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OPENSEQ.org
TfuA-YcaO
Genes: A B A+B
Length: 216 394 600
Sequences: 249 1140 217
Seq/Len: 1.15 2.89 0.36
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.36
2 0.00 0.02 0.35
5 0.01 0.02 0.36
10 0.01 0.03 0.36
20 0.01 0.03 0.36
100 0.01 0.03 0.36
∞ 0.06 0.06 0.38
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
111_S 40_E 2.10 0.82 0.18
131_L 40_E 1.59 0.53 0.05
17_T 221_K 1.52 0.48 0.04
49_I 136_T 1.49 0.46 0.04
131_L 282_S 1.37 0.38 0.03
209_I 26_F 1.35 0.36 0.02
27_Y 242_T 1.35 0.36 0.02
138_L 107_C 1.34 0.36 0.02
109_I 41_I 1.33 0.35 0.02
122_E 135_L 1.29 0.33 0.02
199_R 240_V 1.28 0.32 0.02
62_H 148_V 1.27 0.31 0.02
134_I 21_E 1.26 0.31 0.02
69_I 352_L 1.26 0.31 0.02
15_S 184_M 1.25 0.30 0.02
108_E 205_V 1.23 0.29 0.02
170_R 205_V 1.21 0.28 0.01
68_A 174_A 1.20 0.27 0.01
62_H 162_F 1.19 0.27 0.01
89_L 89_Y 1.18 0.26 0.01
109_I 28_D 1.17 0.25 0.01
208_H 166_T 1.16 0.25 0.01
80_S 293_D 1.15 0.24 0.01
117_V 232_V 1.15 0.24 0.01
109_I 148_V 1.14 0.24 0.01
59_A 51_V 1.13 0.24 0.01
59_A 288_H 1.13 0.23 0.01
92_L 58_T 1.13 0.23 0.01
28_R 344_L 1.13 0.23 0.01
80_S 291_R 1.12 0.23 0.01
58_P 264_T 1.12 0.23 0.01
59_A 147_A 1.12 0.23 0.01
101_F 205_V 1.12 0.23 0.01
189_F 264_T 1.12 0.23 0.01
97_V 187_I 1.11 0.23 0.01
62_H 56_R 1.10 0.22 0.01
185_S 210_T 1.09 0.22 0.01
132_V 226_G 1.09 0.22 0.01
147_I 49_I 1.09 0.21 0.01
27_Y 89_Y 1.08 0.21 0.01
130_S 258_L 1.08 0.21 0.01
135_E 39_T 1.08 0.21 0.01
164_Y 249_D 1.07 0.21 0.01
66_I 35_V 1.07 0.20 0.01
173_L 373_V 1.06 0.20 0.01
113_D 270_I 1.06 0.20 0.01
134_I 166_T 1.06 0.20 0.01
168_N 78_R 1.06 0.20 0.01
139_K 327_D 1.06 0.20 0.01
132_V 30_L 1.05 0.20 0.01
141_A 41_I 1.05 0.20 0.01
79_A 65_S 1.04 0.19 0.01
205_V 38_I 1.04 0.19 0.01
128_S 237_D 1.04 0.19 0.01
139_K 141_V 1.03 0.19 0.01
131_L 343_T 1.02 0.19 0.01
160_R 142_P 1.02 0.18 0.01
63_R 65_S 1.02 0.18 0.01
6_I 227_V 1.02 0.18 0.01
124_L 240_V 1.01 0.18 0.01
117_V 68_A 1.01 0.18 0.01
58_P 64_V 1.00 0.17 0.01
174_H 143_V 1.00 0.17 0.01
95_V 270_I 0.99 0.17 0.01
59_A 55_I 0.99 0.17 0.01
78_G 35_V 0.99 0.17 0.01
104_Y 147_A 0.99 0.17 0.01
60_V 56_R 0.99 0.17 0.01
92_L 83_M 0.98 0.17 0.01
69_I 182_G 0.98 0.17 0.01
63_R 68_A 0.98 0.17 0.01
133_S 147_A 0.97 0.16 0.01
89_L 280_A 0.97 0.16 0.01
184_E 26_F 0.97 0.16 0.01
114_D 39_T 0.97 0.16 0.01
206_I 47_I 0.96 0.16 0.01
89_L 90_S 0.96 0.16 0.01
198_K 87_E 0.95 0.16 0.01
198_K 188_E 0.95 0.16 0.01
60_V 92_E 0.95 0.16 0.01
95_V 367_P 0.95 0.15 0.01
173_L 327_D 0.95 0.15 0.01
146_V 130_I 0.94 0.15 0.01
169_Y 294_T 0.94 0.15 0.01
134_I 378_V 0.94 0.15 0.01
63_R 288_H 0.94 0.15 0.01
63_R 58_T 0.94 0.15 0.01
18_E 227_V 0.94 0.15 0.01
160_R 336_F 0.94 0.15 0.01
131_L 180_F 0.93 0.15 0.01
50_I 130_I 0.93 0.15 0.01
133_S 357_Y 0.93 0.15 0.01
134_I 40_E 0.93 0.15 0.01
63_R 169_L 0.93 0.15 0.01
84_L 106_D 0.93 0.15 0.01
133_S 316_F 0.93 0.15 0.01
37_Q 116_I 0.93 0.15 0.01
100_I 226_G 0.93 0.15 0.01
168_N 20_S 0.92 0.15 0.01
161_N 241_A 0.92 0.14 0.01
202_A 39_T 0.92 0.14 0.01
32_R 366_V 0.92 0.14 0.01
212_L 182_G 0.92 0.14 0.01
184_E 357_Y 0.92 0.14 0.01
134_I 393_S 0.92 0.14 0.01
160_R 40_E 0.92 0.14 0.01
157_N 327_D 0.91 0.14 0.01
100_I 109_G 0.91 0.14 0.01
155_L 323_I 0.91 0.14 0.01
166_L 350_A 0.91 0.14 0.01
127_L 47_I 0.91 0.14 0.01
62_H 212_N 0.91 0.14 0.01
73_V 180_F 0.91 0.14 0.01
79_A 73_T 0.91 0.14 0.01
114_D 243_V 0.91 0.14 0.01
164_Y 272_V 0.91 0.14 0.01
148_R 124_K 0.91 0.14 0.01
151_D 272_V 0.91 0.14 0.01
95_V 43_H 0.90 0.14 0.01
180_D 182_G 0.90 0.14 0.01
115_V 291_R 0.90 0.14 0.01
61_G 233_D 0.90 0.14 0.01
89_L 56_R 0.90 0.14 0.01
209_I 165_N 0.90 0.14 0.00
36_I 228_E 0.90 0.14 0.00
206_I 364_V 0.90 0.14 0.00
25_A 166_T 0.90 0.14 0.00
109_I 358_V 0.89 0.14 0.00
194_G 325_L 0.89 0.14 0.00
198_K 291_R 0.89 0.14 0.00
176_S 132_A 0.89 0.14 0.00
164_Y 40_E 0.89 0.14 0.00
9_F 71_G 0.89 0.14 0.00
13_S 245_A 0.89 0.14 0.00
207_R 55_I 0.89 0.14 0.00
105_L 197_A 0.89 0.13 0.00
106_E 27_R 0.89 0.13 0.00
116_A 106_D 0.88 0.13 0.00
163_F 361_T 0.88 0.13 0.00
119_F 243_V 0.88 0.13 0.00
44_P 249_D 0.88 0.13 0.00
122_E 67_Y 0.88 0.13 0.00
118_A 276_L 0.88 0.13 0.00
109_I 82_M 0.88 0.13 0.00
73_V 78_R 0.88 0.13 0.00
110_E 143_V 0.88 0.13 0.00
192_S 187_I 0.88 0.13 0.00
202_A 129_W 0.88 0.13 0.00
7_I 165_N 0.87 0.13 0.00
104_Y 290_T 0.87 0.13 0.00
154_K 240_V 0.87 0.13 0.00
53_V 183_L 0.87 0.13 0.00
164_Y 250_T 0.87 0.13 0.00
143_R 226_G 0.87 0.13 0.00
148_R 182_G 0.87 0.13 0.00
184_E 31_S 0.87 0.13 0.00
6_I 167_N 0.87 0.13 0.00
8_I 30_L 0.87 0.13 0.00
57_S 285_T 0.87 0.13 0.00
59_A 56_R 0.87 0.13 0.00
97_V 190_D 0.87 0.13 0.00
6_I 65_S 0.86 0.13 0.00
69_I 392_S 0.86 0.13 0.00
135_E 215_I 0.86 0.13 0.00
141_A 375_G 0.86 0.13 0.00
176_S 143_V 0.86 0.13 0.00
119_F 368_V 0.86 0.13 0.00
59_A 76_Q 0.86 0.13 0.00
39_A 219_L 0.86 0.13 0.00
100_I 363_D 0.86 0.13 0.00
28_R 217_G 0.86 0.12 0.00
100_I 381_V 0.86 0.12 0.00
167_R 283_R 0.86 0.12 0.00
176_S 51_V 0.86 0.12 0.00
105_L 290_T 0.86 0.12 0.00
21_S 220_E 0.86 0.12 0.00
10_T 166_T 0.86 0.12 0.00
100_I 31_S 0.86 0.12 0.00
117_V 245_A 0.86 0.12 0.00
166_L 338_G 0.86 0.12 0.00
14_L 332_S 0.86 0.12 0.00
126_P 126_E 0.85 0.12 0.00
13_S 310_R 0.85 0.12 0.00
205_V 182_G 0.85 0.12 0.00
14_L 213_D 0.85 0.12 0.00
26_E 242_T 0.85 0.12 0.00
107_G 177_E 0.85 0.12 0.00
126_P 356_F 0.85 0.12 0.00
126_P 211_D 0.85 0.12 0.00
6_I 13_T 0.85 0.12 0.00
89_L 232_V 0.85 0.12 0.00
101_F 227_V 0.84 0.12 0.00
91_D 64_V 0.84 0.12 0.00
28_R 94_K 0.84 0.12 0.00
73_V 298_E 0.84 0.12 0.00
12_P 376_L 0.84 0.12 0.00
55_H 195_F 0.84 0.12 0.00
181_D 139_E 0.84 0.12 0.00
78_G 152_Y 0.84 0.12 0.00
65_I 356_F 0.84 0.12 0.00
76_V 124_K 0.84 0.12 0.00
107_G 245_A 0.83 0.12 0.00
163_F 40_E 0.83 0.12 0.00
166_L 29_K 0.83 0.12 0.00
78_G 59_A 0.83 0.12 0.00
9_F 109_G 0.83 0.12 0.00
196_D 282_S 0.83 0.12 0.00
62_H 35_V 0.83 0.12 0.00
113_D 232_V 0.83 0.12 0.00
113_D 89_Y 0.83 0.12 0.00
130_S 259_T 0.83 0.12 0.00
168_N 217_G 0.82 0.12 0.00
166_L 262_V 0.82 0.12 0.00
26_E 103_Q 0.82 0.11 0.00
81_M 291_R 0.82 0.11 0.00
35_D 277_T 0.82 0.11 0.00
50_I 80_S 0.82 0.11 0.00
100_I 373_V 0.82 0.11 0.00
104_Y 108_D 0.82 0.11 0.00
141_A 13_T 0.82 0.11 0.00
31_V 284_A 0.82 0.11 0.00
128_S 335_S 0.82 0.11 0.00
213_A 370_R 0.82 0.11 0.00
47_I 379_F 0.82 0.11 0.00
97_V 49_I 0.82 0.11 0.00
119_F 292_E 0.81 0.11 0.00
9_F 42_T 0.81 0.11 0.00
38_E 208_S 0.81 0.11 0.00
207_R 226_G 0.81 0.11 0.00
164_Y 53_S 0.81 0.11 0.00
55_H 232_V 0.81 0.11 0.00
17_T 187_I 0.81 0.11 0.00
49_I 321_D 0.81 0.11 0.00
79_A 18_R 0.81 0.11 0.00
28_R 179_I 0.81 0.11 0.00
81_M 285_T 0.81 0.11 0.00
33_R 52_F 0.81 0.11 0.00
200_E 85_A 0.81 0.11 0.00
171_R 132_A 0.81 0.11 0.00
100_I 166_T 0.81 0.11 0.00
164_Y 362_R 0.81 0.11 0.00
127_L 218_L 0.81 0.11 0.00
138_L 181_H 0.81 0.11 0.00
168_N 231_L 0.81 0.11 0.00
158_T 59_A 0.81 0.11 0.00
13_S 260_M 0.81 0.11 0.00
69_I 21_E 0.81 0.11 0.00
80_S 87_E 0.81 0.11 0.00
80_S 188_E 0.81 0.11 0.00
16_H 205_V 0.81 0.11 0.00
155_L 137_G 0.81 0.11 0.00
79_A 266_L 0.81 0.11 0.00
36_I 230_T 0.81 0.11 0.00
97_V 319_P 0.80 0.11 0.00
45_D 249_D 0.80 0.11 0.00
182_V 343_T 0.80 0.11 0.00
198_K 281_Q 0.80 0.11 0.00
154_K 205_V 0.80 0.11 0.00
8_I 317_S 0.80 0.11 0.00
129_D 361_T 0.80 0.11 0.00
65_I 280_A 0.80 0.11 0.00
8_I 164_S 0.80 0.11 0.00
54_F 358_V 0.79 0.11 0.00
209_I 276_L 0.79 0.11 0.00
117_V 112_P 0.79 0.11 0.00
91_D 31_S 0.79 0.11 0.00
114_D 367_P 0.79 0.10 0.00
193_E 347_L 0.79 0.10 0.00
188_S 124_K 0.79 0.10 0.00
68_A 42_T 0.79 0.10 0.00
100_I 194_L 0.79 0.10 0.00
70_R 124_K 0.79 0.10 0.00
123_T 340_L 0.79 0.10 0.00
157_N 329_E 0.79 0.10 0.00
189_F 234_L 0.79 0.10 0.00
119_F 151_P 0.79 0.10 0.00
127_L 209_G 0.79 0.10 0.00
59_A 366_V 0.79 0.10 0.00
100_I 344_L 0.78 0.10 0.00
190_L 259_T 0.78 0.10 0.00
26_E 166_T 0.78 0.10 0.00
135_E 89_Y 0.78 0.10 0.00
59_A 370_R 0.78 0.10 0.00
160_R 167_N 0.78 0.10 0.00
43_N 238_T 0.78 0.10 0.00
209_I 38_I 0.78 0.10 0.00
79_A 292_E 0.78 0.10 0.00
59_A 65_S 0.78 0.10 0.00
137_N 115_L 0.78 0.10 0.00
152_F 82_M 0.78 0.10 0.00
159_A 355_V 0.78 0.10 0.00
135_E 357_Y 0.78 0.10 0.00
169_Y 162_F 0.78 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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