May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
fliP-flhA
Genes: A B A+B
Length: 215 335 527
Sequences: 1428 1331 938
Seq/Len: 6.64 3.97 1.78
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.01 0.03
5 0.01 0.01 1.25
10 0.01 0.01 1.50
20 0.02 0.02 1.71
100 0.03 0.03 1.95
∞ 0.07 0.07 2.21
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
161_I 28_I 1.77 0.96 0.82
176_A 41_V 1.28 0.77 0.43
106_A 181_D 1.28 0.76 0.43
68_F 247_T 1.24 0.73 0.39
193_L 291_L 1.24 0.73 0.39
183_P 182_E 1.21 0.70 0.36
39_I 66_S 1.21 0.70 0.36
180_M 192_V 1.19 0.69 0.35
95_E 323_L 1.16 0.66 0.32
15_L 251_I 1.10 0.60 0.27
195_L 283_A 1.10 0.59 0.26
134_A 27_T 1.09 0.59 0.26
50_T 121_F 1.08 0.58 0.25
98_D 50_F 1.08 0.58 0.25
186_T 85_I 1.08 0.57 0.24
164_L 64_L 1.05 0.54 0.22
180_M 147_K 1.05 0.54 0.22
210_A 33_V 1.05 0.54 0.22
74_V 31_F 1.04 0.54 0.22
185_A 217_I 1.04 0.53 0.21
186_T 269_A 1.04 0.53 0.21
18_I 264_T 1.03 0.53 0.21
189_L 254_G 1.02 0.52 0.20
27_I 39_I 1.01 0.50 0.19
173_V 243_A 0.99 0.48 0.18
58_V 32_L 0.99 0.48 0.18
67_T 183_Q 0.99 0.48 0.18
152_A 99_M 0.99 0.48 0.18
149_L 55_S 0.99 0.48 0.18
185_A 64_L 0.99 0.47 0.18
109_L 313_L 0.98 0.47 0.17
22_T 214_V 0.98 0.46 0.17
104_L 51_F 0.97 0.46 0.17
175_M 152_V 0.97 0.46 0.17
175_M 170_A 0.97 0.46 0.17
173_V 328_L 0.97 0.46 0.17
18_I 269_A 0.96 0.45 0.16
199_V 36_L 0.96 0.45 0.16
38_I 222_I 0.96 0.45 0.16
150_K 129_I 0.96 0.44 0.16
143_A 181_D 0.95 0.44 0.16
53_A 127_M 0.95 0.44 0.16
30_M 85_I 0.95 0.44 0.16
203_Q 132_I 0.95 0.43 0.15
193_L 60_V 0.94 0.43 0.15
173_V 193_I 0.94 0.42 0.15
110_R 76_T 0.94 0.42 0.15
165_I 131_V 0.94 0.42 0.15
207_G 112_S 0.93 0.42 0.15
193_L 181_D 0.93 0.41 0.14
177_L 217_I 0.93 0.41 0.14
160_F 139_L 0.92 0.41 0.14
87_S 80_T 0.92 0.40 0.14
180_M 66_S 0.91 0.40 0.13
144_Y 296_T 0.91 0.40 0.13
20_S 81_L 0.91 0.40 0.13
173_V 124_G 0.91 0.39 0.13
77_K 246_Y 0.91 0.39 0.13
70_I 190_Q 0.91 0.39 0.13
52_S 274_R 0.90 0.39 0.13
139_I 139_L 0.89 0.37 0.12
71_M 78_F 0.88 0.36 0.12
159_I 53_A 0.88 0.36 0.12
183_P 145_V 0.88 0.36 0.12
185_A 75_L 0.87 0.35 0.11
89_Q 322_A 0.87 0.35 0.11
177_L 122_V 0.87 0.35 0.11
43_L 182_E 0.87 0.35 0.11
176_A 121_F 0.87 0.35 0.11
183_P 275_A 0.87 0.35 0.11
63_A 71_K 0.86 0.35 0.11
159_I 300_V 0.86 0.35 0.11
105_R 24_K 0.86 0.34 0.11
43_L 72_P 0.86 0.34 0.11
186_T 275_A 0.86 0.34 0.11
187_I 271_I 0.85 0.34 0.10
160_F 217_I 0.85 0.33 0.10
171_A 96_T 0.85 0.33 0.10
51_P 85_I 0.85 0.33 0.10
182_V 170_A 0.84 0.33 0.10
108_M 198_F 0.84 0.33 0.10
187_I 66_S 0.84 0.33 0.10
15_L 56_I 0.84 0.32 0.10
62_L 123_V 0.84 0.32 0.10
207_G 170_A 0.84 0.32 0.10
81_D 323_L 0.83 0.32 0.10
59_L 217_I 0.83 0.32 0.10
61_G 263_I 0.83 0.32 0.10
102_Q 61_L 0.83 0.32 0.10
45_R 75_L 0.83 0.32 0.10
65_F 57_A 0.83 0.32 0.09
191_F 96_T 0.83 0.31 0.09
139_I 217_I 0.83 0.31 0.09
145_V 268_T 0.83 0.31 0.09
172_S 153_S 0.83 0.31 0.09
164_L 149_S 0.83 0.31 0.09
194_M 250_T 0.83 0.31 0.09
100_G 298_L 0.83 0.31 0.09
77_K 91_S 0.82 0.31 0.09
11_S 192_V 0.82 0.31 0.09
162_P 146_T 0.82 0.31 0.09
19_T 80_T 0.82 0.31 0.09
144_Y 131_V 0.82 0.31 0.09
133_E 50_F 0.82 0.30 0.09
137_M 186_R 0.82 0.30 0.09
94_Q 201_A 0.82 0.30 0.09
205_L 283_A 0.81 0.30 0.09
154_Q 133_V 0.81 0.30 0.09
12_V 305_F 0.81 0.30 0.09
70_I 164_M 0.81 0.30 0.09
207_G 141_N 0.81 0.30 0.09
39_I 61_L 0.81 0.30 0.09
104_L 22_K 0.81 0.30 0.09
41_F 133_V 0.81 0.29 0.08
5_G 261_G 0.81 0.29 0.08
149_L 202_M 0.81 0.29 0.08
85_P 198_F 0.81 0.29 0.08
157_F 107_G 0.80 0.29 0.08
159_I 213_A 0.80 0.29 0.08
19_T 198_F 0.80 0.29 0.08
104_L 184_T 0.80 0.29 0.08
46_N 94_I 0.80 0.29 0.08
52_S 156_Q 0.80 0.29 0.08
188_A 139_L 0.80 0.29 0.08
183_P 220_T 0.80 0.29 0.08
143_A 310_V 0.80 0.28 0.08
162_P 75_L 0.80 0.28 0.08
171_A 246_Y 0.79 0.28 0.08
161_I 164_M 0.79 0.28 0.08
19_T 176_N 0.79 0.28 0.08
64_L 149_S 0.79 0.28 0.08
41_F 181_D 0.79 0.28 0.08
187_I 156_Q 0.79 0.28 0.08
13_Q 67_I 0.79 0.28 0.08
91_I 198_F 0.79 0.28 0.08
188_A 257_S 0.79 0.28 0.08
15_L 175_L 0.79 0.28 0.08
141_L 43_L 0.79 0.28 0.08
46_N 141_N 0.79 0.28 0.08
26_A 268_T 0.78 0.27 0.08
169_V 64_L 0.78 0.27 0.08
180_M 32_L 0.78 0.27 0.07
9_S 137_L 0.78 0.27 0.07
168_L 235_H 0.78 0.27 0.07
52_S 216_G 0.78 0.27 0.07
150_K 131_V 0.78 0.27 0.07
50_T 307_F 0.78 0.27 0.07
206_M 80_T 0.78 0.27 0.07
123_L 318_L 0.78 0.27 0.07
211_Q 100_I 0.77 0.26 0.07
162_P 98_R 0.77 0.26 0.07
16_V 222_I 0.77 0.26 0.07
203_Q 282_F 0.77 0.26 0.07
126_S 326_L 0.77 0.26 0.07
183_P 37_A 0.77 0.26 0.07
194_M 160_T 0.77 0.26 0.07
55_P 239_L 0.77 0.26 0.07
194_M 152_V 0.77 0.26 0.07
53_A 143_M 0.76 0.26 0.07
181_M 73_T 0.76 0.26 0.07
132_P 149_S 0.76 0.26 0.07
30_M 50_F 0.76 0.25 0.07
157_F 213_A 0.76 0.25 0.07
158_T 137_L 0.76 0.25 0.07
59_L 141_N 0.76 0.25 0.07
29_L 28_I 0.76 0.25 0.07
70_I 267_A 0.76 0.25 0.07
61_G 289_Q 0.75 0.25 0.07
180_M 107_G 0.75 0.25 0.07
203_Q 81_L 0.75 0.25 0.07
105_R 225_I 0.75 0.24 0.07
193_L 287_L 0.75 0.24 0.07
164_L 184_T 0.75 0.24 0.06
181_M 272_I 0.75 0.24 0.06
51_P 210_K 0.75 0.24 0.06
30_M 82_I 0.75 0.24 0.06
141_L 301_G 0.75 0.24 0.06
26_A 306_I 0.75 0.24 0.06
149_L 209_I 0.74 0.24 0.06
168_L 311_P 0.74 0.24 0.06
138_R 232_S 0.74 0.24 0.06
97_L 115_I 0.74 0.24 0.06
49_G 251_I 0.74 0.24 0.06
69_F 164_M 0.74 0.24 0.06
150_K 53_A 0.74 0.24 0.06
12_V 224_I 0.74 0.24 0.06
176_A 192_V 0.74 0.23 0.06
136_P 143_M 0.74 0.23 0.06
133_E 74_D 0.74 0.23 0.06
97_L 229_L 0.74 0.23 0.06
143_A 51_F 0.73 0.23 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0607 seconds.