May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ABDUFEe-2jck
Genes: A B A+B
Length: 337 577 896
Sequences: 1925 4085 1322
Seq/Len: 5.71 7.08 1.48
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 1.35
2 0.00 0.01 1.39
5 0.01 0.03 1.43
10 0.01 0.04 1.44
20 0.01 0.04 1.45
100 0.02 0.06 1.49
∞ 0.05 0.18 1.73
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
330_D 281_R 2.37 1.00 0.98
331_L 272_V 2.05 0.98 0.95
337_F 286_W 1.92 0.97 0.93
336_E 267_T 1.53 0.87 0.75
12_A 413_I 1.48 0.85 0.71
62_V 79_I 1.47 0.84 0.71
85_V 70_K 1.40 0.80 0.64
85_V 168_L 1.37 0.78 0.62
62_V 194_V 1.31 0.74 0.56
199_V 468_F 1.27 0.71 0.52
326_D 275_S 1.26 0.69 0.50
266_V 345_D 1.25 0.69 0.49
110_V 78_T 1.23 0.67 0.47
327_Q 449_G 1.18 0.62 0.42
160_L 556_A 1.17 0.61 0.41
87_M 172_L 1.17 0.61 0.41
201_G 549_G 1.14 0.58 0.38
71_V 212_F 1.13 0.57 0.36
337_F 268_I 1.11 0.55 0.35
29_S 218_Y 1.11 0.55 0.34
286_G 576_E 1.10 0.54 0.33
130_D 99_T 1.10 0.54 0.33
330_D 273_G 1.08 0.52 0.32
23_R 82_D 1.08 0.52 0.32
180_I 445_F 1.07 0.51 0.30
195_A 71_A 1.07 0.51 0.30
271_L 413_I 1.07 0.51 0.30
274_Q 537_G 1.04 0.47 0.27
49_F 264_T 1.02 0.46 0.26
300_I 479_Y 1.02 0.46 0.26
199_V 350_V 1.02 0.45 0.25
178_L 59_A 1.02 0.45 0.25
26_A 429_F 1.01 0.45 0.25
85_V 170_I 1.01 0.45 0.25
103_P 573_L 1.01 0.44 0.24
337_F 453_W 1.00 0.44 0.24
108_L 181_I 1.00 0.44 0.24
26_A 190_R 0.99 0.43 0.23
26_A 458_D 0.99 0.43 0.23
189_T 239_V 0.99 0.42 0.23
315_P 571_I 0.98 0.42 0.22
33_I 520_V 0.98 0.42 0.22
43_V 573_L 0.98 0.42 0.22
13_D 455_E 0.97 0.41 0.22
167_L 133_I 0.97 0.41 0.21
67_A 69_L 0.97 0.41 0.21
291_G 336_R 0.97 0.40 0.21
241_M 556_A 0.96 0.40 0.21
49_F 93_V 0.96 0.40 0.21
44_S 565_H 0.96 0.40 0.20
309_L 183_Y 0.96 0.39 0.20
264_F 365_I 0.95 0.39 0.20
212_S 186_G 0.95 0.39 0.20
20_W 509_N 0.95 0.38 0.19
8_L 542_V 0.94 0.38 0.19
62_V 288_K 0.94 0.38 0.19
41_M 149_L 0.94 0.38 0.19
7_Y 80_E 0.94 0.38 0.19
9_N 413_I 0.94 0.38 0.19
210_I 537_G 0.94 0.38 0.19
142_L 96_A 0.94 0.37 0.18
324_G 556_A 0.93 0.37 0.18
167_L 377_G 0.93 0.37 0.18
6_I 565_H 0.92 0.36 0.18
313_L 405_W 0.92 0.36 0.17
49_F 516_G 0.92 0.36 0.17
273_T 297_S 0.92 0.35 0.17
107_N 447_T 0.92 0.35 0.17
129_G 443_H 0.91 0.35 0.17
97_P 99_T 0.91 0.35 0.17
241_M 344_S 0.91 0.35 0.17
328_A 281_R 0.91 0.35 0.17
320_E 277_D 0.90 0.34 0.16
89_N 172_L 0.90 0.34 0.16
330_D 305_S 0.90 0.34 0.16
271_L 551_I 0.90 0.34 0.16
6_I 75_Y 0.90 0.34 0.16
12_A 542_V 0.90 0.34 0.16
131_L 501_T 0.90 0.34 0.16
138_Q 162_E 0.90 0.34 0.16
314_M 291_M 0.90 0.34 0.16
331_L 555_F 0.89 0.33 0.15
34_T 188_R 0.89 0.33 0.15
266_V 60_R 0.89 0.33 0.15
197_V 545_E 0.89 0.33 0.15
259_K 260_V 0.89 0.33 0.15
129_G 318_P 0.88 0.33 0.15
64_V 94_L 0.88 0.32 0.15
289_L 187_E 0.88 0.32 0.15
108_L 190_R 0.88 0.32 0.15
266_V 559_V 0.88 0.32 0.15
279_S 111_V 0.88 0.32 0.14
28_G 196_F 0.88 0.32 0.14
264_F 281_R 0.88 0.32 0.14
262_E 108_G 0.88 0.32 0.14
299_G 305_S 0.88 0.32 0.14
108_L 193_H 0.88 0.32 0.14
165_G 168_L 0.87 0.32 0.14
66_W 105_L 0.87 0.31 0.14
210_I 104_V 0.87 0.31 0.14
97_P 553_L 0.87 0.31 0.14
300_I 352_S 0.87 0.31 0.14
86_V 167_Q 0.87 0.31 0.14
317_L 573_L 0.87 0.31 0.14
133_V 520_V 0.87 0.31 0.14
96_E 83_L 0.87 0.31 0.14
292_L 284_A 0.87 0.31 0.14
169_F 166_A 0.86 0.31 0.14
229_Q 556_A 0.86 0.31 0.14
6_I 282_V 0.86 0.31 0.14
45_P 72_L 0.86 0.30 0.13
85_V 139_Q 0.86 0.30 0.13
75_P 546_S 0.86 0.30 0.13
67_A 250_E 0.86 0.30 0.13
164_K 152_I 0.86 0.30 0.13
25_T 458_D 0.86 0.30 0.13
334_Q 269_E 0.85 0.30 0.13
90_D 542_V 0.85 0.30 0.13
31_V 428_V 0.85 0.30 0.13
249_G 315_Y 0.85 0.30 0.13
129_G 295_G 0.85 0.30 0.13
266_V 199_S 0.85 0.29 0.13
266_V 531_R 0.85 0.29 0.13
23_R 402_M 0.85 0.29 0.13
101_S 551_I 0.85 0.29 0.13
327_Q 311_L 0.85 0.29 0.13
86_V 95_I 0.84 0.29 0.12
167_L 196_F 0.84 0.29 0.12
309_L 491_G 0.84 0.29 0.12
127_L 146_K 0.84 0.29 0.12
30_K 96_A 0.84 0.29 0.12
247_G 504_L 0.84 0.29 0.12
271_L 488_Y 0.84 0.29 0.12
299_G 508_Y 0.84 0.28 0.12
243_S 571_I 0.83 0.28 0.12
223_S 163_F 0.83 0.28 0.12
140_L 408_S 0.83 0.28 0.12
146_I 135_T 0.83 0.28 0.12
225_L 212_F 0.83 0.28 0.12
51_A 290_W 0.83 0.28 0.12
153_F 235_W 0.83 0.28 0.12
284_V 312_D 0.83 0.28 0.12
58_L 313_F 0.83 0.28 0.12
39_V 486_P 0.83 0.28 0.12
77_S 385_L 0.83 0.28 0.12
285_S 39_V 0.82 0.27 0.11
108_L 97_K 0.82 0.27 0.11
24_V 431_A 0.82 0.27 0.11
221_A 71_A 0.82 0.27 0.11
167_L 518_V 0.82 0.27 0.11
218_Q 301_S 0.82 0.27 0.11
233_S 103_P 0.82 0.27 0.11
225_L 254_L 0.82 0.27 0.11
118_I 211_P 0.82 0.27 0.11
167_L 79_I 0.81 0.27 0.11
125_A 57_F 0.81 0.27 0.11
13_D 82_D 0.81 0.27 0.11
245_L 402_M 0.81 0.27 0.11
307_L 189_Y 0.81 0.26 0.11
83_S 490_N 0.81 0.26 0.11
6_I 431_A 0.81 0.26 0.11
120_A 554_D 0.81 0.26 0.11
333_Y 75_Y 0.81 0.26 0.11
31_V 137_L 0.81 0.26 0.11
129_G 523_G 0.81 0.26 0.11
46_D 144_N 0.81 0.26 0.11
108_L 300_T 0.81 0.26 0.11
169_F 109_T 0.81 0.26 0.10
201_G 471_G 0.81 0.26 0.10
43_V 77_P 0.81 0.26 0.10
103_P 445_F 0.81 0.26 0.10
203_A 92_Q 0.81 0.26 0.10
225_L 454_I 0.81 0.26 0.10
334_Q 65_I 0.81 0.26 0.10
317_L 404_T 0.81 0.26 0.10
108_L 400_G 0.80 0.26 0.10
288_V 183_Y 0.80 0.26 0.10
24_V 44_S 0.80 0.26 0.10
47_V 256_L 0.80 0.26 0.10
294_V 329_L 0.80 0.26 0.10
112_V 260_V 0.80 0.26 0.10
43_V 332_G 0.80 0.26 0.10
128_T 393_S 0.80 0.26 0.10
225_L 85_P 0.80 0.26 0.10
6_I 540_V 0.80 0.26 0.10
310_R 473_D 0.80 0.26 0.10
212_S 508_Y 0.80 0.25 0.10
54_N 514_W 0.80 0.25 0.10
242_T 482_K 0.80 0.25 0.10
333_Y 212_F 0.80 0.25 0.10
199_V 566_G 0.80 0.25 0.10
232_E 367_L 0.80 0.25 0.10
166_E 138_N 0.80 0.25 0.10
308_T 75_Y 0.80 0.25 0.10
96_E 112_V 0.80 0.25 0.10
89_N 171_A 0.80 0.25 0.10
201_G 186_G 0.80 0.25 0.10
108_L 280_P 0.80 0.25 0.10
52_T 390_V 0.80 0.25 0.10
8_L 39_V 0.80 0.25 0.10
331_L 25_R 0.80 0.25 0.10
29_S 367_L 0.79 0.25 0.10
122_G 481_Y 0.79 0.25 0.10
290_P 221_K 0.79 0.25 0.10
265_G 549_G 0.79 0.25 0.10
108_L 202_R 0.79 0.24 0.10
9_N 378_E 0.79 0.24 0.10
193_V 258_G 0.79 0.24 0.10
97_P 105_L 0.79 0.24 0.10
12_A 394_R 0.79 0.24 0.10
144_G 158_Y 0.79 0.24 0.10
53_P 274_Y 0.79 0.24 0.10
161_I 510_V 0.79 0.24 0.09
276_V 233_T 0.79 0.24 0.09
332_L 236_F 0.79 0.24 0.09
318_Y 289_P 0.78 0.24 0.09
288_V 96_A 0.78 0.24 0.09
110_V 310_T 0.78 0.24 0.09
265_G 497_S 0.78 0.24 0.09
203_A 190_R 0.78 0.24 0.09
260_I 134_G 0.78 0.24 0.09
77_S 405_W 0.78 0.24 0.09
96_E 442_R 0.78 0.24 0.09
245_L 342_T 0.78 0.24 0.09
167_L 531_R 0.78 0.24 0.09
60_G 553_L 0.78 0.24 0.09
49_F 135_T 0.78 0.24 0.09
46_D 460_D 0.78 0.24 0.09
244_M 206_L 0.78 0.23 0.09
199_V 452_G 0.78 0.23 0.09
321_A 85_P 0.77 0.23 0.09
260_I 396_R 0.77 0.23 0.09
252_Q 206_L 0.77 0.23 0.09
49_F 365_I 0.77 0.23 0.09
208_A 428_V 0.77 0.23 0.09
299_G 255_P 0.77 0.23 0.09
162_V 382_T 0.77 0.23 0.09
328_A 137_L 0.77 0.23 0.09
108_L 119_T 0.77 0.23 0.09
67_A 188_R 0.77 0.23 0.09
131_L 45_T 0.77 0.23 0.09
220_A 445_F 0.77 0.23 0.09
197_V 197_E 0.77 0.23 0.09
225_L 208_N 0.77 0.23 0.09
149_P 84_R 0.77 0.23 0.09
47_V 135_T 0.77 0.23 0.09
262_E 315_Y 0.77 0.23 0.09
253_S 571_I 0.77 0.23 0.09
32_R 470_A 0.76 0.23 0.09
262_E 346_S 0.76 0.23 0.08
206_P 96_A 0.76 0.23 0.08
27_K 392_I 0.76 0.23 0.08
54_N 542_V 0.76 0.23 0.08
58_L 518_V 0.76 0.23 0.08
166_E 313_F 0.76 0.23 0.08
297_G 305_S 0.76 0.23 0.08
107_N 381_N 0.76 0.23 0.08
287_Y 478_G 0.76 0.23 0.08
104_I 571_I 0.76 0.23 0.08
175_Q 469_F 0.76 0.22 0.08
328_A 275_S 0.76 0.22 0.08
167_L 267_T 0.76 0.22 0.08
337_F 416_S 0.76 0.22 0.08
167_L 330_V 0.76 0.22 0.08
203_A 572_G 0.76 0.22 0.08
8_L 332_G 0.76 0.22 0.08
96_E 136_V 0.76 0.22 0.08
15_S 392_I 0.76 0.22 0.08
212_S 406_G 0.76 0.22 0.08
69_I 62_D 0.76 0.22 0.08
205_E 151_S 0.76 0.22 0.08
180_I 204_E 0.75 0.22 0.08
43_V 569_F 0.75 0.22 0.08
82_S 75_Y 0.75 0.22 0.08
308_T 264_T 0.75 0.22 0.08
96_E 445_F 0.75 0.22 0.08
44_S 258_G 0.75 0.22 0.08
201_G 406_G 0.75 0.22 0.08
162_V 465_D 0.75 0.22 0.08
58_L 347_T 0.75 0.22 0.08
143_N 311_L 0.75 0.22 0.08
288_V 130_R 0.75 0.22 0.08
325_V 485_A 0.75 0.21 0.08
212_S 549_G 0.75 0.21 0.08
261_G 290_W 0.75 0.21 0.08
8_L 225_E 0.75 0.21 0.08
30_K 155_R 0.75 0.21 0.08
43_V 96_A 0.75 0.21 0.08
235_Q 69_L 0.75 0.21 0.08
101_S 183_Y 0.75 0.21 0.08
64_V 200_Q 0.75 0.21 0.08
156_Y 415_Y 0.75 0.21 0.08
288_V 407_D 0.75 0.21 0.08
146_I 302_T 0.75 0.21 0.08
118_I 334_F 0.74 0.21 0.08
87_M 518_V 0.74 0.21 0.08
28_G 143_E 0.74 0.21 0.08
117_R 504_L 0.74 0.21 0.08
167_L 111_V 0.74 0.21 0.08
160_L 199_S 0.74 0.21 0.08
41_M 537_G 0.74 0.21 0.08
123_L 69_L 0.74 0.21 0.08
317_L 176_K 0.74 0.21 0.08
175_Q 559_V 0.74 0.21 0.08
178_L 563_D 0.74 0.21 0.08
328_A 470_A 0.74 0.21 0.07
146_I 407_D 0.74 0.21 0.07
48_V 282_V 0.74 0.21 0.07
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2621 1.48 ABDUFEe-2jck Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.98 Done
2544 1.1 ABDUFEe-2 Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.97 Done
2543 1.14 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.96 Done
1967 0.74 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.97 Done
1965 0.77 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.96 Done
0521 0.65 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.57 Done - Shared
Page generated in 0.2842 seconds.