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OPENSEQ.org
wspBwspC
Genes: A B A+B
Length: 171 422 571
Sequences: 3789 484 165
Seq/Len: 22.16 1.15 0.29
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.00 0.22
2 0.07 0.00 0.23
5 0.10 0.00 0.26
10 0.11 0.00 0.27
20 0.11 0.00 0.28
100 0.15 0.01 0.31
∞ 0.22 0.06 0.49
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
22_M 144_G 1.66 0.51 0.00
120_F 176_V 1.59 0.47 0.00
84_T 149_N 1.49 0.40 0.00
103_G 5_F 1.43 0.36 0.00
65_P 382_Y 1.28 0.28 0.00
122_D 172_L 1.28 0.28 0.00
107_E 67_T 1.27 0.27 0.00
47_P 206_N 1.26 0.26 0.00
146_W 98_I 1.23 0.25 0.00
17_F 327_I 1.22 0.24 0.00
67_L 35_G 1.22 0.24 0.00
132_Y 343_C 1.19 0.23 0.00
72_M 257_F 1.19 0.23 0.00
88_L 95_A 1.19 0.23 0.00
89_V 416_R 1.18 0.23 0.00
63_L 162_H 1.18 0.23 0.00
47_P 356_V 1.18 0.23 0.00
114_R 45_W 1.17 0.22 0.00
84_T 68_W 1.16 0.22 0.00
84_T 63_V 1.16 0.22 0.00
37_V 78_T 1.16 0.21 0.00
85_R 115_A 1.15 0.21 0.00
37_V 208_L 1.15 0.21 0.00
84_T 9_L 1.14 0.21 0.00
18_L 180_V 1.14 0.21 0.00
103_G 163_F 1.13 0.20 0.00
106_L 244_S 1.12 0.20 0.00
64_V 387_H 1.12 0.20 0.00
111_D 130_A 1.11 0.20 0.00
34_V 96_L 1.11 0.19 0.00
84_T 257_F 1.11 0.19 0.00
137_Y 227_L 1.10 0.19 0.00
18_L 391_L 1.09 0.19 0.00
99_P 187_L 1.09 0.19 0.00
18_L 219_V 1.09 0.19 0.00
141_R 229_P 1.09 0.19 0.00
85_R 257_F 1.08 0.18 0.00
43_L 76_F 1.08 0.18 0.00
111_D 188_L 1.08 0.18 0.00
39_P 226_L 1.08 0.18 0.00
32_R 37_A 1.08 0.18 0.00
98_E 187_L 1.08 0.18 0.00
43_L 176_V 1.08 0.18 0.00
83_S 67_T 1.08 0.18 0.00
103_G 205_R 1.07 0.18 0.00
104_L 177_R 1.07 0.18 0.00
85_R 119_A 1.06 0.18 0.00
51_E 109_P 1.06 0.17 0.00
103_G 381_L 1.06 0.17 0.00
34_V 43_E 1.06 0.17 0.00
103_G 104_S 1.06 0.17 0.00
107_E 21_G 1.05 0.17 0.00
34_V 155_E 1.04 0.17 0.00
93_A 280_P 1.04 0.17 0.00
117_P 144_G 1.04 0.17 0.00
99_P 260_R 1.03 0.17 0.00
44_K 397_L 1.03 0.17 0.00
85_R 234_F 1.03 0.16 0.00
64_V 238_A 1.03 0.16 0.00
132_Y 96_L 1.03 0.16 0.00
140_P 95_A 1.02 0.16 0.00
87_V 377_Y 1.02 0.16 0.00
50_P 141_A 1.02 0.16 0.00
37_V 354_A 1.02 0.16 0.00
111_D 400_A 1.02 0.16 0.00
140_P 162_H 1.02 0.16 0.00
106_L 396_A 1.02 0.16 0.00
54_A 356_V 1.02 0.16 0.00
65_P 236_G 1.02 0.16 0.00
48_E 256_S 1.02 0.16 0.00
154_P 332_D 1.01 0.16 0.00
95_Q 287_E 1.01 0.16 0.00
36_E 79_L 1.01 0.16 0.00
136_V 29_V 1.01 0.16 0.00
135_P 188_L 1.00 0.15 0.00
56_V 229_P 1.00 0.15 0.00
149_V 223_L 1.00 0.15 0.00
105_I 342_A 1.00 0.15 0.00
28_A 156_L 0.99 0.15 0.00
22_M 224_K 0.99 0.15 0.00
118_S 266_P 0.99 0.15 0.00
153_L 242_L 0.99 0.15 0.00
105_I 5_F 0.99 0.15 0.00
109_A 163_F 0.99 0.15 0.00
55_G 71_R 0.99 0.15 0.00
55_G 106_G 0.99 0.15 0.00
55_G 108_E 0.99 0.15 0.00
55_G 132_D 0.99 0.15 0.00
55_G 210_Y 0.99 0.15 0.00
69_L 136_R 0.98 0.15 0.00
39_P 99_L 0.98 0.15 0.00
60_R 233_M 0.98 0.15 0.00
85_R 9_L 0.98 0.15 0.00
102_L 199_Y 0.98 0.15 0.00
44_K 361_G 0.97 0.14 0.00
143_L 252_G 0.97 0.14 0.00
111_D 164_S 0.97 0.14 0.00
51_E 98_I 0.97 0.14 0.00
59_H 62_V 0.97 0.14 0.00
111_D 343_C 0.96 0.14 0.00
17_F 392_A 0.96 0.14 0.00
49_A 332_D 0.96 0.14 0.00
44_K 65_P 0.96 0.14 0.00
60_R 79_L 0.96 0.14 0.00
40_L 137_V 0.96 0.14 0.00
88_L 176_V 0.96 0.14 0.00
128_G 8_L 0.96 0.14 0.00
149_V 101_L 0.95 0.14 0.00
109_A 72_Y 0.95 0.14 0.00
117_P 139_E 0.95 0.14 0.00
25_D 194_A 0.95 0.14 0.00
146_W 392_A 0.95 0.14 0.00
24_G 347_L 0.95 0.14 0.00
128_G 381_L 0.94 0.14 0.00
28_A 154_D 0.94 0.13 0.00
111_D 96_L 0.94 0.13 0.00
72_M 150_S 0.94 0.13 0.00
28_A 160_D 0.94 0.13 0.00
109_A 396_A 0.94 0.13 0.00
111_D 133_V 0.94 0.13 0.00
102_L 15_L 0.94 0.13 0.00
86_I 395_A 0.94 0.13 0.00
140_P 166_V 0.94 0.13 0.00
19_L 134_S 0.94 0.13 0.00
76_R 128_V 0.94 0.13 0.00
123_Y 208_L 0.94 0.13 0.00
65_P 44_Y 0.94 0.13 0.00
63_L 144_G 0.94 0.13 0.00
99_P 124_Y 0.93 0.13 0.00
84_T 209_I 0.93 0.13 0.00
65_P 394_L 0.93 0.13 0.00
132_Y 170_Y 0.93 0.13 0.00
139_G 148_R 0.93 0.13 0.00
25_D 332_D 0.92 0.13 0.00
90_E 218_E 0.92 0.13 0.00
79_L 162_H 0.92 0.13 0.00
41_L 140_R 0.92 0.13 0.00
123_Y 235_I 0.92 0.13 0.00
45_R 261_R 0.92 0.13 0.00
29_L 80_A 0.92 0.13 0.00
46_I 308_L 0.92 0.13 0.00
86_I 87_L 0.92 0.13 0.00
91_Y 410_L 0.92 0.13 0.00
68_D 204_C 0.92 0.13 0.00
152_L 112_I 0.91 0.13 0.00
85_R 114_M 0.91 0.12 0.00
64_V 258_V 0.91 0.12 0.00
148_R 112_I 0.91 0.12 0.00
87_V 357_F 0.91 0.12 0.00
68_D 105_T 0.91 0.12 0.00
67_L 390_A 0.91 0.12 0.00
46_I 37_A 0.91 0.12 0.00
119_A 266_P 0.91 0.12 0.00
96_D 281_V 0.91 0.12 0.00
30_D 114_M 0.91 0.12 0.00
46_I 18_S 0.90 0.12 0.00
39_P 235_I 0.90 0.12 0.00
106_L 87_L 0.90 0.12 0.00
86_I 229_P 0.90 0.12 0.00
62_V 59_I 0.90 0.12 0.00
136_V 41_E 0.89 0.12 0.00
55_G 69_F 0.89 0.12 0.00
55_G 103_C 0.89 0.12 0.00
53_V 105_T 0.89 0.12 0.00
131_R 171_Q 0.89 0.12 0.00
133_L 203_F 0.89 0.12 0.00
67_L 75_S 0.89 0.12 0.00
116_E 349_A 0.89 0.12 0.00
95_Q 279_R 0.89 0.12 0.00
55_G 110_Y 0.89 0.12 0.00
152_L 279_R 0.89 0.12 0.00
26_R 116_L 0.89 0.12 0.00
136_V 301_P 0.89 0.12 0.00
146_W 357_F 0.89 0.12 0.00
104_L 203_F 0.89 0.12 0.00
46_I 233_M 0.88 0.12 0.00
65_P 134_S 0.88 0.12 0.00
94_R 227_L 0.88 0.12 0.00
29_L 147_G 0.88 0.12 0.00
67_L 48_L 0.88 0.12 0.00
105_I 12_R 0.88 0.12 0.00
107_E 99_L 0.88 0.12 0.00
154_P 105_T 0.88 0.12 0.00
142_G 381_L 0.88 0.12 0.00
17_F 75_S 0.88 0.12 0.00
20_F 382_Y 0.88 0.12 0.00
34_V 259_F 0.88 0.12 0.00
89_V 27_R 0.88 0.12 0.00
20_F 151_F 0.88 0.12 0.00
73_A 366_V 0.88 0.12 0.00
38_L 203_F 0.88 0.12 0.00
73_A 68_W 0.87 0.12 0.00
56_V 98_I 0.87 0.12 0.00
87_V 183_R 0.87 0.11 0.00
84_T 216_Q 0.87 0.11 0.00
105_I 372_E 0.87 0.11 0.00
44_K 223_L 0.87 0.11 0.00
87_V 170_Y 0.87 0.11 0.00
46_I 52_P 0.87 0.11 0.00
85_R 236_G 0.87 0.11 0.00
62_V 229_P 0.87 0.11 0.00
84_T 234_F 0.87 0.11 0.00
156_E 140_R 0.87 0.11 0.00
84_T 129_D 0.87 0.11 0.00
72_M 209_I 0.87 0.11 0.00
18_L 134_S 0.87 0.11 0.00
84_T 32_R 0.87 0.11 0.00
17_F 18_S 0.87 0.11 0.00
79_L 399_A 0.86 0.11 0.00
23_E 343_C 0.86 0.11 0.00
85_R 209_I 0.86 0.11 0.00
34_V 384_E 0.86 0.11 0.00
44_K 202_V 0.86 0.11 0.00
93_A 276_D 0.86 0.11 0.00
20_F 109_P 0.86 0.11 0.00
67_L 96_L 0.86 0.11 0.00
55_G 231_G 0.86 0.11 0.00
34_V 144_G 0.86 0.11 0.00
37_V 118_D 0.86 0.11 0.00
132_Y 98_I 0.86 0.11 0.00
66_V 361_G 0.86 0.11 0.00
104_L 407_A 0.86 0.11 0.00
64_V 39_H 0.86 0.11 0.00
133_L 116_L 0.86 0.11 0.00
41_L 87_L 0.86 0.11 0.00
117_P 138_I 0.86 0.11 0.00
145_Q 149_N 0.86 0.11 0.00
84_T 119_A 0.86 0.11 0.00
134_G 258_V 0.85 0.11 0.00
122_D 259_F 0.85 0.11 0.00
93_A 182_F 0.85 0.11 0.00
59_H 76_F 0.85 0.11 0.00
45_R 130_A 0.85 0.11 0.00
99_P 202_V 0.85 0.11 0.00
152_L 32_R 0.85 0.11 0.00
17_F 91_G 0.85 0.11 0.00
103_G 116_L 0.85 0.11 0.00
147_V 162_H 0.85 0.11 0.00
36_E 176_V 0.85 0.11 0.00
124_G 169_G 0.85 0.11 0.00
55_G 206_N 0.85 0.11 0.00
29_L 394_L 0.85 0.11 0.00
73_A 211_F 0.85 0.11 0.00
96_D 295_P 0.85 0.11 0.00
57_F 245_Q 0.84 0.11 0.00
124_G 32_R 0.84 0.11 0.00
88_L 115_A 0.84 0.11 0.00
152_L 278_A 0.84 0.11 0.00
19_L 321_V 0.84 0.11 0.00
152_L 395_A 0.84 0.11 0.00
154_P 289_A 0.84 0.11 0.00
85_R 203_F 0.84 0.11 0.00
73_A 351_G 0.84 0.11 0.00
104_L 233_M 0.84 0.11 0.00
44_K 99_L 0.84 0.11 0.00
129_G 187_L 0.84 0.11 0.00
68_D 234_F 0.84 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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