May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_N_H_Ecoli
Genes: A B A+B
Length: 485 325 794
Sequences: 783 4760 687
Seq/Len: 1.61 14.65 0.87
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.07
10 0.00 0.01 0.78
20 0.00 0.01 0.78
100 0.00 0.02 0.79
∞ 0.01 0.05 0.85
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
281_I 149_A 1.52 0.74 0.01
175_A 38_R 1.42 0.67 0.01
328_V 285_I 1.31 0.58 0.01
280_S 219_Q 1.22 0.50 0.01
124_H 235_G 1.21 0.49 0.01
383_L 217_A 1.20 0.48 0.01
219_S 158_V 1.19 0.47 0.01
144_G 221_L 1.14 0.43 0.00
444_A 136_S 1.13 0.41 0.00
172_F 93_S 1.12 0.41 0.00
130_L 95_L 1.12 0.41 0.00
381_L 79_D 1.11 0.40 0.00
162_L 120_L 1.11 0.40 0.00
359_L 304_I 1.11 0.40 0.00
232_Q 256_F 1.11 0.40 0.00
218_L 122_M 1.10 0.40 0.00
132_I 180_V 1.10 0.39 0.00
383_L 89_I 1.10 0.39 0.00
243_A 172_G 1.09 0.39 0.00
69_V 136_S 1.09 0.39 0.00
47_A 12_L 1.09 0.38 0.00
168_S 163_S 1.08 0.38 0.00
368_H 304_I 1.08 0.38 0.00
144_G 203_G 1.08 0.38 0.00
84_S 16_L 1.08 0.38 0.00
243_A 54_W 1.07 0.37 0.00
323_M 41_G 1.07 0.36 0.00
421_G 193_F 1.06 0.36 0.00
285_N 231_G 1.06 0.36 0.00
138_P 169_A 1.05 0.35 0.00
310_L 54_W 1.05 0.35 0.00
337_S 236_L 1.05 0.35 0.00
312_A 239_V 1.05 0.35 0.00
183_D 149_A 1.05 0.35 0.00
181_S 116_I 1.04 0.35 0.00
338_L 34_F 1.04 0.34 0.00
220_L 283_I 1.03 0.34 0.00
375_V 313_L 1.03 0.34 0.00
137_L 192_Q 1.03 0.33 0.00
308_Y 316_T 1.03 0.33 0.00
328_V 225_Y 1.02 0.33 0.00
119_L 198_T 1.02 0.32 0.00
119_L 26_V 1.02 0.32 0.00
147_F 139_N 1.01 0.32 0.00
304_S 306_L 1.01 0.32 0.00
219_S 199_F 1.01 0.32 0.00
242_L 159_F 1.01 0.32 0.00
184_L 235_G 1.01 0.32 0.00
143_V 231_G 1.01 0.32 0.00
258_F 246_V 1.01 0.32 0.00
315_A 133_A 1.00 0.31 0.00
179_A 240_G 1.00 0.31 0.00
313_L 85_L 0.99 0.31 0.00
195_D 85_L 0.99 0.30 0.00
111_I 272_A 0.99 0.30 0.00
330_L 65_I 0.99 0.30 0.00
372_L 85_L 0.99 0.30 0.00
380_M 171_A 0.99 0.30 0.00
161_I 251_L 0.98 0.30 0.00
411_V 160_L 0.98 0.30 0.00
160_T 119_F 0.98 0.29 0.00
169_F 182_S 0.98 0.29 0.00
179_A 38_R 0.98 0.29 0.00
281_I 310_L 0.98 0.29 0.00
163_S 129_A 0.97 0.29 0.00
169_F 149_A 0.97 0.29 0.00
338_L 88_M 0.97 0.29 0.00
399_L 227_I 0.96 0.28 0.00
396_F 267_P 0.96 0.28 0.00
378_V 133_A 0.96 0.28 0.00
90_F 221_L 0.96 0.28 0.00
242_L 64_M 0.96 0.28 0.00
139_L 294_Y 0.96 0.28 0.00
299_G 150_S 0.96 0.28 0.00
305_H 225_Y 0.96 0.28 0.00
277_A 57_S 0.95 0.28 0.00
428_V 254_T 0.95 0.27 0.00
112_A 141_Y 0.95 0.27 0.00
135_I 204_V 0.95 0.27 0.00
294_I 125_L 0.94 0.27 0.00
129_F 131_L 0.94 0.27 0.00
269_I 38_R 0.94 0.27 0.00
131_G 113_N 0.94 0.27 0.00
134_L 292_P 0.94 0.27 0.00
472_Q 173_S 0.94 0.27 0.00
258_F 300_F 0.94 0.26 0.00
128_L 232_M 0.94 0.26 0.00
462_L 189_V 0.93 0.26 0.00
86_A 193_F 0.93 0.26 0.00
444_A 197_I 0.93 0.26 0.00
332_G 39_L 0.93 0.26 0.00
423_Y 246_V 0.93 0.26 0.00
241_F 154_L 0.93 0.26 0.00
139_L 69_F 0.92 0.26 0.00
139_L 160_L 0.92 0.25 0.00
373_A 197_I 0.92 0.25 0.00
362_Y 130_V 0.92 0.25 0.00
23_V 41_G 0.92 0.25 0.00
169_F 200_A 0.92 0.25 0.00
411_V 195_G 0.92 0.25 0.00
156_S 231_G 0.92 0.25 0.00
397_Y 316_T 0.91 0.25 0.00
157_I 166_G 0.91 0.25 0.00
165_A 233_K 0.91 0.25 0.00
276_I 93_S 0.91 0.25 0.00
258_F 173_S 0.91 0.25 0.00
215_G 136_S 0.91 0.24 0.00
256_R 113_N 0.91 0.24 0.00
201_P 240_G 0.90 0.24 0.00
22_V 269_I 0.90 0.24 0.00
455_I 318_A 0.90 0.24 0.00
464_V 198_T 0.90 0.24 0.00
234_A 288_S 0.90 0.24 0.00
342_G 146_A 0.90 0.24 0.00
471_P 44_Q 0.90 0.24 0.00
397_Y 192_Q 0.90 0.24 0.00
163_S 222_A 0.90 0.24 0.00
135_I 215_P 0.90 0.24 0.00
365_L 196_F 0.90 0.24 0.00
174_M 68_F 0.89 0.23 0.00
405_A 166_G 0.89 0.23 0.00
203_L 309_T 0.89 0.23 0.00
297_L 109_V 0.89 0.23 0.00
161_I 104_S 0.89 0.23 0.00
353_G 96_L 0.89 0.23 0.00
303_I 150_S 0.89 0.23 0.00
147_F 120_L 0.88 0.23 0.00
116_G 143_L 0.88 0.23 0.00
357_D 171_A 0.88 0.23 0.00
460_S 315_V 0.88 0.23 0.00
44_G 133_A 0.88 0.23 0.00
467_L 58_L 0.88 0.23 0.00
281_I 253_V 0.88 0.23 0.00
209_L 173_S 0.88 0.22 0.00
422_L 98_F 0.87 0.22 0.00
459_I 201_I 0.87 0.22 0.00
314_I 15_V 0.87 0.22 0.00
278_F 18_A 0.87 0.22 0.00
454_G 201_I 0.87 0.22 0.00
386_I 232_M 0.87 0.22 0.00
409_W 147_M 0.87 0.22 0.00
211_I 11_I 0.87 0.22 0.00
177_V 78_S 0.87 0.22 0.00
111_I 82_I 0.87 0.22 0.00
413_A 200_A 0.86 0.22 0.00
132_I 33_S 0.86 0.22 0.00
88_C 85_L 0.86 0.22 0.00
186_F 250_A 0.86 0.22 0.00
88_C 310_L 0.86 0.21 0.00
163_S 284_L 0.86 0.21 0.00
430_V 162_L 0.86 0.21 0.00
332_G 240_G 0.86 0.21 0.00
343_V 225_Y 0.86 0.21 0.00
213_G 80_R 0.86 0.21 0.00
139_L 128_Y 0.85 0.21 0.00
363_R 22_L 0.85 0.21 0.00
404_Q 319_V 0.85 0.21 0.00
105_F 133_A 0.85 0.21 0.00
196_G 131_L 0.85 0.21 0.00
221_V 79_D 0.85 0.21 0.00
376_M 67_M 0.85 0.21 0.00
325_A 164_L 0.85 0.21 0.00
168_S 231_G 0.85 0.21 0.00
390_L 120_L 0.85 0.21 0.00
167_S 82_I 0.85 0.21 0.00
82_L 23_L 0.85 0.21 0.00
57_Q 12_L 0.85 0.21 0.00
286_L 166_G 0.85 0.21 0.00
199_N 85_L 0.85 0.21 0.00
161_I 289_L 0.84 0.20 0.00
463_L 203_G 0.84 0.20 0.00
457_V 112_L 0.84 0.20 0.00
236_A 93_S 0.84 0.20 0.00
313_L 83_F 0.84 0.20 0.00
273_L 31_F 0.84 0.20 0.00
457_V 269_I 0.84 0.20 0.00
131_G 34_F 0.84 0.20 0.00
160_T 245_I 0.84 0.20 0.00
140_F 129_A 0.84 0.20 0.00
293_N 99_A 0.84 0.20 0.00
108_L 89_I 0.84 0.20 0.00
289_L 41_G 0.84 0.20 0.00
428_V 107_W 0.84 0.20 0.00
229_D 48_G 0.84 0.20 0.00
164_A 188_N 0.83 0.20 0.00
305_H 319_V 0.83 0.20 0.00
160_T 169_A 0.83 0.20 0.00
416_V 74_I 0.83 0.20 0.00
219_S 160_L 0.83 0.20 0.00
251_F 65_I 0.83 0.20 0.00
360_F 111_D 0.83 0.20 0.00
166_A 41_G 0.83 0.20 0.00
383_L 283_I 0.83 0.20 0.00
454_G 277_F 0.83 0.20 0.00
227_T 158_V 0.83 0.20 0.00
344_V 287_A 0.83 0.20 0.00
124_H 146_A 0.83 0.20 0.00
250_I 202_A 0.83 0.20 0.00
308_Y 145_G 0.83 0.20 0.00
470_W 234_F 0.83 0.20 0.00
306_L 104_S 0.83 0.20 0.00
106_Y 58_L 0.83 0.20 0.00
230_V 198_T 0.83 0.19 0.00
346_L 86_A 0.82 0.19 0.00
176_L 240_G 0.82 0.19 0.00
224_H 248_I 0.82 0.19 0.00
242_L 231_G 0.82 0.19 0.00
310_L 69_F 0.82 0.19 0.00
184_L 41_G 0.82 0.19 0.00
267_E 78_S 0.82 0.19 0.00
139_L 301_G 0.82 0.19 0.00
153_L 219_Q 0.82 0.19 0.00
212_V 226_H 0.82 0.19 0.00
241_F 34_F 0.82 0.19 0.00
368_H 85_L 0.82 0.19 0.00
177_V 197_I 0.82 0.19 0.00
46_N 74_I 0.82 0.19 0.00
434_L 114_I 0.82 0.19 0.00
335_F 19_V 0.82 0.19 0.00
79_L 149_A 0.82 0.19 0.00
374_A 270_W 0.82 0.19 0.00
164_A 253_V 0.81 0.19 0.00
199_N 281_M 0.81 0.19 0.00
227_T 236_L 0.81 0.19 0.00
220_L 239_V 0.81 0.19 0.00
299_G 240_G 0.81 0.19 0.00
114_L 275_T 0.81 0.19 0.00
280_S 101_V 0.81 0.19 0.00
406_H 15_V 0.81 0.19 0.00
135_I 318_A 0.81 0.18 0.00
314_I 250_A 0.81 0.18 0.00
112_A 146_A 0.81 0.18 0.00
167_S 210_H 0.81 0.18 0.00
251_F 149_A 0.81 0.18 0.00
315_A 34_F 0.81 0.18 0.00
143_V 221_L 0.81 0.18 0.00
318_T 147_M 0.81 0.18 0.00
212_V 278_F 0.80 0.18 0.00
309_L 226_H 0.80 0.18 0.00
286_L 100_I 0.80 0.18 0.00
420_I 80_R 0.80 0.18 0.00
403_V 164_L 0.80 0.18 0.00
221_V 315_V 0.80 0.18 0.00
123_N 313_L 0.80 0.18 0.00
297_L 240_G 0.80 0.18 0.00
125_L 251_L 0.80 0.18 0.00
408_W 73_W 0.80 0.18 0.00
219_S 68_F 0.80 0.18 0.00
360_F 165_M 0.80 0.18 0.00
302_S 41_G 0.80 0.18 0.00
297_L 177_T 0.80 0.18 0.00
388_M 165_M 0.80 0.18 0.00
404_Q 321_L 0.80 0.18 0.00
418_S 285_I 0.80 0.18 0.00
18_G 88_M 0.80 0.18 0.00
334_L 12_L 0.79 0.18 0.00
353_G 33_S 0.79 0.18 0.00
433_Y 41_G 0.79 0.17 0.00
209_L 215_P 0.79 0.17 0.00
54_F 16_L 0.79 0.17 0.00
403_V 245_I 0.79 0.17 0.00
251_F 313_L 0.79 0.17 0.00
360_F 273_L 0.79 0.17 0.00
211_I 140_K 0.79 0.17 0.00
129_F 162_L 0.79 0.17 0.00
142_L 288_S 0.79 0.17 0.00
172_F 174_F 0.79 0.17 0.00
394_G 162_L 0.79 0.17 0.00
338_L 186_V 0.79 0.17 0.00
206_G 128_Y 0.79 0.17 0.00
134_L 34_F 0.79 0.17 0.00
246_S 33_S 0.78 0.17 0.00
112_A 197_I 0.78 0.17 0.00
40_L 173_S 0.78 0.17 0.00
37_N 54_W 0.78 0.17 0.00
111_I 165_M 0.78 0.17 0.00
163_S 208_H 0.78 0.17 0.00
125_L 248_I 0.78 0.17 0.00
172_F 38_R 0.78 0.17 0.00
171_L 153_T 0.78 0.17 0.00
330_L 199_F 0.78 0.17 0.00
374_A 264_L 0.78 0.17 0.00
415_V 17_K 0.78 0.17 0.00
212_V 132_F 0.78 0.17 0.00
428_V 182_S 0.78 0.17 0.00
145_Y 197_I 0.78 0.17 0.00
126_A 13_L 0.78 0.17 0.00
227_T 306_L 0.78 0.17 0.00
297_L 60_L 0.78 0.17 0.00
297_L 67_M 0.78 0.17 0.00
415_V 144_L 0.78 0.17 0.00
61_M 101_V 0.78 0.17 0.00
67_M 197_I 0.78 0.17 0.00
334_L 32_M 0.78 0.17 0.00
381_L 300_F 0.78 0.17 0.00
232_Q 315_V 0.78 0.17 0.00
168_S 202_A 0.78 0.17 0.00
368_H 92_T 0.78 0.17 0.00
218_L 225_Y 0.78 0.17 0.00
374_A 79_D 0.78 0.17 0.00
313_L 74_I 0.78 0.17 0.00
238_V 85_L 0.78 0.17 0.00
241_F 142_S 0.78 0.17 0.00
446_S 101_V 0.78 0.17 0.00
251_F 130_V 0.78 0.17 0.00
186_F 158_V 0.78 0.17 0.00
452_A 197_I 0.78 0.17 0.00
271_V 173_S 0.77 0.17 0.00
53_W 315_V 0.77 0.17 0.00
394_G 92_T 0.77 0.17 0.00
352_R 82_I 0.77 0.17 0.00
218_L 171_A 0.77 0.17 0.00
103_D 93_S 0.77 0.17 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0399 seconds.