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OPENSEQ.org
cI_J_40_cIII_cyt1_Pdenitr
Genes: A B A+B
Length: 200 263 446
Sequences: 733 651 183
Seq/Len: 3.67 2.48 0.41
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.72
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.00
20 0.00 0.02 0.00
100 0.00 0.02 0.04
∞ 0.00 0.02 0.40
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
135_L 84_Q 2.01 0.82 0.12
100_L 173_L 1.49 0.49 0.03
176_N 241_L 1.33 0.38 0.02
10_A 220_A 1.31 0.36 0.02
172_V 141_L 1.30 0.36 0.02
153_V 81_P 1.29 0.35 0.02
78_D 69_L 1.27 0.34 0.01
150_A 206_D 1.26 0.34 0.01
18_F 206_D 1.25 0.33 0.01
94_L 215_F 1.25 0.33 0.01
191_L 241_L 1.23 0.32 0.01
23_G 250_K 1.23 0.32 0.01
132_T 105_R 1.22 0.31 0.01
142_R 15_A 1.21 0.30 0.01
169_R 80_L 1.20 0.29 0.01
65_A 94_I 1.19 0.29 0.01
83_K 108_T 1.19 0.29 0.01
77_V 35_F 1.19 0.29 0.01
191_L 52_Q 1.18 0.28 0.01
146_M 155_H 1.18 0.28 0.01
96_I 121_P 1.17 0.28 0.01
86_L 230_V 1.16 0.27 0.01
169_R 81_P 1.16 0.27 0.01
105_G 240_V 1.16 0.27 0.01
147_F 49_R 1.15 0.27 0.01
190_E 152_E 1.15 0.27 0.01
5_A 145_F 1.14 0.26 0.01
188_T 27_H 1.13 0.25 0.01
104_L 249_N 1.12 0.25 0.01
101_L 88_Y 1.12 0.25 0.01
198_Q 254_Q 1.12 0.25 0.01
77_V 78_P 1.10 0.24 0.01
188_T 237_F 1.10 0.24 0.01
92_L 240_V 1.10 0.24 0.01
99_V 157_V 1.09 0.23 0.01
123_A 194_Q 1.08 0.23 0.01
110_G 90_A 1.08 0.23 0.01
38_L 44_Q 1.07 0.22 0.01
172_V 144_L 1.06 0.22 0.01
150_A 99_T 1.05 0.21 0.01
137_L 236_I 1.05 0.21 0.01
47_Q 23_H 1.05 0.21 0.01
157_A 154_I 1.04 0.21 0.01
190_E 246_Y 1.04 0.21 0.01
101_L 177_A 1.04 0.21 0.01
145_L 206_D 1.03 0.21 0.01
10_A 74_D 1.03 0.20 0.01
188_T 254_Q 1.03 0.20 0.01
102_A 94_I 1.02 0.20 0.01
80_A 46_Q 1.02 0.20 0.01
80_A 214_A 1.02 0.20 0.01
169_R 191_S 1.02 0.20 0.01
163_V 244_L 1.02 0.20 0.01
83_K 154_I 1.02 0.20 0.01
14_C 236_I 1.01 0.20 0.01
14_C 151_P 1.01 0.20 0.01
19_M 156_A 1.01 0.19 0.01
197_G 179_F 1.00 0.19 0.01
17_G 225_M 1.00 0.19 0.01
20_V 142_S 0.99 0.19 0.01
102_A 12_P 0.99 0.19 0.01
97_G 167_E 0.99 0.19 0.01
22_I 7_P 0.99 0.19 0.01
21_V 251_K 0.99 0.19 0.01
135_L 42_F 0.98 0.18 0.01
141_D 140_G 0.98 0.18 0.01
183_R 200_G 0.98 0.18 0.01
32_W 145_F 0.98 0.18 0.01
189_M 220_A 0.98 0.18 0.01
21_V 55_T 0.97 0.18 0.01
183_R 53_V 0.97 0.18 0.01
86_L 155_H 0.97 0.17 0.01
189_M 185_Q 0.96 0.17 0.01
109_S 209_A 0.96 0.17 0.01
186_A 214_A 0.96 0.17 0.01
80_A 213_A 0.95 0.17 0.01
158_M 207_Q 0.95 0.17 0.01
30_V 43_D 0.94 0.17 0.01
191_L 36_E 0.94 0.17 0.01
171_D 100_E 0.94 0.17 0.01
197_G 40_G 0.94 0.17 0.01
162_I 34_S 0.94 0.16 0.01
115_D 97_P 0.94 0.16 0.01
34_I 146_N 0.93 0.16 0.01
130_E 63_G 0.93 0.16 0.01
20_V 219_T 0.93 0.16 0.00
54_M 42_F 0.93 0.16 0.00
167_R 253_W 0.92 0.16 0.00
137_L 51_L 0.92 0.16 0.00
89_Y 154_I 0.92 0.16 0.00
90_L 149_G 0.92 0.16 0.00
8_L 59_S 0.92 0.16 0.00
95_V 86_R 0.92 0.16 0.00
138_V 242_A 0.92 0.16 0.00
151_G 174_Y 0.92 0.15 0.00
6_F 222_P 0.92 0.15 0.00
179_E 193_D 0.92 0.15 0.00
5_A 147_G 0.91 0.15 0.00
175_Q 186_M 0.91 0.15 0.00
79_F 214_A 0.91 0.15 0.00
149_L 45_H 0.91 0.15 0.00
164_L 222_P 0.91 0.15 0.00
170_K 256_I 0.91 0.15 0.00
105_G 205_V 0.90 0.15 0.00
5_A 208_M 0.90 0.15 0.00
5_A 223_K 0.90 0.15 0.00
86_L 80_L 0.90 0.15 0.00
185_P 179_F 0.90 0.15 0.00
108_F 242_A 0.90 0.15 0.00
151_G 176_N 0.89 0.15 0.00
12_S 141_L 0.89 0.15 0.00
186_A 84_Q 0.89 0.15 0.00
183_R 40_G 0.89 0.14 0.00
153_V 44_Q 0.89 0.14 0.00
195_K 216_L 0.89 0.14 0.00
129_V 10_T 0.89 0.14 0.00
129_V 42_F 0.89 0.14 0.00
39_S 187_A 0.89 0.14 0.00
159_I 188_A 0.89 0.14 0.00
161_A 244_L 0.89 0.14 0.00
193_D 180_A 0.89 0.14 0.00
105_G 106_V 0.88 0.14 0.00
43_L 186_M 0.88 0.14 0.00
176_N 203_A 0.88 0.14 0.00
21_V 38_P 0.88 0.14 0.00
17_G 229_Q 0.88 0.14 0.00
52_V 140_G 0.88 0.14 0.00
181_M 143_Q 0.88 0.14 0.00
153_V 38_P 0.88 0.14 0.00
183_R 186_M 0.88 0.14 0.00
98_V 106_V 0.88 0.14 0.00
186_A 9_T 0.87 0.14 0.00
13_A 94_I 0.87 0.14 0.00
47_Q 71_T 0.87 0.14 0.00
129_V 74_D 0.87 0.14 0.00
169_R 69_L 0.87 0.14 0.00
148_Q 71_T 0.87 0.14 0.00
139_L 242_A 0.87 0.14 0.00
41_A 49_R 0.87 0.14 0.00
107_A 152_E 0.87 0.14 0.00
109_S 94_I 0.87 0.14 0.00
38_L 141_L 0.87 0.14 0.00
39_S 249_N 0.87 0.14 0.00
124_P 32_S 0.87 0.14 0.00
47_Q 180_A 0.86 0.14 0.00
21_V 170_G 0.86 0.14 0.00
100_L 250_K 0.86 0.14 0.00
61_V 157_V 0.86 0.14 0.00
10_A 92_F 0.86 0.14 0.00
115_D 42_F 0.86 0.14 0.00
127_A 12_P 0.86 0.14 0.00
163_V 219_T 0.86 0.14 0.00
133_L 20_G 0.86 0.14 0.00
139_L 18_E 0.86 0.13 0.00
10_A 196_T 0.86 0.13 0.00
193_D 203_A 0.86 0.13 0.00
92_L 229_Q 0.86 0.13 0.00
173_K 154_I 0.86 0.13 0.00
64_V 222_P 0.86 0.13 0.00
79_F 43_D 0.86 0.13 0.00
105_G 52_Q 0.86 0.13 0.00
90_L 180_A 0.86 0.13 0.00
21_V 30_D 0.85 0.13 0.00
87_A 154_I 0.85 0.13 0.00
196_P 68_P 0.85 0.13 0.00
18_F 113_T 0.85 0.13 0.00
98_V 10_T 0.85 0.13 0.00
109_S 154_I 0.85 0.13 0.00
189_M 74_D 0.85 0.13 0.00
151_G 109_D 0.85 0.13 0.00
77_V 143_Q 0.85 0.13 0.00
34_I 154_I 0.84 0.13 0.00
24_R 219_T 0.84 0.13 0.00
90_L 243_A 0.84 0.13 0.00
176_N 179_F 0.84 0.13 0.00
84_G 161_Y 0.84 0.13 0.00
148_Q 96_D 0.84 0.13 0.00
8_L 232_F 0.84 0.13 0.00
16_A 172_V 0.84 0.13 0.00
135_L 66_Y 0.84 0.13 0.00
96_I 183_W 0.84 0.13 0.00
90_L 106_V 0.84 0.13 0.00
55_L 249_N 0.84 0.13 0.00
51_F 180_A 0.84 0.13 0.00
86_L 255_P 0.84 0.13 0.00
31_L 180_A 0.84 0.13 0.00
139_L 36_E 0.84 0.13 0.00
78_D 43_D 0.84 0.13 0.00
127_A 71_T 0.84 0.13 0.00
177_V 59_S 0.83 0.13 0.00
52_V 138_G 0.83 0.13 0.00
76_D 256_I 0.83 0.12 0.00
85_E 161_Y 0.83 0.12 0.00
183_R 199_D 0.83 0.12 0.00
114_S 17_Q 0.83 0.12 0.00
92_L 82_E 0.83 0.12 0.00
72_V 130_R 0.83 0.12 0.00
128_A 27_H 0.83 0.12 0.00
137_L 24_A 0.83 0.12 0.00
72_V 127_A 0.83 0.12 0.00
191_L 166_K 0.82 0.12 0.00
161_A 47_L 0.82 0.12 0.00
79_F 213_A 0.82 0.12 0.00
103_Q 138_G 0.82 0.12 0.00
53_A 250_K 0.82 0.12 0.00
17_G 36_E 0.82 0.12 0.00
10_A 82_E 0.82 0.12 0.00
19_M 148_I 0.82 0.12 0.00
177_V 148_I 0.82 0.12 0.00
146_M 164_E 0.82 0.12 0.00
23_G 26_A 0.82 0.12 0.00
108_F 93_D 0.82 0.12 0.00
134_G 115_S 0.81 0.12 0.00
196_P 130_R 0.81 0.12 0.00
132_T 106_V 0.81 0.12 0.00
41_A 46_Q 0.81 0.12 0.00
123_A 209_A 0.81 0.12 0.00
2_M 254_Q 0.81 0.12 0.00
185_P 173_L 0.81 0.12 0.00
159_I 240_V 0.81 0.12 0.00
86_L 139_T 0.81 0.12 0.00
185_P 49_R 0.81 0.12 0.00
3_T 214_A 0.80 0.12 0.00
182_W 240_V 0.80 0.12 0.00
46_L 179_F 0.80 0.12 0.00
19_M 99_T 0.80 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2924 0.44 cI_J_10_cIII_cyt1_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.49 Done - Shared
2923 0.33 cI_J_cIII_cyt1_40_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
2922 0.65 cI_J_cIII_cyt1_10_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
2921 0.41 cI_J_40_cIII_cyt1_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.12 Done - Shared
2920 0.44 cI_J_cIII_cyt1_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.33 Done - Shared
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