May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_N_cIII_cyt1_Pdenitr
Genes: A B A+B
Length: 499 263 715
Sequences: 1133 954 265
Seq/Len: 2.27 3.63 0.37
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.75
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.00
2 0.00 0.01 0.00
5 0.00 0.01 0.00
10 0.00 0.01 0.00
20 0.02 0.01 0.00
100 0.03 0.01 0.03
∞ 0.03 0.01 0.35
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
425_V 250_K 1.32 0.35 0.00
289_I 250_K 1.31 0.35 0.00
153_S 177_A 1.27 0.32 0.00
243_A 216_L 1.27 0.32 0.00
123_A 43_D 1.27 0.32 0.00
287_A 76_G 1.24 0.30 0.00
108_I 240_V 1.22 0.29 0.00
355_L 244_L 1.22 0.29 0.00
412_I 73_A 1.21 0.28 0.00
193_T 216_L 1.21 0.28 0.00
362_A 240_V 1.19 0.27 0.00
281_M 242_A 1.18 0.27 0.00
140_L 96_D 1.18 0.26 0.00
376_M 54_Y 1.14 0.25 0.00
147_R 249_N 1.13 0.24 0.00
150_S 163_G 1.13 0.24 0.00
366_P 84_Q 1.12 0.24 0.00
143_V 248_T 1.11 0.23 0.00
385_T 224_M 1.11 0.23 0.00
232_E 39_F 1.11 0.23 0.00
127_L 243_A 1.10 0.22 0.00
27_A 94_I 1.09 0.22 0.00
362_A 221_E 1.09 0.22 0.00
21_A 84_Q 1.08 0.22 0.00
310_L 228_K 1.08 0.21 0.00
338_T 43_D 1.08 0.21 0.00
8_T 213_A 1.08 0.21 0.00
41_V 240_V 1.07 0.21 0.00
273_V 159_T 1.07 0.21 0.00
117_M 246_Y 1.06 0.20 0.00
106_F 240_V 1.06 0.20 0.00
374_V 163_G 1.05 0.20 0.00
68_F 177_A 1.05 0.20 0.00
403_M 66_Y 1.05 0.20 0.00
114_V 249_N 1.04 0.20 0.00
215_S 72_L 1.04 0.20 0.00
414_S 218_W 1.03 0.19 0.00
370_L 124_S 1.03 0.19 0.00
320_G 49_R 1.03 0.19 0.00
72_G 69_L 1.03 0.19 0.00
343_L 88_Y 1.03 0.19 0.00
210_M 157_V 1.02 0.19 0.00
15_L 256_I 1.02 0.19 0.00
107_P 215_F 1.02 0.18 0.00
303_I 212_V 1.02 0.18 0.00
306_M 38_P 1.01 0.18 0.00
73_F 200_G 1.01 0.18 0.00
416_I 144_L 1.00 0.18 0.00
403_M 65_R 1.00 0.18 0.00
334_M 249_N 1.00 0.18 0.00
221_V 195_V 1.00 0.18 0.00
51_A 84_Q 1.00 0.18 0.00
395_L 139_T 0.99 0.18 0.00
358_L 86_R 0.99 0.18 0.00
432_G 206_D 0.99 0.17 0.00
266_I 250_K 0.99 0.17 0.00
403_M 49_R 0.99 0.17 0.00
60_D 90_A 0.99 0.17 0.00
332_A 76_G 0.99 0.17 0.00
305_H 194_Q 0.98 0.17 0.00
202_G 199_D 0.98 0.17 0.00
374_V 66_Y 0.97 0.17 0.00
126_L 74_D 0.97 0.17 0.00
212_V 38_P 0.97 0.17 0.00
139_A 129_A 0.96 0.16 0.00
411_V 221_E 0.96 0.16 0.00
373_L 124_S 0.96 0.16 0.00
402_G 240_V 0.96 0.16 0.00
167_S 96_D 0.96 0.16 0.00
272_I 156_A 0.96 0.16 0.00
81_T 118_G 0.96 0.16 0.00
442_G 240_V 0.96 0.16 0.00
107_P 150_G 0.95 0.16 0.00
139_A 46_Q 0.95 0.16 0.00
187_F 124_S 0.95 0.16 0.00
209_F 47_L 0.95 0.16 0.00
21_A 241_L 0.95 0.16 0.00
400_D 105_R 0.95 0.16 0.00
44_A 235_V 0.95 0.16 0.00
252_A 202_P 0.94 0.16 0.00
401_A 38_P 0.94 0.16 0.00
184_T 63_G 0.94 0.16 0.00
106_F 209_A 0.94 0.16 0.00
311_V 98_E 0.94 0.15 0.00
125_D 217_M 0.94 0.15 0.00
202_G 129_A 0.94 0.15 0.00
252_A 187_A 0.93 0.15 0.00
194_I 232_F 0.93 0.15 0.00
204_L 216_L 0.93 0.15 0.00
131_M 241_L 0.92 0.15 0.00
20_L 218_W 0.92 0.15 0.00
416_I 92_F 0.92 0.15 0.00
419_F 239_I 0.92 0.15 0.00
96_M 136_P 0.92 0.15 0.00
205_F 248_T 0.92 0.15 0.00
428_M 213_A 0.92 0.15 0.00
89_L 226_D 0.92 0.15 0.00
117_M 130_R 0.92 0.15 0.00
277_A 230_V 0.92 0.14 0.00
297_L 150_G 0.92 0.14 0.00
113_A 44_Q 0.92 0.14 0.00
73_F 126_M 0.91 0.14 0.00
370_L 131_A 0.91 0.14 0.00
86_A 91_N 0.91 0.14 0.00
33_R 203_A 0.91 0.14 0.00
119_F 66_Y 0.91 0.14 0.00
379_L 47_L 0.91 0.14 0.00
326_L 20_G 0.91 0.14 0.00
392_F 69_L 0.91 0.14 0.00
162_V 237_F 0.91 0.14 0.00
325_L 203_A 0.90 0.14 0.00
44_A 251_K 0.90 0.14 0.00
187_F 246_Y 0.90 0.14 0.00
46_F 36_E 0.90 0.14 0.00
167_S 137_Y 0.90 0.14 0.00
117_M 40_G 0.90 0.14 0.00
214_L 81_P 0.90 0.14 0.00
454_L 16_A 0.89 0.14 0.00
20_L 258_H 0.89 0.14 0.00
83_V 187_A 0.89 0.14 0.00
362_A 52_Q 0.89 0.14 0.00
382_V 69_L 0.89 0.14 0.00
303_I 109_D 0.89 0.14 0.00
51_A 206_D 0.89 0.14 0.00
80_V 197_Y 0.89 0.14 0.00
125_D 175_H 0.89 0.14 0.00
24_M 212_V 0.89 0.14 0.00
113_A 86_R 0.88 0.13 0.00
294_I 220_A 0.88 0.13 0.00
92_S 245_L 0.88 0.13 0.00
232_E 53_V 0.88 0.13 0.00
14_V 88_Y 0.88 0.13 0.00
206_G 76_G 0.88 0.13 0.00
356_A 74_D 0.88 0.13 0.00
182_A 230_V 0.88 0.13 0.00
252_A 84_Q 0.87 0.13 0.00
374_V 164_E 0.87 0.13 0.00
244_T 255_P 0.87 0.13 0.00
341_F 104_P 0.87 0.13 0.00
22_A 243_A 0.87 0.13 0.00
278_V 157_V 0.87 0.13 0.00
36_R 94_I 0.87 0.13 0.00
428_M 192_D 0.86 0.13 0.00
126_L 137_Y 0.86 0.13 0.00
273_V 256_I 0.86 0.13 0.00
43_V 54_Y 0.86 0.13 0.00
264_H 74_D 0.86 0.13 0.00
392_F 241_L 0.86 0.13 0.00
207_L 151_P 0.86 0.13 0.00
376_M 243_A 0.86 0.13 0.00
112_L 71_T 0.86 0.13 0.00
279_M 48_Q 0.86 0.13 0.00
25_A 230_V 0.86 0.13 0.00
334_M 246_Y 0.86 0.13 0.00
82_L 249_N 0.86 0.13 0.00
334_M 46_Q 0.86 0.13 0.00
254_I 104_P 0.86 0.13 0.00
85_A 49_R 0.85 0.12 0.00
417_G 252_L 0.85 0.12 0.00
118_M 249_N 0.85 0.12 0.00
25_A 214_A 0.85 0.12 0.00
106_F 99_T 0.85 0.12 0.00
268_D 74_D 0.85 0.12 0.00
84_A 146_N 0.84 0.12 0.00
401_A 204_T 0.84 0.12 0.00
61_G 246_Y 0.84 0.12 0.00
457_L 141_L 0.84 0.12 0.00
192_S 59_S 0.84 0.12 0.00
414_S 206_D 0.84 0.12 0.00
128_T 108_T 0.84 0.12 0.00
101_M 192_D 0.84 0.12 0.00
202_G 220_A 0.84 0.12 0.00
238_V 94_I 0.83 0.12 0.00
414_S 163_G 0.83 0.12 0.00
373_L 182_N 0.83 0.12 0.00
123_A 215_F 0.83 0.12 0.00
18_Y 130_R 0.83 0.12 0.00
326_L 164_E 0.83 0.12 0.00
310_L 137_Y 0.83 0.12 0.00
313_L 213_A 0.83 0.12 0.00
379_L 249_N 0.83 0.12 0.00
89_L 210_T 0.83 0.12 0.00
305_H 249_N 0.83 0.12 0.00
282_F 239_I 0.83 0.12 0.00
24_M 139_T 0.83 0.12 0.00
310_L 38_P 0.83 0.12 0.00
353_T 45_H 0.83 0.12 0.00
390_A 95_T 0.83 0.12 0.00
238_V 100_E 0.83 0.12 0.00
94_D 125_L 0.83 0.12 0.00
336_I 142_S 0.83 0.12 0.00
52_M 131_A 0.82 0.12 0.00
121_V 187_A 0.82 0.12 0.00
398_A 129_A 0.82 0.12 0.00
337_G 74_D 0.82 0.12 0.00
351_P 69_L 0.82 0.12 0.00
121_V 73_A 0.82 0.12 0.00
277_A 189_P 0.82 0.12 0.00
262_F 54_Y 0.82 0.12 0.00
190_I 233_V 0.82 0.12 0.00
415_V 59_S 0.82 0.12 0.00
277_A 171_A 0.82 0.11 0.00
178_V 195_V 0.82 0.11 0.00
360_R 249_N 0.82 0.11 0.00
287_A 72_L 0.82 0.11 0.00
140_L 207_Q 0.82 0.11 0.00
175_A 77_G 0.82 0.11 0.00
279_M 241_L 0.81 0.11 0.00
286_I 215_F 0.81 0.11 0.00
401_A 237_F 0.81 0.11 0.00
379_L 246_Y 0.81 0.11 0.00
254_I 250_K 0.81 0.11 0.00
306_M 74_D 0.81 0.11 0.00
372_M 151_P 0.81 0.11 0.00
358_L 132_G 0.81 0.11 0.00
370_L 220_A 0.81 0.11 0.00
137_S 118_G 0.81 0.11 0.00
66_G 214_A 0.81 0.11 0.00
234_S 239_I 0.81 0.11 0.00
89_L 76_G 0.81 0.11 0.00
337_G 230_V 0.80 0.11 0.00
177_L 205_V 0.80 0.11 0.00
313_L 220_A 0.80 0.11 0.00
385_T 131_A 0.80 0.11 0.00
45_A 179_F 0.80 0.11 0.00
368_K 63_G 0.80 0.11 0.00
348_D 82_E 0.80 0.11 0.00
429_Y 63_G 0.80 0.11 0.00
121_V 188_A 0.80 0.11 0.00
323_N 185_Q 0.80 0.11 0.00
38_L 241_L 0.80 0.11 0.00
22_A 70_R 0.80 0.11 0.00
30_G 38_P 0.80 0.11 0.00
444_V 158_L 0.80 0.11 0.00
424_I 184_I 0.79 0.11 0.00
193_T 202_P 0.79 0.11 0.00
129_L 160_G 0.79 0.11 0.00
80_V 256_I 0.79 0.11 0.00
294_I 84_Q 0.79 0.11 0.00
429_Y 54_Y 0.79 0.11 0.00
335_N 215_F 0.79 0.11 0.00
471_G 156_A 0.79 0.11 0.00
328_M 213_A 0.79 0.11 0.00
243_A 214_A 0.79 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0614 seconds.