May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cytb_cyt1
Genes: A B A+B
Length: 440 250 666
Sequences: 3168 890 512
Seq/Len: 7.2 3.56 0.77
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.75
2 0.00 0.01 0.74
5 0.00 0.01 0.74
10 0.00 0.01 0.74
20 0.00 0.01 0.74
100 0.00 0.01 0.74
∞ 0.01 0.01 0.76
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
257_A 229_A 4.39 1.00 1.00
261_V 222_V 3.14 1.00 1.00
251_K 236_N 2.45 0.98 0.97
261_V 226_I 1.67 0.81 0.69
92_M 217_V 1.52 0.70 0.54
269_F 219_F 1.51 0.70 0.54
89_G 217_V 1.39 0.60 0.41
110_I 188_T 1.32 0.55 0.34
257_A 232_L 1.31 0.54 0.34
25_I 50_G 1.28 0.51 0.31
78_A 52_R 1.27 0.51 0.30
254_F 229_A 1.25 0.49 0.29
257_A 228_L 1.24 0.48 0.27
78_A 53_Y 1.23 0.47 0.27
251_K 233_Y 1.22 0.46 0.26
95_Y 208_E 1.22 0.46 0.25
63_I 180_D 1.19 0.43 0.23
96_L 50_G 1.19 0.43 0.23
261_V 225_L 1.18 0.43 0.23
255_A 236_N 1.17 0.42 0.22
338_G 128_L 1.14 0.39 0.19
287_V 105_G 1.11 0.37 0.17
278_D 140_Y 1.10 0.36 0.17
284_N 113_M 1.09 0.35 0.16
61_T 114_A 1.09 0.35 0.16
287_V 148_Y 1.08 0.35 0.16
281_I 116_A 1.06 0.33 0.14
353_R 165_A 1.04 0.32 0.13
386_E 166_F 1.04 0.32 0.13
196_S 119_G 1.04 0.31 0.13
284_N 68_P 1.03 0.31 0.13
207_A 35_Q 1.03 0.31 0.13
251_K 237_K 1.03 0.31 0.13
282_E 128_L 1.01 0.29 0.12
186_V 227_V 1.00 0.28 0.11
74_D 189_P 0.99 0.28 0.11
282_E 52_R 0.99 0.28 0.11
269_F 231_L 0.98 0.27 0.10
84_M 208_E 0.97 0.27 0.10
304_I 219_F 0.97 0.27 0.10
156_F 92_R 0.97 0.27 0.10
66_V 195_M 0.97 0.26 0.10
346_V 51_L 0.96 0.26 0.09
295_E 27_G 0.95 0.26 0.09
344_A 164_A 0.95 0.26 0.09
203_F 182_V 0.95 0.26 0.09
158_G 35_Q 0.95 0.25 0.09
412_G 204_M 0.95 0.25 0.09
375_V 207_A 0.95 0.25 0.09
64_V 67_L 0.95 0.25 0.09
328_A 133_N 0.95 0.25 0.09
122_K 133_N 0.94 0.25 0.09
93_L 155_E 0.94 0.25 0.09
112_I 193_D 0.94 0.25 0.09
39_K 47_A 0.94 0.24 0.08
394_L 241_Q 0.94 0.24 0.08
345_L 228_L 0.93 0.24 0.08
116_L 60_A 0.93 0.24 0.08
405_L 182_V 0.93 0.24 0.08
281_I 140_Y 0.92 0.23 0.08
249_V 30_D 0.92 0.23 0.08
345_L 237_K 0.92 0.23 0.08
360_R 72_V 0.91 0.23 0.07
380_V 200_A 0.91 0.22 0.07
269_F 201_A 0.90 0.22 0.07
64_V 140_Y 0.90 0.22 0.07
214_W 33_Q 0.90 0.22 0.07
137_L 244_K 0.90 0.22 0.07
23_L 42_T 0.90 0.22 0.07
141_G 228_L 0.89 0.22 0.07
269_F 218_G 0.89 0.21 0.07
402_A 200_A 0.89 0.21 0.07
270_M 39_Q 0.89 0.21 0.07
392_I 39_Q 0.88 0.21 0.07
39_K 239_L 0.88 0.21 0.07
88_N 59_L 0.88 0.21 0.06
282_E 222_V 0.88 0.21 0.06
262_V 163_N 0.88 0.21 0.06
39_K 243_I 0.88 0.21 0.06
164_G 63_G 0.88 0.21 0.06
51_L 65_P 0.87 0.20 0.06
201_L 116_A 0.87 0.20 0.06
66_V 119_G 0.87 0.20 0.06
418_D 55_P 0.87 0.20 0.06
30_Y 243_I 0.87 0.20 0.06
106_L 181_Q 0.86 0.20 0.06
236_E 182_V 0.86 0.20 0.06
339_A 60_A 0.86 0.20 0.06
196_S 118_A 0.85 0.19 0.06
360_R 59_L 0.85 0.19 0.06
103_L 119_G 0.85 0.19 0.06
46_I 229_A 0.84 0.19 0.05
214_W 163_N 0.84 0.19 0.05
172_V 188_T 0.84 0.18 0.05
344_A 237_K 0.83 0.18 0.05
106_L 196_A 0.83 0.18 0.05
61_T 121_H 0.83 0.18 0.05
127_V 10_H 0.83 0.18 0.05
63_I 196_A 0.82 0.18 0.05
261_V 182_V 0.82 0.18 0.05
63_I 47_A 0.82 0.18 0.05
54_C 195_M 0.82 0.18 0.05
204_V 224_F 0.82 0.18 0.05
281_I 54_V 0.82 0.17 0.05
64_V 210_K 0.82 0.17 0.05
408_L 223_I 0.82 0.17 0.05
334_I 91_P 0.81 0.17 0.05
206_A 239_L 0.81 0.17 0.05
210_V 204_M 0.81 0.17 0.04
387_G 200_A 0.81 0.17 0.04
186_V 231_L 0.81 0.17 0.04
298_F 207_A 0.81 0.17 0.04
286_L 93_V 0.81 0.17 0.04
242_L 243_I 0.80 0.17 0.04
116_L 35_Q 0.80 0.17 0.04
328_A 189_P 0.80 0.17 0.04
176_I 97_H 0.80 0.17 0.04
260_L 183_T 0.80 0.17 0.04
287_V 149_D 0.80 0.17 0.04
81_E 208_E 0.80 0.17 0.04
277_P 135_I 0.80 0.17 0.04
103_L 111_S 0.79 0.16 0.04
64_V 60_A 0.79 0.16 0.04
337_F 59_L 0.79 0.16 0.04
269_F 82_T 0.79 0.16 0.04
411_L 219_F 0.79 0.16 0.04
199_Y 192_V 0.79 0.16 0.04
36_P 155_E 0.79 0.16 0.04
51_L 64_G 0.79 0.16 0.04
268_G 221_S 0.79 0.16 0.04
340_I 217_V 0.79 0.16 0.04
270_M 60_A 0.79 0.16 0.04
136_Y 64_G 0.79 0.16 0.04
402_A 105_G 0.79 0.16 0.04
344_A 231_L 0.79 0.16 0.04
91_Y 217_V 0.78 0.16 0.04
272_N 208_E 0.78 0.16 0.04
68_H 124_Y 0.78 0.16 0.04
54_C 10_H 0.78 0.16 0.04
73_V 32_H 0.78 0.16 0.04
337_F 206_T 0.78 0.16 0.04
358_Q 14_H 0.78 0.16 0.04
339_A 83_D 0.78 0.16 0.04
186_V 95_T 0.77 0.15 0.04
227_V 237_K 0.77 0.15 0.04
301_F 207_A 0.77 0.15 0.04
137_L 189_P 0.77 0.15 0.04
41_L 176_P 0.77 0.15 0.04
112_I 238_K 0.77 0.15 0.04
225_T 201_A 0.77 0.15 0.04
66_V 33_Q 0.77 0.15 0.04
19_L 243_I 0.76 0.15 0.04
25_I 165_A 0.76 0.15 0.04
300_P 243_I 0.76 0.15 0.04
382_A 214_R 0.76 0.15 0.03
301_F 227_V 0.76 0.15 0.03
204_V 128_L 0.76 0.15 0.03
115_G 72_V 0.76 0.15 0.03
174_E 181_Q 0.76 0.15 0.03
281_I 214_R 0.76 0.15 0.03
267_V 193_D 0.76 0.15 0.03
193_R 209_P 0.75 0.15 0.03
342_V 118_A 0.75 0.15 0.03
167_G 86_T 0.75 0.15 0.03
418_D 217_V 0.75 0.15 0.03
303_A 241_Q 0.75 0.15 0.03
408_L 234_L 0.75 0.15 0.03
180_L 220_V 0.75 0.14 0.03
408_L 193_D 0.75 0.14 0.03
66_V 27_G 0.75 0.14 0.03
281_I 111_S 0.75 0.14 0.03
93_L 174_A 0.75 0.14 0.03
384_P 31_Q 0.74 0.14 0.03
286_L 188_T 0.74 0.14 0.03
92_M 222_V 0.74 0.14 0.03
189_P 220_V 0.74 0.14 0.03
186_V 83_D 0.74 0.14 0.03
72_H 241_Q 0.74 0.14 0.03
339_A 206_T 0.74 0.14 0.03
60_A 92_R 0.74 0.14 0.03
335_A 146_T 0.74 0.14 0.03
70_T 155_E 0.74 0.14 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.7133 seconds.