May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Seca secy
Genes: A B A+B
Length: 443 841 1275
Sequences: 2169 2095 1162
Seq/Len: 4.9 2.49 0.91
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.06
10 0.00 0.00 0.06
20 0.00 0.00 0.07
100 0.00 0.01 0.18
∞ 0.02 0.03 0.90
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_L 265_D 1.61 0.81 0.05
263_T 728_G 1.50 0.74 0.04
132_S 69_V 1.37 0.65 0.03
265_L 733_G 1.33 0.61 0.02
82_I 743_Y 1.26 0.55 0.02
164_L 10_V 1.26 0.54 0.02
128_A 527_Y 1.25 0.54 0.02
63_M 535_M 1.18 0.47 0.01
409_V 563_V 1.17 0.47 0.01
378_A 748_F 1.16 0.46 0.01
67_F 528_L 1.15 0.44 0.01
240_G 552_M 1.14 0.44 0.01
283_I 818_K 1.14 0.44 0.01
190_I 137_E 1.14 0.43 0.01
265_L 735_A 1.11 0.41 0.01
272_A 216_E 1.11 0.41 0.01
416_F 740_K 1.10 0.40 0.01
370_M 80_A 1.10 0.40 0.01
238_E 239_Y 1.09 0.40 0.01
23_L 367_V 1.08 0.39 0.01
166_T 378_I 1.08 0.39 0.01
118_Q 368_Y 1.08 0.39 0.01
240_G 29_L 1.08 0.38 0.01
265_L 628_I 1.07 0.38 0.01
234_V 29_L 1.07 0.38 0.01
134_G 370_T 1.06 0.37 0.01
225_V 145_Y 1.06 0.37 0.01
221_L 145_Y 1.05 0.36 0.01
246_V 731_L 1.04 0.36 0.01
353_V 271_G 1.04 0.35 0.01
162_V 112_A 1.04 0.35 0.01
334_A 310_Q 1.03 0.34 0.01
228_F 367_V 1.02 0.34 0.01
351_A 320_Y 1.02 0.34 0.01
264_H 284_M 1.01 0.33 0.01
244_I 145_Y 1.01 0.32 0.01
228_F 144_H 1.00 0.32 0.01
68_S 759_K 1.00 0.32 0.01
36_G 586_L 1.00 0.32 0.01
23_L 726_R 1.00 0.32 0.01
343_A 338_A 1.00 0.32 0.01
170_F 587_E 0.99 0.31 0.01
330_F 606_L 0.99 0.31 0.01
378_A 255_R 0.98 0.30 0.01
222_L 3_L 0.97 0.30 0.01
40_P 738_D 0.97 0.30 0.01
250_K 733_G 0.97 0.30 0.01
127_L 641_W 0.96 0.29 0.01
243_R 265_D 0.95 0.28 0.01
244_I 346_K 0.95 0.28 0.01
218_L 367_V 0.95 0.28 0.01
76_S 547_M 0.95 0.28 0.01
44_I 566_A 0.94 0.28 0.01
364_K 270_D 0.94 0.28 0.01
330_F 62_T 0.94 0.28 0.01
104_E 265_D 0.94 0.28 0.01
361_Q 733_G 0.93 0.27 0.01
392_R 369_M 0.93 0.27 0.01
232_F 24_F 0.93 0.27 0.01
77_I 368_Y 0.93 0.27 0.01
234_V 761_E 0.93 0.27 0.01
177_Q 145_Y 0.93 0.26 0.01
53_L 426_N 0.92 0.26 0.01
343_A 367_V 0.92 0.26 0.01
22_R 690_K 0.92 0.26 0.01
383_F 368_Y 0.92 0.26 0.01
76_S 600_Y 0.92 0.26 0.01
269_V 747_S 0.92 0.26 0.01
22_R 741_Q 0.91 0.26 0.01
329_C 202_H 0.91 0.25 0.01
284_I 726_R 0.91 0.25 0.01
72_L 245_M 0.90 0.25 0.01
255_R 722_M 0.90 0.25 0.01
230_V 3_L 0.90 0.25 0.01
23_L 640_M 0.90 0.25 0.01
88_A 230_G 0.90 0.25 0.01
264_H 717_E 0.90 0.24 0.01
272_A 537_I 0.90 0.24 0.01
82_I 89_F 0.90 0.24 0.01
346_L 703_E 0.90 0.24 0.01
241_Q 226_L 0.90 0.24 0.01
358_P 79_D 0.89 0.24 0.01
265_L 410_T 0.89 0.24 0.01
264_H 317_F 0.89 0.24 0.01
81_G 563_V 0.89 0.24 0.01
132_S 323_L 0.88 0.24 0.01
105_I 86_L 0.88 0.23 0.01
341_E 305_I 0.88 0.23 0.01
156_F 744_K 0.88 0.23 0.01
261_Q 820_G 0.88 0.23 0.01
269_V 107_R 0.88 0.23 0.01
381_I 373_E 0.88 0.23 0.01
230_V 675_L 0.88 0.23 0.01
61_I 5_P 0.88 0.23 0.01
290_I 145_Y 0.88 0.23 0.01
319_L 69_V 0.88 0.23 0.01
76_S 622_D 0.88 0.23 0.01
216_H 107_R 0.88 0.23 0.01
236_F 245_M 0.88 0.23 0.01
369_V 97_N 0.87 0.23 0.01
81_G 735_A 0.87 0.23 0.01
277_A 423_F 0.87 0.23 0.01
373_L 18_V 0.87 0.23 0.01
92_I 549_K 0.87 0.23 0.01
139_L 737_K 0.86 0.22 0.01
246_V 542_R 0.86 0.22 0.01
81_G 584_Q 0.86 0.22 0.01
22_R 723_D 0.86 0.22 0.01
291_A 144_H 0.86 0.22 0.01
237_V 203_F 0.86 0.22 0.01
264_H 728_G 0.86 0.22 0.01
168_T 524_S 0.86 0.22 0.01
196_V 527_Y 0.85 0.22 0.01
335_L 580_D 0.85 0.22 0.01
358_P 78_R 0.85 0.21 0.01
327_F 555_G 0.84 0.21 0.01
13_K 496_I 0.84 0.21 0.01
154_F 367_V 0.84 0.21 0.01
180_E 496_I 0.84 0.21 0.01
161_V 491_A 0.84 0.21 0.01
65_N 291_D 0.84 0.21 0.01
43_G 744_K 0.84 0.21 0.01
81_G 527_Y 0.84 0.21 0.01
348_K 101_M 0.84 0.21 0.01
83_M 563_V 0.83 0.20 0.00
366_I 249_H 0.83 0.20 0.00
379_L 145_Y 0.83 0.20 0.00
88_A 251_T 0.83 0.20 0.00
132_S 375_I 0.83 0.20 0.00
194_G 322_R 0.83 0.20 0.00
274_V 153_S 0.83 0.20 0.00
257_V 169_A 0.83 0.20 0.00
225_V 472_E 0.83 0.20 0.00
321_Y 315_I 0.83 0.20 0.00
92_I 82_N 0.83 0.20 0.00
369_V 18_V 0.83 0.20 0.00
141_N 145_Y 0.82 0.20 0.00
379_L 141_R 0.82 0.20 0.00
157_Y 96_I 0.82 0.20 0.00
422_T 414_I 0.82 0.20 0.00
434_K 100_G 0.82 0.20 0.00
224_A 677_E 0.82 0.20 0.00
346_L 553_K 0.82 0.20 0.00
403_G 586_L 0.82 0.20 0.00
374_T 310_Q 0.82 0.20 0.00
392_R 515_S 0.82 0.20 0.00
66_M 86_L 0.82 0.19 0.00
98_V 542_R 0.81 0.19 0.00
95_L 305_I 0.81 0.19 0.00
33_F 271_G 0.81 0.19 0.00
73_S 573_K 0.81 0.19 0.00
364_K 704_K 0.81 0.19 0.00
356_I 107_R 0.81 0.19 0.00
406_L 727_Q 0.81 0.19 0.00
147_G 382_I 0.81 0.19 0.00
106_K 573_K 0.81 0.19 0.00
245_V 722_M 0.81 0.19 0.00
203_I 148_V 0.81 0.19 0.00
357_R 223_E 0.80 0.19 0.00
172_M 259_L 0.80 0.19 0.00
414_M 573_K 0.80 0.19 0.00
139_L 52_A 0.80 0.19 0.00
196_V 565_K 0.80 0.19 0.00
390_F 210_R 0.80 0.19 0.00
74_R 56_A 0.80 0.18 0.00
87_S 585_L 0.80 0.18 0.00
35_I 774_P 0.80 0.18 0.00
384_I 616_I 0.80 0.18 0.00
394_A 747_S 0.80 0.18 0.00
224_A 262_R 0.80 0.18 0.00
249_A 422_K 0.80 0.18 0.00
344_D 259_L 0.80 0.18 0.00
394_A 527_Y 0.80 0.18 0.00
330_F 424_H 0.79 0.18 0.00
391_M 219_L 0.79 0.18 0.00
165_V 205_V 0.79 0.18 0.00
66_M 338_A 0.79 0.18 0.00
401_F 81_E 0.79 0.18 0.00
105_I 763_I 0.79 0.18 0.00
243_R 303_V 0.79 0.18 0.00
275_I 309_N 0.79 0.18 0.00
13_K 606_L 0.79 0.18 0.00
87_S 291_D 0.79 0.18 0.00
130_F 148_V 0.79 0.18 0.00
375_L 238_L 0.79 0.18 0.00
341_E 350_V 0.79 0.18 0.00
87_S 257_H 0.79 0.18 0.00
205_H 535_M 0.78 0.17 0.00
91_I 86_L 0.78 0.17 0.00
340_R 496_I 0.78 0.17 0.00
291_A 323_L 0.78 0.17 0.00
403_G 153_S 0.78 0.17 0.00
48_V 676_R 0.78 0.17 0.00
27_I 652_N 0.78 0.17 0.00
321_Y 184_P 0.78 0.17 0.00
148_L 349_T 0.78 0.17 0.00
432_A 260_F 0.78 0.17 0.00
25_F 154_I 0.78 0.17 0.00
432_A 373_E 0.78 0.17 0.00
62_E 606_L 0.78 0.17 0.00
433_L 704_K 0.78 0.17 0.00
218_L 624_F 0.77 0.17 0.00
189_I 713_S 0.77 0.17 0.00
272_A 328_A 0.77 0.17 0.00
238_E 338_A 0.77 0.17 0.00
41_I 497_I 0.77 0.17 0.00
47_A 515_S 0.77 0.17 0.00
379_L 431_V 0.77 0.17 0.00
36_G 451_T 0.77 0.17 0.00
37_S 375_I 0.77 0.17 0.00
180_E 454_V 0.77 0.17 0.00
269_V 706_V 0.77 0.17 0.00
238_E 735_A 0.77 0.17 0.00
59_T 431_V 0.77 0.17 0.00
105_I 291_D 0.77 0.17 0.00
44_I 564_T 0.77 0.17 0.00
240_G 367_V 0.77 0.17 0.00
246_V 733_G 0.77 0.17 0.00
44_I 549_K 0.77 0.17 0.00
175_G 413_G 0.77 0.17 0.00
248_Y 294_H 0.76 0.17 0.00
251_R 585_L 0.76 0.17 0.00
221_L 677_E 0.76 0.17 0.00
23_L 114_I 0.76 0.17 0.00
269_V 368_Y 0.76 0.17 0.00
157_Y 106_K 0.76 0.17 0.00
252_Q 584_Q 0.76 0.17 0.00
433_L 553_K 0.76 0.17 0.00
293_W 549_K 0.76 0.17 0.00
24_L 679_I 0.76 0.17 0.00
269_V 778_E 0.76 0.17 0.00
18_E 645_G 0.76 0.17 0.00
336_V 683_S 0.76 0.17 0.00
105_I 767_S 0.76 0.17 0.00
132_S 423_F 0.76 0.16 0.00
239_R 761_E 0.76 0.16 0.00
366_I 713_S 0.76 0.16 0.00
368_K 497_I 0.76 0.16 0.00
82_I 573_K 0.76 0.16 0.00
22_R 174_E 0.76 0.16 0.00
304_T 144_H 0.76 0.16 0.00
438_L 704_K 0.76 0.16 0.00
149_V 729_I 0.76 0.16 0.00
33_F 97_N 0.76 0.16 0.00
365_Y 5_P 0.76 0.16 0.00
267_L 43_R 0.76 0.16 0.00
23_L 168_P 0.75 0.16 0.00
246_V 416_H 0.75 0.16 0.00
165_V 3_L 0.75 0.16 0.00
55_Q 754_M 0.75 0.16 0.00
82_I 352_V 0.75 0.16 0.00
432_A 606_L 0.75 0.16 0.00
119_Y 145_Y 0.75 0.16 0.00
163_S 399_I 0.75 0.16 0.00
304_T 549_K 0.75 0.16 0.00
180_E 285_Q 0.75 0.16 0.00
370_M 359_I 0.75 0.16 0.00
52_L 727_Q 0.75 0.16 0.00
162_V 40_A 0.75 0.16 0.00
132_S 675_L 0.75 0.16 0.00
366_I 99_P 0.75 0.16 0.00
124_T 18_V 0.75 0.16 0.00
232_F 801_D 0.75 0.16 0.00
158_F 415_K 0.75 0.16 0.00
223_V 606_L 0.75 0.16 0.00
49_L 250_V 0.75 0.16 0.00
246_V 11_V 0.75 0.16 0.00
37_S 314_S 0.74 0.16 0.00
187_I 551_G 0.74 0.16 0.00
423_L 272_E 0.74 0.16 0.00
203_I 36_E 0.74 0.16 0.00
45_D 680_L 0.74 0.16 0.00
335_L 604_N 0.74 0.16 0.00
236_F 3_L 0.74 0.16 0.00
264_H 733_G 0.74 0.16 0.00
322_A 747_S 0.74 0.16 0.00
39_I 178_R 0.74 0.16 0.00
72_L 239_Y 0.74 0.16 0.00
92_I 250_V 0.74 0.16 0.00
416_F 86_L 0.74 0.15 0.00
80_L 39_I 0.74 0.15 0.00
381_I 741_Q 0.74 0.15 0.00
115_K 356_R 0.74 0.15 0.00
380_Y 338_A 0.74 0.15 0.00
87_S 335_D 0.74 0.15 0.00
33_F 132_A 0.74 0.15 0.00
165_V 24_F 0.74 0.15 0.00
404_T 534_L 0.74 0.15 0.00
240_G 200_E 0.74 0.15 0.00
76_S 382_I 0.74 0.15 0.00
398_P 683_S 0.74 0.15 0.00
347_K 69_V 0.74 0.15 0.00
162_V 491_A 0.74 0.15 0.00
87_S 338_A 0.74 0.15 0.00
82_I 96_I 0.74 0.15 0.00
39_I 243_N 0.74 0.15 0.00
283_I 631_Y 0.74 0.15 0.00
381_I 740_K 0.74 0.15 0.00
433_L 303_V 0.73 0.15 0.00
399_F 338_A 0.73 0.15 0.00
277_A 607_L 0.73 0.15 0.00
245_V 704_K 0.73 0.15 0.00
30_L 80_A 0.73 0.15 0.00
108_E 563_V 0.73 0.15 0.00
349_S 729_I 0.73 0.15 0.00
238_E 132_A 0.73 0.15 0.00
15_G 672_E 0.73 0.15 0.00
373_L 305_I 0.73 0.15 0.00
317_Y 278_E 0.73 0.15 0.00
288_A 55_P 0.73 0.15 0.00
265_L 405_V 0.73 0.15 0.00
149_V 29_L 0.73 0.15 0.00
189_I 497_I 0.73 0.15 0.00
330_F 16_K 0.73 0.15 0.00
370_M 530_M 0.73 0.15 0.00
336_V 747_S 0.73 0.15 0.00
405_S 837_H 0.73 0.15 0.00
379_L 303_V 0.73 0.15 0.00
101_T 527_Y 0.73 0.15 0.00
372_R 68_V 0.72 0.15 0.00
367_D 581_I 0.72 0.15 0.00
124_T 93_T 0.72 0.15 0.00
173_W 406_S 0.72 0.15 0.00
193_A 283_T 0.72 0.15 0.00
373_L 731_L 0.72 0.15 0.00
371_T 706_V 0.72 0.15 0.00
384_I 414_I 0.72 0.15 0.00
26_V 252_A 0.72 0.15 0.00
317_Y 593_N 0.72 0.15 0.00
406_L 212_V 0.72 0.15 0.00
387_I 343_S 0.72 0.15 0.00
249_A 726_R 0.72 0.15 0.00
90_I 500_E 0.72 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0260 0.91 Seca secy Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.05 Done
0259 0.8 Seca secy Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.01 Done
0258 0.06 Seca secy Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
Page generated in 0.258 seconds.