May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ABDUF
Genes: A B A+B
Length: 337 577 895
Sequences: 1803 3957 1018
Seq/Len: 5.35 6.86 1.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 1.07
2 0.00 0.01 1.10
5 0.00 0.01 1.11
10 0.00 0.01 1.11
20 0.01 0.01 1.11
100 0.01 0.04 1.16
∞ 0.04 0.19 1.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
330_D 281_R 2.33 0.99 0.96
331_L 272_V 2.28 0.99 0.96
336_E 267_T 1.89 0.95 0.86
337_F 268_I 1.86 0.94 0.86
85_V 70_K 1.81 0.93 0.83
85_V 168_L 1.60 0.85 0.69
87_M 172_L 1.53 0.82 0.64
326_D 275_S 1.42 0.75 0.53
328_A 275_S 1.40 0.73 0.51
110_V 78_T 1.38 0.71 0.49
160_L 556_A 1.37 0.71 0.48
195_A 71_A 1.30 0.65 0.41
112_V 260_V 1.27 0.62 0.38
337_F 286_W 1.24 0.60 0.35
89_N 172_L 1.24 0.60 0.35
324_G 556_A 1.24 0.60 0.35
12_A 413_I 1.23 0.59 0.34
62_V 194_V 1.21 0.57 0.32
45_P 72_L 1.19 0.55 0.30
167_L 196_F 1.15 0.51 0.27
81_V 168_L 1.14 0.50 0.26
45_P 142_Y 1.14 0.50 0.26
248_L 476_I 1.12 0.48 0.24
331_L 103_P 1.12 0.48 0.24
30_K 98_V 1.11 0.48 0.24
327_Q 241_V 1.11 0.48 0.24
289_L 187_E 1.11 0.48 0.23
329_L 274_Y 1.10 0.46 0.23
86_V 167_Q 1.09 0.46 0.22
80_G 153_A 1.09 0.45 0.21
280_S 548_V 1.08 0.45 0.21
58_L 538_T 1.08 0.44 0.21
8_L 542_V 1.08 0.44 0.21
328_A 281_R 1.07 0.43 0.20
167_L 79_I 1.06 0.43 0.20
292_L 547_P 1.06 0.42 0.19
292_L 161_S 1.06 0.42 0.19
49_F 207_Q 1.06 0.42 0.19
117_R 504_L 1.05 0.41 0.18
334_Q 269_E 1.04 0.41 0.18
320_E 277_D 1.04 0.41 0.18
246_I 259_V 1.04 0.40 0.18
332_L 271_G 1.03 0.40 0.18
319_L 462_V 1.03 0.40 0.17
201_G 549_G 1.03 0.40 0.17
58_L 85_P 1.03 0.40 0.17
26_A 210_V 1.03 0.40 0.17
179_N 337_T 1.03 0.39 0.17
44_S 214_E 1.02 0.39 0.17
131_L 501_T 1.02 0.39 0.17
299_G 508_Y 1.01 0.38 0.16
62_V 79_I 1.01 0.38 0.16
293_Q 61_V 1.01 0.38 0.16
85_V 170_I 1.01 0.38 0.16
337_F 507_Q 1.01 0.38 0.16
327_Q 311_L 1.01 0.38 0.16
167_L 97_K 1.00 0.38 0.16
64_V 381_N 1.00 0.37 0.15
129_G 523_G 1.00 0.37 0.15
64_V 553_L 1.00 0.37 0.15
208_A 386_F 0.99 0.37 0.15
130_D 99_T 0.99 0.36 0.15
333_Y 212_F 0.99 0.36 0.15
28_G 142_Y 0.99 0.36 0.15
247_G 57_F 0.99 0.36 0.15
46_D 349_L 0.98 0.36 0.14
47_V 181_I 0.98 0.35 0.14
199_V 79_I 0.98 0.35 0.14
278_D 305_S 0.98 0.35 0.14
171_G 185_S 0.98 0.35 0.14
41_M 462_V 0.98 0.35 0.14
24_V 551_I 0.97 0.35 0.14
317_L 573_L 0.97 0.35 0.14
160_L 199_S 0.97 0.34 0.14
299_G 305_S 0.97 0.34 0.14
237_D 168_L 0.97 0.34 0.13
167_L 513_K 0.96 0.34 0.13
85_V 139_Q 0.96 0.33 0.13
66_W 442_R 0.95 0.33 0.13
59_D 107_G 0.95 0.33 0.13
280_S 468_F 0.94 0.32 0.12
209_E 100_P 0.94 0.32 0.12
217_S 58_R 0.94 0.32 0.12
116_V 300_T 0.94 0.32 0.12
114_N 26_L 0.94 0.32 0.12
108_L 181_I 0.94 0.32 0.12
31_V 428_V 0.94 0.32 0.12
336_E 289_P 0.93 0.31 0.12
129_G 68_G 0.93 0.31 0.12
179_N 475_S 0.93 0.31 0.12
194_I 274_Y 0.93 0.31 0.12
266_V 221_K 0.93 0.31 0.12
292_L 103_P 0.93 0.31 0.12
201_G 471_G 0.93 0.31 0.12
58_L 252_K 0.93 0.31 0.12
210_I 232_A 0.92 0.30 0.11
114_N 244_Q 0.92 0.30 0.11
64_V 99_T 0.92 0.30 0.11
332_L 236_F 0.92 0.30 0.11
235_Q 114_R 0.92 0.30 0.11
146_I 407_D 0.92 0.30 0.11
151_G 286_W 0.92 0.30 0.11
313_L 444_R 0.92 0.30 0.11
108_L 280_P 0.92 0.30 0.11
329_L 191_F 0.91 0.30 0.11
43_V 95_I 0.91 0.29 0.10
218_Q 383_T 0.91 0.29 0.10
110_V 301_S 0.91 0.29 0.10
160_L 68_G 0.91 0.29 0.10
110_V 347_T 0.91 0.29 0.10
330_D 273_G 0.91 0.29 0.10
76_E 98_V 0.90 0.29 0.10
89_N 173_G 0.90 0.29 0.10
153_F 456_T 0.90 0.29 0.10
175_Q 559_V 0.90 0.29 0.10
61_R 135_T 0.90 0.28 0.10
272_D 177_A 0.90 0.28 0.10
75_P 467_R 0.90 0.28 0.10
218_Q 301_S 0.90 0.28 0.10
266_V 345_D 0.90 0.28 0.10
47_V 149_L 0.89 0.28 0.10
89_N 171_A 0.89 0.28 0.10
199_V 258_G 0.89 0.28 0.10
199_V 98_V 0.89 0.28 0.10
328_A 276_T 0.89 0.28 0.10
131_L 128_D 0.89 0.28 0.10
136_D 106_I 0.89 0.28 0.10
290_P 216_D 0.89 0.28 0.09
84_D 188_R 0.89 0.28 0.09
271_L 190_R 0.89 0.27 0.09
274_Q 528_D 0.88 0.27 0.09
108_L 193_H 0.88 0.27 0.09
82_S 139_Q 0.88 0.27 0.09
223_S 163_F 0.88 0.27 0.09
123_L 482_K 0.88 0.27 0.09
34_T 219_E 0.88 0.27 0.09
156_Y 415_Y 0.88 0.27 0.09
133_V 82_D 0.88 0.27 0.09
241_M 548_V 0.88 0.27 0.09
205_E 432_Q 0.88 0.27 0.09
236_S 330_V 0.88 0.27 0.09
133_V 175_H 0.88 0.27 0.09
268_N 537_G 0.88 0.27 0.09
239_A 239_V 0.88 0.27 0.09
285_S 289_P 0.88 0.27 0.09
122_G 69_L 0.88 0.27 0.09
294_V 381_N 0.87 0.27 0.09
157_G 161_S 0.87 0.27 0.09
282_V 193_H 0.87 0.27 0.09
273_T 402_M 0.87 0.27 0.09
271_L 427_S 0.87 0.27 0.09
143_N 98_V 0.87 0.26 0.09
263_T 332_G 0.87 0.26 0.09
199_V 391_M 0.87 0.26 0.09
43_V 573_L 0.87 0.26 0.09
123_L 69_L 0.87 0.26 0.09
317_L 176_K 0.87 0.26 0.09
152_R 479_Y 0.87 0.26 0.09
100_A 206_L 0.87 0.26 0.09
192_D 392_I 0.87 0.26 0.09
206_P 96_A 0.87 0.26 0.09
111_H 330_V 0.87 0.26 0.09
39_V 402_M 0.86 0.26 0.09
201_G 523_G 0.86 0.26 0.09
271_L 367_L 0.86 0.26 0.09
129_G 295_G 0.86 0.26 0.08
248_L 264_T 0.86 0.26 0.08
313_L 527_S 0.86 0.26 0.08
210_I 104_V 0.86 0.26 0.08
197_V 206_L 0.86 0.26 0.08
66_W 458_D 0.86 0.26 0.08
49_F 135_T 0.86 0.26 0.08
276_V 399_G 0.86 0.26 0.08
42_D 469_F 0.86 0.25 0.08
313_L 484_I 0.86 0.25 0.08
294_V 190_R 0.86 0.25 0.08
319_L 149_L 0.86 0.25 0.08
222_L 464_P 0.86 0.25 0.08
120_A 554_D 0.86 0.25 0.08
155_A 569_F 0.85 0.25 0.08
193_V 258_G 0.85 0.25 0.08
58_L 424_V 0.85 0.25 0.08
86_V 121_K 0.85 0.25 0.08
274_Q 537_G 0.85 0.25 0.08
169_F 192_G 0.85 0.25 0.08
331_L 555_F 0.85 0.25 0.08
87_M 70_K 0.85 0.25 0.08
212_S 186_G 0.85 0.24 0.08
108_L 504_L 0.85 0.24 0.08
140_L 218_Y 0.84 0.24 0.08
48_V 282_V 0.84 0.24 0.08
206_P 486_P 0.84 0.24 0.08
208_A 542_V 0.84 0.24 0.08
161_I 504_L 0.84 0.24 0.08
110_V 383_T 0.84 0.24 0.08
24_V 393_S 0.84 0.24 0.08
284_V 412_S 0.84 0.24 0.08
116_V 509_N 0.84 0.24 0.08
203_A 190_R 0.84 0.24 0.08
84_D 463_P 0.84 0.24 0.08
242_T 298_L 0.84 0.24 0.08
33_I 406_G 0.84 0.24 0.08
64_V 557_V 0.84 0.24 0.08
176_P 485_A 0.84 0.24 0.08
33_I 522_S 0.84 0.24 0.07
84_D 177_A 0.84 0.24 0.07
250_V 137_L 0.84 0.24 0.07
116_V 115_G 0.84 0.24 0.07
288_V 183_Y 0.84 0.24 0.07
167_L 54_D 0.83 0.24 0.07
197_V 257_T 0.83 0.24 0.07
284_V 298_L 0.83 0.24 0.07
321_A 291_M 0.83 0.24 0.07
335_F 270_T 0.83 0.24 0.07
107_N 504_L 0.83 0.24 0.07
85_V 225_E 0.83 0.24 0.07
287_Y 268_I 0.83 0.24 0.07
286_G 96_A 0.83 0.23 0.07
253_S 65_I 0.83 0.23 0.07
167_L 542_V 0.83 0.23 0.07
254_G 375_T 0.83 0.23 0.07
110_V 518_V 0.83 0.23 0.07
206_P 426_F 0.83 0.23 0.07
59_D 239_V 0.83 0.23 0.07
221_A 71_A 0.83 0.23 0.07
156_Y 260_V 0.82 0.23 0.07
146_I 236_F 0.82 0.23 0.07
6_I 156_K 0.82 0.23 0.07
24_V 117_A 0.82 0.23 0.07
280_S 512_G 0.82 0.23 0.07
58_L 66_R 0.82 0.23 0.07
127_L 235_W 0.82 0.23 0.07
236_S 462_V 0.82 0.23 0.07
329_L 159_F 0.82 0.23 0.07
32_R 470_A 0.82 0.23 0.07
99_T 167_Q 0.82 0.23 0.07
108_L 256_L 0.82 0.23 0.07
332_L 403_P 0.82 0.23 0.07
76_E 256_L 0.82 0.23 0.07
26_A 150_T 0.82 0.23 0.07
125_A 69_L 0.82 0.23 0.07
80_G 155_R 0.82 0.23 0.07
222_L 192_G 0.82 0.23 0.07
330_D 549_G 0.82 0.23 0.07
284_V 312_D 0.82 0.23 0.07
262_E 381_N 0.82 0.23 0.07
69_I 104_V 0.81 0.22 0.07
81_V 317_M 0.81 0.22 0.07
113_G 544_W 0.81 0.22 0.07
87_M 137_L 0.81 0.22 0.07
17_I 272_V 0.81 0.22 0.07
231_L 139_Q 0.81 0.22 0.07
149_P 453_W 0.81 0.22 0.07
289_L 116_G 0.81 0.22 0.07
108_L 203_D 0.81 0.22 0.07
7_Y 34_Q 0.81 0.22 0.06
291_G 550_P 0.81 0.22 0.06
43_V 82_D 0.80 0.22 0.06
271_L 173_G 0.80 0.22 0.06
225_L 357_L 0.80 0.21 0.06
90_D 449_G 0.80 0.21 0.06
218_Q 486_P 0.80 0.21 0.06
108_L 332_G 0.80 0.21 0.06
109_I 80_E 0.80 0.21 0.06
57_T 125_K 0.80 0.21 0.06
146_I 135_T 0.80 0.21 0.06
43_V 346_S 0.80 0.21 0.06
65_P 361_W 0.80 0.21 0.06
26_A 272_V 0.80 0.21 0.06
43_V 55_R 0.80 0.21 0.06
122_G 279_G 0.80 0.21 0.06
7_Y 28_V 0.80 0.21 0.06
164_K 470_A 0.80 0.21 0.06
334_Q 65_I 0.80 0.21 0.06
71_V 551_I 0.80 0.21 0.06
264_F 347_T 0.80 0.21 0.06
319_L 441_D 0.80 0.21 0.06
93_Q 74_Y 0.80 0.21 0.06
26_A 340_N 0.80 0.21 0.06
105_N 462_V 0.80 0.21 0.06
189_T 239_V 0.80 0.21 0.06
30_K 96_A 0.80 0.21 0.06
173_P 105_L 0.79 0.21 0.06
157_G 142_Y 0.79 0.21 0.06
247_G 504_L 0.79 0.21 0.06
245_L 77_P 0.79 0.21 0.06
224_Y 142_Y 0.79 0.21 0.06
49_F 516_G 0.79 0.21 0.06
71_V 286_W 0.79 0.21 0.06
260_I 37_K 0.79 0.21 0.06
295_K 466_L 0.79 0.21 0.06
255_Q 45_T 0.79 0.21 0.06
138_Q 256_L 0.79 0.21 0.06
262_E 291_M 0.79 0.21 0.06
125_A 558_P 0.79 0.21 0.06
112_V 158_Y 0.79 0.21 0.06
333_Y 75_Y 0.79 0.21 0.06
85_V 71_A 0.79 0.21 0.06
254_G 403_P 0.79 0.21 0.06
86_V 75_Y 0.79 0.21 0.06
24_V 431_A 0.79 0.21 0.06
27_K 97_K 0.79 0.21 0.06
91_N 298_L 0.79 0.20 0.06
133_V 95_I 0.79 0.20 0.06
25_T 542_V 0.79 0.20 0.06
68_R 361_W 0.79 0.20 0.06
167_L 175_H 0.79 0.20 0.06
46_D 460_D 0.79 0.20 0.06
66_W 105_L 0.79 0.20 0.06
44_S 147_K 0.79 0.20 0.06
195_A 323_P 0.79 0.20 0.06
211_F 158_Y 0.78 0.20 0.06
93_Q 272_V 0.78 0.20 0.06
264_F 449_G 0.78 0.20 0.06
69_I 353_R 0.78 0.20 0.06
310_R 473_D 0.78 0.20 0.06
100_A 135_T 0.78 0.20 0.06
191_D 311_L 0.78 0.20 0.06
331_L 488_Y 0.78 0.20 0.06
106_S 459_F 0.78 0.20 0.06
324_G 75_Y 0.78 0.20 0.06
111_H 225_E 0.78 0.20 0.06
191_D 190_R 0.78 0.20 0.06
211_F 444_R 0.78 0.20 0.06
212_S 192_G 0.78 0.20 0.06
160_L 503_S 0.78 0.20 0.06
300_I 297_S 0.78 0.20 0.06
317_L 461_K 0.78 0.20 0.06
224_Y 205_Y 0.78 0.20 0.06
58_L 334_F 0.78 0.20 0.06
142_L 96_A 0.78 0.20 0.06
273_T 295_G 0.78 0.20 0.06
197_V 194_V 0.78 0.20 0.06
288_V 551_I 0.78 0.20 0.06
127_L 159_F 0.78 0.20 0.06
93_Q 175_H 0.78 0.20 0.06
146_I 375_T 0.78 0.20 0.06
167_L 133_I 0.78 0.20 0.06
152_R 170_I 0.78 0.20 0.06
317_L 216_D 0.78 0.20 0.06
30_K 102_V 0.78 0.20 0.06
305_A 206_L 0.78 0.20 0.06
29_S 566_G 0.78 0.20 0.06
58_L 283_K 0.78 0.20 0.06
122_G 101_G 0.78 0.20 0.06
45_P 385_L 0.78 0.20 0.06
171_G 481_Y 0.78 0.20 0.06
67_A 426_F 0.78 0.20 0.06
48_V 304_I 0.77 0.20 0.06
329_L 194_V 0.77 0.20 0.06
299_G 255_P 0.77 0.20 0.06
22_A 490_N 0.77 0.20 0.05
58_L 404_T 0.77 0.20 0.05
213_D 528_D 0.77 0.20 0.05
252_Q 128_D 0.77 0.20 0.05
226_L 407_D 0.77 0.20 0.05
5_E 80_E 0.77 0.20 0.05
29_S 440_Y 0.77 0.20 0.05
63_D 162_E 0.77 0.20 0.05
44_S 223_L 0.77 0.20 0.05
88_L 321_K 0.77 0.20 0.05
43_V 569_F 0.77 0.20 0.05
150_E 300_T 0.77 0.20 0.05
104_I 207_Q 0.77 0.20 0.05
167_L 144_N 0.77 0.20 0.05
63_D 445_F 0.77 0.20 0.05
331_L 129_T 0.77 0.19 0.05
49_F 108_G 0.77 0.19 0.05
288_V 560_A 0.77 0.19 0.05
256_I 56_R 0.77 0.19 0.05
26_A 274_Y 0.77 0.19 0.05
62_V 413_I 0.77 0.19 0.05
102_I 194_V 0.77 0.19 0.05
286_G 355_W 0.77 0.19 0.05
110_V 112_V 0.77 0.19 0.05
63_D 74_Y 0.77 0.19 0.05
51_A 290_W 0.77 0.19 0.05
141_G 151_S 0.77 0.19 0.05
291_G 44_S 0.76 0.19 0.05
46_D 467_R 0.76 0.19 0.05
180_I 512_G 0.76 0.19 0.05
149_P 237_N 0.76 0.19 0.05
228_G 273_G 0.76 0.19 0.05
62_V 288_K 0.76 0.19 0.05
155_A 517_A 0.76 0.19 0.05
164_K 59_A 0.76 0.19 0.05
299_G 408_S 0.76 0.19 0.05
236_S 455_E 0.76 0.19 0.05
131_L 99_T 0.76 0.19 0.05
89_N 168_L 0.76 0.19 0.05
131_L 447_T 0.76 0.19 0.05
133_V 148_S 0.76 0.19 0.05
256_I 99_T 0.76 0.19 0.05
118_I 56_R 0.76 0.19 0.05
271_L 522_S 0.76 0.19 0.05
291_G 336_R 0.76 0.19 0.05
107_N 447_T 0.76 0.19 0.05
143_N 77_P 0.76 0.19 0.05
58_L 158_Y 0.76 0.19 0.05
225_L 254_L 0.76 0.19 0.05
331_L 337_T 0.76 0.19 0.05
26_A 256_L 0.76 0.19 0.05
122_G 448_R 0.76 0.19 0.05
125_A 192_G 0.76 0.19 0.05
15_S 496_A 0.76 0.19 0.05
67_A 167_Q 0.76 0.19 0.05
256_I 151_S 0.76 0.19 0.05
85_V 255_P 0.76 0.19 0.05
195_A 458_D 0.76 0.19 0.05
81_V 71_A 0.76 0.19 0.05
315_P 237_N 0.76 0.19 0.05
64_V 384_M 0.76 0.19 0.05
269_L 569_F 0.75 0.19 0.05
127_L 310_T 0.75 0.19 0.05
334_Q 267_T 0.75 0.18 0.05
288_V 211_P 0.75 0.18 0.05
40_R 542_V 0.75 0.18 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2621 1.48 ABDUFEe-2jck Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.98 Done
2544 1.1 ABDUFEe-2 Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.97 Done
2543 1.14 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.96 Done
1967 0.74 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.97 Done
1965 0.77 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.96 Done
0521 0.65 ABDUF Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.57 Done - Shared
Page generated in 0.0828 seconds.