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OPENSEQ.org
ftsw-pbp3
Genes: A B A+B
Length: 414 588 912
Sequences: 5922 11507 997
Seq/Len: 14.3 19.57 1.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.03 1.00
2 0.02 0.04 1.07
5 0.02 0.05 2.85
10 0.03 0.06 3.01
20 0.03 0.08 3.09
100 0.06 0.11 3.59
∞ 0.13 0.18 4.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
312_V 42_V 1.65 0.87 0.18
357_L 34_A 1.61 0.85 0.16
276_L 47_V 1.58 0.84 0.15
286_Q 60_R 1.40 0.72 0.09
313_V 39_L 1.35 0.68 0.08
288_L 210_R 1.35 0.68 0.08
393_M 426_L 1.32 0.65 0.07
54_G 403_Q 1.22 0.56 0.05
383_S 317_A 1.17 0.52 0.04
54_G 51_D 1.16 0.51 0.04
141_L 51_D 1.14 0.49 0.04
325_R 196_F 1.12 0.47 0.04
275_E 50_P 1.12 0.47 0.04
287_K 183_N 1.11 0.46 0.04
303_I 235_S 1.10 0.45 0.04
291_L 344_V 1.10 0.45 0.03
285_V 60_R 1.09 0.44 0.03
262_Y 361_N 1.09 0.44 0.03
317_L 435_I 1.08 0.44 0.03
309_Y 43_A 1.08 0.43 0.03
262_Y 212_D 1.05 0.40 0.03
268_L 49_S 1.03 0.39 0.03
141_L 263_V 1.02 0.38 0.03
250_F 371_M 1.02 0.38 0.03
309_Y 47_V 1.01 0.36 0.03
184_V 543_G 1.00 0.36 0.02
119_I 36_A 0.99 0.35 0.02
283_N 272_V 0.99 0.35 0.02
330_G 20_I 0.98 0.34 0.02
257_P 348_S 0.98 0.34 0.02
59_G 114_A 0.97 0.34 0.02
291_L 422_M 0.97 0.34 0.02
156_L 543_G 0.97 0.33 0.02
136_S 284_N 0.96 0.32 0.02
364_A 42_V 0.96 0.32 0.02
93_F 232_L 0.95 0.32 0.02
262_Y 331_T 0.95 0.32 0.02
117_G 265_V 0.95 0.32 0.02
222_F 217_V 0.95 0.31 0.02
59_G 89_K 0.94 0.31 0.02
269_M 60_R 0.94 0.31 0.02
286_Q 57_G 0.94 0.31 0.02
224_A 465_R 0.94 0.31 0.02
366_M 536_Q 0.94 0.31 0.02
192_L 260_G 0.93 0.30 0.02
85_D 513_A 0.92 0.29 0.02
267_S 421_L 0.90 0.28 0.02
272_G 57_G 0.90 0.28 0.02
181_P 314_V 0.90 0.27 0.02
164_L 63_R 0.89 0.27 0.02
85_D 75_T 0.89 0.27 0.02
115_L 549_V 0.89 0.27 0.02
96_A 178_L 0.89 0.27 0.02
87_V 393_L 0.89 0.27 0.02
226_I 227_Q 0.89 0.27 0.02
252_N 328_V 0.89 0.27 0.02
276_L 485_A 0.88 0.26 0.01
141_L 171_S 0.87 0.26 0.01
179_L 486_I 0.87 0.26 0.01
242_Y 83_A 0.87 0.25 0.01
251_W 26_L 0.87 0.25 0.01
402_R 136_F 0.86 0.25 0.01
269_M 151_I 0.86 0.25 0.01
204_L 501_V 0.86 0.25 0.01
95_L 466_T 0.86 0.25 0.01
390_A 416_S 0.85 0.24 0.01
353_S 197_D 0.85 0.24 0.01
323_A 31_I 0.85 0.24 0.01
318_M 39_L 0.85 0.24 0.01
325_R 392_G 0.85 0.24 0.01
340_F 511_Y 0.84 0.24 0.01
179_L 117_L 0.84 0.24 0.01
263_Q 288_G 0.83 0.23 0.01
157_F 435_I 0.83 0.23 0.01
97_I 49_S 0.83 0.23 0.01
217_A 276_A 0.83 0.23 0.01
226_I 32_L 0.83 0.23 0.01
117_G 478_G 0.83 0.23 0.01
202_V 93_A 0.83 0.23 0.01
165_V 317_A 0.83 0.23 0.01
97_I 151_I 0.83 0.23 0.01
400_E 347_Y 0.82 0.22 0.01
119_I 435_I 0.82 0.22 0.01
145_R 197_D 0.82 0.22 0.01
67_S 522_S 0.82 0.22 0.01
320_F 273_L 0.82 0.22 0.01
233_V 549_V 0.82 0.22 0.01
394_L 158_G 0.81 0.22 0.01
342_G 69_T 0.81 0.22 0.01
312_V 465_R 0.81 0.21 0.01
319_V 364_V 0.81 0.21 0.01
241_P 547_A 0.81 0.21 0.01
320_F 74_I 0.81 0.21 0.01
250_F 331_T 0.80 0.21 0.01
309_Y 64_V 0.80 0.21 0.01
216_G 471_M 0.80 0.21 0.01
322_V 356_L 0.80 0.21 0.01
185_I 35_L 0.80 0.21 0.01
269_M 156_L 0.80 0.21 0.01
149_A 356_L 0.80 0.21 0.01
53_F 137_I 0.80 0.21 0.01
279_Q 264_L 0.80 0.21 0.01
116_L 465_R 0.80 0.21 0.01
116_L 353_T 0.80 0.21 0.01
267_S 405_Q 0.80 0.21 0.01
227_G 449_V 0.80 0.20 0.01
149_A 337_N 0.79 0.20 0.01
259_G 60_R 0.79 0.20 0.01
87_V 247_E 0.79 0.20 0.01
230_I 374_S 0.79 0.20 0.01
309_Y 452_P 0.79 0.20 0.01
304_G 153_K 0.79 0.20 0.01
114_M 321_G 0.79 0.20 0.01
151_L 112_A 0.79 0.20 0.01
111_S 317_A 0.78 0.20 0.01
90_I 47_V 0.78 0.20 0.01
376_L 224_T 0.78 0.20 0.01
293_E 511_Y 0.78 0.20 0.01
323_A 15_E 0.78 0.20 0.01
59_G 362_V 0.78 0.20 0.01
63_V 65_Q 0.78 0.20 0.01
51_L 100_D 0.78 0.20 0.01
155_S 351_T 0.78 0.20 0.01
158_C 218_I 0.78 0.20 0.01
320_F 35_L 0.78 0.20 0.01
225_I 128_I 0.78 0.20 0.01
366_M 469_H 0.78 0.20 0.01
141_L 127_R 0.78 0.20 0.01
185_I 238_E 0.78 0.20 0.01
87_V 32_L 0.78 0.19 0.01
144_L 426_L 0.78 0.19 0.01
394_L 63_R 0.78 0.19 0.01
239_A 33_L 0.77 0.19 0.01
347_S 211_K 0.77 0.19 0.01
119_I 26_L 0.77 0.19 0.01
122_L 372_P 0.77 0.19 0.01
251_W 343_D 0.77 0.19 0.01
201_V 463_I 0.77 0.19 0.01
243_R 293_A 0.77 0.19 0.01
276_L 327_S 0.77 0.19 0.01
115_L 81_P 0.77 0.19 0.01
322_V 517_G 0.77 0.19 0.01
300_F 536_Q 0.77 0.19 0.01
363_A 234_L 0.77 0.19 0.01
92_A 88_V 0.77 0.19 0.01
223_I 81_P 0.77 0.19 0.01
146_I 116_A 0.76 0.19 0.01
239_A 248_L 0.76 0.19 0.01
117_G 275_M 0.76 0.18 0.01
253_P 365_S 0.76 0.18 0.01
230_I 350_L 0.76 0.18 0.01
366_M 212_D 0.76 0.18 0.01
98_I 33_L 0.76 0.18 0.01
283_N 332_I 0.76 0.18 0.01
253_P 211_K 0.76 0.18 0.01
161_A 269_T 0.76 0.18 0.01
202_V 393_L 0.76 0.18 0.01
267_S 366_K 0.76 0.18 0.01
186_L 382_R 0.76 0.18 0.01
210_A 526_F 0.75 0.18 0.01
202_V 44_W 0.75 0.18 0.01
267_S 139_L 0.75 0.18 0.01
332_K 230_H 0.75 0.18 0.01
273_R 296_N 0.75 0.18 0.01
310_V 134_G 0.75 0.18 0.01
319_V 236_I 0.75 0.18 0.01
87_V 272_V 0.74 0.18 0.01
291_L 317_A 0.74 0.18 0.01
303_I 306_G 0.74 0.17 0.01
114_M 58_D 0.74 0.17 0.01
135_A 27_L 0.74 0.17 0.01
386_I 186_S 0.74 0.17 0.01
88_Y 347_Y 0.74 0.17 0.01
132_V 281_Y 0.74 0.17 0.01
141_L 187_Q 0.74 0.17 0.01
341_S 164_E 0.74 0.17 0.01
94_I 120_P 0.74 0.17 0.01
272_G 60_R 0.74 0.17 0.01
332_K 393_L 0.74 0.17 0.01
115_L 306_G 0.73 0.17 0.01
370_K 412_R 0.73 0.17 0.01
262_Y 425_P 0.73 0.17 0.01
118_S 475_A 0.73 0.17 0.01
237_I 147_M 0.73 0.17 0.01
323_A 127_R 0.73 0.17 0.01
376_L 343_D 0.73 0.17 0.01
235_L 33_L 0.73 0.17 0.01
291_L 415_F 0.73 0.17 0.01
96_A 516_A 0.73 0.17 0.01
240_E 232_L 0.73 0.17 0.01
366_M 208_I 0.73 0.17 0.01
152_T 122_D 0.73 0.17 0.01
382_S 431_V 0.72 0.17 0.01
370_K 210_R 0.72 0.16 0.01
302_I 390_N 0.72 0.16 0.01
262_Y 218_I 0.72 0.16 0.01
159_Y 364_V 0.72 0.16 0.01
49_L 227_Q 0.72 0.16 0.01
91_L 469_H 0.72 0.16 0.01
85_D 213_R 0.72 0.16 0.01
235_L 82_L 0.72 0.16 0.01
91_L 12_R 0.72 0.16 0.01
119_I 351_T 0.72 0.16 0.01
61_I 161_L 0.72 0.16 0.01
44_Y 376_L 0.72 0.16 0.01
238_L 328_V 0.72 0.16 0.01
269_M 283_P 0.72 0.16 0.01
94_I 483_K 0.71 0.16 0.01
384_L 298_T 0.71 0.16 0.01
401_T 321_G 0.71 0.16 0.01
45_D 185_D 0.71 0.16 0.01
236_L 89_K 0.71 0.16 0.01
295_H 61_S 0.71 0.16 0.01
179_L 558_L 0.71 0.16 0.01
269_M 412_R 0.71 0.16 0.01
309_Y 42_V 0.71 0.16 0.01
345_A 172_G 0.71 0.16 0.01
137_R 344_V 0.71 0.16 0.01
382_S 319_Q 0.71 0.16 0.01
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186_L 48_I 0.71 0.16 0.01
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116_L 324_R 0.71 0.16 0.01
170_E 309_V 0.71 0.16 0.01
348_I 356_L 0.71 0.16 0.01
123_M 130_A 0.71 0.16 0.01
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402_R 282_N 0.71 0.16 0.01
389_T 236_I 0.71 0.16 0.01
262_Y 175_T 0.71 0.16 0.01
111_S 67_V 0.70 0.15 0.01
157_F 261_S 0.70 0.15 0.01
193_L 376_L 0.70 0.15 0.01
159_Y 228_A 0.70 0.15 0.01
360_V 34_A 0.70 0.15 0.01
127_V 49_S 0.70 0.15 0.01
54_G 467_V 0.70 0.15 0.01
66_A 389_T 0.70 0.15 0.01
119_I 325_E 0.70 0.15 0.01
184_V 530_V 0.70 0.15 0.01
286_Q 293_A 0.70 0.15 0.01
321_F 529_V 0.70 0.15 0.01
63_V 515_T 0.70 0.15 0.01
366_M 57_G 0.70 0.15 0.01
66_A 391_L 0.70 0.15 0.01
367_L 416_S 0.70 0.15 0.01
226_I 37_F 0.70 0.15 0.01
187_V 117_L 0.69 0.15 0.01
300_F 92_W 0.69 0.15 0.01
317_L 30_C 0.69 0.15 0.01
227_G 40_G 0.69 0.15 0.01
209_L 506_R 0.69 0.15 0.01
269_M 57_G 0.69 0.15 0.01
127_V 25_A 0.69 0.15 0.01
266_Q 60_R 0.69 0.15 0.01
221_Q 393_L 0.69 0.15 0.01
377_I 481_G 0.69 0.15 0.01
59_G 94_D 0.69 0.15 0.01
85_D 557_V 0.69 0.15 0.01
186_L 33_L 0.69 0.15 0.01
155_S 495_T 0.69 0.15 0.01
44_Y 330_N 0.69 0.15 0.01
369_T 60_R 0.69 0.15 0.01
179_L 39_L 0.69 0.15 0.01
384_L 283_P 0.69 0.15 0.01
88_Y 331_T 0.69 0.15 0.01
317_L 299_I 0.69 0.15 0.01
370_K 69_T 0.69 0.15 0.01
238_L 54_V 0.69 0.15 0.01
205_F 544_A 0.69 0.15 0.01
111_S 426_L 0.69 0.15 0.01
192_L 231_N 0.69 0.15 0.01
265_T 186_S 0.69 0.14 0.01
187_V 405_Q 0.69 0.14 0.01
211_M 298_T 0.69 0.14 0.01
276_L 42_V 0.69 0.14 0.01
267_S 296_N 0.69 0.14 0.01
285_V 58_D 0.69 0.14 0.01
127_V 312_M 0.69 0.14 0.01
212_L 297_R 0.68 0.14 0.01
324_F 32_L 0.68 0.14 0.01
212_L 242_A 0.68 0.14 0.01
338_H 491_I 0.68 0.14 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6268 1.53 FtsW-FtsI Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.98 Done - Shared
2407 3.07 ftsw-pbp3 d5 Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 1.00 Done
2387 1.09 ftsw-pbp3 Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.18 Done
2382 3.32 ftsw-pbp3 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.99 Done
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