May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Seca secy
Genes: A B A+B
Length: 443 841 1276
Sequences: 1696 1703 1025
Seq/Len: 3.83 2.02 0.8
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.05
10 0.00 0.00 0.05
20 0.00 0.00 0.05
100 0.00 0.01 0.15
∞ 0.02 0.05 0.80
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
263_T 728_G 1.56 0.75 0.01
132_S 69_V 1.33 0.57 0.01
171_L 265_D 1.29 0.54 0.01
265_L 735_A 1.26 0.51 0.01
234_V 29_L 1.23 0.48 0.01
82_I 743_Y 1.19 0.45 0.01
139_L 737_K 1.18 0.44 0.01
272_A 216_E 1.18 0.44 0.01
221_L 145_Y 1.17 0.43 0.00
164_L 10_V 1.16 0.42 0.00
246_V 731_L 1.14 0.41 0.00
364_K 704_K 1.13 0.40 0.00
265_L 733_G 1.12 0.39 0.00
406_L 212_V 1.12 0.39 0.00
238_E 239_Y 1.11 0.38 0.00
162_V 112_A 1.11 0.38 0.00
23_L 726_R 1.11 0.38 0.00
341_E 305_I 1.10 0.37 0.00
351_A 320_Y 1.09 0.36 0.00
291_A 144_H 1.07 0.34 0.00
166_T 378_I 1.06 0.34 0.00
88_A 230_G 1.06 0.34 0.00
68_S 759_K 1.06 0.34 0.00
77_I 368_Y 1.06 0.34 0.00
416_F 740_K 1.05 0.33 0.00
335_L 580_D 1.04 0.33 0.00
346_L 553_K 1.04 0.32 0.00
128_A 527_Y 1.03 0.32 0.00
240_G 552_M 1.03 0.32 0.00
170_F 587_E 1.03 0.32 0.00
310_L 137_E 1.02 0.31 0.00
290_I 527_Y 1.02 0.31 0.00
244_I 145_Y 1.02 0.31 0.00
132_S 24_F 1.01 0.30 0.00
378_A 748_F 1.00 0.29 0.00
222_L 3_L 0.99 0.29 0.00
264_H 728_G 0.99 0.29 0.00
250_K 733_G 0.99 0.28 0.00
317_Y 106_K 0.98 0.28 0.00
92_I 250_V 0.98 0.28 0.00
61_I 3_L 0.97 0.28 0.00
63_M 535_M 0.97 0.27 0.00
104_E 265_D 0.95 0.26 0.00
228_F 93_T 0.95 0.26 0.00
334_A 310_Q 0.95 0.26 0.00
134_G 370_T 0.95 0.26 0.00
166_T 24_F 0.95 0.26 0.00
410_V 272_E 0.95 0.26 0.00
83_M 563_V 0.94 0.26 0.00
392_R 369_M 0.94 0.26 0.00
189_I 497_I 0.94 0.25 0.00
403_G 586_L 0.93 0.25 0.00
105_I 767_S 0.93 0.24 0.00
361_Q 733_G 0.93 0.24 0.00
23_L 565_K 0.93 0.24 0.00
157_Y 106_K 0.93 0.24 0.00
87_S 585_L 0.93 0.24 0.00
256_R 328_A 0.92 0.24 0.00
180_E 496_I 0.92 0.24 0.00
265_L 410_T 0.92 0.24 0.00
37_S 375_I 0.91 0.23 0.00
67_F 528_L 0.91 0.23 0.00
401_F 81_E 0.90 0.23 0.00
274_V 153_S 0.90 0.23 0.00
218_L 367_V 0.89 0.22 0.00
44_I 438_A 0.89 0.22 0.00
95_L 778_E 0.89 0.22 0.00
82_I 728_G 0.89 0.22 0.00
49_L 250_V 0.89 0.22 0.00
73_S 549_K 0.89 0.22 0.00
358_P 79_D 0.89 0.22 0.00
330_F 16_K 0.88 0.22 0.00
23_L 367_V 0.88 0.21 0.00
237_V 203_F 0.88 0.21 0.00
58_G 717_E 0.88 0.21 0.00
383_F 368_Y 0.88 0.21 0.00
164_L 55_P 0.88 0.21 0.00
228_F 144_H 0.87 0.21 0.00
118_Q 368_Y 0.87 0.21 0.00
36_G 451_T 0.87 0.21 0.00
76_S 622_D 0.87 0.21 0.00
378_A 255_R 0.87 0.21 0.00
44_I 566_A 0.87 0.21 0.00
174_L 488_V 0.86 0.21 0.00
35_I 273_V 0.86 0.20 0.00
357_R 223_E 0.86 0.20 0.00
264_H 317_F 0.86 0.20 0.00
52_L 284_M 0.86 0.20 0.00
269_V 107_R 0.86 0.20 0.00
267_L 541_D 0.86 0.20 0.00
356_I 543_V 0.86 0.20 0.00
234_V 761_E 0.86 0.20 0.00
227_V 97_N 0.85 0.20 0.00
196_V 745_R 0.85 0.20 0.00
306_I 515_S 0.85 0.20 0.00
82_I 89_F 0.85 0.20 0.00
340_R 496_I 0.85 0.20 0.00
369_V 97_N 0.85 0.20 0.00
73_S 573_K 0.85 0.20 0.00
162_V 92_L 0.85 0.20 0.00
272_A 754_M 0.84 0.19 0.00
92_I 549_K 0.84 0.19 0.00
391_M 628_I 0.84 0.19 0.00
375_L 624_F 0.84 0.19 0.00
23_L 144_H 0.84 0.19 0.00
82_I 352_V 0.84 0.19 0.00
358_P 78_R 0.84 0.19 0.00
81_G 563_V 0.84 0.19 0.00
374_T 310_Q 0.84 0.19 0.00
236_F 245_M 0.84 0.19 0.00
258_Y 397_I 0.84 0.19 0.00
92_I 82_N 0.84 0.19 0.00
95_L 305_I 0.84 0.19 0.00
221_L 429_A 0.84 0.19 0.00
306_I 105_A 0.83 0.19 0.00
25_F 154_I 0.83 0.19 0.00
33_F 132_A 0.83 0.19 0.00
345_N 3_L 0.83 0.18 0.00
210_A 547_M 0.83 0.18 0.00
135_I 148_V 0.83 0.18 0.00
81_G 584_Q 0.83 0.18 0.00
81_G 735_A 0.83 0.18 0.00
38_F 747_S 0.83 0.18 0.00
245_V 704_K 0.82 0.18 0.00
162_V 681_A 0.82 0.18 0.00
255_R 722_M 0.82 0.18 0.00
48_V 352_V 0.82 0.18 0.00
40_P 738_D 0.82 0.18 0.00
76_S 600_Y 0.82 0.18 0.00
87_S 291_D 0.82 0.18 0.00
235_V 763_I 0.82 0.18 0.00
37_S 314_S 0.82 0.18 0.00
353_V 271_G 0.82 0.18 0.00
115_K 356_R 0.82 0.18 0.00
76_S 547_M 0.82 0.18 0.00
373_L 18_V 0.82 0.18 0.00
36_G 586_L 0.81 0.18 0.00
275_I 309_N 0.81 0.18 0.00
173_W 406_S 0.81 0.18 0.00
346_L 703_E 0.81 0.18 0.00
22_R 677_E 0.81 0.18 0.00
23_L 114_I 0.81 0.18 0.00
237_V 622_D 0.81 0.18 0.00
66_M 86_L 0.81 0.17 0.00
76_S 770_Q 0.81 0.17 0.00
311_Q 355_N 0.81 0.17 0.00
327_F 555_G 0.80 0.17 0.00
132_S 323_L 0.80 0.17 0.00
80_L 39_I 0.80 0.17 0.00
232_F 24_F 0.80 0.17 0.00
33_F 97_N 0.80 0.17 0.00
180_E 567_I 0.80 0.17 0.00
237_V 68_V 0.80 0.17 0.00
122_Y 729_I 0.80 0.17 0.00
375_L 238_L 0.80 0.17 0.00
136_A 56_A 0.80 0.17 0.00
161_V 491_A 0.80 0.17 0.00
312_P 606_L 0.80 0.17 0.00
139_L 52_A 0.80 0.17 0.00
366_I 713_S 0.80 0.17 0.00
158_F 761_E 0.80 0.17 0.00
82_I 96_I 0.79 0.17 0.00
396_K 576_S 0.79 0.17 0.00
125_L 304_Q 0.79 0.17 0.00
235_V 31_G 0.79 0.17 0.00
37_S 343_S 0.79 0.17 0.00
272_A 537_I 0.79 0.17 0.00
358_P 109_A 0.79 0.16 0.00
66_M 338_A 0.79 0.16 0.00
31_I 548_R 0.78 0.16 0.00
96_T 36_E 0.78 0.16 0.00
366_I 249_H 0.78 0.16 0.00
88_A 566_A 0.78 0.16 0.00
319_L 270_D 0.78 0.16 0.00
364_K 270_D 0.78 0.16 0.00
168_T 697_E 0.78 0.16 0.00
343_A 367_V 0.78 0.16 0.00
379_L 303_V 0.78 0.16 0.00
423_L 145_Y 0.78 0.16 0.00
128_A 438_A 0.78 0.16 0.00
163_S 399_I 0.78 0.16 0.00
438_L 704_K 0.78 0.16 0.00
422_T 562_W 0.78 0.16 0.00
22_R 250_V 0.78 0.16 0.00
431_S 592_A 0.78 0.16 0.00
295_G 55_P 0.78 0.16 0.00
39_I 243_N 0.78 0.16 0.00
127_L 641_W 0.77 0.16 0.00
82_I 573_K 0.77 0.16 0.00
106_K 431_V 0.77 0.16 0.00
232_F 559_E 0.77 0.16 0.00
384_I 616_I 0.77 0.16 0.00
414_M 573_K 0.77 0.16 0.00
264_H 717_E 0.77 0.16 0.00
180_E 285_Q 0.77 0.15 0.00
187_I 551_G 0.77 0.15 0.00
117_S 310_Q 0.77 0.15 0.00
194_G 322_R 0.77 0.15 0.00
378_A 77_Q 0.77 0.15 0.00
284_I 147_L 0.76 0.15 0.00
148_L 106_K 0.76 0.15 0.00
40_P 223_E 0.76 0.15 0.00
98_V 542_R 0.76 0.15 0.00
344_D 259_L 0.76 0.15 0.00
72_L 245_M 0.76 0.15 0.00
264_H 284_M 0.76 0.15 0.00
17_G 325_E 0.76 0.15 0.00
87_S 733_G 0.76 0.15 0.00
384_I 29_L 0.76 0.15 0.00
43_G 744_K 0.76 0.15 0.00
277_A 607_L 0.76 0.15 0.00
39_I 178_R 0.76 0.15 0.00
81_G 527_Y 0.75 0.15 0.00
352_F 616_I 0.75 0.15 0.00
245_V 722_M 0.75 0.15 0.00
177_Q 145_Y 0.75 0.15 0.00
352_F 106_K 0.75 0.15 0.00
251_R 585_L 0.75 0.15 0.00
196_V 93_T 0.75 0.15 0.00
164_L 53_T 0.75 0.15 0.00
214_D 584_Q 0.75 0.15 0.00
283_I 818_K 0.75 0.15 0.00
209_Q 106_K 0.75 0.15 0.00
269_V 762_V 0.75 0.15 0.00
117_S 704_K 0.75 0.15 0.00
229_A 599_I 0.75 0.15 0.00
261_Q 284_M 0.75 0.15 0.00
294_F 106_K 0.75 0.15 0.00
88_A 251_T 0.74 0.15 0.00
51_K 567_I 0.74 0.14 0.00
243_R 73_D 0.74 0.14 0.00
291_A 323_L 0.74 0.14 0.00
384_I 191_K 0.74 0.14 0.00
148_L 349_T 0.74 0.14 0.00
406_L 148_V 0.74 0.14 0.00
428_Q 176_Y 0.74 0.14 0.00
401_F 540_S 0.74 0.14 0.00
168_T 524_S 0.74 0.14 0.00
53_L 754_M 0.74 0.14 0.00
62_E 558_I 0.74 0.14 0.00
327_F 373_E 0.74 0.14 0.00
55_Q 704_K 0.74 0.14 0.00
129_I 588_Y 0.74 0.14 0.00
330_F 671_H 0.74 0.14 0.00
176_E 274_I 0.74 0.14 0.00
271_M 590_D 0.74 0.14 0.00
240_G 29_L 0.73 0.14 0.00
132_S 375_I 0.73 0.14 0.00
284_I 726_R 0.73 0.14 0.00
119_Y 145_Y 0.73 0.14 0.00
244_I 725_L 0.73 0.14 0.00
346_L 744_K 0.73 0.14 0.00
367_D 211_Q 0.73 0.14 0.00
379_L 145_Y 0.73 0.14 0.00
74_R 747_S 0.73 0.14 0.00
171_L 145_Y 0.73 0.14 0.00
214_D 716_K 0.73 0.14 0.00
23_L 382_I 0.73 0.14 0.00
27_I 111_A 0.73 0.14 0.00
87_S 257_H 0.73 0.14 0.00
317_Y 593_N 0.73 0.14 0.00
35_I 112_A 0.73 0.14 0.00
422_T 764_S 0.73 0.14 0.00
130_F 771_V 0.73 0.14 0.00
38_F 679_I 0.73 0.14 0.00
228_F 367_V 0.73 0.14 0.00
360_E 55_P 0.73 0.14 0.00
283_I 148_V 0.73 0.14 0.00
125_L 363_L 0.73 0.14 0.00
38_F 530_M 0.73 0.14 0.00
317_Y 278_E 0.73 0.14 0.00
50_A 599_I 0.73 0.14 0.00
373_L 731_L 0.73 0.14 0.00
433_L 426_N 0.73 0.14 0.00
105_I 555_G 0.73 0.14 0.00
223_V 545_G 0.73 0.14 0.00
190_I 192_E 0.72 0.14 0.00
403_G 153_S 0.72 0.14 0.00
61_I 87_F 0.72 0.14 0.00
291_A 766_L 0.72 0.14 0.00
60_I 87_F 0.72 0.14 0.00
190_I 137_E 0.72 0.14 0.00
271_M 735_A 0.72 0.14 0.00
265_L 813_Q 0.72 0.14 0.00
30_L 203_F 0.72 0.14 0.00
318_V 276_V 0.72 0.14 0.00
18_E 350_V 0.72 0.14 0.00
106_K 743_Y 0.72 0.14 0.00
371_T 87_F 0.72 0.13 0.00
372_R 1_E 0.72 0.13 0.00
26_V 454_V 0.72 0.13 0.00
256_R 135_P 0.72 0.13 0.00
255_R 56_A 0.72 0.13 0.00
319_L 69_V 0.72 0.13 0.00
67_F 719_L 0.72 0.13 0.00
193_A 283_T 0.72 0.13 0.00
74_R 429_A 0.71 0.13 0.00
380_Y 745_R 0.71 0.13 0.00
26_V 252_A 0.71 0.13 0.00
229_A 770_Q 0.71 0.13 0.00
370_M 192_E 0.71 0.13 0.00
166_T 702_F 0.71 0.13 0.00
238_E 745_R 0.71 0.13 0.00
158_F 625_K 0.71 0.13 0.00
237_V 343_S 0.71 0.13 0.00
386_L 171_D 0.71 0.13 0.00
246_V 607_L 0.71 0.13 0.00
401_F 151_V 0.71 0.13 0.00
409_V 563_V 0.71 0.13 0.00
332_Y 67_H 0.71 0.13 0.00
267_L 43_R 0.71 0.13 0.00
366_I 807_A 0.71 0.13 0.00
378_A 515_S 0.71 0.13 0.00
421_Q 584_Q 0.71 0.13 0.00
22_R 741_Q 0.71 0.13 0.00
391_M 478_K 0.71 0.13 0.00
37_S 10_V 0.71 0.13 0.00
190_I 432_A 0.71 0.13 0.00
21_R 305_I 0.71 0.13 0.00
381_I 740_K 0.71 0.13 0.00
423_L 497_I 0.71 0.13 0.00
44_I 631_Y 0.71 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0260 0.91 Seca secy Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.05 Done
0259 0.8 Seca secy Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.01 Done
0258 0.06 Seca secy Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
Page generated in 0.0924 seconds.