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OPENSEQ.org
SergeyIsMyHero
Genes: A B A+B
Length: 235 254 470
Sequences: 3112 1907 541
Seq/Len: 13.24 7.51 1.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 1.00
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.12 0.07 1.11
2 0.13 0.09 1.11
5 0.14 0.10 1.11
10 0.15 0.11 1.11
20 0.16 0.12 1.11
100 0.17 0.12 1.11
∞ 0.19 0.13 1.11
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
166_Q 173_E 3.51 1.00 1.00
101_R 103_T 3.50 1.00 1.00
226_K 233_E 3.48 1.00 1.00
73_V 75_Q 3.42 1.00 1.00
169_F 176_F 3.41 1.00 1.00
164_I 171_I 3.39 1.00 1.00
154_N 156_Q 3.39 1.00 1.00
75_I 77_I 3.39 1.00 1.00
96_T 98_Q 3.38 1.00 1.00
79_R 81_T 3.37 1.00 1.00
95_K 97_H 3.34 1.00 1.00
142_R 144_E 3.33 1.00 1.00
202_I 209_I 3.32 1.00 1.00
34_E 33_T 3.31 1.00 1.00
33_S 32_N 3.29 1.00 1.00
107_A 109_L 3.29 1.00 1.00
81_T 83_V 3.29 1.00 1.00
72_E 74_A 3.28 1.00 1.00
158_L 160_Q 3.27 1.00 1.00
70_E 72_R 3.25 1.00 1.00
102_M 104_D 3.24 1.00 1.00
92_L 94_L 3.24 1.00 1.00
180_A 187_S 3.23 1.00 1.00
230_R 237_K 3.23 1.00 1.00
111_E 113_E 3.21 1.00 1.00
99_T 101_V 3.20 1.00 1.00
6_E 6_V 3.20 1.00 1.00
155_S 157_D 3.20 1.00 1.00
152_D 154_M 3.20 1.00 1.00
150_Y 152_R 3.19 1.00 1.00
147_E 149_N 3.19 1.00 1.00
151_V 153_L 3.18 1.00 1.00
76_K 78_I 3.17 1.00 1.00
141_T 143_L 3.17 1.00 1.00
35_F 34_I 3.16 1.00 1.00
58_N 60_D 3.15 1.00 1.00
229_D 236_Q 3.15 1.00 1.00
211_R 218_T 3.14 1.00 1.00
82_K 84_P 3.14 1.00 1.00
222_T 229_S 3.12 1.00 1.00
103_N 105_H 3.11 1.00 1.00
74_V 76_V 3.09 1.00 1.00
212_K 219_V 3.08 1.00 1.00
134_H 136_L 3.07 1.00 1.00
23_N 22_G 3.06 1.00 1.00
175_T 182_D 3.06 1.00 1.00
5_Q 5_K 3.05 1.00 1.00
223_A 230_Q 3.05 1.00 1.00
133_T 135_L 3.04 1.00 1.00
32_L 31_I 3.03 1.00 1.00
225_L 232_I 3.03 1.00 1.00
30_T 29_T 3.03 1.00 1.00
104_V 106_V 3.02 1.00 1.00
93_R 95_R 3.02 1.00 1.00
231_S 238_L 3.02 1.00 1.00
146_L 148_L 3.02 1.00 1.00
69_H 71_R 3.01 1.00 1.00
8_K 8_P 3.01 1.00 1.00
46_Q 45_K 3.00 1.00 1.00
232_M 239_M 3.00 1.00 1.00
68_V 70_S 2.99 1.00 1.00
194_K 201_R 2.99 1.00 1.00
26_F 25_L 2.98 1.00 1.00
9_D 9_K 2.97 1.00 1.00
100_F 102_L 2.97 1.00 1.00
220_K 227_R 2.96 1.00 1.00
84_T 86_T 2.95 1.00 1.00
24_E 23_A 2.95 1.00 1.00
112_R 114_R 2.93 1.00 1.00
139_Q 141_T 2.93 1.00 1.00
38_L 37_V 2.92 1.00 1.00
121_T 124_V 2.91 1.00 1.00
157_K 159_L 2.90 1.00 1.00
192_R 199_H 2.90 1.00 1.00
140_S 142_A 2.89 1.00 0.99
132_R 134_Q 2.89 1.00 0.99
60_E 62_S 2.88 1.00 0.99
163_I 170_N 2.88 1.00 0.99
78_N 80_S 2.87 1.00 0.99
153_R 155_T 2.87 1.00 0.99
144_K 146_M 2.87 1.00 0.99
224_F 231_Y 2.87 1.00 0.99
213_G 220_G 2.86 1.00 0.99
65_G 67_D 2.85 1.00 0.99
54_V 56_L 2.84 1.00 0.99
200_T 207_T 2.84 1.00 0.99
174_D 181_S 2.84 1.00 0.99
86_D 88_N 2.83 1.00 0.99
198_F 205_Y 2.83 1.00 0.99
98_I 100_V 2.83 1.00 0.99
233_K 240_R 2.82 1.00 0.99
37_I 36_V 2.82 1.00 0.99
105_A 107_V 2.81 1.00 0.99
61_Q 63_E 2.81 1.00 0.99
178_E 185_K 2.80 1.00 0.99
53_R 55_V 2.79 1.00 0.99
85_Y 87_T 2.79 1.00 0.99
127_V 129_V 2.79 1.00 0.99
148_V 150_V 2.78 1.00 0.99
64_G 66_G 2.78 1.00 0.99
83_E 85_G 2.77 1.00 0.99
138_R 140_A 2.76 1.00 0.99
195_D 202_G 2.75 1.00 0.99
87_F 89_H 2.75 1.00 0.99
51_K 53_I 2.75 1.00 0.99
7_C 7_C 2.75 1.00 0.99
59_T 61_L 2.74 1.00 0.99
173_Y 180_Y 2.74 1.00 0.99
89_I 91_I 2.73 1.00 0.99
113_D 115_T 2.72 1.00 0.99
167_N 174_Y 2.72 1.00 0.99
2_V 2_V 2.72 1.00 0.99
45_Y 44_D 2.71 1.00 0.99
97_P 99_P 2.71 1.00 0.99
11_E 11_E 2.70 1.00 0.99
44_L 43_F 2.70 1.00 0.99
217_I 224_V 2.69 1.00 0.99
120_M 123_F 2.69 1.00 0.99
67_A 69_Q 2.68 1.00 0.99
207_E 214_Q 2.68 1.00 0.99
123_K 126_F 2.67 1.00 0.99
71_V 73_V 2.65 1.00 0.99
63_E 65_D 2.64 1.00 0.99
80_F 82_Y 2.64 1.00 0.99
135_E 137_D 2.63 1.00 0.99
126_I 128_L 2.63 1.00 0.99
214_K 221_H 2.62 1.00 0.99
210_A 217_A 2.62 1.00 0.99
62_E 64_H 2.61 1.00 0.99
19_I 19_L 2.61 1.00 0.99
16_A 16_V 2.60 1.00 0.99
57_R 59_H 2.59 1.00 0.99
196_T 203_T 2.59 1.00 0.99
128_S 130_S 2.58 1.00 0.99
221_V 228_V 2.57 1.00 0.99
136_K 138_R 2.55 1.00 0.99
190_V 197_A 2.54 1.00 0.99
165_T 172_T 2.54 0.99 0.99
193_F 200_Y 2.53 0.99 0.99
145_M 147_V 2.52 0.99 0.99
49_R 51_N 2.52 0.99 0.99
66_E 68_E 2.50 0.99 0.98
56_D 58_E 2.48 0.99 0.98
203_V 210_V 2.48 0.99 0.98
115_A 117_S 2.47 0.99 0.98
18_L 18_L 2.46 0.99 0.98
52_V 54_A 2.46 0.99 0.98
219_T 226_T 2.46 0.99 0.98
182_Q 189_K 2.45 0.99 0.98
199_V 206_L 2.43 0.99 0.98
162_F 169_P 2.42 0.99 0.98
1_I 1_I 2.39 0.99 0.98
137_G 139_G 2.35 0.99 0.98
31_I 30_L 2.35 0.99 0.98
10_G 10_G 2.34 0.99 0.98
114_W 116_F 2.33 0.99 0.97
22_E 21_N 2.32 0.99 0.97
177_Q 184_S 2.32 0.99 0.97
208_G 215_G 2.31 0.99 0.97
149_P 151_P 2.31 0.99 0.97
21_E 20_V 2.23 0.98 0.97
159_S 161_Q 2.22 0.98 0.97
50_F 52_L 2.21 0.98 0.96
119_L 122_A 2.19 0.98 0.96
39_T 38_S 2.17 0.98 0.96
106_P 108_P 2.09 0.97 0.95
47_A 46_I 2.06 0.97 0.94
17_L 17_L 2.06 0.97 0.94
122_Q 125_R 2.04 0.97 0.94
29_G 28_G 2.03 0.97 0.94
228_I 235_L 2.03 0.97 0.94
197_Y 204_W 2.00 0.96 0.93
15_Q 15_Q 2.00 0.96 0.93
109_L 111_L 1.98 0.96 0.93
91_V 93_L 1.93 0.95 0.91
205_W 212_W 1.93 0.95 0.91
25_G 24_Q 1.92 0.95 0.91
3_G 3_G 1.91 0.95 0.91
176_K 183_G 1.91 0.95 0.91
161_S 168_S 1.88 0.95 0.90
168_M 175_M 1.87 0.94 0.89
90_A 92_A 1.85 0.94 0.89
41_A 40_A 1.84 0.94 0.88
234_T 241_S 1.84 0.94 0.88
12_C 12_C 1.81 0.93 0.87
77_H 79_P 1.77 0.92 0.85
110_P 112_P 1.74 0.91 0.84
36_Y 35_W 1.72 0.91 0.83
189_H 196_H 1.69 0.89 0.81
125_G 127_S 1.66 0.88 0.79
191_T 198_T 1.59 0.85 0.75
160_S 162_S 1.53 0.82 0.70
179_D 186_D 1.47 0.78 0.65
172_G 179_G 1.47 0.78 0.65
218_Y 225_Y 1.44 0.77 0.62
216_G 223_G 1.42 0.75 0.60
94_L 96_L 1.41 0.74 0.59
48_K 50_R 1.40 0.74 0.58
171_A 178_A 1.35 0.70 0.53
108_C 110_C 1.33 0.68 0.52
215_Y 222_F 1.29 0.65 0.47
28_G 27_G 1.28 0.63 0.46
130_F 132_W 1.26 0.62 0.44
14_W 14_W 1.26 0.62 0.44
55_G 57_G 1.25 0.61 0.43
183_G 190_G 1.17 0.53 0.34
206_G 213_G 1.17 0.53 0.34
143_L 145_L 1.11 0.48 0.28
40_A 39_A 0.97 0.34 0.17
125_G 198_T 0.94 0.32 0.15
191_T 127_S 0.93 0.31 0.14
48_K 47_K 0.92 0.30 0.14
227_W 234_W 0.91 0.29 0.13
185_S 192_S 0.87 0.26 0.11
116_E 118_E 0.85 0.25 0.10
4_G 4_G 0.82 0.23 0.09
209_C 216_C 0.81 0.23 0.08
187_G 194_G 0.81 0.22 0.08
188_P 195_P 0.79 0.21 0.07
98_I 30_L 0.75 0.18 0.06
13_P 13_P 0.74 0.18 0.06
161_S 163_R 0.74 0.18 0.06
31_I 100_V 0.73 0.18 0.06
25_G 17_L 0.72 0.17 0.05
17_L 24_Q 0.71 0.17 0.05
42_H 41_H 0.71 0.16 0.05
204_S 211_S 0.71 0.16 0.05
131_G 133_G 0.65 0.13 0.03
29_G 36_V 0.61 0.12 0.03
88_D 90_D 0.61 0.12 0.03
37_I 28_G 0.61 0.12 0.03
156_C 158_C 0.60 0.11 0.03
43_C 42_C 0.58 0.11 0.02
216_G 186_D 0.58 0.10 0.02
179_D 223_G 0.58 0.10 0.02
181_C 188_C 0.57 0.10 0.02
27_C 26_C 0.54 0.09 0.02
145_M 11_E 0.54 0.09 0.02
11_E 147_V 0.54 0.09 0.02
160_S 167_D 0.53 0.09 0.02
184_D 191_D 0.53 0.09 0.02
135_E 218_T 0.52 0.09 0.01
211_R 137_D 0.51 0.08 0.01
38_L 206_L 0.49 0.08 0.01
36_Y 93_L 0.49 0.08 0.01
199_V 37_V 0.48 0.07 0.01
91_V 35_W 0.47 0.07 0.01
87_F 231_Y 0.46 0.07 0.01
224_F 89_H 0.46 0.07 0.01
104_V 69_Q 0.45 0.07 0.01
129_G 131_G 0.45 0.07 0.01
178_E 148_L 0.45 0.07 0.01
146_L 185_K 0.44 0.07 0.01
67_A 106_V 0.44 0.06 0.01
93_R 74_A 0.44 0.06 0.01
43_C 26_C 0.43 0.06 0.01
27_C 42_C 0.43 0.06 0.01
201_G 208_G 0.43 0.06 0.01
72_E 95_R 0.43 0.06 0.01
128_S 15_Q 0.42 0.06 0.01
15_Q 130_S 0.42 0.06 0.01
86_D 172_T 0.41 0.06 0.01
165_T 88_N 0.41 0.06 0.01
170_C 177_C 0.41 0.06 0.01
17_L 19_L 0.40 0.06 0.01
19_I 17_L 0.40 0.06 0.01
107_A 29_T 0.40 0.06 0.01
110_P 111_L 0.40 0.06 0.01
109_L 112_P 0.39 0.05 0.01
30_T 109_L 0.39 0.05 0.01
187_G 192_S 0.39 0.05 0.01
185_S 194_G 0.39 0.05 0.01
209_C 217_A 0.39 0.05 0.01
210_A 216_C 0.39 0.05 0.01
39_T 43_F 0.39 0.05 0.01
54_V 30_L 0.38 0.05 0.01
44_L 38_S 0.38 0.05 0.01
25_G 19_L 0.37 0.05 0.01
167_N 88_N 0.37 0.05 0.01
19_I 24_Q 0.37 0.05 0.01
4_G 1_I 0.37 0.05 0.01
1_I 4_G 0.37 0.05 0.01
86_D 174_Y 0.36 0.05 0.01
20_N 20_V 0.36 0.05 0.01
108_C 14_W 0.36 0.05 0.01
14_W 110_C 0.36 0.05 0.01
34_E 32_N 0.36 0.05 0.01
31_I 56_L 0.36 0.05 0.01
33_S 33_T 0.35 0.05 0.00
144_K 6_V 0.35 0.05 0.00
156_C 145_L 0.35 0.05 0.00
145_M 12_C 0.35 0.05 0.00
143_L 158_C 0.34 0.04 0.00
12_C 147_V 0.34 0.04 0.00
54_V 100_V 0.34 0.04 0.00
4_G 3_G 0.34 0.04 0.00
3_G 4_G 0.34 0.04 0.00
6_E 146_M 0.34 0.04 0.00
185_S 211_S 0.34 0.04 0.00
204_S 192_S 0.34 0.04 0.00
52_V 57_G 0.33 0.04 0.00
216_G 225_Y 0.33 0.04 0.00
218_Y 223_G 0.33 0.04 0.00
187_G 191_D 0.33 0.04 0.00
184_D 194_G 0.33 0.04 0.00
203_V 129_V 0.33 0.04 0.00
127_V 210_V 0.33 0.04 0.00
42_H 39_A 0.32 0.04 0.00
40_A 41_H 0.32 0.04 0.00
202_I 226_T 0.32 0.04 0.00
219_T 209_I 0.32 0.04 0.00
55_G 54_A 0.32 0.04 0.00
222_T 227_R 0.32 0.04 0.00
182_Q 186_D 0.32 0.04 0.00
179_D 189_K 0.31 0.04 0.00
220_K 229_S 0.31 0.04 0.00
7_C 12_C 0.31 0.04 0.00
73_V 95_R 0.31 0.04 0.00
186_G 193_G 0.31 0.04 0.00
12_C 7_C 0.31 0.04 0.00
93_R 75_Q 0.31 0.04 0.00
171_A 179_G 0.31 0.04 0.00
172_G 178_A 0.31 0.04 0.00
180_A 210_V 0.31 0.04 0.00
203_V 187_S 0.31 0.04 0.00
206_G 223_G 0.30 0.04 0.00
216_G 213_G 0.30 0.04 0.00
4_G 2_V 0.30 0.04 0.00
2_V 4_G 0.30 0.04 0.00
26_F 24_Q 0.30 0.04 0.00
127_V 148_L 0.30 0.04 0.00
146_L 129_V 0.30 0.04 0.00
219_T 231_Y 0.30 0.04 0.00
224_F 226_T 0.29 0.04 0.00
25_G 25_L 0.29 0.04 0.00
98_I 56_L 0.29 0.04 0.00
187_G 211_S 0.29 0.04 0.00
210_A 186_D 0.29 0.04 0.00
204_S 194_G 0.29 0.04 0.00
179_D 217_A 0.29 0.04 0.00
30_T 209_I 0.29 0.04 0.00
202_I 29_T 0.29 0.04 0.00
190_V 109_L 0.28 0.04 0.00
90_A 43_F 0.28 0.04 0.00
157_K 169_P 0.28 0.04 0.00
100_F 108_P 0.28 0.04 0.00
44_L 92_A 0.28 0.04 0.00
106_P 102_L 0.28 0.04 0.00
107_A 206_L 0.27 0.04 0.00
199_V 109_L 0.27 0.04 0.00
210_A 223_G 0.27 0.04 0.00
185_S 190_G 0.27 0.04 0.00
216_G 217_A 0.27 0.04 0.00
59_T 19_L 0.27 0.03 0.00
183_G 192_S 0.27 0.03 0.00
19_I 61_L 0.27 0.03 0.00
69_H 100_V 0.27 0.03 0.00
140_S 146_M 0.27 0.03 0.00
107_A 197_A 0.26 0.03 0.00
43_C 41_H 0.26 0.03 0.00
42_H 42_C 0.26 0.03 0.00
144_K 142_A 0.26 0.03 0.00
184_D 190_G 0.26 0.03 0.00
183_G 191_D 0.26 0.03 0.00
78_N 238_L 0.26 0.03 0.00
50_F 54_A 0.26 0.03 0.00
223_A 227_R 0.26 0.03 0.00
98_I 71_R 0.26 0.03 0.00
31_I 36_V 0.26 0.03 0.00
231_S 80_S 0.26 0.03 0.00
224_F 235_L 0.25 0.03 0.00
187_G 190_G 0.25 0.03 0.00
228_I 231_Y 0.25 0.03 0.00
37_I 30_L 0.25 0.03 0.00
183_G 194_G 0.25 0.03 0.00
129_G 132_W 0.25 0.03 0.00
209_C 223_G 0.25 0.03 0.00
216_G 216_C 0.25 0.03 0.00
130_F 131_G 0.25 0.03 0.00
220_K 230_Q 0.25 0.03 0.00
43_C 27_G 0.25 0.03 0.00
28_G 42_C 0.25 0.03 0.00
119_L 207_T 0.25 0.03 0.00
3_G 73_V 0.25 0.03 0.00
162_F 159_L 0.25 0.03 0.00
71_V 3_G 0.25 0.03 0.00
3_G 2_V 0.24 0.03 0.00
2_V 3_G 0.24 0.03 0.00
27_C 27_G 0.24 0.03 0.00
28_G 26_C 0.24 0.03 0.00
203_V 213_G 0.24 0.03 0.00
206_G 210_V 0.24 0.03 0.00
149_P 180_Y 0.24 0.03 0.00
211_R 215_G 0.24 0.03 0.00
173_Y 151_P 0.24 0.03 0.00
185_S 41_H 0.24 0.03 0.00
42_H 192_S 0.24 0.03 0.00
131_G 131_G 0.24 0.03 0.00
129_G 133_G 0.24 0.03 0.00
159_S 163_R 0.24 0.03 0.00
177_Q 189_K 0.24 0.03 0.00
7_C 11_E 0.24 0.03 0.00
208_G 218_T 0.23 0.03 0.00
184_D 192_S 0.23 0.03 0.00
185_S 191_D 0.23 0.03 0.00
1_I 148_L 0.23 0.03 0.00
146_L 1_I 0.23 0.03 0.00
11_E 7_C 0.23 0.03 0.00
28_G 39_A 0.23 0.03 0.00
40_A 27_G 0.23 0.03 0.00
56_D 60_D 0.23 0.03 0.00
58_N 58_E 0.23 0.03 0.00
182_Q 184_S 0.23 0.03 0.00
52_V 53_I 0.23 0.03 0.00
14_W 13_P 0.23 0.03 0.00
13_P 14_W 0.23 0.03 0.00
171_A 186_D 0.23 0.03 0.00
204_S 212_W 0.23 0.03 0.00
224_F 174_Y 0.23 0.03 0.00
203_V 225_Y 0.23 0.03 0.00
205_W 211_S 0.23 0.03 0.00
179_D 178_A 0.23 0.03 0.00
189_H 198_T 0.23 0.03 0.00
218_Y 210_V 0.23 0.03 0.00
220_K 155_T 0.22 0.03 0.00
168_M 172_T 0.22 0.03 0.00
190_V 206_L 0.22 0.03 0.00
165_T 175_M 0.22 0.03 0.00
41_A 41_H 0.22 0.03 0.00
42_H 40_A 0.22 0.03 0.00
66_E 58_E 0.22 0.03 0.00
206_G 186_D 0.22 0.03 0.00
53_R 58_E 0.22 0.03 0.00
179_D 213_G 0.22 0.03 0.00
78_N 79_P 0.22 0.03 0.00
52_V 52_L 0.22 0.03 0.00
56_D 55_V 0.22 0.03 0.00
167_N 231_Y 0.22 0.03 0.00
181_C 178_A 0.22 0.03 0.00
167_N 172_T 0.22 0.03 0.00
56_D 68_E 0.22 0.03 0.00
204_S 190_G 0.22 0.03 0.00
140_S 135_L 0.22 0.03 0.00
206_G 225_Y 0.22 0.03 0.00
189_H 127_S 0.22 0.03 0.00
183_G 211_S 0.22 0.03 0.00
171_A 188_C 0.22 0.03 0.00
218_Y 213_G 0.22 0.03 0.00
165_T 174_Y 0.22 0.03 0.00
40_A 190_G 0.22 0.03 0.00
183_G 39_A 0.22 0.03 0.00
89_I 226_T 0.22 0.03 0.00
145_M 130_S 0.22 0.03 0.00
186_G 208_G 0.21 0.03 0.00
201_G 193_G 0.21 0.03 0.00
219_T 91_I 0.21 0.03 0.00
128_S 147_V 0.21 0.03 0.00
153_R 227_R 0.21 0.03 0.00
180_A 186_D 0.21 0.03 0.00
217_I 223_G 0.21 0.03 0.00
216_G 224_V 0.21 0.03 0.00
179_D 187_S 0.21 0.03 0.00
36_Y 12_C 0.21 0.03 0.00
215_Y 211_S 0.21 0.03 0.00
2_V 1_I 0.21 0.03 0.00
1_I 2_V 0.21 0.03 0.00
204_S 222_F 0.21 0.03 0.00
200_T 122_A 0.21 0.03 0.00
133_T 142_A 0.21 0.03 0.00
12_C 35_W 0.21 0.03 0.00
130_F 146_M 0.21 0.03 0.00
12_C 130_S 0.21 0.03 0.00
128_S 12_C 0.21 0.03 0.00
4_G 42_C 0.21 0.03 0.00
77_H 80_S 0.21 0.03 0.00
3_G 183_G 0.21 0.03 0.00
43_C 4_G 0.21 0.03 0.00
183_G 90_D 0.21 0.03 0.00
67_A 71_R 0.21 0.03 0.00
169_F 196_H 0.21 0.03 0.00
88_D 190_G 0.21 0.03 0.00
69_H 69_Q 0.20 0.03 0.00
36_Y 132_W 0.20 0.03 0.00
4_G 26_C 0.20 0.03 0.00
27_C 4_G 0.20 0.03 0.00
176_K 3_G 0.20 0.03 0.00
228_I 234_W 0.20 0.03 0.00
42_H 26_C 0.20 0.03 0.00
27_C 41_H 0.20 0.03 0.00
6_E 59_H 0.20 0.03 0.00
227_W 235_L 0.20 0.03 0.00
184_D 195_P 0.20 0.03 0.00
130_F 35_W 0.20 0.03 0.00
180_A 212_W 0.20 0.03 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • Sequence A is very similar to Sequence B (HHΔ = 0.033), these maybe paralogs! HHΔ is a measure (0 to 1) of how different two alignments are (the larger the value the more different they are).
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2566 1.15 SergeyIsMyHero Δgene:(0, 0) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done
2565 0 SergeyIsMyHero Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed
2559 0 SergeyIsMyHero Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed
2558 0 SergeyIsMyHero Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed
2557 0.01 SergeyIsMyHero Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) Killed - Shared
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