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OPENSEQ.org
YhcB_HemX
Genes: A B A+B
Length: 132 393 458
Sequences: 262 415 130
Seq/Len: 1.98 1.06 0.28
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.00
20 0.00 0.00 0.00
100 0.00 0.00 0.02
∞ 0.00 0.00 0.25
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
56_F 198_D 1.80 0.59 0.00
60_A 280_R 1.71 0.54 0.00
50_E 331_V 1.57 0.45 0.00
51_E 301_T 1.44 0.36 0.00
81_S 148_K 1.36 0.32 0.00
125_L 50_A 1.34 0.30 0.00
34_L 70_D 1.28 0.27 0.00
49_R 269_P 1.28 0.27 0.00
119_E 309_V 1.26 0.26 0.00
38_L 312_W 1.25 0.26 0.00
118_S 288_L 1.25 0.26 0.00
35_Q 301_T 1.24 0.25 0.00
13_G 138_A 1.23 0.25 0.00
84_L 306_L 1.23 0.24 0.00
115_R 319_T 1.23 0.24 0.00
53_V 301_T 1.22 0.24 0.00
23_F 55_Y 1.22 0.24 0.00
10_L 174_D 1.22 0.24 0.00
30_Q 49_A 1.22 0.24 0.00
51_E 269_P 1.20 0.23 0.00
56_F 209_L 1.19 0.23 0.00
76_H 271_L 1.19 0.23 0.00
15_I 69_S 1.18 0.22 0.00
50_E 114_Q 1.18 0.22 0.00
38_L 287_L 1.17 0.22 0.00
38_L 189_A 1.16 0.21 0.00
81_S 147_R 1.15 0.21 0.00
114_P 141_L 1.15 0.21 0.00
63_L 347_L 1.15 0.21 0.00
66_M 213_V 1.12 0.20 0.00
115_R 49_A 1.12 0.20 0.00
16_I 86_Q 1.11 0.19 0.00
77_M 259_T 1.11 0.19 0.00
81_S 198_D 1.10 0.19 0.00
84_L 290_A 1.10 0.19 0.00
123_G 141_L 1.09 0.18 0.00
51_E 200_D 1.09 0.18 0.00
124_L 147_R 1.09 0.18 0.00
125_L 41_A 1.08 0.18 0.00
13_G 133_W 1.07 0.18 0.00
29_R 126_S 1.07 0.18 0.00
120_G 129_D 1.07 0.18 0.00
77_M 142_V 1.07 0.17 0.00
124_L 257_F 1.07 0.17 0.00
124_L 148_K 1.07 0.17 0.00
59_S 108_Q 1.07 0.17 0.00
12_V 202_I 1.06 0.17 0.00
117_Y 270_L 1.06 0.17 0.00
21_M 267_A 1.06 0.17 0.00
8_I 213_V 1.05 0.17 0.00
13_G 158_A 1.05 0.17 0.00
59_S 296_R 1.04 0.17 0.00
78_A 282_N 1.04 0.16 0.00
11_V 167_A 1.04 0.16 0.00
11_V 120_Q 1.04 0.16 0.00
25_N 190_S 1.03 0.16 0.00
117_Y 161_L 1.03 0.16 0.00
35_Q 123_A 1.03 0.16 0.00
13_G 165_A 1.03 0.16 0.00
125_L 241_E 1.03 0.16 0.00
9_G 155_V 1.03 0.16 0.00
23_F 132_T 1.03 0.16 0.00
22_R 161_L 1.03 0.16 0.00
96_R 241_E 1.03 0.16 0.00
75_Q 170_A 1.03 0.16 0.00
77_M 188_I 1.03 0.16 0.00
16_I 320_D 1.02 0.16 0.00
8_I 260_I 1.02 0.16 0.00
115_R 328_L 1.02 0.16 0.00
16_I 244_I 1.02 0.16 0.00
125_L 77_T 1.00 0.15 0.00
78_A 325_K 1.00 0.15 0.00
35_Q 49_A 1.00 0.15 0.00
46_D 56_G 1.00 0.15 0.00
121_A 328_L 1.00 0.15 0.00
7_L 243_R 1.00 0.15 0.00
78_A 349_S 1.00 0.15 0.00
120_G 139_D 1.00 0.15 0.00
12_V 97_Q 1.00 0.15 0.00
43_A 128_S 0.99 0.15 0.00
70_Y 214_D 0.99 0.15 0.00
95_F 188_I 0.99 0.15 0.00
121_A 213_V 0.99 0.14 0.00
1_M 218_L 0.99 0.14 0.00
56_F 161_L 0.98 0.14 0.00
88_L 122_V 0.98 0.14 0.00
85_L 112_A 0.98 0.14 0.00
5_Y 200_D 0.98 0.14 0.00
51_E 197_V 0.97 0.14 0.00
116_D 145_A 0.97 0.14 0.00
117_Y 282_N 0.97 0.14 0.00
129_A 148_K 0.97 0.14 0.00
72_Q 139_D 0.97 0.14 0.00
15_I 78_A 0.97 0.14 0.00
121_A 44_I 0.97 0.14 0.00
17_G 309_V 0.96 0.14 0.00
120_G 148_K 0.96 0.14 0.00
14_I 236_S 0.96 0.14 0.00
56_F 290_A 0.96 0.14 0.00
45_L 271_L 0.96 0.14 0.00
95_F 246_L 0.96 0.14 0.00
78_A 279_L 0.95 0.14 0.00
36_Y 317_Y 0.95 0.14 0.00
117_Y 118_V 0.95 0.14 0.00
130_K 148_K 0.95 0.14 0.00
44_E 135_L 0.95 0.13 0.00
76_H 280_R 0.95 0.13 0.00
115_R 217_R 0.95 0.13 0.00
56_F 133_W 0.95 0.13 0.00
116_D 166_D 0.95 0.13 0.00
116_D 181_R 0.95 0.13 0.00
77_M 42_V 0.94 0.13 0.00
35_Q 54_L 0.94 0.13 0.00
19_V 179_T 0.94 0.13 0.00
76_H 298_Q 0.94 0.13 0.00
1_M 212_Q 0.94 0.13 0.00
10_L 287_L 0.93 0.13 0.00
52_L 46_I 0.93 0.13 0.00
65_T 291_A 0.93 0.13 0.00
94_P 259_T 0.93 0.13 0.00
125_L 213_V 0.93 0.13 0.00
60_A 317_Y 0.93 0.13 0.00
48_Y 269_P 0.93 0.13 0.00
27_K 137_Q 0.93 0.13 0.00
46_D 51_G 0.93 0.13 0.00
129_A 73_A 0.93 0.13 0.00
121_A 60_Q 0.93 0.13 0.00
121_A 53_G 0.93 0.13 0.00
13_G 344_P 0.92 0.12 0.00
130_K 122_V 0.92 0.12 0.00
60_A 282_N 0.92 0.12 0.00
48_Y 324_T 0.92 0.12 0.00
63_L 291_A 0.92 0.12 0.00
118_S 309_V 0.91 0.12 0.00
9_G 175_P 0.91 0.12 0.00
63_L 356_L 0.91 0.12 0.00
38_L 298_Q 0.91 0.12 0.00
17_G 216_L 0.91 0.12 0.00
75_Q 360_R 0.91 0.12 0.00
118_S 140_F 0.91 0.12 0.00
69_D 327_F 0.90 0.12 0.00
115_R 342_D 0.90 0.12 0.00
76_H 43_A 0.90 0.12 0.00
125_L 84_E 0.90 0.12 0.00
16_I 42_V 0.90 0.12 0.00
43_A 180_V 0.90 0.12 0.00
16_I 348_Q 0.90 0.12 0.00
76_H 296_R 0.90 0.12 0.00
119_E 211_N 0.90 0.12 0.00
12_V 84_E 0.90 0.12 0.00
49_R 121_K 0.89 0.12 0.00
42_K 173_N 0.89 0.12 0.00
21_M 272_A 0.89 0.12 0.00
95_F 236_S 0.89 0.12 0.00
60_A 43_A 0.89 0.12 0.00
117_Y 216_L 0.89 0.12 0.00
11_V 182_R 0.89 0.12 0.00
1_M 142_V 0.89 0.12 0.00
50_E 112_A 0.89 0.12 0.00
6_A 270_L 0.88 0.12 0.00
20_A 159_A 0.88 0.11 0.00
12_V 39_L 0.88 0.11 0.00
87_E 109_E 0.88 0.11 0.00
9_G 176_S 0.88 0.11 0.00
47_E 83_Q 0.88 0.11 0.00
6_A 184_I 0.88 0.11 0.00
23_F 251_Q 0.87 0.11 0.00
46_D 149_L 0.87 0.11 0.00
50_E 187_D 0.87 0.11 0.00
50_E 108_Q 0.87 0.11 0.00
9_G 122_V 0.87 0.11 0.00
119_E 184_I 0.87 0.11 0.00
4_E 222_D 0.87 0.11 0.00
31_Q 273_P 0.87 0.11 0.00
116_D 169_L 0.87 0.11 0.00
114_P 145_A 0.86 0.11 0.00
51_E 201_G 0.86 0.11 0.00
21_M 185_T 0.86 0.11 0.00
82_S 266_T 0.86 0.11 0.00
2_T 186_D 0.86 0.11 0.00
117_Y 198_D 0.86 0.11 0.00
49_R 321_D 0.86 0.11 0.00
13_G 161_L 0.86 0.11 0.00
119_E 284_R 0.85 0.11 0.00
49_R 285_S 0.85 0.11 0.00
65_T 243_R 0.85 0.11 0.00
125_L 144_L 0.85 0.11 0.00
1_M 257_F 0.85 0.11 0.00
34_L 367_Q 0.85 0.11 0.00
19_V 305_A 0.85 0.11 0.00
124_L 242_W 0.85 0.11 0.00
113_M 112_A 0.85 0.10 0.00
99_L 269_P 0.85 0.10 0.00
116_D 191_L 0.85 0.10 0.00
74_Y 282_N 0.84 0.10 0.00
44_E 134_L 0.84 0.10 0.00
115_R 211_N 0.84 0.10 0.00
10_L 318_D 0.84 0.10 0.00
23_F 205_K 0.84 0.10 0.00
125_L 209_L 0.84 0.10 0.00
117_Y 154_D 0.84 0.10 0.00
14_I 73_A 0.84 0.10 0.00
42_K 40_S 0.84 0.10 0.00
115_R 287_L 0.84 0.10 0.00
61_E 170_A 0.84 0.10 0.00
114_P 166_D 0.84 0.10 0.00
114_P 181_R 0.84 0.10 0.00
46_D 306_L 0.84 0.10 0.00
112_Q 108_Q 0.84 0.10 0.00
124_L 245_N 0.84 0.10 0.00
54_S 70_D 0.84 0.10 0.00
125_L 339_I 0.84 0.10 0.00
111_V 202_I 0.83 0.10 0.00
58_R 230_S 0.83 0.10 0.00
129_A 294_V 0.83 0.10 0.00
124_L 241_E 0.83 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8976 0 YhcB-HemX Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
2601 0.28 YhcB_HemX Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
2600 0.29 YhcB_HemX Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
2576 0 YhcB_HemX Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed
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