May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_Ld500_560_cIII_cytb_Pdenitr
Genes: A B A+B
Length: 642 440 1042
Sequences: 1921 3290 741
Seq/Len: 2.99 7.48 0.71
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.53
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.03
2 0.00 0.00 0.10
5 0.00 0.00 0.16
10 0.00 0.00 0.23
20 0.00 0.00 0.28
100 0.01 0.00 0.32
∞ 0.03 0.01 0.68
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
229_F 93_L 1.41 0.60 0.00
80_T 405_L 1.30 0.51 0.00
151_A 282_E 1.22 0.44 0.00
178_V 371_A 1.19 0.41 0.00
307_G 196_S 1.15 0.38 0.00
281_L 172_V 1.08 0.33 0.00
308_L 140_M 1.08 0.33 0.00
292_I 398_A 1.04 0.30 0.00
31_L 242_L 1.03 0.29 0.00
27_A 30_Y 1.03 0.29 0.00
410_F 392_I 1.02 0.28 0.00
235_A 260_L 1.01 0.28 0.00
390_I 390_P 1.01 0.28 0.00
226_L 376_V 0.99 0.27 0.00
80_T 362_L 0.99 0.27 0.00
473_I 395_A 0.99 0.26 0.00
390_I 272_N 0.98 0.26 0.00
495_G 207_A 0.98 0.26 0.00
119_F 139_M 0.97 0.25 0.00
173_F 22_R 0.97 0.25 0.00
564_D 280_Y 0.97 0.25 0.00
479_A 406_I 0.96 0.24 0.00
515_A 169_I 0.96 0.24 0.00
234_G 140_M 0.95 0.24 0.00
37_F 248_F 0.95 0.24 0.00
173_F 350_D 0.95 0.24 0.00
381_I 61_T 0.95 0.24 0.00
553_L 75_L 0.94 0.24 0.00
393_F 80_V 0.94 0.23 0.00
627_L 205_I 0.94 0.23 0.00
173_F 122_K 0.94 0.23 0.00
39_S 172_V 0.94 0.23 0.00
267_M 136_Y 0.94 0.23 0.00
68_F 375_V 0.94 0.23 0.00
48_L 136_Y 0.94 0.23 0.00
615_S 106_L 0.93 0.23 0.00
184_L 14_G 0.93 0.23 0.00
590_V 172_V 0.92 0.22 0.00
124_F 209_V 0.92 0.22 0.00
41_L 61_T 0.91 0.22 0.00
295_I 262_V 0.91 0.21 0.00
591_I 164_G 0.91 0.21 0.00
433_I 180_L 0.91 0.21 0.00
331_A 242_L 0.90 0.21 0.00
38_L 375_V 0.90 0.21 0.00
139_L 208_L 0.89 0.20 0.00
520_S 286_L 0.89 0.20 0.00
41_L 345_L 0.89 0.20 0.00
373_N 158_G 0.89 0.20 0.00
138_L 356_S 0.89 0.20 0.00
139_L 261_V 0.89 0.20 0.00
394_A 406_I 0.88 0.20 0.00
226_L 128_T 0.88 0.20 0.00
452_G 348_W 0.88 0.20 0.00
231_L 349_L 0.88 0.20 0.00
408_A 106_L 0.88 0.20 0.00
96_M 265_A 0.88 0.20 0.00
122_L 299_L 0.88 0.20 0.00
434_A 256_L 0.87 0.20 0.00
414_D 135_I 0.87 0.19 0.00
278_M 356_S 0.87 0.19 0.00
474_P 346_V 0.87 0.19 0.00
579_G 158_G 0.87 0.19 0.00
143_F 416_K 0.86 0.19 0.00
342_F 404_F 0.86 0.19 0.00
184_L 60_A 0.86 0.19 0.00
619_F 156_F 0.86 0.19 0.00
26_K 164_G 0.86 0.19 0.00
174_I 369_L 0.86 0.19 0.00
253_E 216_F 0.85 0.19 0.00
566_I 158_G 0.85 0.18 0.00
116_A 92_M 0.85 0.18 0.00
477_V 392_I 0.85 0.18 0.00
523_V 375_V 0.85 0.18 0.00
52_G 412_G 0.85 0.18 0.00
511_H 343_M 0.85 0.18 0.00
454_P 334_I 0.85 0.18 0.00
536_Y 284_N 0.85 0.18 0.00
429_W 211_V 0.85 0.18 0.00
35_V 205_I 0.85 0.18 0.00
243_L 43_W 0.85 0.18 0.00
87_V 204_V 0.84 0.18 0.00
186_G 369_L 0.84 0.18 0.00
81_A 264_F 0.84 0.18 0.00
475_L 191_L 0.84 0.18 0.00
87_V 384_P 0.84 0.18 0.00
168_A 403_Y 0.84 0.18 0.00
173_F 39_K 0.84 0.18 0.00
315_R 354_V 0.84 0.18 0.00
527_L 172_V 0.84 0.18 0.00
131_M 248_F 0.84 0.18 0.00
315_R 278_D 0.84 0.18 0.00
183_F 42_N 0.83 0.18 0.00
482_A 58_Q 0.83 0.17 0.00
429_W 375_V 0.83 0.17 0.00
57_I 27_S 0.83 0.17 0.00
272_V 266_I 0.83 0.17 0.00
564_D 124_P 0.83 0.17 0.00
195_G 349_L 0.83 0.17 0.00
70_A 269_F 0.83 0.17 0.00
120_A 398_A 0.83 0.17 0.00
18_L 134_L 0.83 0.17 0.00
469_P 345_L 0.82 0.17 0.00
90_V 258_V 0.82 0.17 0.00
477_V 345_L 0.82 0.17 0.00
139_L 360_R 0.82 0.17 0.00
143_F 406_I 0.82 0.17 0.00
467_S 172_V 0.82 0.17 0.00
251_A 299_L 0.82 0.17 0.00
186_G 138_M 0.82 0.17 0.00
573_R 392_I 0.82 0.17 0.00
228_G 136_Y 0.82 0.17 0.00
342_F 18_W 0.82 0.17 0.00
13_S 44_W 0.82 0.17 0.00
237_G 331_F 0.82 0.17 0.00
178_V 253_L 0.82 0.17 0.00
384_T 361_P 0.82 0.17 0.00
243_L 225_T 0.82 0.17 0.00
301_F 339_A 0.82 0.17 0.00
425_G 172_V 0.81 0.17 0.00
373_N 344_A 0.81 0.17 0.00
440_F 196_S 0.81 0.17 0.00
87_V 84_M 0.81 0.17 0.00
143_F 39_K 0.81 0.17 0.00
241_Q 347_P 0.81 0.17 0.00
243_L 46_I 0.81 0.17 0.00
106_D 339_A 0.81 0.17 0.00
282_Y 27_S 0.81 0.17 0.00
72_W 280_Y 0.81 0.17 0.00
37_F 405_L 0.81 0.17 0.00
513_A 56_V 0.81 0.16 0.00
130_L 390_P 0.81 0.16 0.00
87_V 337_F 0.81 0.16 0.00
61_D 248_F 0.81 0.16 0.00
236_M 42_N 0.81 0.16 0.00
27_A 123_A 0.81 0.16 0.00
308_L 141_G 0.81 0.16 0.00
178_V 407_I 0.80 0.16 0.00
523_V 414_I 0.80 0.16 0.00
326_G 191_L 0.80 0.16 0.00
229_F 364_K 0.80 0.16 0.00
379_K 346_V 0.80 0.16 0.00
394_A 416_K 0.80 0.16 0.00
317_I 169_I 0.80 0.16 0.00
342_F 64_V 0.80 0.16 0.00
410_F 379_W 0.80 0.16 0.00
274_L 290_A 0.80 0.16 0.00
54_P 284_N 0.80 0.16 0.00
169_A 143_A 0.80 0.16 0.00
315_R 276_H 0.80 0.16 0.00
228_G 260_L 0.80 0.16 0.00
10_L 213_I 0.80 0.16 0.00
292_I 361_P 0.80 0.16 0.00
313_I 196_S 0.80 0.16 0.00
577_W 284_N 0.80 0.16 0.00
340_A 127_V 0.79 0.16 0.00
134_T 406_I 0.79 0.16 0.00
288_A 172_V 0.79 0.16 0.00
389_M 346_V 0.79 0.16 0.00
31_L 284_N 0.79 0.15 0.00
414_D 205_I 0.79 0.15 0.00
6_L 369_L 0.79 0.15 0.00
606_L 392_I 0.79 0.15 0.00
11_I 30_Y 0.79 0.15 0.00
116_A 384_P 0.79 0.15 0.00
11_I 414_I 0.79 0.15 0.00
31_L 248_F 0.79 0.15 0.00
168_A 338_G 0.79 0.15 0.00
516_W 242_L 0.79 0.15 0.00
184_L 382_A 0.79 0.15 0.00
4_F 410_L 0.79 0.15 0.00
119_F 122_K 0.79 0.15 0.00
38_L 395_A 0.79 0.15 0.00
384_T 44_W 0.78 0.15 0.00
427_A 242_L 0.78 0.15 0.00
140_Q 179_W 0.78 0.15 0.00
633_L 345_L 0.78 0.15 0.00
100_G 22_R 0.78 0.15 0.00
196_S 375_V 0.78 0.15 0.00
448_L 264_F 0.78 0.15 0.00
536_Y 400_W 0.78 0.15 0.00
530_I 86_D 0.78 0.15 0.00
63_V 336_M 0.78 0.15 0.00
357_G 362_L 0.77 0.15 0.00
424_S 158_G 0.77 0.15 0.00
340_A 262_V 0.77 0.15 0.00
310_Q 192_N 0.77 0.14 0.00
582_L 210_V 0.77 0.14 0.00
143_F 207_A 0.77 0.14 0.00
188_F 407_I 0.77 0.14 0.00
275_V 195_F 0.77 0.14 0.00
622_A 126_E 0.77 0.14 0.00
348_A 396_G 0.77 0.14 0.00
174_I 211_V 0.77 0.14 0.00
466_E 389_Y 0.76 0.14 0.00
212_T 242_L 0.76 0.14 0.00
282_Y 156_F 0.76 0.14 0.00
237_G 291_H 0.76 0.14 0.00
68_F 110_I 0.76 0.14 0.00
276_C 338_G 0.76 0.14 0.00
87_V 127_V 0.76 0.14 0.00
308_L 61_T 0.76 0.14 0.00
508_D 172_V 0.76 0.14 0.00
586_G 286_L 0.76 0.14 0.00
305_T 373_D 0.76 0.14 0.00
479_A 29_V 0.76 0.14 0.00
124_F 397_S 0.76 0.14 0.00
506_I 204_V 0.76 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2868 seconds.