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OPENSEQ.org
cI_D_cIII_cytb
Genes: A B A+B
Length: 485 450 899
Sequences: 1691 3160 462
Seq/Len: 3.49 7.02 0.51
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.63
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.01
10 0.00 0.00 0.02
20 0.01 0.00 0.02
100 0.01 0.00 0.06
∞ 0.02 0.01 0.49
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
359_L 344_A 1.21 0.35 0.00
111_I 257_A 1.19 0.33 0.00
359_L 372_V 1.18 0.33 0.00
243_A 371_A 1.17 0.32 0.00
130_L 284_N 1.17 0.32 0.00
17_V 213_I 1.14 0.30 0.00
403_V 110_I 1.11 0.28 0.00
202_L 197_L 1.09 0.27 0.00
24_V 130_I 1.08 0.26 0.00
204_L 164_G 1.07 0.26 0.00
325_A 96_L 1.06 0.25 0.00
423_Y 263_F 1.05 0.25 0.00
303_I 130_I 1.04 0.24 0.00
227_T 204_V 1.04 0.24 0.00
59_G 60_A 1.03 0.24 0.00
378_V 61_T 1.03 0.24 0.00
113_A 172_V 1.03 0.23 0.00
130_L 372_V 1.02 0.23 0.00
297_L 12_K 1.02 0.23 0.00
215_G 203_F 1.02 0.23 0.00
279_A 261_V 1.02 0.23 0.00
370_P 343_M 1.01 0.23 0.00
99_N 210_V 1.01 0.22 0.00
221_V 209_V 1.01 0.22 0.00
86_A 369_L 1.00 0.22 0.00
40_L 346_V 1.00 0.22 0.00
234_A 266_I 1.00 0.22 0.00
244_T 134_L 1.00 0.22 0.00
436_A 172_V 1.00 0.22 0.00
372_L 16_E 1.00 0.22 0.00
459_I 372_V 0.99 0.22 0.00
378_V 52_A 0.99 0.21 0.00
396_F 375_V 0.99 0.21 0.00
122_A 131_V 0.99 0.21 0.00
292_T 344_A 0.99 0.21 0.00
464_V 25_I 0.99 0.21 0.00
321_M 14_G 0.99 0.21 0.00
152_S 50_V 0.99 0.21 0.00
416_V 372_V 0.99 0.21 0.00
376_M 179_W 0.98 0.21 0.00
119_L 298_F 0.98 0.21 0.00
112_A 393_A 0.98 0.21 0.00
186_F 135_I 0.98 0.21 0.00
465_L 406_I 0.98 0.21 0.00
123_N 342_V 0.97 0.20 0.00
412_G 341_L 0.97 0.20 0.00
339_G 372_V 0.97 0.20 0.00
234_A 179_W 0.96 0.20 0.00
82_L 379_W 0.96 0.20 0.00
312_A 61_T 0.96 0.20 0.00
339_G 213_I 0.96 0.20 0.00
122_A 382_A 0.95 0.20 0.00
83_A 380_V 0.95 0.20 0.00
412_G 210_V 0.95 0.20 0.00
214_L 156_F 0.95 0.19 0.00
90_F 408_L 0.95 0.19 0.00
316_L 339_A 0.95 0.19 0.00
409_W 416_K 0.95 0.19 0.00
145_Y 411_L 0.95 0.19 0.00
144_G 112_I 0.94 0.19 0.00
126_A 19_L 0.94 0.19 0.00
308_Y 127_V 0.94 0.19 0.00
106_Y 123_A 0.94 0.19 0.00
242_L 187_D 0.94 0.19 0.00
196_G 334_I 0.94 0.19 0.00
73_A 60_A 0.93 0.18 0.00
111_I 376_V 0.92 0.18 0.00
42_V 355_R 0.92 0.18 0.00
279_A 345_L 0.92 0.18 0.00
15_L 195_F 0.92 0.18 0.00
68_R 334_I 0.92 0.18 0.00
112_A 13_T 0.92 0.18 0.00
286_L 211_V 0.92 0.18 0.00
343_V 176_I 0.92 0.18 0.00
337_S 378_M 0.92 0.18 0.00
413_A 29_V 0.91 0.17 0.00
44_G 33_L 0.91 0.17 0.00
84_S 262_V 0.91 0.17 0.00
87_T 131_V 0.91 0.17 0.00
135_I 412_G 0.91 0.17 0.00
249_A 215_A 0.90 0.17 0.00
79_L 136_Y 0.90 0.17 0.00
343_V 179_W 0.90 0.17 0.00
406_H 113_F 0.90 0.17 0.00
95_L 254_F 0.90 0.17 0.00
131_G 156_F 0.90 0.17 0.00
224_H 334_I 0.89 0.17 0.00
122_A 63_I 0.89 0.17 0.00
105_F 237_A 0.89 0.17 0.00
383_L 257_A 0.89 0.17 0.00
246_S 116_L 0.89 0.17 0.00
225_L 55_L 0.89 0.16 0.00
125_L 204_V 0.88 0.16 0.00
152_S 115_G 0.88 0.16 0.00
243_A 135_I 0.88 0.16 0.00
289_L 204_V 0.88 0.16 0.00
402_G 273_Y 0.88 0.16 0.00
176_L 299_L 0.88 0.16 0.00
455_I 213_I 0.87 0.16 0.00
371_I 373_D 0.87 0.16 0.00
91_A 25_I 0.87 0.16 0.00
375_V 340_I 0.87 0.16 0.00
186_F 203_F 0.86 0.15 0.00
429_A 156_F 0.86 0.15 0.00
464_V 130_I 0.86 0.15 0.00
279_A 426_E 0.86 0.15 0.00
119_L 60_A 0.86 0.15 0.00
210_M 117_Y 0.86 0.15 0.00
243_A 116_L 0.86 0.15 0.00
181_S 345_L 0.86 0.15 0.00
429_A 265_A 0.86 0.15 0.00
466_V 204_V 0.86 0.15 0.00
325_A 375_V 0.86 0.15 0.00
62_D 172_V 0.86 0.15 0.00
342_G 35_I 0.86 0.15 0.00
348_S 243_P 0.86 0.15 0.00
393_I 340_I 0.86 0.15 0.00
421_G 348_W 0.85 0.15 0.00
244_T 130_I 0.85 0.15 0.00
219_S 408_L 0.85 0.15 0.00
142_L 28_L 0.85 0.15 0.00
65_P 392_I 0.85 0.15 0.00
186_F 86_D 0.85 0.15 0.00
76_Y 397_S 0.85 0.15 0.00
377_T 243_P 0.85 0.15 0.00
405_A 266_I 0.85 0.15 0.00
313_L 410_L 0.85 0.15 0.00
338_L 169_I 0.85 0.15 0.00
415_V 260_L 0.85 0.15 0.00
227_T 214_W 0.84 0.15 0.00
155_A 8_H 0.84 0.15 0.00
45_L 339_A 0.84 0.15 0.00
428_V 227_V 0.84 0.15 0.00
49_L 106_L 0.84 0.15 0.00
99_N 397_S 0.84 0.15 0.00
412_G 50_V 0.84 0.15 0.00
85_L 372_V 0.84 0.15 0.00
78_G 63_I 0.84 0.15 0.00
161_I 112_I 0.84 0.14 0.00
347_M 254_F 0.84 0.14 0.00
65_P 75_L 0.83 0.14 0.00
120_A 167_G 0.83 0.14 0.00
297_L 401_F 0.83 0.14 0.00
76_Y 364_K 0.83 0.14 0.00
65_P 206_A 0.83 0.14 0.00
371_I 213_I 0.83 0.14 0.00
456_V 141_G 0.83 0.14 0.00
302_S 210_V 0.83 0.14 0.00
374_A 410_L 0.83 0.14 0.00
238_V 270_M 0.82 0.14 0.00
435_H 400_W 0.82 0.14 0.00
16_I 172_V 0.82 0.14 0.00
167_S 271_P 0.82 0.14 0.00
344_V 277_P 0.82 0.14 0.00
221_V 148_V 0.82 0.14 0.00
333_Y 124_P 0.82 0.14 0.00
393_I 171_G 0.82 0.14 0.00
116_G 251_K 0.82 0.14 0.00
109_V 106_L 0.82 0.14 0.00
239_S 186_V 0.82 0.14 0.00
315_A 167_G 0.82 0.14 0.00
403_V 26_V 0.82 0.14 0.00
326_V 179_W 0.82 0.14 0.00
172_F 377_L 0.82 0.14 0.00
376_M 63_I 0.82 0.14 0.00
207_F 260_L 0.82 0.14 0.00
363_R 141_G 0.82 0.14 0.00
205_A 58_Q 0.81 0.14 0.00
93_P 53_F 0.81 0.14 0.00
262_P 180_L 0.81 0.14 0.00
105_F 96_L 0.81 0.14 0.00
82_L 171_G 0.81 0.14 0.00
244_T 186_V 0.81 0.14 0.00
474_L 113_F 0.81 0.14 0.00
219_S 32_T 0.81 0.14 0.00
405_A 339_A 0.81 0.14 0.00
378_V 19_L 0.81 0.14 0.00
156_S 280_Y 0.81 0.13 0.00
401_V 284_N 0.81 0.13 0.00
192_N 130_I 0.81 0.13 0.00
84_S 201_L 0.81 0.13 0.00
141_G 172_V 0.81 0.13 0.00
91_A 232_G 0.81 0.13 0.00
423_Y 376_V 0.81 0.13 0.00
210_M 186_V 0.81 0.13 0.00
138_P 68_H 0.80 0.13 0.00
209_L 42_N 0.80 0.13 0.00
210_M 140_M 0.80 0.13 0.00
340_A 260_L 0.80 0.13 0.00
279_A 371_A 0.80 0.13 0.00
212_V 72_H 0.80 0.13 0.00
264_G 35_I 0.80 0.13 0.00
407_L 113_F 0.80 0.13 0.00
144_G 371_A 0.80 0.13 0.00
166_A 194_F 0.80 0.13 0.00
82_L 167_G 0.80 0.13 0.00
97_G 363_F 0.80 0.13 0.00
410_L 339_A 0.80 0.13 0.00
257_L 201_L 0.80 0.13 0.00
437_P 262_V 0.80 0.13 0.00
420_I 362_L 0.80 0.13 0.00
190_G 338_G 0.79 0.13 0.00
219_S 136_Y 0.79 0.13 0.00
15_L 261_V 0.79 0.13 0.00
202_L 134_L 0.79 0.13 0.00
15_L 339_A 0.79 0.13 0.00
362_Y 395_A 0.79 0.13 0.00
418_S 185_A 0.79 0.13 0.00
130_L 58_Q 0.79 0.13 0.00
311_V 39_K 0.79 0.13 0.00
243_A 20_H 0.79 0.13 0.00
382_S 144_F 0.79 0.13 0.00
16_I 418_D 0.79 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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