May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_M_cIII_cytb_Pdenitr
Genes: A B A+B
Length: 513 440 912
Sequences: 2379 3290 771
Seq/Len: 4.64 7.48 0.85
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.57
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.04
2 0.01 0.00 0.08
5 0.01 0.00 0.19
10 0.02 0.00 0.25
20 0.02 0.00 0.29
100 0.03 0.00 0.35
∞ 0.06 0.01 0.81
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
38_A 136_Y 1.28 0.54 0.00
136_F 297_Y 1.19 0.46 0.00
140_F 156_F 1.13 0.41 0.00
182_I 93_L 1.12 0.40 0.00
362_D 158_G 1.11 0.39 0.00
406_F 204_V 1.10 0.39 0.00
100_I 137_L 1.08 0.37 0.00
261_L 296_W 1.08 0.37 0.00
398_G 356_S 1.07 0.36 0.00
473_L 258_V 1.07 0.36 0.00
332_N 63_I 1.06 0.35 0.00
318_V 29_V 1.06 0.35 0.00
326_M 356_S 1.05 0.35 0.00
158_D 156_F 1.05 0.34 0.00
358_G 124_P 1.04 0.34 0.00
101_L 19_L 1.04 0.33 0.00
319_A 270_M 1.03 0.33 0.00
403_V 199_Y 1.03 0.33 0.00
159_R 70_T 1.02 0.32 0.00
165_K 126_E 1.02 0.32 0.00
270_L 406_I 1.01 0.32 0.00
432_A 25_I 1.01 0.32 0.00
176_L 56_V 1.01 0.31 0.00
343_M 291_H 1.01 0.31 0.00
342_Q 140_M 1.00 0.31 0.00
423_A 92_M 1.00 0.31 0.00
319_A 179_W 1.00 0.30 0.00
470_A 213_I 0.99 0.30 0.00
358_G 35_I 0.99 0.30 0.00
100_I 405_L 0.99 0.30 0.00
261_L 151_W 0.98 0.29 0.00
259_A 135_I 0.98 0.29 0.00
247_V 156_F 0.98 0.29 0.00
127_V 189_P 0.97 0.28 0.00
395_G 350_D 0.96 0.28 0.00
373_G 51_L 0.95 0.27 0.00
113_Y 25_I 0.95 0.27 0.00
173_G 150_P 0.95 0.27 0.00
195_T 206_A 0.95 0.27 0.00
335_G 64_V 0.94 0.27 0.00
95_M 88_N 0.94 0.26 0.00
140_F 361_P 0.94 0.26 0.00
260_V 406_I 0.94 0.26 0.00
288_V 378_M 0.94 0.26 0.00
41_T 349_L 0.94 0.26 0.00
284_A 103_L 0.94 0.26 0.00
477_V 395_A 0.94 0.26 0.00
319_A 195_F 0.93 0.25 0.00
335_G 414_I 0.93 0.25 0.00
139_F 150_P 0.93 0.25 0.00
326_M 60_A 0.93 0.25 0.00
228_S 369_L 0.92 0.25 0.00
268_G 61_T 0.92 0.25 0.00
299_T 42_N 0.92 0.25 0.00
296_I 253_L 0.92 0.25 0.00
343_M 151_W 0.92 0.25 0.00
303_A 128_T 0.92 0.25 0.00
228_S 156_F 0.92 0.25 0.00
360_I 119_G 0.91 0.24 0.00
328_V 89_G 0.91 0.24 0.00
378_R 175_A 0.91 0.24 0.00
473_L 213_I 0.91 0.24 0.00
227_A 369_L 0.91 0.24 0.00
470_A 172_V 0.91 0.24 0.00
251_T 35_I 0.91 0.24 0.00
388_F 334_I 0.90 0.24 0.00
426_G 60_A 0.90 0.23 0.00
348_F 140_M 0.90 0.23 0.00
410_M 29_V 0.90 0.23 0.00
261_L 291_H 0.89 0.23 0.00
175_V 248_F 0.89 0.23 0.00
290_W 140_M 0.89 0.23 0.00
313_I 222_N 0.88 0.22 0.00
299_T 354_V 0.88 0.22 0.00
482_V 213_I 0.88 0.22 0.00
435_L 42_N 0.88 0.22 0.00
311_K 215_A 0.88 0.22 0.00
182_I 117_Y 0.88 0.22 0.00
134_V 258_V 0.88 0.22 0.00
366_T 63_I 0.87 0.22 0.00
303_A 39_K 0.87 0.22 0.00
244_D 37_T 0.87 0.22 0.00
81_V 375_V 0.87 0.22 0.00
154_W 151_W 0.87 0.22 0.00
88_F 201_L 0.86 0.21 0.00
89_V 209_V 0.86 0.21 0.00
138_L 411_L 0.86 0.21 0.00
358_G 300_P 0.86 0.21 0.00
79_M 19_L 0.86 0.21 0.00
45_T 28_L 0.86 0.21 0.00
88_F 405_L 0.86 0.21 0.00
256_L 206_A 0.85 0.21 0.00
322_G 350_D 0.85 0.21 0.00
286_P 36_P 0.85 0.21 0.00
406_F 398_A 0.85 0.21 0.00
70_A 63_I 0.85 0.20 0.00
303_A 22_R 0.85 0.20 0.00
274_L 282_E 0.85 0.20 0.00
301_L 61_T 0.85 0.20 0.00
474_I 218_T 0.85 0.20 0.00
229_F 246_P 0.84 0.20 0.00
166_F 225_T 0.84 0.20 0.00
394_V 165_L 0.84 0.20 0.00
430_S 51_L 0.84 0.20 0.00
270_L 59_I 0.84 0.20 0.00
47_V 27_S 0.84 0.20 0.00
366_T 253_L 0.84 0.20 0.00
167_F 197_L 0.84 0.20 0.00
266_G 30_Y 0.83 0.20 0.00
161_Y 408_L 0.83 0.20 0.00
388_F 354_V 0.83 0.20 0.00
269_F 113_F 0.83 0.20 0.00
90_L 61_T 0.83 0.20 0.00
396_L 367_F 0.83 0.19 0.00
338_G 246_P 0.83 0.19 0.00
338_G 145_M 0.83 0.19 0.00
77_Y 110_I 0.83 0.19 0.00
8_I 19_L 0.83 0.19 0.00
322_G 72_H 0.83 0.19 0.00
335_G 169_I 0.83 0.19 0.00
42_T 123_A 0.83 0.19 0.00
277_F 110_I 0.82 0.19 0.00
475_L 213_I 0.82 0.19 0.00
423_A 50_V 0.82 0.19 0.00
228_S 361_P 0.82 0.19 0.00
398_G 39_K 0.82 0.19 0.00
384_A 60_A 0.82 0.19 0.00
365_H 140_M 0.82 0.19 0.00
291_L 187_D 0.82 0.19 0.00
43_T 57_L 0.82 0.19 0.00
139_F 301_F 0.82 0.19 0.00
81_V 395_A 0.82 0.19 0.00
113_Y 258_V 0.82 0.19 0.00
159_R 143_A 0.81 0.19 0.00
256_L 260_L 0.81 0.19 0.00
330_A 286_L 0.81 0.19 0.00
475_L 406_I 0.81 0.19 0.00
351_G 253_L 0.81 0.18 0.00
411_G 103_L 0.81 0.18 0.00
7_I 63_I 0.81 0.18 0.00
165_K 350_D 0.81 0.18 0.00
189_G 115_G 0.81 0.18 0.00
357_V 298_F 0.81 0.18 0.00
138_L 50_V 0.81 0.18 0.00
375_L 195_F 0.81 0.18 0.00
228_S 25_I 0.81 0.18 0.00
224_A 407_I 0.81 0.18 0.00
425_S 174_E 0.81 0.18 0.00
367_R 400_W 0.81 0.18 0.00
69_H 334_I 0.81 0.18 0.00
165_K 20_H 0.81 0.18 0.00
366_T 93_L 0.81 0.18 0.00
407_L 248_F 0.81 0.18 0.00
98_L 93_L 0.80 0.18 0.00
396_L 126_E 0.80 0.18 0.00
326_M 112_I 0.80 0.18 0.00
391_M 42_N 0.80 0.18 0.00
166_F 358_Q 0.80 0.18 0.00
4_L 17_R 0.80 0.18 0.00
434_A 392_I 0.80 0.18 0.00
373_G 205_I 0.80 0.18 0.00
48_I 392_I 0.80 0.18 0.00
269_F 291_H 0.80 0.18 0.00
47_V 344_A 0.80 0.18 0.00
233_M 51_L 0.80 0.17 0.00
134_V 372_V 0.79 0.17 0.00
358_G 301_F 0.79 0.17 0.00
129_T 268_G 0.79 0.17 0.00
365_H 71_P 0.79 0.17 0.00
231_V 158_G 0.79 0.17 0.00
247_V 291_H 0.79 0.17 0.00
390_T 68_H 0.79 0.17 0.00
309_M 204_V 0.79 0.17 0.00
352_A 348_W 0.79 0.17 0.00
309_M 112_I 0.79 0.17 0.00
66_V 334_I 0.78 0.17 0.00
189_G 360_R 0.78 0.17 0.00
17_I 171_G 0.78 0.17 0.00
309_M 353_R 0.78 0.17 0.00
470_A 345_L 0.78 0.17 0.00
322_G 249_V 0.78 0.17 0.00
436_W 35_I 0.78 0.17 0.00
248_Q 164_G 0.78 0.17 0.00
79_M 228_E 0.78 0.17 0.00
90_L 371_A 0.78 0.17 0.00
290_W 167_G 0.78 0.17 0.00
265_G 126_E 0.77 0.17 0.00
244_D 35_I 0.77 0.16 0.00
324_V 103_L 0.77 0.16 0.00
179_V 63_I 0.77 0.16 0.00
323_Y 259_V 0.77 0.16 0.00
312_V 382_A 0.77 0.16 0.00
46_F 93_L 0.77 0.16 0.00
14_V 204_V 0.77 0.16 0.00
66_V 60_A 0.77 0.16 0.00
473_L 265_A 0.77 0.16 0.00
318_V 269_F 0.77 0.16 0.00
473_L 78_A 0.77 0.16 0.00
301_L 210_V 0.77 0.16 0.00
138_L 334_I 0.77 0.16 0.00
8_I 195_F 0.77 0.16 0.00
478_Y 282_E 0.77 0.16 0.00
339_A 216_F 0.77 0.16 0.00
95_M 409_P 0.77 0.16 0.00
274_L 29_V 0.77 0.16 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0778 seconds.