May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
wspAwspE
Genes: A B A+B
Length: 542 769 1305
Sequences: 16042 1031 420
Seq/Len: 29.6 1.34 0.32
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.14 0.01 0.17
2 0.15 0.01 0.23
5 0.17 0.01 0.31
10 0.19 0.01 0.31
20 0.21 0.01 0.32
100 0.27 0.02 0.35
∞ 0.30 0.07 0.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
351_V 585_M 1.39 0.36 0.00
414_V 603_L 1.28 0.30 0.00
376_V 605_D 1.27 0.29 0.00
394_A 610_L 1.22 0.26 0.00
374_Q 485_L 1.19 0.25 0.00
388_L 384_H 1.19 0.25 0.00
198_L 178_Q 1.18 0.24 0.00
465_E 378_I 1.18 0.24 0.00
526_L 702_M 1.17 0.24 0.00
347_T 585_M 1.17 0.23 0.00
414_V 510_E 1.16 0.23 0.00
491_Q 487_L 1.15 0.23 0.00
502_L 600_G 1.14 0.22 0.00
537_V 300_R 1.13 0.22 0.00
161_R 711_V 1.11 0.21 0.00
229_M 561_V 1.10 0.20 0.00
20_I 126_L 1.10 0.20 0.00
226_L 8_D 1.10 0.20 0.00
23_L 361_I 1.09 0.20 0.00
432_V 701_R 1.09 0.20 0.00
53_I 380_I 1.07 0.19 0.00
385_Q 675_A 1.07 0.19 0.00
402_E 591_L 1.06 0.19 0.00
279_T 68_V 1.05 0.18 0.00
478_A 712_R 1.05 0.18 0.00
502_L 469_M 1.05 0.18 0.00
512_T 69_A 1.04 0.18 0.00
414_V 749_A 1.04 0.18 0.00
458_A 345_L 1.03 0.17 0.00
324_S 405_L 1.03 0.17 0.00
387_N 675_A 1.03 0.17 0.00
298_T 22_Q 1.03 0.17 0.00
495_A 304_F 1.02 0.17 0.00
245_E 358_D 1.02 0.17 0.00
437_S 710_L 1.02 0.17 0.00
414_V 215_R 1.02 0.17 0.00
377_T 195_T 1.01 0.17 0.00
226_L 377_R 1.01 0.17 0.00
203_V 393_L 1.01 0.17 0.00
412_T 508_H 1.01 0.17 0.00
386_T 728_K 1.01 0.17 0.00
334_A 339_R 1.00 0.16 0.00
334_A 657_V 1.00 0.16 0.00
502_L 297_L 1.00 0.16 0.00
485_N 432_L 1.00 0.16 0.00
102_Q 617_L 1.00 0.16 0.00
376_V 586_P 1.00 0.16 0.00
257_A 493_L 1.00 0.16 0.00
410_V 573_V 0.99 0.16 0.00
20_I 361_I 0.99 0.16 0.00
516_L 33_L 0.98 0.16 0.00
383_A 620_S 0.98 0.16 0.00
414_V 563_R 0.98 0.16 0.00
201_V 592_G 0.98 0.15 0.00
491_Q 348_P 0.98 0.15 0.00
408_A 349_L 0.98 0.15 0.00
302_I 492_S 0.97 0.15 0.00
454_R 732_E 0.97 0.15 0.00
200_A 442_Q 0.97 0.15 0.00
316_L 729_D 0.97 0.15 0.00
382_V 703_D 0.97 0.15 0.00
518_Q 509_I 0.97 0.15 0.00
305_T 33_L 0.97 0.15 0.00
469_Q 349_L 0.97 0.15 0.00
321_S 424_S 0.96 0.15 0.00
198_L 548_P 0.96 0.15 0.00
431_M 52_S 0.96 0.15 0.00
184_N 473_Q 0.96 0.15 0.00
23_L 473_Q 0.96 0.15 0.00
327_A 58_R 0.95 0.15 0.00
394_A 668_R 0.95 0.15 0.00
414_V 698_D 0.95 0.15 0.00
398_E 506_L 0.95 0.15 0.00
542_V 487_L 0.95 0.15 0.00
541_K 378_I 0.95 0.14 0.00
306_S 97_G 0.95 0.14 0.00
449_F 332_G 0.95 0.14 0.00
278_V 708_V 0.95 0.14 0.00
416_R 611_I 0.94 0.14 0.00
382_V 682_W 0.94 0.14 0.00
449_F 610_L 0.94 0.14 0.00
323_V 661_E 0.94 0.14 0.00
402_E 193_R 0.94 0.14 0.00
17_I 216_I 0.94 0.14 0.00
351_V 385_H 0.94 0.14 0.00
347_T 353_L 0.94 0.14 0.00
502_L 495_V 0.94 0.14 0.00
478_A 481_V 0.94 0.14 0.00
202_V 442_Q 0.94 0.14 0.00
381_K 656_T 0.93 0.14 0.00
167_L 460_V 0.93 0.14 0.00
229_M 576_F 0.93 0.14 0.00
432_V 724_V 0.93 0.14 0.00
330_T 468_R 0.93 0.14 0.00
271_S 761_V 0.93 0.14 0.00
454_R 733_D 0.93 0.14 0.00
334_A 489_V 0.93 0.14 0.00
509_T 350_T 0.93 0.14 0.00
348_M 725_V 0.93 0.14 0.00
205_G 243_T 0.92 0.14 0.00
37_K 424_S 0.92 0.14 0.00
541_K 578_G 0.92 0.14 0.00
364_I 732_E 0.92 0.13 0.00
508_A 659_E 0.92 0.13 0.00
85_D 390_V 0.91 0.13 0.00
468_S 504_F 0.91 0.13 0.00
284_T 760_V 0.91 0.13 0.00
426_Y 676_V 0.91 0.13 0.00
533_L 651_V 0.91 0.13 0.00
431_M 299_S 0.91 0.13 0.00
88_L 176_A 0.90 0.13 0.00
199_L 401_D 0.90 0.13 0.00
193_M 509_I 0.90 0.13 0.00
383_A 613_D 0.90 0.13 0.00
500_Q 481_V 0.90 0.13 0.00
75_D 356_A 0.90 0.13 0.00
422_A 670_Y 0.90 0.13 0.00
386_T 207_S 0.90 0.13 0.00
395_I 440_R 0.90 0.13 0.00
245_E 332_G 0.90 0.13 0.00
166_E 403_Q 0.90 0.13 0.00
327_A 339_R 0.90 0.13 0.00
230_A 339_R 0.89 0.13 0.00
373_N 612_L 0.89 0.13 0.00
292_A 45_A 0.89 0.13 0.00
412_T 706_E 0.89 0.13 0.00
496_E 357_V 0.89 0.13 0.00
519_A 585_M 0.89 0.12 0.00
363_A 733_D 0.89 0.12 0.00
406_G 675_A 0.89 0.12 0.00
312_T 740_A 0.89 0.12 0.00
199_L 577_V 0.89 0.12 0.00
424_A 486_T 0.89 0.12 0.00
489_Q 45_A 0.89 0.12 0.00
268_Q 435_P 0.88 0.12 0.00
368_K 732_E 0.88 0.12 0.00
344_M 708_V 0.88 0.12 0.00
420_Q 703_D 0.88 0.12 0.00
537_V 498_G 0.88 0.12 0.00
290_A 411_N 0.88 0.12 0.00
391_L 652_D 0.88 0.12 0.00
221_K 722_V 0.88 0.12 0.00
358_V 749_A 0.88 0.12 0.00
304_A 481_V 0.88 0.12 0.00
360_A 733_D 0.88 0.12 0.00
464_G 339_R 0.88 0.12 0.00
249_I 295_A 0.87 0.12 0.00
425_T 708_V 0.87 0.12 0.00
538_S 74_D 0.87 0.12 0.00
292_A 374_A 0.87 0.12 0.00
352_M 728_K 0.87 0.12 0.00
420_Q 694_I 0.87 0.12 0.00
537_V 677_D 0.87 0.12 0.00
379_I 724_V 0.87 0.12 0.00
156_H 252_Q 0.87 0.12 0.00
467_L 749_A 0.87 0.12 0.00
408_A 613_D 0.87 0.12 0.00
272_V 438_S 0.87 0.12 0.00
526_L 656_T 0.87 0.12 0.00
383_A 730_R 0.87 0.12 0.00
445_G 492_S 0.86 0.12 0.00
118_G 648_I 0.86 0.12 0.00
337_G 667_G 0.86 0.12 0.00
220_Q 697_I 0.86 0.12 0.00
273_Q 402_L 0.86 0.12 0.00
229_M 674_V 0.86 0.12 0.00
165_N 544_L 0.86 0.12 0.00
502_L 487_L 0.86 0.12 0.00
257_A 455_A 0.86 0.12 0.00
136_L 401_D 0.86 0.12 0.00
489_Q 594_V 0.86 0.12 0.00
213_R 493_L 0.86 0.12 0.00
376_V 428_L 0.86 0.12 0.00
229_M 536_V 0.86 0.12 0.00
245_E 447_S 0.86 0.12 0.00
196_T 418_E 0.86 0.12 0.00
20_I 325_Q 0.86 0.12 0.00
259_E 655_L 0.85 0.12 0.00
210_L 401_D 0.85 0.12 0.00
502_L 327_R 0.85 0.12 0.00
247_G 648_I 0.85 0.12 0.00
540_F 724_V 0.85 0.12 0.00
355_A 350_T 0.85 0.12 0.00
348_M 584_V 0.85 0.12 0.00
35_V 361_I 0.85 0.12 0.00
197_L 192_L 0.85 0.12 0.00
226_L 538_L 0.85 0.12 0.00
379_I 583_V 0.85 0.11 0.00
540_F 749_A 0.85 0.11 0.00
159_D 407_E 0.85 0.11 0.00
302_I 613_D 0.85 0.11 0.00
533_L 692_L 0.85 0.11 0.00
426_Y 322_L 0.85 0.11 0.00
313_S 601_A 0.85 0.11 0.00
450_S 681_G 0.85 0.11 0.00
538_S 343_E 0.84 0.11 0.00
249_I 561_V 0.84 0.11 0.00
375_V 389_L 0.84 0.11 0.00
295_T 652_D 0.84 0.11 0.00
384_D 493_L 0.84 0.11 0.00
331_S 613_D 0.84 0.11 0.00
350_H 670_Y 0.84 0.11 0.00
368_K 749_A 0.84 0.11 0.00
378_T 737_G 0.84 0.11 0.00
384_D 506_L 0.84 0.11 0.00
431_M 660_L 0.84 0.11 0.00
519_A 350_T 0.84 0.11 0.00
303_G 594_V 0.84 0.11 0.00
515_S 694_I 0.84 0.11 0.00
270_S 580_R 0.84 0.11 0.00
258_E 467_V 0.84 0.11 0.00
455_R 655_L 0.84 0.11 0.00
6_V 685_L 0.84 0.11 0.00
364_I 733_D 0.84 0.11 0.00
226_L 547_R 0.83 0.11 0.00
279_T 444_T 0.83 0.11 0.00
390_S 298_A 0.83 0.11 0.00
383_A 506_L 0.83 0.11 0.00
536_G 310_G 0.83 0.11 0.00
487_G 405_L 0.83 0.11 0.00
354_A 708_V 0.83 0.11 0.00
201_V 39_Q 0.83 0.11 0.00
241_G 542_A 0.83 0.11 0.00
446_M 753_D 0.83 0.11 0.00
327_A 703_D 0.83 0.11 0.00
366_N 296_A 0.83 0.11 0.00
428_I 675_A 0.83 0.11 0.00
360_A 732_E 0.83 0.11 0.00
165_N 364_P 0.83 0.11 0.00
286_K 365_E 0.83 0.11 0.00
134_L 421_A 0.83 0.11 0.00
408_A 509_I 0.83 0.11 0.00
495_A 725_V 0.83 0.11 0.00
498_I 431_F 0.83 0.11 0.00
23_L 504_F 0.82 0.11 0.00
176_D 373_P 0.82 0.11 0.00
508_A 737_G 0.82 0.11 0.00
516_L 664_L 0.82 0.11 0.00
487_G 583_V 0.82 0.11 0.00
332_T 106_T 0.82 0.11 0.00
529_V 332_G 0.82 0.11 0.00
383_A 358_D 0.82 0.11 0.00
89_A 141_A 0.82 0.11 0.00
449_F 730_R 0.82 0.11 0.00
297_A 303_P 0.82 0.11 0.00
344_M 199_L 0.82 0.11 0.00
368_K 737_G 0.82 0.11 0.00
318_R 693_L 0.82 0.11 0.00
396_E 690_F 0.82 0.10 0.00
498_I 619_H 0.82 0.10 0.00
296_A 335_T 0.82 0.10 0.00
241_G 252_Q 0.82 0.10 0.00
298_T 670_Y 0.82 0.10 0.00
428_I 724_V 0.82 0.10 0.00
491_Q 303_P 0.82 0.10 0.00
481_V 747_A 0.82 0.10 0.00
458_A 341_V 0.82 0.10 0.00
50_M 391_L 0.81 0.10 0.00
322_E 358_D 0.81 0.10 0.00
215_I 722_V 0.81 0.10 0.00
363_A 753_D 0.81 0.10 0.00
379_I 207_S 0.81 0.10 0.00
230_A 591_L 0.81 0.10 0.00
414_V 341_V 0.81 0.10 0.00
499_N 506_L 0.81 0.10 0.00
201_V 405_L 0.81 0.10 0.00
244_D 495_V 0.81 0.10 0.00
529_V 388_M 0.81 0.10 0.00
50_M 488_S 0.81 0.10 0.00
487_G 604_D 0.81 0.10 0.00
450_S 440_R 0.81 0.10 0.00
494_G 277_D 0.81 0.10 0.00
94_L 441_E 0.81 0.10 0.00
504_Q 493_L 0.81 0.10 0.00
332_T 126_L 0.81 0.10 0.00
542_V 722_V 0.81 0.10 0.00
28_A 635_R 0.81 0.10 0.00
441_A 384_H 0.81 0.10 0.00
363_A 667_G 0.81 0.10 0.00
203_V 143_A 0.81 0.10 0.00
306_S 602_L 0.81 0.10 0.00
377_T 405_L 0.81 0.10 0.00
230_A 723_M 0.81 0.10 0.00
206_I 641_G 0.81 0.10 0.00
206_I 168_S 0.81 0.10 0.00
396_E 347_A 0.81 0.10 0.00
485_N 740_A 0.81 0.10 0.00
301_E 458_H 0.80 0.10 0.00
453_V 486_T 0.80 0.10 0.00
344_M 681_G 0.80 0.10 0.00
263_L 483_V 0.80 0.10 0.00
533_L 389_L 0.80 0.10 0.00
61_T 391_L 0.80 0.10 0.00
498_I 671_D 0.80 0.10 0.00
56_V 254_Q 0.80 0.10 0.00
12_A 560_V 0.80 0.10 0.00
432_V 613_D 0.80 0.10 0.00
391_L 453_L 0.80 0.10 0.00
533_L 237_L 0.80 0.10 0.00
427_D 520_I 0.80 0.10 0.00
439_V 727_Y 0.80 0.10 0.00
356_D 694_I 0.80 0.10 0.00
38_G 483_V 0.80 0.10 0.00
378_T 749_A 0.80 0.10 0.00
334_A 611_I 0.80 0.10 0.00
407_F 395_D 0.80 0.10 0.00
407_F 397_G 0.80 0.10 0.00
407_F 399_G 0.80 0.10 0.00
407_F 448_G 0.80 0.10 0.00
407_F 450_G 0.80 0.10 0.00
407_F 452_G 0.80 0.10 0.00
474_V 737_G 0.80 0.10 0.00
352_M 439_M 0.80 0.10 0.00
292_A 735_R 0.80 0.10 0.00
376_V 348_P 0.79 0.10 0.00
505_L 596_D 0.79 0.10 0.00
194_L 504_F 0.79 0.10 0.00
201_V 717_L 0.79 0.10 0.00
70_L 509_I 0.79 0.10 0.00
408_A 730_R 0.79 0.10 0.00
22_L 693_L 0.79 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0395 seconds.