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OPENSEQ.org
lptDG
Genes: A B A+B
Length: 918 355 1106
Sequences: 1205 3277 178
Seq/Len: 1.31 9.23 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.71 0.12
2 0.00 0.71 0.13
5 0.00 0.71 0.13
10 0.00 0.71 0.13
20 0.00 0.71 0.14
100 0.00 0.72 0.21
∞ 0.00 0.75 0.60
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
891_L 206_T 1.76 0.41 0.00
550_S 40_S 1.75 0.41 0.00
446_Q 263_N 1.56 0.31 0.00
734_P 283_L 1.47 0.26 0.00
219_Q 237_V 1.45 0.26 0.00
844_F 51_F 1.44 0.25 0.00
158_S 286_M 1.41 0.24 0.00
813_H 42_S 1.39 0.23 0.00
265_E 308_V 1.38 0.23 0.00
338_Y 109_L 1.38 0.22 0.00
454_G 156_Y 1.37 0.22 0.00
624_L 27_A 1.36 0.22 0.00
155_A 65_P 1.34 0.21 0.00
602_K 292_F 1.33 0.20 0.00
350_L 104_K 1.32 0.20 0.00
858_L 346_A 1.31 0.20 0.00
275_G 274_V 1.30 0.19 0.00
485_F 97_R 1.29 0.19 0.00
495_G 91_A 1.28 0.19 0.00
287_G 50_R 1.27 0.19 0.00
892_G 90_A 1.26 0.18 0.00
287_G 346_A 1.26 0.18 0.00
305_P 84_E 1.26 0.18 0.00
305_P 92_G 1.26 0.18 0.00
315_R 57_P 1.25 0.18 0.00
827_V 189_K 1.25 0.18 0.00
174_V 332_P 1.25 0.18 0.00
762_T 17_L 1.23 0.17 0.00
607_L 292_F 1.23 0.17 0.00
289_A 298_V 1.22 0.17 0.00
684_E 157_I 1.21 0.17 0.00
324_F 301_G 1.21 0.17 0.00
866_V 344_A 1.21 0.17 0.00
457_F 286_M 1.21 0.17 0.00
766_S 95_L 1.21 0.17 0.00
699_Y 116_V 1.20 0.16 0.00
337_P 81_S 1.20 0.16 0.00
643_V 351_L 1.20 0.16 0.00
812_Q 286_M 1.19 0.16 0.00
452_Y 97_R 1.19 0.16 0.00
651_F 152_Q 1.19 0.16 0.00
356_A 41_A 1.18 0.16 0.00
417_E 287_A 1.18 0.15 0.00
886_I 143_S 1.18 0.15 0.00
693_I 75_G 1.18 0.15 0.00
402_Y 271_W 1.17 0.15 0.00
753_F 51_F 1.17 0.15 0.00
498_F 121_A 1.16 0.15 0.00
537_R 63_M 1.16 0.15 0.00
626_P 249_L 1.16 0.15 0.00
766_S 29_L 1.15 0.15 0.00
150_P 245_S 1.14 0.14 0.00
833_Y 256_L 1.14 0.14 0.00
642_P 26_L 1.14 0.14 0.00
495_G 90_A 1.14 0.14 0.00
339_Y 318_Q 1.14 0.14 0.00
190_H 174_Y 1.14 0.14 0.00
248_R 89_R 1.14 0.14 0.00
319_F 49_L 1.13 0.14 0.00
246_A 275_L 1.13 0.14 0.00
635_Y 271_W 1.13 0.14 0.00
730_S 281_A 1.13 0.14 0.00
808_D 309_L 1.13 0.14 0.00
885_Q 75_G 1.12 0.14 0.00
747_W 183_E 1.12 0.14 0.00
457_F 121_A 1.12 0.14 0.00
157_A 246_I 1.12 0.14 0.00
200_G 188_A 1.12 0.14 0.00
261_Y 347_G 1.11 0.14 0.00
496_M 96_S 1.11 0.14 0.00
466_Y 107_L 1.11 0.14 0.00
817_V 170_G 1.11 0.14 0.00
620_F 187_F 1.11 0.14 0.00
193_E 281_A 1.10 0.13 0.00
886_I 144_S 1.10 0.13 0.00
602_K 101_A 1.10 0.13 0.00
262_T 79_L 1.10 0.13 0.00
240_R 86_T 1.09 0.13 0.00
888_L 324_S 1.09 0.13 0.00
304_T 127_I 1.09 0.13 0.00
623_T 202_E 1.09 0.13 0.00
154_S 75_G 1.09 0.13 0.00
160_Y 97_R 1.08 0.13 0.00
813_H 74_V 1.08 0.13 0.00
294_L 238_V 1.08 0.13 0.00
489_L 327_V 1.07 0.13 0.00
762_T 171_V 1.07 0.13 0.00
446_Q 186_S 1.07 0.13 0.00
287_G 14_V 1.07 0.13 0.00
759_T 189_K 1.07 0.13 0.00
599_P 343_C 1.07 0.12 0.00
348_A 177_D 1.07 0.12 0.00
378_N 244_L 1.07 0.12 0.00
259_G 75_G 1.07 0.12 0.00
429_F 284_V 1.07 0.12 0.00
633_V 316_I 1.06 0.12 0.00
318_G 84_E 1.06 0.12 0.00
318_G 92_G 1.06 0.12 0.00
651_F 198_W 1.06 0.12 0.00
204_L 90_A 1.06 0.12 0.00
622_Q 76_L 1.06 0.12 0.00
202_V 174_Y 1.06 0.12 0.00
567_L 101_A 1.06 0.12 0.00
260_T 271_W 1.05 0.12 0.00
620_F 12_V 1.05 0.12 0.00
767_A 333_L 1.05 0.12 0.00
287_G 237_V 1.05 0.12 0.00
698_I 96_S 1.05 0.12 0.00
669_G 191_A 1.05 0.12 0.00
362_L 52_I 1.05 0.12 0.00
257_K 278_L 1.05 0.12 0.00
214_D 10_V 1.05 0.12 0.00
188_N 21_G 1.04 0.12 0.00
661_R 118_E 1.04 0.12 0.00
721_L 187_F 1.04 0.12 0.00
759_T 73_L 1.04 0.12 0.00
227_V 109_L 1.04 0.12 0.00
841_L 244_L 1.04 0.12 0.00
363_E 286_M 1.04 0.12 0.00
664_G 277_P 1.04 0.12 0.00
157_A 292_F 1.04 0.12 0.00
292_A 245_S 1.04 0.12 0.00
603_V 243_A 1.04 0.12 0.00
331_G 84_E 1.04 0.12 0.00
331_G 92_G 1.04 0.12 0.00
258_D 286_M 1.03 0.12 0.00
739_G 309_L 1.03 0.12 0.00
735_Y 101_A 1.03 0.12 0.00
891_L 25_G 1.03 0.12 0.00
341_N 301_G 1.03 0.12 0.00
505_V 93_V 1.02 0.11 0.00
416_A 320_L 1.02 0.11 0.00
364_G 173_R 1.02 0.11 0.00
246_A 44_G 1.02 0.11 0.00
367_R 57_P 1.02 0.11 0.00
317_S 278_L 1.02 0.11 0.00
286_F 76_L 1.02 0.11 0.00
490_P 186_S 1.01 0.11 0.00
196_G 244_L 1.01 0.11 0.00
300_P 84_E 1.01 0.11 0.00
300_P 92_G 1.01 0.11 0.00
305_P 65_P 1.01 0.11 0.00
347_D 84_E 1.01 0.11 0.00
347_D 92_G 1.01 0.11 0.00
552_P 342_I 1.01 0.11 0.00
172_D 45_I 1.01 0.11 0.00
463_A 13_F 1.01 0.11 0.00
463_A 333_L 1.01 0.11 0.00
339_Y 163_Q 1.01 0.11 0.00
662_F 121_A 1.01 0.11 0.00
168_T 222_T 1.01 0.11 0.00
683_I 301_G 1.01 0.11 0.00
416_A 190_R 1.01 0.11 0.00
302_F 347_G 1.00 0.11 0.00
734_P 85_L 1.00 0.11 0.00
135_P 157_I 1.00 0.11 0.00
152_Y 315_R 1.00 0.11 0.00
278_V 293_G 1.00 0.11 0.00
884_L 304_I 1.00 0.11 0.00
344_P 32_F 1.00 0.11 0.00
248_R 241_P 1.00 0.11 0.00
629_M 110_M 1.00 0.11 0.00
256_L 310_V 1.00 0.11 0.00
366_F 203_V 1.00 0.11 0.00
155_A 106_M 1.00 0.11 0.00
599_P 19_V 1.00 0.11 0.00
558_G 257_A 0.99 0.11 0.00
831_W 301_G 0.99 0.11 0.00
243_A 296_R 0.99 0.11 0.00
481_P 84_E 0.99 0.11 0.00
481_P 92_G 0.99 0.11 0.00
679_T 155_E 0.99 0.11 0.00
192_L 116_V 0.99 0.11 0.00
612_D 304_I 0.99 0.11 0.00
651_F 279_V 0.99 0.11 0.00
356_A 144_S 0.99 0.11 0.00
653_Y 271_W 0.99 0.11 0.00
780_V 107_L 0.98 0.11 0.00
320_L 57_P 0.98 0.11 0.00
676_L 167_V 0.98 0.10 0.00
369_L 72_C 0.98 0.10 0.00
734_P 89_R 0.98 0.10 0.00
456_T 101_A 0.98 0.10 0.00
608_Y 96_S 0.98 0.10 0.00
194_N 31_A 0.98 0.10 0.00
671_A 96_S 0.98 0.10 0.00
341_N 231_P 0.98 0.10 0.00
736_A 96_S 0.98 0.10 0.00
623_T 190_R 0.98 0.10 0.00
200_G 84_E 0.97 0.10 0.00
200_G 92_G 0.97 0.10 0.00
673_Q 96_S 0.97 0.10 0.00
262_T 317_A 0.97 0.10 0.00
707_Q 86_T 0.97 0.10 0.00
815_F 239_M 0.97 0.10 0.00
198_L 291_I 0.97 0.10 0.00
642_P 245_S 0.97 0.10 0.00
507_F 186_S 0.97 0.10 0.00
891_L 307_G 0.97 0.10 0.00
422_R 278_L 0.97 0.10 0.00
331_G 249_L 0.97 0.10 0.00
449_T 90_A 0.97 0.10 0.00
380_A 320_L 0.97 0.10 0.00
322_P 84_E 0.97 0.10 0.00
322_P 92_G 0.97 0.10 0.00
178_G 301_G 0.97 0.10 0.00
247_K 245_S 0.97 0.10 0.00
722_D 286_M 0.96 0.10 0.00
248_R 151_R 0.96 0.10 0.00
825_W 86_T 0.96 0.10 0.00
400_W 234_L 0.96 0.10 0.00
428_Y 290_F 0.96 0.10 0.00
623_T 113_G 0.96 0.10 0.00
313_D 51_F 0.96 0.10 0.00
779_K 104_K 0.96 0.10 0.00
821_L 199_Q 0.96 0.10 0.00
402_Y 304_I 0.96 0.10 0.00
608_Y 185_A 0.96 0.10 0.00
232_Y 106_M 0.96 0.10 0.00
602_K 121_A 0.96 0.10 0.00
261_Y 307_G 0.96 0.10 0.00
216_A 256_L 0.96 0.10 0.00
281_N 286_M 0.96 0.10 0.00
168_T 74_V 0.96 0.10 0.00
423_I 105_P 0.96 0.10 0.00
565_K 245_S 0.96 0.10 0.00
313_D 240_E 0.96 0.10 0.00
637_D 3_K 0.95 0.10 0.00
321_P 120_V 0.95 0.10 0.00
350_L 20_L 0.95 0.10 0.00
697_Q 75_G 0.95 0.10 0.00
204_L 46_G 0.95 0.10 0.00
304_T 68_A 0.95 0.10 0.00
632_Y 82_N 0.95 0.10 0.00
817_V 115_L 0.95 0.10 0.00
742_R 166_G 0.95 0.10 0.00
182_V 90_A 0.95 0.10 0.00
322_P 188_A 0.95 0.10 0.00
171_G 84_E 0.95 0.10 0.00
171_G 92_G 0.95 0.10 0.00
283_A 274_V 0.95 0.10 0.00
262_T 106_M 0.95 0.10 0.00
607_L 246_I 0.95 0.10 0.00
602_K 98_I 0.95 0.10 0.00
172_D 25_G 0.95 0.10 0.00
248_R 149_W 0.94 0.10 0.00
602_K 291_I 0.94 0.10 0.00
357_K 171_V 0.94 0.10 0.00
631_L 155_E 0.94 0.10 0.00
496_M 311_G 0.94 0.10 0.00
626_P 337_V 0.94 0.10 0.00
403_G 135_A 0.94 0.10 0.00
823_P 43_Y 0.94 0.10 0.00
323_S 303_R 0.94 0.10 0.00
551_L 81_S 0.94 0.10 0.00
760_S 42_S 0.94 0.10 0.00
554_T 44_G 0.94 0.10 0.00
339_Y 270_F 0.94 0.10 0.00
256_L 205_T 0.94 0.10 0.00
198_L 101_A 0.94 0.10 0.00
364_G 251_Q 0.94 0.10 0.00
200_G 296_R 0.94 0.10 0.00
194_N 20_L 0.93 0.10 0.00
195_R 315_R 0.93 0.10 0.00
766_S 137_G 0.93 0.10 0.00
402_Y 207_L 0.93 0.10 0.00
256_L 91_A 0.93 0.10 0.00
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735_Y 97_R 0.87 0.08 0.00
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738_A 320_L 0.87 0.08 0.00
188_N 18_A 0.87 0.08 0.00
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483_I 338_I 0.87 0.08 0.00
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187_A 177_D 0.87 0.08 0.00
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304_T 281_A 0.87 0.08 0.00
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430_Q 324_S 0.87 0.08 0.00
202_V 205_T 0.87 0.08 0.00
301_V 274_V 0.87 0.08 0.00
296_V 313_V 0.87 0.08 0.00
183_E 80_A 0.87 0.08 0.00
204_L 48_A 0.87 0.08 0.00
658_R 20_L 0.87 0.08 0.00
667_R 285_L 0.87 0.08 0.00
563_T 182_L 0.87 0.08 0.00
207_K 103_M 0.87 0.08 0.00
675_S 279_V 0.86 0.08 0.00
614_T 195_T 0.86 0.08 0.00
766_S 102_V 0.86 0.08 0.00
624_L 309_L 0.86 0.08 0.00
656_L 311_G 0.86 0.08 0.00
752_D 95_L 0.86 0.08 0.00
691_A 257_A 0.86 0.08 0.00
873_V 120_V 0.86 0.08 0.00
449_T 351_L 0.86 0.08 0.00
609_F 187_F 0.86 0.08 0.00
297_K 278_L 0.86 0.08 0.00
424_S 137_G 0.86 0.08 0.00
656_L 287_A 0.86 0.08 0.00
178_G 27_A 0.86 0.08 0.00
687_G 274_V 0.86 0.08 0.00
763_E 243_A 0.86 0.08 0.00
891_L 67_A 0.86 0.08 0.00
273_L 202_E 0.86 0.08 0.00
854_W 243_A 0.86 0.08 0.00
509_R 29_L 0.86 0.08 0.00
168_T 25_G 0.86 0.08 0.00
600_L 121_A 0.86 0.08 0.00
654_D 88_M 0.86 0.08 0.00
827_V 176_F 0.86 0.08 0.00
544_H 118_E 0.86 0.08 0.00
301_V 104_K 0.86 0.08 0.00
480_L 75_G 0.86 0.08 0.00
429_F 67_A 0.86 0.08 0.00
561_T 316_I 0.85 0.08 0.00
710_G 234_L 0.85 0.08 0.00
428_Y 101_A 0.85 0.08 0.00
794_F 105_P 0.85 0.08 0.00
190_H 109_L 0.85 0.08 0.00
677_G 85_L 0.85 0.08 0.00
829_A 195_T 0.85 0.08 0.00
831_W 243_A 0.85 0.08 0.00
741_Y 248_G 0.85 0.08 0.00
178_G 33_I 0.85 0.08 0.00
281_N 23_I 0.85 0.08 0.00
218_V 247_S 0.85 0.08 0.00
865_D 309_L 0.85 0.08 0.00
243_A 336_V 0.85 0.08 0.00
446_Q 241_P 0.85 0.08 0.00
365_E 21_G 0.85 0.08 0.00
317_S 8_I 0.85 0.08 0.00
238_H 243_A 0.85 0.08 0.00
272_T 97_R 0.85 0.08 0.00
211_V 116_V 0.85 0.08 0.00
318_G 57_P 0.85 0.08 0.00
149_S 87_I 0.85 0.08 0.00
886_I 224_R 0.85 0.08 0.00
749_I 133_A 0.85 0.08 0.00
182_V 245_S 0.85 0.08 0.00
165_Q 209_H 0.85 0.08 0.00
611_R 278_L 0.85 0.08 0.00
853_C 57_P 0.84 0.08 0.00
198_L 57_P 0.84 0.08 0.00
250_E 53_F 0.84 0.08 0.00
791_A 315_R 0.84 0.08 0.00
165_Q 186_S 0.84 0.08 0.00
351_Y 154_R 0.84 0.08 0.00
609_F 29_L 0.84 0.08 0.00
333_T 8_I 0.84 0.08 0.00
825_W 305_F 0.84 0.08 0.00
457_F 97_R 0.84 0.08 0.00
407_T 200_L 0.84 0.08 0.00
714_K 313_V 0.84 0.08 0.00
189_L 76_L 0.84 0.08 0.00
279_K 333_L 0.84 0.08 0.00
651_F 85_L 0.84 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.71 > 0.4) of paralogs.
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