May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cytb ccoI
Genes: A B A+B
Length: 300 539 733
Sequences: 2827 4110 1310
Seq/Len: 9.42 7.63 1.79
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.09
2 0.00 0.01 0.18
5 0.00 0.02 0.55
10 0.00 0.02 1.45
20 0.00 0.03 1.56
100 0.00 0.04 1.68
∞ 0.01 0.08 2.21
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
61_T 74_R 1.60 0.93 0.55
293_V 240_N 1.38 0.83 0.36
248_F 379_G 1.32 0.80 0.32
213_I 305_I 1.30 0.78 0.29
263_F 209_G 1.29 0.77 0.29
121_Y 218_H 1.28 0.77 0.28
180_L 351_M 1.28 0.76 0.28
35_I 373_M 1.25 0.74 0.26
275_G 345_M 1.22 0.71 0.24
293_V 215_K 1.19 0.69 0.22
280_Y 324_H 1.18 0.68 0.21
188_N 423_F 1.16 0.66 0.20
57_L 86_V 1.15 0.65 0.19
195_F 292_K 1.09 0.59 0.16
35_I 395_A 1.07 0.57 0.15
103_L 378_V 1.06 0.56 0.14
61_T 342_I 1.06 0.55 0.14
42_N 121_L 1.06 0.55 0.14
84_M 249_F 1.05 0.54 0.14
41_L 114_N 1.04 0.53 0.13
112_I 65_E 1.04 0.53 0.13
39_K 81_A 1.03 0.53 0.13
204_V 80_T 1.01 0.50 0.12
193_R 475_R 1.00 0.49 0.12
25_I 198_V 1.00 0.49 0.12
246_P 105_L 0.99 0.48 0.11
180_L 194_W 0.98 0.47 0.11
225_T 305_I 0.98 0.47 0.11
42_N 143_V 0.98 0.47 0.11
158_G 511_G 0.98 0.46 0.10
213_I 134_A 0.97 0.46 0.10
92_M 425_A 0.97 0.46 0.10
169_I 86_V 0.97 0.46 0.10
63_I 514_I 0.97 0.46 0.10
89_G 390_M 0.97 0.46 0.10
225_T 177_L 0.97 0.46 0.10
47_W 430_V 0.96 0.45 0.10
135_I 208_L 0.95 0.44 0.10
75_L 156_A 0.95 0.44 0.10
215_A 361_A 0.95 0.43 0.09
51_L 395_A 0.95 0.43 0.09
213_I 392_S 0.94 0.43 0.09
158_G 378_V 0.94 0.43 0.09
275_G 147_S 0.94 0.43 0.09
139_M 134_A 0.94 0.43 0.09
53_F 191_Y 0.94 0.43 0.09
286_L 509_L 0.94 0.42 0.09
137_L 143_V 0.94 0.42 0.09
180_L 366_R 0.94 0.42 0.09
128_T 386_F 0.93 0.42 0.09
96_L 263_A 0.93 0.41 0.09
208_L 291_P 0.93 0.41 0.09
291_H 69_M 0.92 0.41 0.09
98_A 117_K 0.92 0.40 0.08
59_I 118_L 0.92 0.40 0.08
121_Y 110_M 0.92 0.40 0.08
195_F 223_N 0.91 0.40 0.08
55_L 150_R 0.91 0.40 0.08
273_Y 338_V 0.91 0.40 0.08
201_L 447_W 0.91 0.39 0.08
214_W 494_K 0.91 0.39 0.08
55_L 118_L 0.90 0.38 0.08
69_Y 298_V 0.90 0.38 0.08
36_P 255_Q 0.89 0.38 0.08
27_S 216_E 0.89 0.38 0.07
179_W 141_Y 0.89 0.38 0.07
260_L 519_L 0.89 0.38 0.07
243_P 101_P 0.89 0.37 0.07
200_L 143_V 0.88 0.36 0.07
55_L 491_V 0.88 0.36 0.07
127_V 105_L 0.88 0.36 0.07
258_V 114_N 0.88 0.36 0.07
265_A 286_M 0.87 0.36 0.07
195_F 75_A 0.87 0.36 0.07
210_V 83_W 0.87 0.36 0.07
272_N 293_Q 0.87 0.36 0.07
116_L 156_A 0.87 0.35 0.07
54_C 342_I 0.87 0.35 0.07
71_P 512_A 0.87 0.35 0.07
116_L 217_P 0.87 0.35 0.07
172_V 172_A 0.86 0.35 0.07
60_A 64_P 0.86 0.34 0.07
210_V 358_L 0.86 0.34 0.07
114_R 142_V 0.86 0.34 0.07
201_L 263_A 0.86 0.34 0.07
38_P 420_M 0.86 0.34 0.07
134_L 454_I 0.86 0.34 0.07
131_V 386_F 0.86 0.34 0.07
275_G 361_A 0.86 0.34 0.07
64_V 451_L 0.86 0.34 0.07
282_E 365_L 0.85 0.34 0.06
42_N 148_A 0.85 0.34 0.06
63_I 90_V 0.85 0.34 0.06
116_L 424_G 0.85 0.34 0.06
135_I 496_P 0.85 0.34 0.06
70_T 286_M 0.85 0.34 0.06
256_L 94_I 0.85 0.33 0.06
98_A 159_F 0.85 0.33 0.06
108_V 159_F 0.85 0.33 0.06
108_V 520_W 0.85 0.33 0.06
201_L 509_L 0.84 0.33 0.06
145_M 448_H 0.84 0.33 0.06
135_I 77_V 0.84 0.33 0.06
205_I 514_I 0.84 0.33 0.06
169_I 500_V 0.84 0.33 0.06
59_I 90_V 0.84 0.33 0.06
260_L 454_I 0.84 0.33 0.06
272_N 359_S 0.84 0.32 0.06
136_Y 528_K 0.84 0.32 0.06
51_L 359_S 0.84 0.32 0.06
37_T 394_K 0.84 0.32 0.06
127_V 147_S 0.83 0.32 0.06
257_A 64_P 0.83 0.32 0.06
176_I 408_G 0.83 0.32 0.06
263_F 219_I 0.83 0.32 0.06
278_D 189_E 0.83 0.32 0.06
166_F 64_P 0.83 0.32 0.06
125_R 373_M 0.83 0.31 0.06
281_I 125_A 0.83 0.31 0.06
110_I 249_F 0.82 0.31 0.06
95_Y 291_P 0.82 0.31 0.06
206_A 372_R 0.82 0.31 0.06
67_M 389_P 0.82 0.31 0.06
154_M 132_G 0.82 0.31 0.06
205_I 494_K 0.82 0.31 0.06
156_F 222_A 0.82 0.31 0.06
67_M 317_W 0.82 0.30 0.06
208_L 150_R 0.82 0.30 0.05
265_A 507_L 0.82 0.30 0.05
39_K 513_L 0.82 0.30 0.05
277_P 517_Y 0.82 0.30 0.05
174_E 510_G 0.81 0.30 0.05
219_T 440_Y 0.81 0.30 0.05
188_N 189_E 0.81 0.29 0.05
79_S 85_V 0.81 0.29 0.05
249_V 92_V 0.80 0.29 0.05
172_V 77_V 0.80 0.29 0.05
282_E 313_F 0.80 0.29 0.05
127_V 375_V 0.80 0.29 0.05
204_V 198_V 0.80 0.29 0.05
126_E 507_L 0.80 0.29 0.05
180_L 433_L 0.80 0.29 0.05
256_L 426_L 0.80 0.29 0.05
172_V 229_F 0.80 0.28 0.05
116_L 358_L 0.80 0.28 0.05
71_P 507_L 0.80 0.28 0.05
180_L 450_W 0.80 0.28 0.05
249_V 448_H 0.80 0.28 0.05
278_D 265_T 0.79 0.28 0.05
35_I 389_P 0.79 0.28 0.05
47_W 470_E 0.79 0.28 0.05
282_E 527_P 0.79 0.28 0.05
250_I 305_I 0.79 0.28 0.05
168_A 220_Y 0.79 0.28 0.05
56_V 143_V 0.79 0.28 0.05
168_A 159_F 0.79 0.28 0.05
118_Y 190_W 0.79 0.28 0.05
113_F 213_K 0.78 0.27 0.05
121_Y 65_E 0.78 0.27 0.05
43_W 444_L 0.78 0.27 0.05
139_M 148_A 0.78 0.27 0.05
103_L 93_V 0.78 0.27 0.05
222_N 263_A 0.78 0.27 0.05
66_V 228_S 0.78 0.27 0.05
197_L 389_P 0.78 0.27 0.05
209_V 389_P 0.78 0.27 0.04
70_T 519_L 0.77 0.27 0.04
81_E 463_M 0.77 0.27 0.04
287_V 454_I 0.77 0.27 0.04
196_S 96_F 0.77 0.26 0.04
192_N 445_V 0.77 0.26 0.04
209_V 216_E 0.77 0.26 0.04
70_T 375_V 0.77 0.26 0.04
138_M 90_V 0.77 0.26 0.04
89_G 392_S 0.77 0.26 0.04
135_I 368_D 0.77 0.26 0.04
164_G 403_T 0.77 0.26 0.04
66_V 297_P 0.77 0.26 0.04
80_V 114_N 0.77 0.26 0.04
139_M 427_Y 0.76 0.26 0.04
248_F 241_N 0.76 0.26 0.04
248_F 422_T 0.76 0.26 0.04
293_V 320_P 0.76 0.26 0.04
86_D 241_N 0.76 0.26 0.04
222_N 217_P 0.76 0.26 0.04
140_M 520_W 0.76 0.25 0.04
148_V 192_V 0.76 0.25 0.04
141_G 86_V 0.76 0.25 0.04
61_T 285_M 0.76 0.25 0.04
275_G 434_W 0.76 0.25 0.04
41_L 177_L 0.76 0.25 0.04
150_P 261_Q 0.76 0.25 0.04
208_L 359_S 0.76 0.25 0.04
209_V 396_V 0.76 0.25 0.04
185_A 205_A 0.76 0.25 0.04
112_I 509_L 0.76 0.25 0.04
74_D 211_I 0.75 0.25 0.04
281_I 527_P 0.75 0.25 0.04
53_F 295_E 0.75 0.25 0.04
164_G 505_G 0.75 0.25 0.04
139_M 285_M 0.75 0.25 0.04
269_F 424_G 0.75 0.25 0.04
285_P 265_T 0.75 0.25 0.04
278_D 134_A 0.75 0.25 0.04
131_V 205_A 0.75 0.25 0.04
133_M 213_K 0.75 0.25 0.04
24_P 101_P 0.75 0.24 0.04
211_V 523_V 0.75 0.24 0.04
121_Y 179_A 0.75 0.24 0.04
42_N 367_T 0.75 0.24 0.04
135_I 433_L 0.75 0.24 0.04
30_Y 208_L 0.75 0.24 0.04
35_I 69_M 0.75 0.24 0.04
211_V 218_H 0.75 0.24 0.04
176_I 60_L 0.74 0.24 0.04
254_F 295_E 0.74 0.24 0.04
266_I 378_V 0.74 0.24 0.04
67_M 251_S 0.74 0.24 0.04
95_Y 445_V 0.74 0.24 0.04
85_R 215_K 0.74 0.24 0.04
207_A 503_L 0.74 0.24 0.04
268_G 96_F 0.74 0.24 0.04
201_L 212_L 0.74 0.24 0.04
103_L 360_G 0.74 0.24 0.04
241_T 325_Y 0.74 0.24 0.04
211_V 301_Y 0.74 0.24 0.04
139_M 431_P 0.74 0.24 0.04
130_I 156_A 0.74 0.24 0.04
156_F 252_K 0.74 0.23 0.04
282_E 220_Y 0.74 0.23 0.04
272_N 301_Y 0.73 0.23 0.04
222_N 345_M 0.73 0.23 0.04
192_N 513_L 0.73 0.23 0.04
86_D 71_D 0.73 0.23 0.04
196_S 433_L 0.73 0.23 0.04
206_A 496_P 0.73 0.23 0.04
286_L 135_L 0.73 0.23 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0804 seconds.