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OPENSEQ.org
TRiC_AB
Genes: A B A+B
Length: 559 527 1035
Sequences: 535 412 185
Seq/Len: 0.96 0.78 0.18
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.97
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.17
2 0.01 0.01 0.17
5 0.01 0.01 0.17
10 0.02 0.01 0.17
20 0.02 0.01 0.17
100 0.03 0.02 0.17
∞ 0.15 0.06 0.19
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
413_L 395_T 4.37 1.00 1.00
174_D 171_D 4.23 1.00 1.00
335_A 323_G 4.16 0.99 1.00
366_F 348_L 4.12 0.99 1.00
435_N 417_T 4.02 0.99 1.00
286_K 274_A 3.99 0.99 1.00
290_D 278_K 3.95 0.99 1.00
509_I 479_I 3.93 0.99 1.00
124_T 119_T 3.87 0.99 1.00
36_V 29_V 3.86 0.99 1.00
75_V 69_L 3.84 0.99 1.00
387_L 369_L 3.78 0.99 1.00
418_V 400_T 3.74 0.99 1.00
219_V 209_D 3.72 0.99 1.00
283_E 271_N 3.71 0.99 1.00
341_M 329_F 3.70 0.99 1.00
457_I 439_Q 3.69 0.99 1.00
291_A 279_F 3.67 0.99 1.00
429_L 411_M 3.66 0.98 0.99
337_L 325_V 3.64 0.98 0.99
439_T 421_N 3.62 0.98 0.99
120_I 115_I 3.60 0.98 0.99
178_N 175_E 3.58 0.98 0.99
42_S 35_S 3.57 0.98 0.99
514_H 484_Q 3.56 0.98 0.99
506_R 476_N 3.54 0.98 0.99
179_M 176_L 3.53 0.98 0.99
268_E 256_A 3.52 0.98 0.99
344_L 332_P 3.46 0.98 0.99
272_Q 260_Q 3.41 0.97 0.99
339_S 327_S 3.41 0.97 0.99
205_V 195_I 3.41 0.97 0.99
288_I 276_I 3.40 0.97 0.99
326_L 314_V 3.39 0.97 0.99
133_L 128_S 3.38 0.97 0.99
502_L 472_L 3.37 0.97 0.99
440_V 422_I 3.37 0.97 0.99
448_I 430_V 3.37 0.97 0.99
220_P 210_E 3.36 0.97 0.99
203_V 193_I 3.35 0.97 0.99
473_L 455_L 3.35 0.97 0.99
515_A 485_L 3.34 0.97 0.99
104_I 98_L 3.34 0.97 0.99
213_A 203_L 3.33 0.97 0.99
532_L 502_S 3.31 0.97 0.99
279_G 267_E 3.29 0.97 0.99
41_K 34_K 3.29 0.97 0.99
182_D 179_N 3.28 0.96 0.99
103_I 97_V 3.27 0.96 0.99
402_L 384_L 3.27 0.96 0.99
385_I 367_I 3.26 0.96 0.99
134_R 129_A 3.24 0.96 0.99
138_R 133_D 3.23 0.96 0.99
479_S 461_S 3.23 0.96 0.99
359_D 341_D 3.23 0.96 0.99
238_A 227_E 3.22 0.96 0.98
420_P 402_L 3.21 0.96 0.98
528_L 498_V 3.21 0.96 0.98
116_V 110_I 3.20 0.96 0.98
453_A 435_R 3.19 0.96 0.98
382_S 364_A 3.19 0.96 0.98
331_R 319_L 3.18 0.96 0.98
265_D 253_D 3.17 0.96 0.98
530_S 500_S 3.17 0.95 0.98
500_Y 470_S 3.15 0.95 0.98
141_N 136_T 3.14 0.95 0.98
330_A 318_A 3.13 0.95 0.98
432_Y 414_A 3.13 0.95 0.98
212_S 202_K 3.13 0.95 0.98
289_I 277_S 3.12 0.95 0.98
111_R 105_E 3.12 0.95 0.98
398_M 380_A 3.12 0.95 0.98
216_S 206_S 3.10 0.95 0.98
412_T 394_T 3.10 0.95 0.98
345_E 333_S 3.09 0.95 0.98
114_E 108_K 3.09 0.95 0.98
100_S 94_S 3.09 0.95 0.98
510_V 480_A 3.08 0.95 0.98
266_D 254_S 3.08 0.94 0.98
161_K 158_K 3.08 0.94 0.98
163_S 160_T 3.08 0.94 0.98
117_K 111_D 3.07 0.94 0.98
309_E 297_L 3.07 0.94 0.98
503_D 473_D 3.07 0.94 0.98
126_I 121_I 3.06 0.94 0.98
336_T 324_E 3.06 0.94 0.98
137_I 132_L 3.04 0.94 0.98
164_M 161_L 3.03 0.94 0.98
86_L 80_I 3.02 0.94 0.97
476_K 458_K 3.00 0.94 0.97
87_A 81_S 2.98 0.93 0.97
214_T 204_S 2.98 0.93 0.97
110_K 104_R 2.97 0.93 0.97
381_S 363_E 2.97 0.93 0.97
470_S 452_S 2.97 0.93 0.97
60_F 54_C 2.97 0.93 0.97
92_R 86_D 2.97 0.93 0.97
142_E 137_K 2.95 0.93 0.97
508_K 478_T 2.95 0.93 0.97
427_A 409_M 2.95 0.93 0.97
384_S 366_T 2.94 0.93 0.97
131_V 126_L 2.94 0.93 0.97
180_V 177_A 2.92 0.92 0.97
513_I 483_R 2.90 0.92 0.97
518_L 488_V 2.90 0.92 0.96
39_V 32_L 2.88 0.92 0.96
177_S 174_A 2.88 0.92 0.96
425_V 407_A 2.87 0.91 0.96
364_A 346_I 2.87 0.91 0.96
217_L 207_F 2.87 0.91 0.96
215_E 205_D 2.85 0.91 0.96
436_F 418_E 2.85 0.91 0.96
200_V 190_L 2.84 0.91 0.96
173_S 170_K 2.84 0.91 0.96
368_D 350_E 2.84 0.91 0.96
417_N 399_R 2.83 0.91 0.96
236_R 225_R 2.83 0.91 0.96
374_I 356_F 2.82 0.91 0.96
472_E 454_E 2.81 0.90 0.96
399_E 381_E 2.81 0.90 0.95
83_L 77_L 2.80 0.90 0.95
139_F 134_A 2.80 0.90 0.95
505_I 475_N 2.79 0.90 0.95
157_I 154_I 2.79 0.90 0.95
342_S 330_D 2.78 0.90 0.95
517_V 487_I 2.78 0.90 0.95
170_G 167_S 2.77 0.90 0.95
504_L 474_L 2.75 0.89 0.95
281_V 269_M 2.74 0.89 0.95
159_I 156_I 2.74 0.89 0.94
338_V 326_V 2.73 0.89 0.94
536_V 506_E 2.73 0.89 0.94
455_L 437_L 2.72 0.88 0.94
127_T 122_E 2.71 0.88 0.94
35_A 28_A 2.70 0.88 0.94
438_T 420_Q 2.69 0.88 0.94
441_G 423_D 2.69 0.88 0.94
275_K 263_K 2.69 0.87 0.94
296_V 284_F 2.68 0.87 0.94
392_D 374_D 2.68 0.87 0.94
376_G 358_G 2.68 0.87 0.94
305_L 293_Y 2.68 0.87 0.94
241_N 228_N 2.68 0.87 0.94
437_A 419_A 2.67 0.87 0.94
480_Y 462_S 2.67 0.87 0.94
431_I 413_K 2.67 0.87 0.93
434_D 416_D 2.65 0.86 0.93
461_T 443_I 2.65 0.86 0.93
451_F 433_F 2.64 0.86 0.93
340_S 328_T 2.64 0.86 0.93
140_I 135_L 2.63 0.86 0.93
154_E 151_E 2.62 0.86 0.93
327_R 315_E 2.62 0.86 0.93
313_A 301_L 2.62 0.85 0.92
263_N 251_K 2.62 0.85 0.92
357_L 339_E 2.62 0.85 0.92
386_I 368_V 2.61 0.85 0.92
165_S 162_S 2.60 0.85 0.92
403_H 385_H 2.59 0.85 0.92
343_N 331_E 2.59 0.84 0.92
169_I 166_L 2.58 0.84 0.91
282_L 270_K 2.57 0.84 0.91
468_K 450_F 2.56 0.84 0.91
525_V 495_R 2.56 0.84 0.91
270_L 258_L 2.56 0.84 0.91
223_A 213_I 2.54 0.83 0.91
450_E 432_A 2.54 0.83 0.91
269_Q 257_K 2.54 0.83 0.91
316_M 304_N 2.53 0.83 0.90
545_I 515_I 2.53 0.83 0.90
406_L 388_L 2.52 0.82 0.90
202_A 192_H 2.52 0.82 0.90
38_N 31_D 2.52 0.82 0.90
410_K 392_S 2.52 0.82 0.90
249_L 236_T 2.51 0.82 0.90
369_D 351_Q 2.51 0.82 0.90
474_V 456_V 2.49 0.81 0.89
444_E 426_K 2.48 0.81 0.89
323_K 311_F 2.48 0.81 0.89
56_D 49_A 2.48 0.81 0.89
222_Y 212_F 2.48 0.81 0.89
521_T 491_Y 2.47 0.81 0.89
171_A 168_Q 2.46 0.80 0.88
522_I 492_K 2.45 0.80 0.88
74_D 68_P 2.45 0.80 0.88
375_K 357_S 2.45 0.80 0.88
158_N 155_H 2.44 0.79 0.87
516_G 486_G 2.43 0.79 0.87
262_I 250_F 2.42 0.79 0.87
172_D 169_D 2.42 0.79 0.87
40_V 33_V 2.41 0.78 0.86
224_L 214_L 2.41 0.78 0.86
315_I 303_I 2.41 0.78 0.86
247_L 234_A 2.40 0.78 0.86
401_S 383_S 2.40 0.78 0.86
89_Q 83_V 2.40 0.78 0.86
47_V 40_K 2.40 0.78 0.86
135_E 130_A 2.37 0.76 0.85
529_K 499_S 2.36 0.76 0.84
499_N 469_T 2.36 0.76 0.84
143_V 138_A 2.36 0.76 0.84
186_A 183_R 2.35 0.76 0.84
185_L 182_L 2.35 0.76 0.84
175_F 172_H 2.35 0.76 0.84
253_K 240_T 2.34 0.75 0.84
280_I 268_K 2.34 0.75 0.84
235_K 224_K 2.33 0.75 0.83
34_M 27_I 2.33 0.75 0.83
261_Q 249_K 2.33 0.75 0.83
232_A 221_N 2.32 0.75 0.83
245_A 232_L 2.32 0.74 0.83
449_A 431_E 2.31 0.74 0.82
378_S 360_K 2.31 0.74 0.82
360_E 342_V 2.31 0.74 0.82
483_A 465_N 2.30 0.73 0.82
130_R 125_R 2.29 0.73 0.81
416_G 398_T 2.29 0.73 0.81
129_F 124_Y 2.27 0.72 0.80
136_A 131_A 2.25 0.71 0.80
460_K 442_T 2.25 0.71 0.79
538_I 508_L 2.25 0.71 0.79
237_I 226_I 2.25 0.71 0.79
62_V 56_V 2.24 0.71 0.79
511_D 481_D 2.24 0.71 0.79
271_E 259_A 2.24 0.71 0.79
395_L 377_L 2.24 0.71 0.79
112_A 106_A 2.23 0.70 0.78
31_L 24_V 2.23 0.70 0.78
246_C 233_I 2.22 0.70 0.78
294_Q 282_N 2.21 0.69 0.77
379_K 361_A 2.21 0.69 0.77
37_A 30_G 2.21 0.69 0.77
209_H 199_L 2.21 0.69 0.77
184_L 181_I 2.20 0.69 0.76
544_M 514_I 2.19 0.68 0.76
155_T 152_D 2.18 0.68 0.75
118_N 112_Q 2.18 0.68 0.75
408_V 390_V 2.17 0.67 0.75
101_V 95_V 2.14 0.66 0.73
396_D 378_D 2.14 0.66 0.73
475_A 457_S 2.14 0.66 0.72
276_R 264_A 2.12 0.65 0.71
264_I 252_V 2.12 0.64 0.71
153_K 150_R 2.12 0.64 0.71
297_L 285_I 2.11 0.64 0.70
454_A 436_A 2.10 0.63 0.70
250_N 237_T 2.09 0.63 0.69
428_A 410_V 2.09 0.63 0.69
466_A 448_A 2.08 0.63 0.69
430_N 412_S 2.08 0.62 0.69
67_A 61_A 2.08 0.62 0.68
419_V 401_V 2.07 0.62 0.68
424_C 406_C 2.06 0.61 0.67
394_S 376_T 2.06 0.61 0.67
187_V 184_L 2.06 0.61 0.67
201_K 191_E 2.05 0.61 0.66
391_N 373_T 2.04 0.60 0.66
298_T 286_N 2.04 0.60 0.66
372_I 354_L 2.04 0.60 0.66
168_I 165_I 2.03 0.60 0.65
346_G 334_K 2.02 0.59 0.64
415_S 397_E 2.01 0.59 0.64
433_L 415_V 2.01 0.58 0.63
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186_A 176_L 0.43 0.03 0.00
419_V 402_L 0.43 0.03 0.00
326_L 502_S 0.43 0.03 0.00
74_D 456_V 0.43 0.03 0.00
384_S 56_V 0.43 0.03 0.00
407_S 385_H 0.43 0.03 0.00
205_V 15_A 0.43 0.03 0.00
254_A 357_S 0.43 0.03 0.00
468_K 477_G 0.43 0.03 0.00
534_A 317_L 0.43 0.03 0.00
297_L 383_S 0.43 0.03 0.00
518_L 366_T 0.43 0.03 0.00
129_F 505_A 0.43 0.03 0.00
375_K 96_T 0.43 0.03 0.00
43_S 122_E 0.43 0.03 0.00
36_V 202_K 0.43 0.03 0.00
99_T 65_K 0.43 0.03 0.00
367_S 384_L 0.43 0.03 0.00
255_R 243_V 0.43 0.03 0.00
530_S 260_Q 0.43 0.03 0.00
326_L 233_I 0.43 0.03 0.00
74_D 42_M 0.43 0.03 0.00
273_I 173_F 0.43 0.03 0.00
440_V 423_D 0.43 0.03 0.00
375_K 241_D 0.43 0.03 0.00
130_R 235_N 0.43 0.03 0.00
67_A 220_N 0.43 0.03 0.00
153_K 182_L 0.43 0.03 0.00
406_L 412_S 0.42 0.03 0.00
73_L 69_L 0.42 0.03 0.00
173_S 94_S 0.42 0.03 0.00
137_I 94_S 0.42 0.03 0.00
241_N 235_N 0.42 0.03 0.00
410_K 170_K 0.42 0.03 0.00
173_S 124_Y 0.42 0.03 0.00
101_V 336_K 0.42 0.03 0.00
362_V 85_D 0.42 0.03 0.00
280_I 444_L 0.42 0.03 0.00
99_T 501_A 0.42 0.03 0.00
306_C 218_F 0.42 0.03 0.00
179_M 328_T 0.42 0.03 0.00
163_S 241_D 0.42 0.03 0.00
531_A 93_T 0.42 0.03 0.00
153_K 160_T 0.42 0.03 0.00
62_V 372_A 0.42 0.03 0.00
127_T 36_T 0.42 0.03 0.00
354_Y 335_C 0.42 0.03 0.00
401_S 167_S 0.42 0.03 0.00
456_L 239_D 0.42 0.03 0.00
100_S 486_G 0.42 0.03 0.00
47_V 36_T 0.42 0.03 0.00
190_Q 187_S 0.42 0.03 0.00
253_K 85_D 0.42 0.03 0.00
275_K 85_D 0.42 0.03 0.00
478_R 504_A 0.42 0.03 0.00
177_S 433_F 0.42 0.03 0.00
79_A 25_G 0.42 0.03 0.00
534_A 460_R 0.42 0.03 0.00
228_V 472_L 0.42 0.03 0.00
91_D 263_K 0.42 0.03 0.00
366_F 366_T 0.42 0.03 0.00
408_V 68_P 0.42 0.03 0.00
516_G 94_S 0.42 0.03 0.00
411_R 61_A 0.42 0.03 0.00
366_F 227_E 0.42 0.03 0.00
38_N 28_A 0.42 0.03 0.00
41_K 35_S 0.42 0.03 0.00
363_Q 224_K 0.42 0.03 0.00
420_P 401_V 0.42 0.03 0.00
76_Q 55_M 0.42 0.03 0.00
67_A 393_Q 0.42 0.03 0.00
405_S 345_E 0.42 0.03 0.00
286_K 418_E 0.42 0.03 0.00
86_L 241_D 0.42 0.03 0.00
275_K 279_F 0.42 0.03 0.00
87_A 82_K 0.42 0.03 0.00
286_K 399_R 0.42 0.03 0.00
213_A 269_M 0.42 0.03 0.00
75_V 485_L 0.42 0.03 0.00
195_E 460_R 0.42 0.03 0.00
149_D 380_A 0.42 0.03 0.00
116_V 334_K 0.42 0.03 0.00
158_N 183_R 0.42 0.03 0.00
374_I 488_V 0.42 0.03 0.00
291_A 412_S 0.42 0.03 0.00
71_S 93_T 0.42 0.03 0.00
328_R 312_E 0.42 0.03 0.00
443_R 496_A 0.42 0.03 0.00
233_M 118_Q 0.41 0.03 0.00
166_S 464_Y 0.41 0.03 0.00
348_E 334_K 0.41 0.03 0.00
87_A 330_D 0.41 0.03 0.00
533_E 494_K 0.41 0.03 0.00
429_L 430_V 0.41 0.03 0.00
35_A 31_D 0.41 0.03 0.00
324_E 316_R 0.41 0.03 0.00
504_L 475_N 0.41 0.03 0.00
117_K 81_S 0.41 0.03 0.00
453_A 416_D 0.41 0.03 0.00
524_K 503_E 0.41 0.03 0.00
102_V 379_E 0.41 0.03 0.00
43_S 42_M 0.41 0.03 0.00
226_C 216_K 0.41 0.03 0.00
254_A 324_E 0.41 0.03 0.00
99_T 265_E 0.41 0.03 0.00
43_S 40_K 0.41 0.03 0.00
406_L 181_I 0.41 0.03 0.00
277_E 93_T 0.41 0.03 0.00
248_D 228_N 0.41 0.03 0.00
265_D 81_S 0.41 0.03 0.00
372_I 219_G 0.41 0.03 0.00
328_R 368_V 0.41 0.03 0.00
99_T 441_P 0.41 0.03 0.00
38_N 126_L 0.41 0.03 0.00
413_L 341_D 0.41 0.03 0.00
318_V 354_L 0.41 0.03 0.00
434_D 435_R 0.41 0.03 0.00
137_I 81_S 0.41 0.03 0.00
329_I 504_A 0.41 0.03 0.00
412_T 398_T 0.41 0.03 0.00
474_V 68_P 0.41 0.03 0.00
179_M 209_D 0.41 0.03 0.00
76_Q 264_A 0.41 0.03 0.00
26_R 425_K 0.41 0.03 0.00
386_I 306_I 0.41 0.03 0.00
335_A 213_I 0.41 0.03 0.00
459_P 93_T 0.41 0.03 0.00
256_M 196_I 0.41 0.03 0.00
100_S 170_K 0.41 0.03 0.00
87_A 111_D 0.41 0.03 0.00
408_V 156_I 0.41 0.03 0.00
298_T 173_F 0.41 0.03 0.00
337_L 96_T 0.41 0.03 0.00
215_E 332_P 0.41 0.03 0.00
511_D 507_V 0.41 0.03 0.00
170_G 77_L 0.41 0.03 0.00
247_L 504_A 0.41 0.03 0.00
402_L 349_G 0.41 0.03 0.00
460_K 166_L 0.41 0.03 0.00
401_S 519_P 0.41 0.03 0.00
462_L 268_K 0.41 0.03 0.00
184_L 184_L 0.41 0.03 0.00
261_Q 346_I 0.41 0.03 0.00
341_M 137_K 0.41 0.03 0.00
335_A 401_V 0.41 0.03 0.00
384_S 384_L 0.41 0.03 0.00
484_S 464_Y 0.41 0.03 0.00
247_L 329_F 0.41 0.03 0.00
371_C 67_I 0.41 0.03 0.00
384_S 28_A 0.41 0.03 0.00
407_S 177_A 0.41 0.03 0.00
67_A 492_K 0.41 0.03 0.00
391_N 311_F 0.41 0.03 0.00
36_V 483_R 0.41 0.03 0.00
160_A 447_N 0.40 0.03 0.00
505_I 474_L 0.40 0.03 0.00
85_E 496_A 0.40 0.03 0.00
244_I 282_N 0.40 0.03 0.00
272_Q 29_V 0.40 0.03 0.00
166_S 491_Y 0.40 0.03 0.00
252_Q 438_R 0.40 0.03 0.00
376_G 437_L 0.40 0.03 0.00
101_V 450_F 0.40 0.03 0.00
393_Y 219_G 0.40 0.03 0.00
320_R 239_D 0.40 0.03 0.00
89_Q 66_S 0.40 0.03 0.00
255_R 244_K 0.40 0.03 0.00
472_E 425_K 0.40 0.03 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • Sequence A is very similar to Sequence B (HHΔ = 0.053), these maybe paralogs! HHΔ is a measure (0 to 1) of how different two alignments are (the larger the value the more different they are).
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2158 0.18 TRiC_AB Δgene:(0, 20) A:(1E-80, 1) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) 1.00 Done
2155 0 TRiC_AB Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 1) B:(1E-80, 1) msa: Jackhmmer (2015_03) Killed
2154 0 TRiC_AB Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 4) B:(1E-80, 4) msa: Jackhmmer (2015_03) Killed
2152 0 TRiC_AB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) Killed - Shared
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