May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_B_C
Genes: A B A+B
Length: 613 509 1105
Sequences: 2092 1997 1110
Seq/Len: 3.41 3.92 1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.88
2 0.00 0.00 0.89
5 0.00 0.01 0.93
10 0.00 0.01 0.96
20 0.00 0.01 0.97
100 0.00 0.01 0.98
∞ 0.01 0.03 0.99
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
186_F 411_L 2.33 0.99 0.95
182_A 429_L 1.81 0.91 0.79
179_V 426_T 1.65 0.85 0.67
168_M 441_H 1.64 0.85 0.67
172_V 434_V 1.54 0.79 0.58
179_V 430_V 1.54 0.79 0.58
73_F 405_V 1.12 0.45 0.20
137_L 408_F 1.12 0.45 0.20
140_Y 429_L 1.08 0.41 0.17
136_L 130_V 1.07 0.40 0.17
430_F 143_W 1.07 0.40 0.16
236_Q 323_M 1.04 0.37 0.15
464_S 151_Y 1.04 0.37 0.14
173_V 106_W 1.01 0.35 0.13
320_F 430_V 1.01 0.35 0.13
349_S 341_A 1.01 0.35 0.13
228_G 251_A 0.99 0.34 0.12
385_A 398_M 0.98 0.33 0.12
197_F 103_L 0.98 0.33 0.12
66_T 483_Q 0.96 0.31 0.10
323_L 374_M 0.94 0.29 0.10
91_V 320_V 0.94 0.29 0.09
221_M 429_L 0.92 0.28 0.09
149_C 173_K 0.92 0.28 0.09
10_L 315_I 0.92 0.28 0.09
373_P 94_T 0.92 0.27 0.09
138_L 268_A 0.91 0.27 0.08
265_L 250_Q 0.90 0.26 0.08
184_A 475_L 0.90 0.26 0.08
385_A 305_A 0.89 0.25 0.07
186_F 412_F 0.88 0.25 0.07
397_F 261_G 0.88 0.25 0.07
386_L 175_F 0.87 0.24 0.07
188_L 415_F 0.87 0.24 0.07
604_V 337_A 0.87 0.24 0.07
416_V 341_A 0.86 0.24 0.07
320_F 153_L 0.86 0.24 0.07
300_V 307_A 0.86 0.24 0.07
531_L 487_D 0.86 0.24 0.07
171_F 173_K 0.86 0.23 0.07
328_W 337_A 0.86 0.23 0.07
221_M 90_M 0.86 0.23 0.07
159_T 447_K 0.86 0.23 0.07
426_S 262_I 0.86 0.23 0.07
157_Y 258_D 0.85 0.23 0.06
111_E 388_S 0.85 0.23 0.06
172_V 394_A 0.85 0.23 0.06
479_L 262_I 0.84 0.23 0.06
393_T 230_A 0.84 0.22 0.06
88_M 318_T 0.84 0.22 0.06
263_V 263_L 0.84 0.22 0.06
14_G 486_L 0.84 0.22 0.06
307_V 185_M 0.84 0.22 0.06
142_G 227_F 0.84 0.22 0.06
372_I 91_V 0.83 0.22 0.06
70_V 409_M 0.83 0.22 0.06
349_S 266_T 0.83 0.22 0.06
171_F 437_L 0.83 0.21 0.06
197_F 106_W 0.83 0.21 0.06
298_A 371_M 0.83 0.21 0.06
221_M 315_I 0.83 0.21 0.06
68_M 405_V 0.83 0.21 0.06
225_G 129_G 0.82 0.21 0.06
71_G 332_T 0.82 0.21 0.06
167_A 308_Q 0.82 0.21 0.06
361_N 427_F 0.82 0.21 0.06
495_I 35_T 0.82 0.21 0.06
176_V 91_V 0.82 0.21 0.06
105_W 476_V 0.82 0.21 0.06
137_L 11_F 0.82 0.21 0.05
197_F 428_G 0.81 0.21 0.05
89_L 228_F 0.81 0.21 0.05
272_L 165_K 0.81 0.20 0.05
36_G 209_E 0.81 0.20 0.05
331_A 271_L 0.81 0.20 0.05
138_L 151_Y 0.81 0.20 0.05
362_I 368_T 0.81 0.20 0.05
264_Y 268_A 0.81 0.20 0.05
418_G 390_F 0.81 0.20 0.05
218_A 298_I 0.81 0.20 0.05
300_V 484_P 0.81 0.20 0.05
434_F 400_G 0.81 0.20 0.05
15_F 394_A 0.81 0.20 0.05
458_I 296_I 0.81 0.20 0.05
319_M 437_L 0.80 0.20 0.05
77_F 224_M 0.80 0.20 0.05
189_Y 279_F 0.80 0.20 0.05
459_V 183_L 0.80 0.20 0.05
394_A 474_L 0.80 0.20 0.05
291_L 182_G 0.80 0.20 0.05
24_R 272_L 0.79 0.19 0.05
293_L 226_G 0.79 0.19 0.05
118_A 184_V 0.79 0.19 0.05
294_A 368_T 0.79 0.19 0.05
310_Y 312_K 0.79 0.19 0.05
14_G 227_F 0.79 0.19 0.05
385_A 424_I 0.78 0.19 0.04
83_G 311_I 0.78 0.18 0.04
149_C 90_M 0.78 0.18 0.04
355_A 277_P 0.78 0.18 0.04
137_L 38_L 0.78 0.18 0.04
426_S 130_V 0.77 0.18 0.04
263_V 430_V 0.77 0.18 0.04
227_V 393_V 0.77 0.18 0.04
138_L 351_S 0.77 0.18 0.04
183_F 384_L 0.77 0.18 0.04
42_A 233_V 0.77 0.18 0.04
463_L 480_F 0.77 0.18 0.04
65_W 133_A 0.77 0.18 0.04
173_V 430_V 0.77 0.18 0.04
337_T 433_S 0.77 0.18 0.04
332_I 472_V 0.77 0.18 0.04
220_L 187_I 0.77 0.18 0.04
14_G 314_L 0.76 0.18 0.04
85_S 315_I 0.76 0.18 0.04
125_A 352_A 0.76 0.18 0.04
319_M 267_A 0.76 0.18 0.04
160_D 156_L 0.76 0.17 0.04
116_F 331_Y 0.76 0.17 0.04
424_M 129_G 0.76 0.17 0.04
186_F 104_C 0.76 0.17 0.04
112_G 378_W 0.76 0.17 0.04
78_N 311_I 0.76 0.17 0.04
242_A 263_L 0.76 0.17 0.04
185_L 429_L 0.76 0.17 0.04
276_T 90_M 0.75 0.17 0.04
99_I 381_M 0.75 0.17 0.04
286_V 432_A 0.75 0.17 0.04
260_T 331_Y 0.75 0.17 0.04
215_L 473_V 0.75 0.17 0.04
293_L 175_F 0.75 0.17 0.04
172_V 109_I 0.75 0.17 0.04
400_D 140_F 0.75 0.17 0.04
179_V 325_F 0.75 0.17 0.04
260_T 411_L 0.74 0.17 0.04
148_L 93_L 0.74 0.17 0.04
158_Y 113_Q 0.74 0.17 0.04
42_A 128_I 0.74 0.17 0.04
227_V 323_M 0.74 0.17 0.04
140_Y 226_G 0.74 0.17 0.04
224_G 187_I 0.74 0.17 0.04
234_P 205_F 0.74 0.17 0.04
174_T 140_F 0.74 0.17 0.04
244_A 381_M 0.74 0.16 0.04
361_N 13_G 0.74 0.16 0.04
14_G 474_L 0.74 0.16 0.04
116_F 419_P 0.74 0.16 0.04
94_G 240_L 0.74 0.16 0.04
99_I 323_M 0.74 0.16 0.04
226_A 185_M 0.74 0.16 0.04
320_F 255_G 0.73 0.16 0.04
403_L 480_F 0.73 0.16 0.04
310_Y 277_P 0.73 0.16 0.04
142_G 331_Y 0.73 0.16 0.04
331_A 383_W 0.73 0.16 0.04
462_I 136_M 0.73 0.16 0.04
183_F 315_I 0.73 0.16 0.04
32_I 430_V 0.73 0.16 0.04
99_I 297_G 0.73 0.16 0.04
32_I 424_I 0.73 0.16 0.04
89_L 368_T 0.73 0.16 0.03
187_I 415_F 0.73 0.16 0.03
95_V 434_V 0.73 0.16 0.03
440_K 330_I 0.73 0.16 0.03
218_A 15_F 0.73 0.16 0.03
29_V 233_V 0.73 0.16 0.03
272_L 75_F 0.73 0.16 0.03
176_V 457_L 0.73 0.16 0.03
20_F 29_R 0.73 0.16 0.03
70_V 339_Q 0.73 0.16 0.03
360_Q 178_T 0.73 0.16 0.03
78_N 106_W 0.73 0.16 0.03
540_G 81_L 0.72 0.16 0.03
120_T 349_G 0.72 0.16 0.03
327_A 406_G 0.72 0.16 0.03
450_G 240_L 0.72 0.16 0.03
265_L 313_R 0.72 0.16 0.03
135_N 142_F 0.72 0.16 0.03
179_V 326_V 0.72 0.15 0.03
101_M 109_I 0.72 0.15 0.03
99_I 351_S 0.72 0.15 0.03
291_L 266_T 0.72 0.15 0.03
96_G 323_M 0.72 0.15 0.03
16_V 480_F 0.72 0.15 0.03
217_W 390_F 0.72 0.15 0.03
117_F 143_W 0.72 0.15 0.03
462_I 423_V 0.72 0.15 0.03
181_L 431_F 0.72 0.15 0.03
298_A 262_I 0.72 0.15 0.03
313_M 401_T 0.72 0.15 0.03
606_L 136_M 0.72 0.15 0.03
357_H 470_L 0.72 0.15 0.03
93_T 73_P 0.71 0.15 0.03
306_R 334_S 0.71 0.15 0.03
15_F 390_F 0.71 0.15 0.03
30_S 334_S 0.71 0.15 0.03
332_I 426_T 0.71 0.15 0.03
202_E 292_W 0.71 0.15 0.03
109_G 215_M 0.71 0.15 0.03
264_Y 291_M 0.71 0.15 0.03
389_L 466_F 0.71 0.15 0.03
171_F 246_D 0.71 0.15 0.03
183_F 304_M 0.71 0.15 0.03
403_L 264_L 0.71 0.15 0.03
424_M 287_A 0.71 0.15 0.03
326_Q 143_W 0.71 0.15 0.03
181_L 177_Y 0.71 0.15 0.03
100_H 331_Y 0.71 0.15 0.03
137_L 419_P 0.70 0.15 0.03
81_L 153_L 0.70 0.15 0.03
236_Q 352_A 0.70 0.15 0.03
328_W 315_I 0.70 0.15 0.03
173_V 272_L 0.70 0.15 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2377 1 cI_B_C Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-60, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.95 Done - Shared
2263 0.01 cI_L_M Δgene:(1, 1) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) Killed - Shared
2262 10.81 cI_L_M Δgene:(0, 0) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 1.00 Done - Shared
2261 0.02 cI_L_M Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) Killed - Shared
Page generated in 0.0275 seconds.