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OPENSEQ.org
flaj-i
Genes: A B A+B
Length: 478 513 964
Sequences: 352 1341 301
Seq/Len: 0.74 2.61 0.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.29
2 0.02 0.01 0.29
5 0.02 0.01 0.30
10 0.02 0.02 0.30
20 0.03 0.02 0.30
100 0.15 0.05 0.31
∞ 0.29 0.11 0.31
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
47_F 317_L 1.70 0.56 0.00
443_L 364_I 1.69 0.55 0.00
244_L 315_I 1.56 0.46 0.00
371_G 251_M 1.50 0.43 0.00
282_P 315_I 1.47 0.41 0.00
278_G 126_Y 1.44 0.39 0.00
124_I 376_I 1.42 0.37 0.00
27_L 248_I 1.41 0.36 0.00
328_G 63_R 1.40 0.36 0.00
42_S 470_L 1.40 0.36 0.00
363_Y 218_N 1.35 0.33 0.00
427_L 151_Y 1.35 0.33 0.00
166_F 152_I 1.35 0.33 0.00
13_M 69_M 1.34 0.33 0.00
27_L 376_I 1.34 0.32 0.00
104_F 374_Y 1.31 0.30 0.00
220_M 42_I 1.30 0.30 0.00
214_Y 285_I 1.30 0.30 0.00
22_A 391_F 1.30 0.30 0.00
272_V 388_I 1.30 0.30 0.00
371_G 123_D 1.29 0.30 0.00
124_I 265_A 1.29 0.29 0.00
95_V 47_I 1.28 0.29 0.00
21_L 130_L 1.27 0.28 0.00
260_S 247_Y 1.27 0.28 0.00
230_V 383_I 1.26 0.28 0.00
432_S 151_Y 1.26 0.28 0.00
43_N 88_D 1.25 0.27 0.00
124_I 355_V 1.25 0.27 0.00
57_I 130_L 1.25 0.27 0.00
23_F 173_D 1.24 0.27 0.00
175_N 431_D 1.24 0.27 0.00
285_R 436_K 1.23 0.26 0.00
27_L 315_I 1.22 0.26 0.00
219_T 243_M 1.22 0.26 0.00
250_L 428_F 1.22 0.26 0.00
49_P 378_V 1.21 0.25 0.00
446_M 44_I 1.21 0.25 0.00
176_L 152_I 1.21 0.25 0.00
365_L 265_A 1.21 0.25 0.00
53_V 67_D 1.20 0.25 0.00
147_D 272_L 1.20 0.24 0.00
384_N 152_I 1.20 0.24 0.00
18_I 166_F 1.19 0.24 0.00
20_M 69_M 1.19 0.24 0.00
157_G 275_I 1.19 0.24 0.00
260_S 355_V 1.19 0.24 0.00
316_L 316_K 1.18 0.24 0.00
54_F 287_T 1.18 0.24 0.00
202_A 44_I 1.18 0.24 0.00
228_L 150_V 1.17 0.23 0.00
304_M 388_I 1.17 0.23 0.00
261_V 430_Y 1.16 0.23 0.00
236_I 69_M 1.16 0.23 0.00
98_G 361_A 1.14 0.22 0.00
446_M 316_K 1.14 0.22 0.00
289_N 337_I 1.14 0.22 0.00
285_R 164_I 1.14 0.22 0.00
291_L 223_K 1.13 0.21 0.00
301_F 145_P 1.13 0.21 0.00
120_S 390_L 1.13 0.21 0.00
256_T 186_P 1.13 0.21 0.00
380_T 482_E 1.13 0.21 0.00
212_L 474_S 1.13 0.21 0.00
327_G 205_N 1.12 0.21 0.00
134_Y 146_G 1.12 0.21 0.00
389_I 232_T 1.12 0.21 0.00
400_P 116_V 1.12 0.21 0.00
418_S 76_F 1.12 0.21 0.00
203_L 229_T 1.12 0.21 0.00
338_S 90_K 1.12 0.21 0.00
73_N 294_L 1.12 0.21 0.00
393_A 501_M 1.12 0.21 0.00
136_T 265_A 1.11 0.21 0.00
220_M 487_N 1.11 0.20 0.00
439_F 218_N 1.10 0.20 0.00
356_R 409_V 1.10 0.20 0.00
227_Y 265_A 1.10 0.20 0.00
14_D 447_L 1.10 0.20 0.00
23_F 255_G 1.09 0.20 0.00
208_I 285_I 1.09 0.20 0.00
419_F 170_E 1.09 0.20 0.00
100_D 58_V 1.09 0.20 0.00
18_I 243_M 1.09 0.20 0.00
173_L 294_L 1.09 0.20 0.00
116_Y 355_V 1.09 0.19 0.00
383_L 502_G 1.08 0.19 0.00
276_D 270_T 1.08 0.19 0.00
348_R 472_M 1.08 0.19 0.00
304_M 278_F 1.08 0.19 0.00
83_F 420_N 1.08 0.19 0.00
15_S 225_S 1.08 0.19 0.00
176_L 374_Y 1.08 0.19 0.00
291_L 274_A 1.08 0.19 0.00
90_R 186_P 1.08 0.19 0.00
32_L 325_L 1.08 0.19 0.00
446_M 333_L 1.07 0.19 0.00
108_E 350_Q 1.07 0.19 0.00
175_N 170_E 1.07 0.19 0.00
254_Y 350_Q 1.06 0.18 0.00
203_L 484_K 1.06 0.18 0.00
57_I 105_L 1.06 0.18 0.00
362_I 171_E 1.06 0.18 0.00
361_S 76_F 1.05 0.18 0.00
119_H 173_D 1.05 0.18 0.00
255_F 67_D 1.05 0.18 0.00
166_F 130_L 1.05 0.18 0.00
437_L 400_G 1.05 0.18 0.00
91_L 378_V 1.05 0.18 0.00
278_G 70_E 1.05 0.18 0.00
170_T 211_D 1.05 0.18 0.00
254_Y 394_A 1.05 0.18 0.00
140_S 330_N 1.05 0.18 0.00
264_N 454_V 1.04 0.18 0.00
371_G 218_N 1.04 0.18 0.00
219_T 65_T 1.04 0.17 0.00
232_M 40_V 1.04 0.17 0.00
152_S 218_N 1.04 0.17 0.00
315_M 263_E 1.04 0.17 0.00
300_I 188_S 1.04 0.17 0.00
57_I 490_D 1.04 0.17 0.00
213_T 243_M 1.04 0.17 0.00
340_I 385_N 1.04 0.17 0.00
147_D 178_S 1.03 0.17 0.00
136_T 349_M 1.03 0.17 0.00
49_P 495_I 1.03 0.17 0.00
90_R 318_F 1.03 0.17 0.00
100_D 491_V 1.03 0.17 0.00
161_I 316_K 1.03 0.17 0.00
98_G 351_T 1.03 0.17 0.00
359_E 89_T 1.03 0.17 0.00
263_N 187_V 1.03 0.17 0.00
108_E 366_T 1.03 0.17 0.00
228_L 170_E 1.02 0.17 0.00
105_L 122_R 1.02 0.17 0.00
427_L 265_A 1.02 0.17 0.00
291_L 373_G 1.02 0.17 0.00
90_R 350_Q 1.02 0.17 0.00
204_I 94_K 1.02 0.17 0.00
212_L 468_D 1.02 0.17 0.00
206_L 94_K 1.02 0.17 0.00
343_V 314_T 1.02 0.17 0.00
296_N 178_S 1.02 0.17 0.00
212_L 478_N 1.02 0.17 0.00
227_Y 472_M 1.02 0.17 0.00
179_I 39_F 1.02 0.17 0.00
167_F 3_F 1.02 0.17 0.00
158_G 285_I 1.01 0.17 0.00
124_I 412_I 1.01 0.17 0.00
347_I 414_D 1.01 0.16 0.00
135_A 219_L 1.01 0.16 0.00
337_L 265_A 1.01 0.16 0.00
399_N 437_M 1.01 0.16 0.00
335_E 409_V 1.01 0.16 0.00
103_Q 44_I 1.01 0.16 0.00
402_D 226_R 1.01 0.16 0.00
324_I 272_L 1.01 0.16 0.00
391_E 274_A 1.01 0.16 0.00
145_V 239_T 1.00 0.16 0.00
443_L 409_V 1.00 0.16 0.00
119_H 142_I 1.00 0.16 0.00
361_S 116_V 1.00 0.16 0.00
91_L 160_M 1.00 0.16 0.00
365_L 357_A 1.00 0.16 0.00
10_K 333_L 1.00 0.16 0.00
134_Y 469_E 1.00 0.16 0.00
402_D 238_G 1.00 0.16 0.00
392_L 44_I 1.00 0.16 0.00
23_F 362_A 1.00 0.16 0.00
87_F 488_Y 1.00 0.16 0.00
338_S 130_L 1.00 0.16 0.00
168_L 333_L 1.00 0.16 0.00
202_A 241_S 1.00 0.16 0.00
446_M 68_E 0.99 0.16 0.00
41_V 241_S 0.99 0.16 0.00
367_V 409_V 0.99 0.16 0.00
208_I 484_K 0.99 0.16 0.00
26_A 275_I 0.99 0.16 0.00
327_G 354_S 0.99 0.16 0.00
440_I 233_Q 0.99 0.16 0.00
387_F 330_N 0.99 0.16 0.00
84_L 223_K 0.99 0.16 0.00
170_T 367_L 0.99 0.16 0.00
246_R 167_E 0.99 0.16 0.00
87_F 126_Y 0.99 0.16 0.00
227_Y 324_A 0.99 0.15 0.00
99_D 205_N 0.99 0.15 0.00
214_Y 235_I 0.98 0.15 0.00
36_T 235_I 0.98 0.15 0.00
392_L 94_K 0.98 0.15 0.00
164_Q 506_A 0.98 0.15 0.00
449_I 468_D 0.98 0.15 0.00
64_F 210_V 0.98 0.15 0.00
165_I 485_I 0.98 0.15 0.00
336_I 330_N 0.98 0.15 0.00
98_G 320_L 0.98 0.15 0.00
273_L 115_Y 0.98 0.15 0.00
142_A 149_H 0.98 0.15 0.00
330_M 303_A 0.98 0.15 0.00
309_K 166_F 0.98 0.15 0.00
206_L 98_S 0.98 0.15 0.00
47_F 324_A 0.98 0.15 0.00
58_K 377_E 0.98 0.15 0.00
27_L 250_T 0.98 0.15 0.00
319_I 263_E 0.98 0.15 0.00
115_E 281_P 0.98 0.15 0.00
54_F 485_I 0.97 0.15 0.00
33_P 341_E 0.97 0.15 0.00
134_Y 278_F 0.97 0.15 0.00
277_L 350_Q 0.97 0.15 0.00
315_M 317_L 0.97 0.15 0.00
134_Y 265_A 0.97 0.15 0.00
430_G 186_P 0.97 0.15 0.00
228_L 185_R 0.97 0.15 0.00
334_G 266_S 0.97 0.15 0.00
328_G 190_N 0.97 0.15 0.00
278_G 307_R 0.97 0.15 0.00
84_L 282_N 0.96 0.15 0.00
12_E 364_I 0.96 0.15 0.00
79_S 287_T 0.96 0.15 0.00
392_L 279_I 0.96 0.15 0.00
208_I 495_I 0.96 0.15 0.00
219_T 409_V 0.96 0.15 0.00
385_N 130_L 0.96 0.15 0.00
41_V 295_T 0.96 0.14 0.00
294_G 341_E 0.96 0.14 0.00
124_I 354_S 0.96 0.14 0.00
65_R 487_N 0.96 0.14 0.00
253_R 213_S 0.96 0.14 0.00
136_T 355_V 0.96 0.14 0.00
134_Y 346_F 0.96 0.14 0.00
84_L 400_G 0.96 0.14 0.00
349_A 248_I 0.96 0.14 0.00
390_G 142_I 0.96 0.14 0.00
133_V 432_S 0.95 0.14 0.00
47_F 257_N 0.95 0.14 0.00
206_L 434_Q 0.95 0.14 0.00
113_L 350_Q 0.95 0.14 0.00
22_A 366_T 0.95 0.14 0.00
219_T 315_I 0.95 0.14 0.00
229_G 327_Q 0.95 0.14 0.00
76_I 248_I 0.95 0.14 0.00
179_I 150_V 0.95 0.14 0.00
94_A 285_I 0.95 0.14 0.00
17_Y 215_R 0.95 0.14 0.00
208_I 89_T 0.95 0.14 0.00
175_N 468_D 0.95 0.14 0.00
77_R 138_Y 0.95 0.14 0.00
43_N 90_K 0.95 0.14 0.00
197_R 170_E 0.95 0.14 0.00
124_I 279_I 0.95 0.14 0.00
355_G 359_F 0.95 0.14 0.00
51_L 508_K 0.95 0.14 0.00
41_V 484_K 0.95 0.14 0.00
36_T 484_K 0.95 0.14 0.00
29_S 213_S 0.95 0.14 0.00
12_E 483_K 0.95 0.14 0.00
229_G 286_V 0.95 0.14 0.00
134_Y 141_D 0.94 0.14 0.00
25_M 200_D 0.94 0.14 0.00
376_L 184_Y 0.94 0.14 0.00
268_S 274_A 0.94 0.14 0.00
62_S 178_S 0.94 0.14 0.00
260_S 376_I 0.94 0.14 0.00
213_T 484_K 0.94 0.14 0.00
337_L 458_I 0.94 0.14 0.00
114_A 272_L 0.94 0.14 0.00
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234_Y 276_T 0.87 0.12 0.00
146_A 389_A 0.87 0.12 0.00
42_S 125_L 0.87 0.12 0.00
164_Q 178_S 0.87 0.12 0.00
145_V 28_K 0.87 0.12 0.00
386_L 294_L 0.87 0.12 0.00
47_F 116_V 0.87 0.12 0.00
148_M 288_I 0.87 0.12 0.00
220_M 170_E 0.87 0.12 0.00
364_A 257_N 0.87 0.12 0.00
323_T 254_E 0.87 0.12 0.00
399_N 171_E 0.87 0.12 0.00
125_E 194_V 0.87 0.12 0.00
365_L 303_A 0.87 0.12 0.00
113_L 190_N 0.87 0.12 0.00
317_S 308_E 0.87 0.12 0.00
412_I 231_I 0.87 0.12 0.00
88_L 294_L 0.87 0.12 0.00
368_S 356_M 0.87 0.12 0.00
158_G 164_I 0.87 0.12 0.00
199_L 235_I 0.87 0.12 0.00
245_E 492_W 0.86 0.12 0.00
145_V 257_N 0.86 0.12 0.00
453_V 478_N 0.86 0.12 0.00
91_L 342_G 0.86 0.12 0.00
298_S 151_Y 0.86 0.12 0.00
38_L 242_S 0.86 0.12 0.00
336_I 305_V 0.86 0.12 0.00
324_I 317_L 0.86 0.12 0.00
239_N 178_S 0.86 0.12 0.00
175_N 65_T 0.86 0.12 0.00
322_E 205_N 0.86 0.12 0.00
133_V 380_K 0.86 0.12 0.00
98_G 301_W 0.86 0.12 0.00
18_I 254_E 0.86 0.12 0.00
208_I 160_M 0.86 0.12 0.00
261_V 184_Y 0.86 0.12 0.00
252_T 315_I 0.86 0.12 0.00
372_V 176_I 0.86 0.12 0.00
338_S 279_I 0.86 0.12 0.00
12_E 241_S 0.86 0.12 0.00
190_M 53_Y 0.86 0.12 0.00
404_G 434_Q 0.86 0.12 0.00
47_F 182_K 0.86 0.12 0.00
393_A 377_E 0.86 0.12 0.00
207_G 90_K 0.86 0.12 0.00
395_V 116_V 0.86 0.12 0.00
51_L 120_F 0.86 0.12 0.00
197_R 485_I 0.86 0.12 0.00
268_S 161_R 0.86 0.12 0.00
207_G 165_K 0.86 0.11 0.00
79_S 234_L 0.86 0.11 0.00
43_N 501_M 0.86 0.11 0.00
166_F 316_K 0.86 0.11 0.00
305_G 237_F 0.86 0.11 0.00
441_G 208_Y 0.86 0.11 0.00
98_G 118_Y 0.86 0.11 0.00
215_T 235_I 0.86 0.11 0.00
315_M 260_V 0.86 0.11 0.00
92_S 193_V 0.86 0.11 0.00
42_S 244_M 0.86 0.11 0.00
142_A 234_L 0.86 0.11 0.00
27_L 206_F 0.86 0.11 0.00
101_M 499_R 0.86 0.11 0.00
91_L 246_A 0.85 0.11 0.00
406_V 208_Y 0.85 0.11 0.00
268_S 163_S 0.85 0.11 0.00
297_K 187_V 0.85 0.11 0.00
11_E 274_A 0.85 0.11 0.00
45_D 190_N 0.85 0.11 0.00
199_L 438_L 0.85 0.11 0.00
278_G 137_P 0.85 0.11 0.00
213_T 165_K 0.85 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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