May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
test01
Genes: A B A+B
Length: 190 557 745
Sequences: 1302 1073 1071
Seq/Len: 6.85 1.93 1.44
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.08
2 0.00 0.00 1.31
5 0.00 0.00 1.43
10 0.00 0.00 1.43
20 0.00 0.01 1.43
100 0.00 0.01 1.43
∞ 0.01 0.01 1.43
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
30_G 190_I 4.11 1.00 1.00
91_N 448_P 3.41 1.00 1.00
175_V 249_A 2.82 1.00 1.00
26_T 186_A 2.75 1.00 0.99
49_V 204_V 2.54 1.00 0.99
26_T 183_L 2.30 0.99 0.98
24_L 198_F 2.02 0.98 0.95
167_L 249_A 1.93 0.97 0.94
55_I 244_F 1.91 0.97 0.94
170_Y 11_T 1.86 0.96 0.92
29_L 183_L 1.69 0.93 0.87
25_L 183_L 1.62 0.91 0.83
30_G 187_L 1.50 0.85 0.75
14_L 171_L 1.40 0.79 0.67
91_N 447_N 1.35 0.76 0.62
29_L 187_L 1.34 0.76 0.62
88_A 455_E 1.34 0.75 0.61
84_G 237_N 1.32 0.74 0.60
166_P 8_L 1.32 0.73 0.59
92_P 448_P 1.32 0.73 0.59
84_G 238_A 1.32 0.73 0.59
34_F 191_Q 1.31 0.72 0.58
83_G 238_A 1.28 0.70 0.55
13_F 46_L 1.25 0.68 0.52
27_T 196_Q 1.21 0.64 0.47
125_A 241_S 1.20 0.63 0.47
167_L 248_T 1.20 0.63 0.46
23_P 130_M 1.19 0.62 0.46
92_P 520_L 1.16 0.59 0.42
11_F 135_V 1.14 0.57 0.40
15_L 135_V 1.12 0.55 0.38
80_Q 215_P 1.11 0.54 0.37
59_F 208_E 1.10 0.53 0.36
84_G 350_M 1.09 0.53 0.35
179_V 207_V 1.09 0.52 0.34
10_T 50_L 1.08 0.52 0.34
27_T 187_L 1.08 0.51 0.33
14_L 170_L 1.05 0.48 0.31
9_S 50_L 1.05 0.48 0.30
119_E 325_S 1.03 0.46 0.28
84_G 117_S 1.00 0.43 0.26
175_V 325_S 0.99 0.42 0.25
79_P 215_P 0.99 0.42 0.25
10_T 139_L 0.99 0.42 0.24
11_F 76_V 0.97 0.40 0.23
42_L 204_V 0.96 0.39 0.22
128_L 242_H 0.96 0.39 0.22
60_T 393_I 0.93 0.36 0.20
85_S 353_S 0.92 0.35 0.18
159_I 304_Q 0.90 0.34 0.17
66_H 520_L 0.88 0.32 0.16
134_P 325_S 0.88 0.31 0.15
173_Q 8_L 0.86 0.30 0.15
122_T 425_P 0.86 0.30 0.15
28_V 274_M 0.85 0.29 0.14
20_G 198_F 0.85 0.29 0.14
11_F 136_Q 0.85 0.29 0.14
55_I 214_L 0.84 0.28 0.13
18_T 123_T 0.84 0.28 0.13
20_G 127_F 0.83 0.27 0.12
120_L 373_F 0.82 0.27 0.12
121_V 314_T 0.82 0.26 0.12
43_I 426_T 0.81 0.26 0.12
95_D 308_H 0.81 0.26 0.12
48_T 205_N 0.81 0.26 0.12
166_P 249_A 0.81 0.26 0.11
50_R 17_M 0.81 0.26 0.11
87_L 446_L 0.80 0.25 0.11
60_T 208_E 0.80 0.25 0.11
50_R 204_V 0.80 0.25 0.11
156_T 293_I 0.80 0.25 0.11
121_V 417_T 0.80 0.25 0.11
116_V 184_L 0.80 0.25 0.11
99_A 498_I 0.79 0.24 0.10
93_E 446_L 0.79 0.24 0.10
29_L 487_F 0.79 0.24 0.10
50_R 487_F 0.79 0.24 0.10
11_F 72_L 0.79 0.24 0.10
33_W 186_A 0.79 0.24 0.10
19_G 130_M 0.78 0.24 0.10
185_L 88_P 0.78 0.24 0.10
102_V 313_G 0.78 0.23 0.10
42_L 214_L 0.78 0.23 0.10
70_S 212_Q 0.78 0.23 0.10
131_N 325_S 0.78 0.23 0.10
18_T 179_V 0.77 0.23 0.09
102_V 355_T 0.77 0.22 0.09
136_A 373_F 0.76 0.22 0.09
15_L 131_A 0.76 0.22 0.09
18_T 174_T 0.76 0.22 0.09
61_G 208_E 0.75 0.21 0.09
81_A 119_S 0.75 0.21 0.08
50_R 94_L 0.75 0.21 0.08
11_F 73_G 0.74 0.21 0.08
142_P 296_G 0.74 0.21 0.08
149_N 93_Q 0.74 0.21 0.08
8_L 464_A 0.74 0.21 0.08
55_I 242_H 0.74 0.21 0.08
185_L 146_A 0.74 0.20 0.08
49_V 77_L 0.73 0.20 0.08
120_L 386_F 0.73 0.20 0.08
14_L 135_V 0.73 0.20 0.08
82_S 242_H 0.73 0.20 0.07
30_G 219_V 0.73 0.20 0.07
55_I 236_F 0.72 0.20 0.07
83_G 475_S 0.72 0.20 0.07
102_V 38_G 0.72 0.20 0.07
161_K 48_R 0.72 0.19 0.07
13_F 50_L 0.72 0.19 0.07
20_G 131_A 0.72 0.19 0.07
97_L 465_N 0.72 0.19 0.07
7_A 476_A 0.71 0.19 0.07
11_F 77_L 0.71 0.19 0.07
101_R 431_G 0.71 0.19 0.07
138_A 384_M 0.71 0.19 0.07
98_I 306_N 0.71 0.19 0.07
13_F 544_I 0.71 0.19 0.07
166_P 513_Q 0.71 0.18 0.07
3_G 61_Q 0.70 0.18 0.07
20_G 536_L 0.70 0.18 0.07
34_F 57_M 0.70 0.18 0.06
18_T 270_F 0.69 0.17 0.06
15_L 500_V 0.69 0.17 0.06
26_T 190_I 0.69 0.17 0.06
186_D 100_D 0.69 0.17 0.06
31_Q 26_G 0.69 0.17 0.06
62_N 251_T 0.69 0.17 0.06
135_Q 95_P 0.68 0.17 0.06
17_I 536_L 0.68 0.17 0.06
144_V 11_T 0.68 0.17 0.06
167_L 250_L 0.68 0.17 0.06
67_G 279_Q 0.68 0.17 0.06
55_I 215_P 0.68 0.17 0.06
185_L 43_E 0.68 0.17 0.06
119_E 273_V 0.68 0.17 0.06
98_I 309_L 0.68 0.17 0.06
100_A 372_V 0.68 0.17 0.06
98_I 363_M 0.68 0.17 0.06
92_P 450_P 0.68 0.17 0.06
20_G 52_V 0.67 0.17 0.06
88_A 456_V 0.67 0.16 0.06
93_E 262_I 0.67 0.16 0.06
65_F 157_R 0.67 0.16 0.06
94_L 444_A 0.67 0.16 0.05
171_I 167_W 0.67 0.16 0.05
7_A 68_G 0.66 0.16 0.05
90_S 455_E 0.66 0.16 0.05
144_V 119_S 0.66 0.16 0.05
171_I 250_L 0.66 0.16 0.05
116_V 314_T 0.66 0.16 0.05
131_N 93_Q 0.66 0.16 0.05
84_G 353_S 0.66 0.15 0.05
57_Q 482_N 0.65 0.15 0.05
43_I 440_A 0.65 0.15 0.05
118_V 152_I 0.65 0.15 0.05
56_G 305_G 0.65 0.15 0.05
49_V 188_F 0.65 0.15 0.05
134_P 67_L 0.65 0.15 0.05
100_A 283_L 0.65 0.15 0.05
16_L 357_L 0.65 0.15 0.05
26_T 457_L 0.65 0.15 0.05
21_V 248_T 0.65 0.15 0.05
55_I 306_N 0.65 0.15 0.05
15_L 369_G 0.65 0.15 0.05
93_E 538_V 0.65 0.15 0.05
125_A 86_Y 0.65 0.15 0.05
117_P 22_P 0.65 0.15 0.05
21_V 68_G 0.65 0.15 0.05
15_L 136_Q 0.65 0.15 0.05
57_Q 217_G 0.64 0.15 0.05
44_R 439_D 0.64 0.15 0.05
120_L 372_V 0.64 0.15 0.05
20_G 212_Q 0.64 0.15 0.05
15_L 137_N 0.64 0.15 0.05
91_N 450_P 0.63 0.14 0.04
134_P 65_A 0.63 0.14 0.04
96_K 237_N 0.63 0.14 0.04
13_F 18_V 0.63 0.14 0.04
27_T 134_T 0.63 0.14 0.04
33_W 464_A 0.63 0.14 0.04
90_S 553_A 0.63 0.14 0.04
14_L 427_L 0.63 0.14 0.04
27_T 198_F 0.63 0.14 0.04
187_K 487_F 0.63 0.14 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1698 seconds.