
12_V 264_A 1.03 0.17 0.00
83_A 9_I 1.03 0.17 0.00
188_T 50_A 1.03 0.17 0.00
68_K 32_A 1.03 0.17 0.00
183_N 335_G 1.03 0.17 0.00
71_L 9_I 1.02 0.16 0.00
65_V 30_R 1.02 0.16 0.00
105_I 318_L 1.02 0.16 0.00
20_L 184_I 1.00 0.16 0.00
111_R 1_M 1.00 0.16 0.00
152_V 273_D 1.00 0.16 0.00
30_V 220_V 1.00 0.15 0.00
140_A 39_A 1.00 0.15 0.00
188_T 209_L 0.99 0.15 0.00
192_V 103_I 0.99 0.15 0.00
184_F 27_Q 0.99 0.15 0.00
167_I 23_L 0.99 0.15 0.00
155_Q 13_A 0.99 0.15 0.00
106_Y 184_I 0.99 0.15 0.00
84_S 45_A 0.98 0.15 0.00
172_R 54_I 0.98 0.15 0.00
54_L 247_S 0.98 0.15 0.00
179_A 329_V 0.98 0.15 0.00
105_I 204_G 0.98 0.15 0.00
106_Y 200_A 0.97 0.15 0.00
31_Y 61_Y 0.97 0.15 0.00
100_I 250_A 0.97 0.15 0.00
54_L 37_V 0.97 0.15 0.00
135_V 67_P 0.97 0.15 0.00
94_L 260_L 0.96 0.14 0.00
105_I 5_R 0.96 0.14 0.00
155_Q 331_A 0.96 0.14 0.00
137_S 62_F 0.96 0.14 0.00
19_R 161_F 0.96 0.14 0.00
84_S 219_P 0.95 0.14 0.00
40_I 189_L 0.95 0.14 0.00
151_L 317_L 0.95 0.14 0.00
166_A 106_I 0.95 0.14 0.00
205_E 244_A 0.94 0.14 0.00
105_I 217_G 0.94 0.14 0.00
83_A 33_A 0.94 0.14 0.00
17_T 33_A 0.94 0.14 0.00
190_A 184_I 0.94 0.14 0.00
66_R 321_V 0.94 0.14 0.00
193_L 324_A 0.94 0.14 0.00
159_S 187_T 0.93 0.13 0.00
102_V 324_A 0.93 0.13 0.00
143_G 314_P 0.93 0.13 0.00
137_S 225_T 0.93 0.13 0.00
114_L 331_A 0.93 0.13 0.00
17_T 252_T 0.93 0.13 0.00
225_A 142_T 0.92 0.13 0.00
214_K 59_E 0.92 0.13 0.00
214_K 165_E 0.92 0.13 0.00
182_M 218_I 0.92 0.13 0.00
112_W 154_S 0.92 0.13 0.00
32_L 66_I 0.92 0.13 0.00
144_F 218_I 0.92 0.13 0.00
183_N 14_D 0.92 0.13 0.00
131_D 139_F 0.92 0.13 0.00
153_D 331_A 0.91 0.13 0.00
159_S 305_A 0.91 0.13 0.00
22_D 182_T 0.91 0.13 0.00
67_H 9_I 0.91 0.13 0.00
149_D 337_D 0.91 0.13 0.00
83_A 128_Y 0.91 0.13 0.00
114_L 347_T 0.91 0.13 0.00
12_V 308_S 0.91 0.13 0.00
84_S 339_E 0.91 0.13 0.00
64_A 66_I 0.91 0.13 0.00
96_D 5_R 0.91 0.13 0.00
96_D 112_A 0.90 0.12 0.00
102_V 167_D 0.90 0.12 0.00
188_T 195_H 0.90 0.12 0.00
32_L 156_F 0.90 0.12 0.00
29_A 143_T 0.90 0.12 0.00
223_H 340_T 0.90 0.12 0.00
105_I 339_E 0.90 0.12 0.00
196_A 25_V 0.89 0.12 0.00
167_I 88_R 0.89 0.12 0.00
10_I 37_V 0.89 0.12 0.00
36_A 281_R 0.89 0.12 0.00
132_A 351_R 0.89 0.12 0.00
54_L 21_V 0.89 0.12 0.00
147_L 196_I 0.89 0.12 0.00
112_W 245_G 0.89 0.12 0.00
209_T 321_V 0.89 0.12 0.00
17_T 240_E 0.89 0.12 0.00
179_A 21_V 0.89 0.12 0.00
43_A 57_S 0.89 0.12 0.00
188_T 329_V 0.89 0.12 0.00
146_Q 102_E 0.89 0.12 0.00
135_V 182_T 0.89 0.12 0.00
154_L 12_L 0.89 0.12 0.00
180_R 14_D 0.89 0.12 0.00
146_Q 127_C 0.89 0.12 0.00
35_A 101_R 0.89 0.12 0.00
137_S 127_C 0.89 0.12 0.00
183_N 51_V 0.88 0.12 0.00
55_I 197_Q 0.88 0.12 0.00
149_D 216_A 0.88 0.12 0.00
84_S 244_A 0.88 0.12 0.00
229_I 44_F 0.88 0.12 0.00
137_S 221_I 0.88 0.12 0.00
84_S 36_E 0.88 0.12 0.00
59_F 168_A 0.88 0.12 0.00
153_D 123_L 0.88 0.12 0.00
95_H 199_V 0.88 0.12 0.00
68_K 146_L 0.88 0.12 0.00
63_P 244_A 0.88 0.12 0.00
153_D 295_L 0.88 0.12 0.00
135_V 65_A 0.87 0.12 0.00
48_R 216_A 0.87 0.12 0.00
97_F 313_D 0.87 0.12 0.00
187_R 263_R 0.87 0.12 0.00
209_T 217_G 0.87 0.12 0.00
180_R 118_P 0.87 0.12 0.00
168_T 256_M 0.87 0.12 0.00
227_S 198_S 0.87 0.12 0.00
190_A 305_A 0.87 0.12 0.00
110_R 174_A 0.86 0.11 0.00
85_S 273_D 0.86 0.11 0.00
149_D 9_I 0.86 0.11 0.00
137_S 60_R 0.86 0.11 0.00
149_D 335_G 0.86 0.11 0.00
35_A 342_V 0.86 0.11 0.00
11_L 142_T 0.86 0.11 0.00
131_D 148_C 0.86 0.11 0.00
212_K 33_A 0.86 0.11 0.00
137_S 344_C 0.86 0.11 0.00
133_V 271_R 0.86 0.11 0.00
94_L 348_V 0.86 0.11 0.00
132_A 343_Q 0.86 0.11 0.00
109_Y 343_Q 0.85 0.11 0.00
13_F 16_T 0.85 0.11 0.00
147_L 256_M 0.85 0.11 0.00
66_R 213_P 0.85 0.11 0.00
17_T 181_R 0.85 0.11 0.00
175_L 202_A 0.85 0.11 0.00
179_A 324_A 0.85 0.11 0.00
188_T 21_V 0.85 0.11 0.00
148_T 51_V 0.85 0.11 0.00
35_A 47_T 0.85 0.11 0.00
200_D 159_G 0.85 0.11 0.00
168_T 100_R 0.85 0.11 0.00
84_S 272_D 0.85 0.11 0.00
17_T 57_S 0.85 0.11 0.00
214_K 271_R 0.85 0.11 0.00
71_L 240_E 0.85 0.11 0.00
67_H 89_L 0.84 0.11 0.00
171_E 315_V 0.84 0.11 0.00
68_K 33_A 0.84 0.11 0.00
172_R 13_A 0.84 0.11 0.00
105_I 143_T 0.84 0.11 0.00
137_S 39_A 0.84 0.11 0.00
150_S 134_A 0.84 0.11 0.00
131_D 154_S 0.84 0.11 0.00
41_L 90_L 0.84 0.11 0.00
110_R 170_A 0.84 0.11 0.00
164_R 163_C 0.84 0.11 0.00
13_F 43_G 0.83 0.11 0.00
85_S 59_E 0.83 0.11 0.00
85_S 165_E 0.83 0.11 0.00
184_F 227_E 0.83 0.11 0.00
164_R 79_L 0.83 0.11 0.00
138_G 268_S 0.83 0.11 0.00
192_V 282_S 0.83 0.10 0.00
166_A 302_P 0.83 0.10 0.00
64_A 9_I 0.83 0.10 0.00
97_F 225_T 0.83 0.10 0.00
73_A 16_T 0.83 0.10 0.00
148_T 150_M 0.83 0.10 0.00
186_E 324_A 0.83 0.10 0.00
64_A 268_S 0.83 0.10 0.00
202_R 57_S 0.83 0.10 0.00
41_L 321_V 0.83 0.10 0.00
186_E 3_L 0.83 0.10 0.00
141_E 314_P 0.83 0.10 0.00
17_T 63_A 0.82 0.10 0.00
152_V 95_R 0.82 0.10 0.00
59_F 332_V 0.82 0.10 0.00
175_L 302_P 0.82 0.10 0.00
168_T 159_G 0.82 0.10 0.00
78_I 262_A 0.82 0.10 0.00
208_Q 164_I 0.82 0.10 0.00
89_L 269_G 0.82 0.10 0.00
167_I 112_A 0.82 0.10 0.00
231_R 341_G 0.82 0.10 0.00
186_E 319_N 0.82 0.10 0.00
129_P 66_I 0.82 0.10 0.00
184_F 235_L 0.82 0.10 0.00
193_L 17_G 0.82 0.10 0.00
105_I 74_A 0.82 0.10 0.00
221_A 12_L 0.82 0.10 0.00
109_Y 140_V 0.82 0.10 0.00
68_K 268_S 0.82 0.10 0.00
137_S 36_E 0.82 0.10 0.00
105_I 48_E 0.82 0.10 0.00
199_P 317_L 0.82 0.10 0.00
196_A 108_G 0.81 0.10 0.00
141_E 122_E 0.81 0.10 0.00
28_D 233_P 0.81 0.10 0.00
41_L 349_L 0.81 0.10 0.00
86_M 271_R 0.81 0.10 0.00
150_S 238_P 0.81 0.10 0.00
38_G 156_F 0.81 0.10 0.00
106_Y 129_T 0.81 0.10 0.00
174_L 206_S 0.81 0.10 0.00
102_V 218_I 0.81 0.10 0.00
157_T 70_R 0.81 0.10 0.00
100_I 343_Q 0.81 0.10 0.00
196_A 205_I 0.81 0.10 0.00
136_H 256_M 0.80 0.10 0.00
106_Y 128_Y 0.80 0.10 0.00
14_L 50_A 0.80 0.10 0.00
209_T 348_V 0.80 0.10 0.00
165_K 78_E 0.80 0.10 0.00
170_P 300_G 0.80 0.10 0.00
86_M 270_A 0.80 0.10 0.00
84_S 109_I 0.80 0.10 0.00
188_T 51_V 0.80 0.10 0.00
109_Y 270_A 0.80 0.10 0.00
166_A 320_G 0.80 0.10 0.00
154_L 14_D 0.80 0.10 0.00
67_H 270_A 0.80 0.10 0.00
61_D 349_L 0.80 0.10 0.00
135_V 129_T 0.79 0.10 0.00
30_V 45_A 0.79 0.10 0.00
224_T 143_T 0.79 0.10 0.00
74_M 156_F 0.79 0.10 0.00
66_R 237_L 0.79 0.10 0.00
80_M 347_T 0.79 0.10 0.00
80_M 64_E 0.79 0.10 0.00
128_A 184_I 0.79 0.10 0.00
181_D 293_L 0.79 0.10 0.00
225_A 33_A 0.79 0.10 0.00
110_R 184_I 0.79 0.10 0.00
11_L 224_Q 0.79 0.10 0.00
61_D 252_T 0.79 0.10 0.00
114_L 124_V 0.79 0.09 0.00
74_M 144_T 0.79 0.09 0.00
221_A 248_I 0.79 0.09 0.00
23_A 201_A 0.79 0.09 0.00
24_E 84_G 0.78 0.09 0.00
215_G 6_R 0.78 0.09 0.00
50_R 227_E 0.78 0.09 0.00
165_K 303_V 0.78 0.09 0.00
167_I 57_S 0.78 0.09 0.00
97_F 55_M 0.78 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0396 seconds.