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OPENSEQ.org
TfuA-YcaO
Genes: A B A+B
Length: 218 452 614
Sequences: 248 1009 211
Seq/Len: 1.14 2.23 0.34
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.31
2 0.00 0.01 0.31
5 0.01 0.02 0.31
10 0.01 0.03 0.31
20 0.01 0.03 0.31
100 0.01 0.03 0.32
∞ 0.06 0.06 0.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
111_A 42_D 2.16 0.84 0.27
131_M 42_D 1.61 0.53 0.07
49_V 143_I 1.42 0.39 0.04
14_D 251_R 1.40 0.38 0.04
69_L 387_I 1.38 0.37 0.03
109_L 43_I 1.38 0.37 0.03
12_E 190_C 1.38 0.37 0.03
134_I 23_E 1.37 0.36 0.03
131_M 312_S 1.35 0.35 0.03
122_E 142_L 1.35 0.35 0.03
101_Y 236_I 1.34 0.34 0.03
62_P 155_A 1.33 0.34 0.03
211_L 28_I 1.33 0.34 0.03
68_A 180_S 1.30 0.32 0.03
25_F 272_S 1.30 0.32 0.03
100_I 256_N 1.29 0.31 0.02
58_M 294_T 1.25 0.29 0.02
132_V 256_N 1.24 0.29 0.02
59_S 318_Q 1.24 0.28 0.02
138_V 108_R 1.21 0.27 0.02
117_I 262_K 1.20 0.26 0.02
201_R 270_I 1.20 0.26 0.02
135_R 41_A 1.18 0.25 0.02
79_S 66_S 1.17 0.25 0.02
62_P 58_V 1.17 0.24 0.01
109_L 30_P 1.16 0.24 0.01
62_P 168_P 1.14 0.23 0.01
92_Y 60_K 1.14 0.23 0.01
192_L 294_T 1.13 0.23 0.01
141_L 43_I 1.13 0.23 0.01
89_L 90_F 1.12 0.22 0.01
132_V 32_L 1.12 0.22 0.01
170_S 236_I 1.12 0.22 0.01
59_S 77_D 1.12 0.22 0.01
174_L 150_V 1.12 0.22 0.01
63_K 66_S 1.12 0.22 0.01
59_S 53_V 1.11 0.21 0.01
164_F 279_E 1.11 0.21 0.01
129_V 398_K 1.11 0.21 0.01
147_I 51_I 1.10 0.21 0.01
66_L 37_V 1.10 0.21 0.01
108_A 236_I 1.10 0.21 0.01
208_A 400_L 1.09 0.21 0.01
80_S 323_D 1.08 0.20 0.01
130_P 288_S 1.08 0.20 0.01
101_Y 257_L 1.07 0.20 0.01
63_K 60_K 1.06 0.20 0.01
128_C 267_H 1.06 0.19 0.01
3_T 257_L 1.05 0.19 0.01
113_D 300_V 1.05 0.19 0.01
173_R 409_V 1.05 0.19 0.01
26_R 379_I 1.05 0.19 0.01
26_R 185_T 1.05 0.19 0.01
161_G 271_P 1.04 0.18 0.01
188_E 241_L 1.04 0.18 0.01
207_L 40_V 1.04 0.18 0.01
139_E 362_S 1.03 0.18 0.01
80_S 321_R 1.03 0.18 0.01
210_R 172_T 1.03 0.18 0.01
25_F 90_F 1.03 0.18 0.01
134_I 172_T 1.03 0.18 0.01
78_S 37_V 1.02 0.18 0.01
134_I 414_S 1.02 0.18 0.01
124_L 270_I 1.02 0.18 0.01
160_K 42_D 1.02 0.17 0.01
59_S 154_L 1.01 0.17 0.01
68_A 44_T 1.01 0.17 0.01
131_M 186_C 1.00 0.17 0.01
63_K 69_N 1.00 0.17 0.01
92_Y 84_M 1.00 0.17 0.01
168_S 79_K 1.00 0.17 0.01
89_L 310_A 1.00 0.17 0.01
130_P 163_E 1.00 0.17 0.01
79_S 74_S 1.00 0.17 0.01
69_L 188_A 1.00 0.17 0.01
100_I 269_G 1.00 0.17 0.01
160_K 149_A 1.00 0.17 0.01
104_Y 154_L 1.00 0.17 0.01
187_T 33_R 1.00 0.17 0.01
84_L 107_L 0.99 0.17 0.01
76_F 131_H 0.99 0.17 0.01
131_M 378_M 0.99 0.17 0.01
135_R 245_H 0.99 0.17 0.01
116_A 107_L 0.99 0.16 0.01
195_G 193_I 0.99 0.16 0.01
114_E 41_A 0.98 0.16 0.01
59_S 57_I 0.98 0.16 0.01
128_C 370_D 0.98 0.16 0.01
187_T 28_I 0.98 0.16 0.01
127_L 248_L 0.97 0.16 0.01
169_H 324_I 0.97 0.16 0.01
133_N 350_A 0.97 0.16 0.01
60_I 58_V 0.97 0.16 0.01
58_M 65_I 0.97 0.16 0.01
155_V 314_V 0.97 0.16 0.01
100_I 114_V 0.97 0.16 0.01
134_I 42_D 0.96 0.16 0.01
7_V 172_T 0.96 0.15 0.01
59_S 58_V 0.96 0.15 0.01
89_L 91_A 0.96 0.15 0.01
139_E 148_I 0.96 0.15 0.01
14_D 193_I 0.96 0.15 0.01
100_I 33_R 0.96 0.15 0.01
164_F 55_N 0.96 0.15 0.01
168_S 22_E 0.96 0.15 0.01
167_R 78_A 0.96 0.15 0.01
148_T 131_H 0.95 0.15 0.01
182_S 188_A 0.95 0.15 0.01
106_S 29_Q 0.95 0.15 0.01
35_D 121_N 0.94 0.15 0.01
209_Q 57_I 0.94 0.15 0.01
129_V 396_S 0.94 0.15 0.01
200_K 88_E 0.94 0.15 0.01
200_K 194_E 0.94 0.15 0.01
137_S 120_I 0.94 0.15 0.01
30_E 402_V 0.94 0.14 0.01
100_I 399_W 0.93 0.14 0.01
60_I 93_W 0.93 0.14 0.01
204_A 41_A 0.93 0.14 0.01
50_V 81_S 0.93 0.14 0.01
10_S 340_R 0.93 0.14 0.01
45_D 279_E 0.92 0.14 0.01
151_E 302_A 0.92 0.14 0.01
95_T 45_G 0.92 0.14 0.01
143_E 256_N 0.92 0.14 0.01
100_I 294_T 0.92 0.14 0.01
164_F 42_D 0.92 0.14 0.01
196_S 360_F 0.92 0.14 0.01
10_S 290_Q 0.91 0.14 0.01
117_I 69_N 0.91 0.14 0.01
146_R 137_V 0.91 0.14 0.01
104_Y 320_M 0.91 0.14 0.01
133_N 392_V 0.91 0.14 0.01
55_L 201_A 0.91 0.14 0.01
4_V 171_T 0.91 0.14 0.01
204_A 136_W 0.91 0.14 0.01
89_L 262_K 0.91 0.14 0.01
11_V 243_A 0.90 0.14 0.01
13_R 236_I 0.90 0.14 0.01
168_S 193_I 0.90 0.14 0.01
18_R 250_E 0.90 0.14 0.01
26_R 95_P 0.90 0.13 0.01
97_V 193_I 0.90 0.13 0.01
89_L 58_V 0.90 0.13 0.01
133_N 154_L 0.90 0.13 0.01
63_K 175_I 0.90 0.13 0.01
73_V 130_D 0.90 0.13 0.01
63_K 318_Q 0.90 0.13 0.01
208_A 135_S 0.90 0.13 0.01
59_S 402_V 0.90 0.13 0.01
164_F 280_D 0.90 0.13 0.01
176_L 150_V 0.90 0.13 0.01
87_A 30_P 0.90 0.13 0.01
44_P 279_E 0.89 0.13 0.01
119_F 404_V 0.89 0.13 0.01
5_I 32_L 0.89 0.13 0.01
95_T 300_V 0.89 0.13 0.01
22_D 188_A 0.89 0.13 0.01
95_T 403_S 0.89 0.13 0.01
33_D 307_S 0.88 0.13 0.01
97_V 196_D 0.88 0.13 0.01
213_D 250_E 0.88 0.13 0.01
32_G 185_T 0.88 0.13 0.01
69_L 23_E 0.88 0.13 0.01
6_F 44_T 0.88 0.13 0.01
79_S 20_T 0.88 0.13 0.01
57_A 315_V 0.88 0.13 0.01
134_I 429_V 0.88 0.13 0.01
6_F 114_V 0.87 0.12 0.01
62_P 37_V 0.87 0.12 0.01
166_E 31_Y 0.87 0.12 0.01
122_E 68_Y 0.87 0.12 0.01
163_Y 42_D 0.86 0.12 0.01
209_Q 256_N 0.86 0.12 0.01
31_R 54_Y 0.86 0.12 0.01
6_F 72_G 0.86 0.12 0.01
139_E 380_R 0.86 0.12 0.01
15_V 257_L 0.86 0.12 0.01
3_T 15_P 0.86 0.12 0.01
144_S 192_L 0.86 0.12 0.01
130_P 329_E 0.86 0.12 0.01
211_L 40_V 0.86 0.12 0.01
129_V 37_V 0.86 0.12 0.01
164_F 15_P 0.86 0.12 0.01
109_L 83_V 0.85 0.12 0.01
50_V 137_V 0.85 0.12 0.00
110_D 150_V 0.85 0.12 0.00
147_I 143_I 0.85 0.12 0.00
108_A 270_I 0.85 0.12 0.00
11_V 367_L 0.85 0.12 0.00
163_Y 396_S 0.85 0.12 0.00
158_T 61_S 0.85 0.12 0.00
47_I 64_L 0.85 0.12 0.00
130_P 289_H 0.85 0.12 0.00
141_L 411_G 0.85 0.12 0.00
10_S 275_C 0.85 0.12 0.00
105_A 320_M 0.85 0.12 0.00
195_G 102_G 0.85 0.12 0.00
118_T 306_L 0.85 0.12 0.00
23_A 54_Y 0.84 0.12 0.00
94_M 313_R 0.84 0.12 0.00
166_E 373_E 0.84 0.12 0.00
34_I 156_G 0.84 0.12 0.00
26_R 247_R 0.84 0.12 0.00
183_Q 146_E 0.84 0.12 0.00
101_Y 252_Y 0.84 0.12 0.00
156_L 411_G 0.84 0.12 0.00
89_L 275_C 0.84 0.11 0.00
166_E 385_T 0.84 0.11 0.00
163_Y 177_S 0.84 0.11 0.00
73_V 79_K 0.84 0.11 0.00
73_V 186_C 0.83 0.11 0.00
79_S 133_P 0.83 0.11 0.00
58_M 157_Y 0.83 0.11 0.00
79_S 190_C 0.83 0.11 0.00
104_Y 112_I 0.83 0.11 0.00
69_L 428_A 0.83 0.11 0.00
91_L 381_N 0.83 0.11 0.00
155_V 358_T 0.83 0.11 0.00
130_P 396_S 0.83 0.11 0.00
154_D 270_I 0.83 0.11 0.00
55_L 262_K 0.83 0.11 0.00
157_N 364_P 0.83 0.11 0.00
7_V 180_S 0.83 0.11 0.00
158_T 86_A 0.83 0.11 0.00
50_V 416_A 0.83 0.11 0.00
95_T 34_R 0.82 0.11 0.00
104_Y 141_E 0.82 0.11 0.00
166_E 292_L 0.82 0.11 0.00
130_P 69_N 0.82 0.11 0.00
209_Q 400_L 0.82 0.11 0.00
115_V 321_R 0.82 0.11 0.00
107_G 183_E 0.82 0.11 0.00
12_E 87_V 0.82 0.11 0.00
113_D 295_H 0.82 0.11 0.00
95_T 143_I 0.82 0.11 0.00
21_P 284_T 0.82 0.11 0.00
109_L 155_A 0.82 0.11 0.00
73_V 328_D 0.82 0.11 0.00
119_F 322_E 0.82 0.11 0.00
14_D 10_V 0.82 0.11 0.00
23_A 172_T 0.82 0.11 0.00
3_T 66_S 0.82 0.11 0.00
159_A 49_I 0.81 0.11 0.00
132_V 143_I 0.81 0.11 0.00
138_V 187_H 0.81 0.11 0.00
110_D 14_G 0.81 0.11 0.00
207_L 298_R 0.81 0.11 0.00
53_K 189_L 0.81 0.11 0.00
195_G 306_L 0.81 0.11 0.00
79_S 296_P 0.81 0.11 0.00
100_I 379_I 0.81 0.11 0.00
132_V 126_K 0.81 0.11 0.00
200_K 321_R 0.81 0.11 0.00
104_Y 162_H 0.81 0.11 0.00
163_Y 165_P 0.81 0.11 0.00
175_A 239_E 0.80 0.10 0.00
91_L 33_R 0.80 0.10 0.00
211_L 306_L 0.80 0.10 0.00
9_P 412_I 0.80 0.10 0.00
113_D 90_F 0.80 0.10 0.00
184_E 378_M 0.80 0.10 0.00
202_A 86_A 0.80 0.10 0.00
119_F 91_A 0.80 0.10 0.00
135_R 243_A 0.80 0.10 0.00
80_S 88_E 0.80 0.10 0.00
80_S 194_E 0.80 0.10 0.00
97_V 51_I 0.80 0.10 0.00
70_A 408_V 0.80 0.10 0.00
168_S 261_L 0.80 0.10 0.00
59_S 95_P 0.80 0.10 0.00
159_A 390_V 0.80 0.10 0.00
30_E 261_L 0.80 0.10 0.00
214_L 188_A 0.80 0.10 0.00
3_T 173_N 0.80 0.10 0.00
117_I 326_L 0.80 0.10 0.00
26_R 423_G 0.80 0.10 0.00
20_L 172_T 0.80 0.10 0.00
100_I 200_M 0.80 0.10 0.00
120_D 61_S 0.79 0.10 0.00
166_E 150_V 0.79 0.10 0.00
38_L 64_L 0.79 0.10 0.00
88_E 44_T 0.79 0.10 0.00
66_L 269_G 0.79 0.10 0.00
178_R 264_I 0.79 0.10 0.00
30_E 253_R 0.79 0.10 0.00
119_F 315_V 0.79 0.10 0.00
191_R 23_E 0.79 0.10 0.00
164_F 397_P 0.79 0.10 0.00
121_P 49_I 0.79 0.10 0.00
187_T 257_L 0.79 0.10 0.00
187_T 392_V 0.79 0.10 0.00
157_N 362_S 0.79 0.10 0.00
49_V 99_D 0.79 0.10 0.00
215_A 73_A 0.79 0.10 0.00
24_D 272_S 0.79 0.10 0.00
160_K 371_V 0.79 0.10 0.00
36_T 251_R 0.79 0.10 0.00
49_V 132_F 0.79 0.10 0.00
119_F 273_F 0.79 0.10 0.00
100_I 409_V 0.79 0.10 0.00
37_L 249_I 0.79 0.10 0.00
117_I 117_P 0.79 0.10 0.00
211_L 171_T 0.79 0.10 0.00
89_L 408_V 0.78 0.10 0.00
79_S 361_Q 0.78 0.10 0.00
114_E 14_G 0.78 0.10 0.00
133_N 41_A 0.78 0.10 0.00
91_L 65_I 0.78 0.10 0.00
176_L 139_G 0.78 0.10 0.00
95_T 390_V 0.78 0.10 0.00
37_L 390_V 0.78 0.10 0.00
56_H 409_V 0.78 0.10 0.00
173_R 362_S 0.78 0.10 0.00
137_S 168_P 0.78 0.10 0.00
36_T 239_E 0.78 0.10 0.00
176_L 318_Q 0.78 0.10 0.00
22_D 155_A 0.78 0.10 0.00
81_M 315_V 0.78 0.10 0.00
54_F 393_V 0.78 0.10 0.00
127_L 49_I 0.77 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3102 0.34 TY-2 Δgene:(1, 2) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.29 Done - Shared
3039 0.34 TfuA-YcaO Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.27 Done - Shared
3037 0.34 TfuA-YcaO Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.27 Done - Shared
3036 0.34 TfuA-YcaO Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.18 Done - Shared
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