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OPENSEQ.org
wspCwspE
Genes: A B A+B
Length: 422 769 1178
Sequences: 484 1031 153
Seq/Len: 1.15 1.34 0.13
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.01
2 0.00 0.01 0.07
5 0.00 0.01 0.13
10 0.00 0.01 0.13
20 0.00 0.01 0.13
100 0.01 0.02 0.13
∞ 0.06 0.07 0.18
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
211_F 703_D 1.91 0.43 0.00
149_N 724_V 1.67 0.31 0.00
209_I 451_V 1.64 0.30 0.00
202_V 571_V 1.52 0.25 0.00
130_A 130_L 1.46 0.23 0.00
209_I 70_H 1.45 0.22 0.00
261_R 525_G 1.45 0.22 0.00
202_V 433_F 1.42 0.21 0.00
9_L 692_L 1.41 0.21 0.00
377_Y 695_T 1.41 0.21 0.00
209_I 503_A 1.40 0.20 0.00
209_I 437_F 1.39 0.20 0.00
99_L 209_S 1.38 0.20 0.00
261_R 53_L 1.38 0.20 0.00
144_G 62_L 1.36 0.19 0.00
66_E 751_F 1.34 0.18 0.00
128_V 197_E 1.34 0.18 0.00
25_I 598_S 1.32 0.18 0.00
211_F 600_G 1.31 0.17 0.00
412_Q 739_D 1.31 0.17 0.00
31_Q 311_Q 1.30 0.17 0.00
112_I 537_G 1.30 0.17 0.00
170_Y 376_G 1.30 0.17 0.00
149_N 66_V 1.29 0.17 0.00
43_E 257_L 1.29 0.17 0.00
138_I 331_E 1.29 0.17 0.00
62_V 647_R 1.28 0.17 0.00
361_G 580_R 1.27 0.16 0.00
99_L 588_D 1.27 0.16 0.00
162_H 467_V 1.27 0.16 0.00
248_M 130_L 1.27 0.16 0.00
208_L 52_S 1.27 0.16 0.00
236_G 398_G 1.27 0.16 0.00
104_S 380_I 1.26 0.16 0.00
359_W 208_K 1.26 0.16 0.00
209_I 527_Q 1.25 0.16 0.00
130_A 423_L 1.23 0.15 0.00
72_Y 311_Q 1.23 0.15 0.00
111_S 479_F 1.22 0.15 0.00
128_V 76_L 1.22 0.15 0.00
189_D 417_A 1.22 0.15 0.00
361_G 453_L 1.22 0.15 0.00
133_V 446_V 1.22 0.15 0.00
111_S 494_V 1.22 0.15 0.00
149_N 659_E 1.21 0.14 0.00
209_I 659_E 1.21 0.14 0.00
96_L 37_P 1.21 0.14 0.00
111_S 504_F 1.20 0.14 0.00
114_M 35_R 1.20 0.14 0.00
76_F 560_V 1.20 0.14 0.00
109_P 311_Q 1.20 0.14 0.00
351_G 754_E 1.20 0.14 0.00
21_G 726_S 1.19 0.14 0.00
237_P 660_L 1.18 0.14 0.00
68_W 72_M 1.18 0.14 0.00
5_F 463_L 1.18 0.14 0.00
147_G 648_I 1.18 0.14 0.00
116_L 722_V 1.18 0.14 0.00
8_L 416_T 1.18 0.14 0.00
237_P 648_I 1.17 0.14 0.00
192_L 445_E 1.17 0.14 0.00
63_V 409_V 1.17 0.13 0.00
134_S 23_T 1.17 0.13 0.00
87_L 497_I 1.16 0.13 0.00
204_C 606_G 1.16 0.13 0.00
131_L 681_G 1.16 0.13 0.00
395_A 320_R 1.16 0.13 0.00
149_N 541_A 1.16 0.13 0.00
107_E 740_A 1.16 0.13 0.00
144_G 286_G 1.16 0.13 0.00
151_F 386_A 1.15 0.13 0.00
99_L 432_L 1.15 0.13 0.00
65_P 59_I 1.14 0.13 0.00
208_L 56_A 1.14 0.13 0.00
27_R 657_V 1.14 0.13 0.00
151_F 616_D 1.14 0.13 0.00
209_I 435_P 1.14 0.13 0.00
257_F 724_V 1.14 0.13 0.00
208_L 304_F 1.14 0.13 0.00
32_R 586_P 1.14 0.13 0.00
150_S 509_I 1.14 0.13 0.00
26_E 722_V 1.14 0.13 0.00
163_F 586_P 1.13 0.13 0.00
151_F 750_S 1.13 0.13 0.00
242_L 345_L 1.13 0.13 0.00
146_Y 725_V 1.13 0.12 0.00
415_A 207_S 1.13 0.12 0.00
107_E 579_E 1.13 0.12 0.00
85_E 744_Y 1.13 0.12 0.00
32_R 69_A 1.12 0.12 0.00
102_P 59_I 1.12 0.12 0.00
107_E 31_M 1.12 0.12 0.00
248_M 558_P 1.12 0.12 0.00
248_M 471_Q 1.12 0.12 0.00
212_D 681_G 1.12 0.12 0.00
144_G 576_F 1.12 0.12 0.00
248_M 546_Q 1.11 0.12 0.00
209_I 738_L 1.11 0.12 0.00
102_P 753_D 1.11 0.12 0.00
144_G 505_P 1.11 0.12 0.00
149_N 537_G 1.10 0.12 0.00
144_G 533_G 1.10 0.12 0.00
259_F 62_L 1.10 0.12 0.00
114_M 24_Q 1.10 0.12 0.00
248_M 366_T 1.10 0.12 0.00
396_A 747_A 1.10 0.12 0.00
63_V 542_A 1.10 0.12 0.00
62_V 405_L 1.09 0.12 0.00
359_W 341_V 1.09 0.12 0.00
202_V 76_L 1.09 0.12 0.00
188_L 509_I 1.09 0.12 0.00
54_E 69_A 1.08 0.12 0.00
99_L 613_D 1.08 0.12 0.00
98_I 378_I 1.08 0.12 0.00
129_D 599_A 1.08 0.12 0.00
102_P 744_Y 1.08 0.12 0.00
261_R 571_V 1.08 0.11 0.00
151_F 611_I 1.08 0.11 0.00
232_A 455_A 1.08 0.11 0.00
126_F 681_G 1.08 0.11 0.00
66_E 18_E 1.08 0.11 0.00
44_Y 451_V 1.08 0.11 0.00
163_F 44_E 1.08 0.11 0.00
32_R 207_S 1.07 0.11 0.00
201_F 192_L 1.07 0.11 0.00
354_A 322_L 1.07 0.11 0.00
187_L 599_A 1.07 0.11 0.00
238_A 661_E 1.07 0.11 0.00
65_P 752_H 1.07 0.11 0.00
138_I 497_I 1.07 0.11 0.00
209_I 337_V 1.06 0.11 0.00
61_A 660_L 1.06 0.11 0.00
311_P 671_D 1.06 0.11 0.00
257_F 726_S 1.06 0.11 0.00
150_S 725_V 1.06 0.11 0.00
95_A 374_A 1.06 0.11 0.00
152_R 725_V 1.06 0.11 0.00
99_L 681_G 1.06 0.11 0.00
317_L 542_A 1.06 0.11 0.00
363_L 645_R 1.06 0.11 0.00
111_S 560_V 1.06 0.11 0.00
130_A 682_W 1.06 0.11 0.00
134_S 738_L 1.05 0.11 0.00
391_L 727_Y 1.05 0.11 0.00
114_M 529_F 1.05 0.11 0.00
111_S 486_T 1.05 0.11 0.00
114_M 655_L 1.05 0.11 0.00
203_F 192_L 1.05 0.11 0.00
25_I 599_A 1.05 0.11 0.00
177_R 170_D 1.05 0.11 0.00
54_E 502_Y 1.04 0.11 0.00
248_M 233_A 1.04 0.11 0.00
68_W 389_L 1.04 0.11 0.00
190_P 580_R 1.04 0.11 0.00
149_N 205_I 1.04 0.11 0.00
65_P 541_A 1.04 0.10 0.00
98_I 111_D 1.04 0.10 0.00
360_L 720_L 1.04 0.10 0.00
212_D 743_D 1.04 0.10 0.00
63_V 744_Y 1.04 0.10 0.00
385_P 740_A 1.04 0.10 0.00
76_F 377_R 1.03 0.10 0.00
133_V 278_L 1.03 0.10 0.00
133_V 515_L 1.03 0.10 0.00
234_F 591_L 1.03 0.10 0.00
238_A 611_I 1.03 0.10 0.00
390_A 517_A 1.03 0.10 0.00
99_L 726_S 1.03 0.10 0.00
343_C 314_M 1.03 0.10 0.00
149_N 726_S 1.03 0.10 0.00
65_P 14_L 1.02 0.10 0.00
131_L 209_S 1.02 0.10 0.00
172_L 577_V 1.02 0.10 0.00
354_A 62_L 1.02 0.10 0.00
133_V 702_M 1.02 0.10 0.00
32_R 502_Y 1.02 0.10 0.00
144_G 420_A 1.02 0.10 0.00
357_F 571_V 1.02 0.10 0.00
263_S 161_P 1.02 0.10 0.00
358_Y 512_M 1.02 0.10 0.00
356_V 423_L 1.02 0.10 0.00
134_S 762_V 1.02 0.10 0.00
151_F 44_E 1.02 0.10 0.00
138_I 87_Q 1.02 0.10 0.00
246_H 16_R 1.01 0.10 0.00
97_R 757_L 1.01 0.10 0.00
234_F 427_E 1.01 0.10 0.00
149_N 431_F 1.01 0.10 0.00
15_L 694_I 1.01 0.10 0.00
382_Y 701_R 1.01 0.10 0.00
21_G 47_M 1.01 0.10 0.00
332_D 357_V 1.01 0.10 0.00
363_L 429_L 1.01 0.10 0.00
54_E 70_H 1.01 0.10 0.00
151_F 570_G 1.01 0.10 0.00
209_I 454_D 1.01 0.10 0.00
261_R 30_L 1.01 0.10 0.00
79_L 58_R 1.01 0.10 0.00
149_N 668_R 1.01 0.10 0.00
146_Y 332_G 1.00 0.10 0.00
96_L 611_I 1.00 0.10 0.00
12_R 716_R 1.00 0.10 0.00
209_I 58_R 1.00 0.10 0.00
99_L 541_A 1.00 0.10 0.00
151_F 663_K 1.00 0.10 0.00
32_R 571_V 1.00 0.10 0.00
55_V 477_T 1.00 0.10 0.00
367_A 400_I 1.00 0.10 0.00
81_R 612_L 1.00 0.10 0.00
44_Y 502_Y 1.00 0.10 0.00
119_A 406_R 1.00 0.10 0.00
209_I 735_R 0.99 0.10 0.00
70_F 313_R 0.99 0.10 0.00
56_Q 455_A 0.99 0.10 0.00
360_L 681_G 0.99 0.10 0.00
238_A 738_L 0.99 0.10 0.00
45_W 609_V 0.99 0.10 0.00
137_V 451_V 0.99 0.10 0.00
92_G 486_T 0.99 0.10 0.00
133_V 418_E 0.99 0.10 0.00
24_V 451_V 0.99 0.10 0.00
332_D 391_L 0.99 0.10 0.00
115_A 69_A 0.99 0.10 0.00
362_L 357_V 0.99 0.10 0.00
33_M 571_V 0.99 0.10 0.00
261_R 531_Y 0.99 0.10 0.00
32_R 8_D 0.99 0.10 0.00
201_F 43_L 0.99 0.10 0.00
113_V 438_S 0.99 0.10 0.00
111_S 89_E 0.99 0.10 0.00
255_L 439_M 0.99 0.10 0.00
134_S 80_Q 0.99 0.10 0.00
378_R 743_D 0.98 0.10 0.00
112_I 618_L 0.98 0.10 0.00
207_L 596_D 0.98 0.10 0.00
76_F 89_E 0.98 0.09 0.00
391_L 94_L 0.98 0.09 0.00
405_A 694_I 0.98 0.09 0.00
199_Y 582_L 0.98 0.09 0.00
207_L 497_I 0.98 0.09 0.00
237_P 455_A 0.98 0.09 0.00
32_R 610_L 0.98 0.09 0.00
363_L 720_L 0.98 0.09 0.00
97_R 323_G 0.98 0.09 0.00
151_F 657_V 0.98 0.09 0.00
99_L 59_I 0.98 0.09 0.00
255_L 464_R 0.98 0.09 0.00
67_T 484_P 0.98 0.09 0.00
357_F 244_V 0.98 0.09 0.00
257_F 66_V 0.98 0.09 0.00
85_E 541_A 0.98 0.09 0.00
181_R 680_D 0.98 0.09 0.00
207_L 599_A 0.98 0.09 0.00
29_V 533_G 0.98 0.09 0.00
359_W 563_R 0.97 0.09 0.00
149_N 744_Y 0.97 0.09 0.00
208_L 656_T 0.97 0.09 0.00
409_R 339_R 0.97 0.09 0.00
182_F 369_A 0.97 0.09 0.00
114_M 740_A 0.97 0.09 0.00
114_M 356_A 0.97 0.09 0.00
328_A 319_G 0.97 0.09 0.00
13_I 376_G 0.97 0.09 0.00
201_F 72_M 0.97 0.09 0.00
91_G 410_L 0.97 0.09 0.00
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259_F 648_I 0.86 0.07 0.00
5_F 571_V 0.86 0.07 0.00
62_V 738_L 0.86 0.07 0.00
62_V 746_L 0.86 0.07 0.00
292_R 598_S 0.86 0.07 0.00
223_L 483_V 0.86 0.07 0.00
258_V 428_L 0.86 0.07 0.00
393_H 738_L 0.86 0.07 0.00
101_L 677_D 0.86 0.07 0.00
57_T 405_L 0.86 0.07 0.00
131_L 657_V 0.86 0.07 0.00
233_M 433_F 0.86 0.07 0.00
229_P 636_S 0.86 0.07 0.00
220_V 453_L 0.86 0.07 0.00
66_E 665_L 0.86 0.07 0.00
6_E 494_V 0.86 0.07 0.00
397_L 740_A 0.86 0.07 0.00
102_P 727_Y 0.86 0.07 0.00
335_Q 714_D 0.86 0.07 0.00
9_L 454_D 0.86 0.07 0.00
182_F 469_M 0.86 0.07 0.00
390_A 196_A 0.86 0.07 0.00
151_F 751_F 0.86 0.07 0.00
126_F 301_M 0.86 0.07 0.00
207_L 445_E 0.86 0.07 0.00
76_F 590_R 0.86 0.07 0.00
412_Q 714_D 0.86 0.07 0.00
257_F 209_S 0.85 0.07 0.00
69_F 672_V 0.85 0.07 0.00
8_L 471_Q 0.85 0.07 0.00
169_G 210_L 0.85 0.07 0.00
87_L 495_V 0.85 0.07 0.00
215_T 581_T 0.85 0.07 0.00
150_S 33_L 0.85 0.07 0.00
319_S 467_V 0.85 0.07 0.00
68_W 66_V 0.85 0.07 0.00
123_E 481_V 0.85 0.07 0.00
236_G 26_L 0.85 0.07 0.00
359_W 693_L 0.85 0.07 0.00
68_W 346_E 0.85 0.07 0.00
34_S 617_L 0.85 0.07 0.00
292_R 446_V 0.85 0.07 0.00
131_L 76_L 0.85 0.07 0.00
9_L 519_E 0.85 0.07 0.00
204_C 660_L 0.85 0.07 0.00
232_A 207_S 0.85 0.07 0.00
209_I 440_R 0.85 0.07 0.00
68_W 14_L 0.85 0.07 0.00
52_P 540_S 0.85 0.07 0.00
59_I 43_L 0.85 0.07 0.00
44_Y 610_L 0.85 0.07 0.00
104_S 733_D 0.85 0.07 0.00
182_F 330_V 0.85 0.07 0.00
149_N 655_L 0.85 0.07 0.00
239_E 423_L 0.85 0.07 0.00
129_D 726_S 0.85 0.07 0.00
214_P 469_M 0.85 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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