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OPENSEQ.org
wspEwspD
Genes: A B A+B
Length: 769 229 989
Sequences: 1031 145 121
Seq/Len: 1.34 0.63 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.12
2 0.01 0.00 0.12
5 0.01 0.00 0.12
10 0.01 0.00 0.12
20 0.01 0.00 0.12
100 0.02 0.00 0.12
∞ 0.07 0.00 0.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
433_F 37_H 1.70 0.31 0.00
646_K 82_S 1.66 0.29 0.00
172_D 147_A 1.47 0.22 0.00
192_L 228_L 1.45 0.21 0.00
444_T 54_R 1.45 0.21 0.00
101_L 174_E 1.42 0.20 0.00
65_G 204_V 1.41 0.20 0.00
685_L 158_M 1.41 0.20 0.00
519_E 34_E 1.41 0.20 0.00
703_D 48_A 1.40 0.19 0.00
409_V 201_V 1.39 0.19 0.00
337_V 43_V 1.38 0.19 0.00
227_R 30_E 1.36 0.18 0.00
76_L 221_L 1.36 0.18 0.00
595_R 169_V 1.32 0.17 0.00
744_Y 100_L 1.32 0.17 0.00
209_S 161_I 1.31 0.17 0.00
695_T 112_L 1.31 0.17 0.00
597_V 139_L 1.28 0.16 0.00
509_I 88_L 1.28 0.16 0.00
200_D 201_V 1.27 0.15 0.00
76_L 181_I 1.25 0.15 0.00
482_E 170_A 1.25 0.15 0.00
712_R 124_T 1.22 0.14 0.00
605_D 102_E 1.22 0.14 0.00
509_I 188_P 1.22 0.14 0.00
62_L 203_G 1.22 0.14 0.00
557_I 37_H 1.22 0.14 0.00
593_K 172_V 1.21 0.14 0.00
497_I 15_D 1.20 0.14 0.00
520_I 83_I 1.20 0.14 0.00
206_S 60_D 1.20 0.14 0.00
409_V 11_T 1.20 0.14 0.00
615_E 217_E 1.19 0.13 0.00
623_K 14_V 1.19 0.13 0.00
424_S 73_E 1.18 0.13 0.00
537_G 103_V 1.18 0.13 0.00
684_A 51_L 1.17 0.13 0.00
602_L 26_D 1.17 0.13 0.00
376_G 133_C 1.17 0.13 0.00
469_M 37_H 1.17 0.13 0.00
33_L 172_V 1.17 0.13 0.00
31_M 93_F 1.15 0.12 0.00
314_M 97_T 1.15 0.12 0.00
604_D 170_A 1.14 0.12 0.00
536_V 203_G 1.14 0.12 0.00
12_L 45_A 1.14 0.12 0.00
433_F 39_R 1.13 0.12 0.00
330_V 193_D 1.12 0.12 0.00
429_L 227_S 1.12 0.12 0.00
293_Y 42_E 1.12 0.12 0.00
558_P 94_G 1.12 0.12 0.00
581_T 189_P 1.11 0.12 0.00
498_G 158_M 1.11 0.12 0.00
585_M 49_T 1.11 0.12 0.00
45_A 112_L 1.11 0.12 0.00
89_E 178_I 1.10 0.11 0.00
515_L 205_L 1.10 0.11 0.00
630_L 135_S 1.10 0.11 0.00
512_M 189_P 1.09 0.11 0.00
709_T 200_H 1.09 0.11 0.00
412_R 53_D 1.09 0.11 0.00
597_V 124_T 1.09 0.11 0.00
329_L 44_Y 1.09 0.11 0.00
343_E 219_P 1.09 0.11 0.00
509_I 84_L 1.08 0.11 0.00
588_D 140_L 1.08 0.11 0.00
602_L 127_R 1.08 0.11 0.00
306_D 103_V 1.08 0.11 0.00
504_F 102_E 1.08 0.11 0.00
527_Q 47_A 1.08 0.11 0.00
507_A 171_P 1.08 0.11 0.00
350_T 158_M 1.07 0.11 0.00
409_V 126_V 1.07 0.11 0.00
537_G 26_D 1.07 0.11 0.00
486_T 110_H 1.07 0.11 0.00
536_V 205_L 1.07 0.11 0.00
376_G 37_H 1.07 0.11 0.00
410_L 33_A 1.07 0.11 0.00
557_I 80_T 1.07 0.11 0.00
711_V 42_E 1.06 0.11 0.00
74_D 56_A 1.06 0.11 0.00
203_L 116_R 1.06 0.10 0.00
457_Q 88_L 1.06 0.10 0.00
200_D 44_Y 1.06 0.10 0.00
739_D 104_A 1.06 0.10 0.00
557_I 39_R 1.06 0.10 0.00
304_F 125_N 1.06 0.10 0.00
429_L 97_T 1.05 0.10 0.00
71_V 115_Q 1.05 0.10 0.00
300_R 227_S 1.05 0.10 0.00
214_Q 107_N 1.05 0.10 0.00
376_G 39_R 1.05 0.10 0.00
647_R 44_Y 1.05 0.10 0.00
747_A 159_L 1.04 0.10 0.00
594_V 123_V 1.04 0.10 0.00
203_L 168_V 1.04 0.10 0.00
481_V 192_A 1.04 0.10 0.00
78_E 218_G 1.04 0.10 0.00
207_S 104_A 1.04 0.10 0.00
435_P 110_H 1.04 0.10 0.00
357_V 139_L 1.04 0.10 0.00
762_V 213_T 1.04 0.10 0.00
724_V 124_T 1.03 0.10 0.00
216_I 42_E 1.03 0.10 0.00
206_S 84_L 1.03 0.10 0.00
297_L 48_A 1.02 0.10 0.00
604_D 189_P 1.02 0.10 0.00
440_R 31_R 1.02 0.10 0.00
609_V 51_L 1.02 0.10 0.00
374_A 220_L 1.02 0.10 0.00
608_P 224_V 1.02 0.10 0.00
268_Q 162_S 1.01 0.10 0.00
268_Q 168_V 1.01 0.10 0.00
667_G 200_H 1.01 0.10 0.00
738_L 92_W 1.01 0.10 0.00
381_R 160_I 1.01 0.10 0.00
630_L 161_I 1.01 0.10 0.00
300_R 48_A 1.01 0.10 0.00
723_M 48_A 1.01 0.10 0.00
105_G 102_E 1.01 0.10 0.00
598_S 188_P 1.01 0.10 0.00
711_V 99_S 1.01 0.10 0.00
577_V 190_N 1.01 0.10 0.00
297_L 130_L 1.01 0.10 0.00
327_R 48_A 1.01 0.10 0.00
679_M 127_R 1.00 0.09 0.00
486_T 221_L 1.00 0.09 0.00
546_Q 53_D 1.00 0.09 0.00
440_R 130_L 1.00 0.09 0.00
65_G 90_E 1.00 0.09 0.00
598_S 195_Q 1.00 0.09 0.00
192_L 49_T 0.99 0.09 0.00
655_L 48_A 0.99 0.09 0.00
7_R 160_I 0.99 0.09 0.00
288_R 131_V 0.99 0.09 0.00
749_A 117_S 0.99 0.09 0.00
655_L 116_R 0.99 0.09 0.00
96_Q 23_V 0.99 0.09 0.00
473_Q 79_E 0.99 0.09 0.00
724_V 170_A 0.99 0.09 0.00
335_T 93_F 0.99 0.09 0.00
464_R 168_V 0.99 0.09 0.00
486_T 51_L 0.99 0.09 0.00
328_L 219_P 0.98 0.09 0.00
410_L 42_E 0.98 0.09 0.00
647_R 39_R 0.98 0.09 0.00
319_G 203_G 0.98 0.09 0.00
346_E 188_P 0.98 0.09 0.00
122_E 80_T 0.98 0.09 0.00
630_L 217_E 0.98 0.09 0.00
706_E 52_L 0.98 0.09 0.00
480_H 107_N 0.98 0.09 0.00
104_I 221_L 0.98 0.09 0.00
219_L 42_E 0.98 0.09 0.00
136_S 194_G 0.98 0.09 0.00
622_G 124_T 0.98 0.09 0.00
461_R 37_H 0.97 0.09 0.00
267_C 137_G 0.97 0.09 0.00
281_F 169_V 0.97 0.09 0.00
220_A 221_L 0.97 0.09 0.00
346_E 88_L 0.97 0.09 0.00
585_M 190_N 0.97 0.09 0.00
725_V 177_G 0.97 0.09 0.00
76_L 223_A 0.97 0.09 0.00
98_C 124_T 0.97 0.09 0.00
612_L 31_R 0.97 0.09 0.00
11_L 80_T 0.97 0.09 0.00
69_A 172_V 0.97 0.09 0.00
619_H 124_T 0.96 0.09 0.00
253_A 103_V 0.96 0.09 0.00
11_L 151_E 0.96 0.09 0.00
563_R 213_T 0.96 0.09 0.00
694_I 156_P 0.96 0.09 0.00
274_H 212_I 0.96 0.09 0.00
511_R 202_A 0.96 0.09 0.00
739_D 46_A 0.95 0.09 0.00
576_F 138_E 0.95 0.09 0.00
467_V 85_V 0.95 0.09 0.00
356_A 130_L 0.95 0.09 0.00
719_S 169_V 0.95 0.09 0.00
668_R 20_R 0.95 0.09 0.00
697_I 201_V 0.95 0.09 0.00
735_R 143_E 0.95 0.09 0.00
328_L 133_C 0.95 0.09 0.00
585_M 213_T 0.94 0.08 0.00
61_G 166_G 0.94 0.08 0.00
329_L 85_V 0.94 0.08 0.00
88_S 181_I 0.94 0.08 0.00
569_Y 112_L 0.94 0.08 0.00
291_V 204_V 0.94 0.08 0.00
537_G 48_A 0.94 0.08 0.00
46_C 48_A 0.94 0.08 0.00
490_V 170_A 0.94 0.08 0.00
4_D 132_A 0.94 0.08 0.00
684_A 221_L 0.94 0.08 0.00
618_L 205_L 0.94 0.08 0.00
490_V 117_S 0.94 0.08 0.00
547_R 111_S 0.94 0.08 0.00
37_P 133_C 0.94 0.08 0.00
663_K 139_L 0.94 0.08 0.00
207_S 170_A 0.93 0.08 0.00
101_L 102_E 0.93 0.08 0.00
143_A 14_V 0.93 0.08 0.00
594_V 109_I 0.93 0.08 0.00
378_I 126_V 0.93 0.08 0.00
16_R 212_I 0.93 0.08 0.00
463_L 170_A 0.93 0.08 0.00
684_A 173_E 0.93 0.08 0.00
130_L 108_P 0.93 0.08 0.00
592_G 47_A 0.93 0.08 0.00
455_A 111_S 0.93 0.08 0.00
446_V 134_L 0.93 0.08 0.00
140_L 71_Q 0.93 0.08 0.00
425_E 179_H 0.93 0.08 0.00
600_G 169_V 0.93 0.08 0.00
227_R 162_S 0.93 0.08 0.00
617_L 181_I 0.93 0.08 0.00
419_T 100_L 0.93 0.08 0.00
501_A 170_A 0.93 0.08 0.00
694_I 178_I 0.93 0.08 0.00
693_L 120_L 0.93 0.08 0.00
84_L 159_L 0.92 0.08 0.00
728_K 92_W 0.92 0.08 0.00
525_G 175_V 0.92 0.08 0.00
758_D 15_D 0.92 0.08 0.00
681_G 134_L 0.92 0.08 0.00
668_R 84_L 0.92 0.08 0.00
260_A 94_G 0.92 0.08 0.00
509_I 37_H 0.92 0.08 0.00
223_L 154_V 0.92 0.08 0.00
308_L 64_S 0.92 0.08 0.00
630_L 109_I 0.92 0.08 0.00
418_E 121_Q 0.91 0.08 0.00
546_Q 97_T 0.91 0.08 0.00
422_Q 88_L 0.91 0.08 0.00
488_S 113_P 0.91 0.08 0.00
158_E 63_D 0.91 0.08 0.00
547_R 168_V 0.91 0.08 0.00
594_V 46_A 0.91 0.08 0.00
694_I 101_V 0.91 0.08 0.00
269_Q 84_L 0.91 0.08 0.00
193_R 174_E 0.91 0.08 0.00
455_A 168_V 0.91 0.08 0.00
330_V 72_R 0.91 0.08 0.00
446_V 56_A 0.91 0.08 0.00
655_L 214_L 0.91 0.08 0.00
388_M 63_D 0.91 0.08 0.00
561_V 118_R 0.91 0.08 0.00
19_A 47_A 0.90 0.08 0.00
467_V 124_T 0.90 0.08 0.00
433_F 193_D 0.90 0.08 0.00
703_D 168_V 0.90 0.08 0.00
643_A 154_V 0.90 0.08 0.00
105_G 222_Q 0.90 0.08 0.00
214_Q 170_A 0.90 0.08 0.00
576_F 207_W 0.90 0.08 0.00
205_I 44_Y 0.90 0.08 0.00
304_F 169_V 0.90 0.08 0.00
305_A 102_E 0.90 0.08 0.00
510_E 37_H 0.90 0.08 0.00
353_L 180_A 0.90 0.08 0.00
299_S 202_A 0.90 0.08 0.00
380_I 121_Q 0.90 0.08 0.00
562_V 30_E 0.90 0.08 0.00
208_K 115_Q 0.90 0.08 0.00
209_S 109_I 0.90 0.08 0.00
376_G 23_V 0.90 0.08 0.00
610_L 113_P 0.90 0.08 0.00
315_V 192_A 0.90 0.08 0.00
429_L 48_A 0.90 0.08 0.00
510_E 39_R 0.90 0.08 0.00
61_G 214_L 0.90 0.08 0.00
415_A 169_V 0.89 0.08 0.00
674_V 103_V 0.89 0.08 0.00
260_A 193_D 0.89 0.08 0.00
407_E 85_V 0.89 0.08 0.00
588_D 19_N 0.89 0.08 0.00
576_F 181_I 0.89 0.07 0.00
618_L 48_A 0.89 0.07 0.00
62_L 75_S 0.89 0.07 0.00
219_L 107_N 0.89 0.07 0.00
749_A 228_L 0.89 0.07 0.00
428_L 92_W 0.88 0.07 0.00
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295_A 170_A 0.88 0.07 0.00
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693_L 213_T 0.88 0.07 0.00
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462_Q 104_A 0.88 0.07 0.00
58_R 127_R 0.87 0.07 0.00
544_L 219_P 0.87 0.07 0.00
220_A 55_I 0.87 0.07 0.00
214_Q 192_A 0.87 0.07 0.00
720_L 197_S 0.87 0.07 0.00
526_R 39_R 0.87 0.07 0.00
346_E 101_V 0.87 0.07 0.00
390_V 169_V 0.87 0.07 0.00
716_R 88_L 0.87 0.07 0.00
644_Q 191_H 0.87 0.07 0.00
215_R 212_I 0.87 0.07 0.00
539_V 28_S 0.87 0.07 0.00
673_A 37_H 0.87 0.07 0.00
409_V 36_V 0.87 0.07 0.00
329_L 102_E 0.87 0.07 0.00
755_A 172_V 0.87 0.07 0.00
528_H 48_A 0.87 0.07 0.00
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11_L 31_R 0.86 0.07 0.00
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298_A 44_Y 0.86 0.07 0.00
740_A 159_L 0.86 0.07 0.00
612_L 124_T 0.86 0.07 0.00
415_A 193_D 0.86 0.07 0.00
619_H 30_E 0.86 0.07 0.00
512_M 132_A 0.86 0.07 0.00
660_L 53_D 0.86 0.07 0.00
396_D 86_F 0.86 0.07 0.00
594_V 47_A 0.86 0.07 0.00
757_L 24_H 0.86 0.07 0.00
762_V 190_N 0.86 0.07 0.00
612_L 139_L 0.86 0.07 0.00
261_R 161_I 0.86 0.07 0.00
341_V 190_N 0.86 0.07 0.00
483_V 170_A 0.86 0.07 0.00
346_E 156_P 0.85 0.07 0.00
440_R 60_D 0.85 0.07 0.00
216_I 180_A 0.85 0.07 0.00
585_M 170_A 0.85 0.07 0.00
207_S 214_L 0.85 0.07 0.00
385_H 31_R 0.85 0.07 0.00
274_H 131_V 0.85 0.07 0.00
82_G 135_S 0.85 0.07 0.00
391_L 27_K 0.85 0.07 0.00
591_L 123_V 0.85 0.07 0.00
200_D 193_D 0.85 0.07 0.00
758_D 20_R 0.85 0.07 0.00
84_L 103_V 0.85 0.07 0.00
344_K 200_H 0.85 0.07 0.00
483_V 94_G 0.85 0.07 0.00
575_R 112_L 0.85 0.07 0.00
350_T 37_H 0.85 0.07 0.00
268_Q 140_L 0.85 0.07 0.00
391_L 96_A 0.85 0.07 0.00
416_T 31_R 0.85 0.07 0.00
32_A 123_V 0.85 0.07 0.00
204_D 57_L 0.84 0.07 0.00
133_L 23_V 0.84 0.07 0.00
439_M 214_L 0.84 0.07 0.00
400_I 57_L 0.84 0.07 0.00
526_R 178_I 0.84 0.07 0.00
570_G 174_E 0.84 0.07 0.00
4_D 7_T 0.84 0.07 0.00
546_Q 195_Q 0.84 0.07 0.00
509_I 140_L 0.84 0.07 0.00
80_Q 177_G 0.84 0.07 0.00
192_L 159_L 0.84 0.07 0.00
368_L 27_K 0.84 0.07 0.00
300_R 159_L 0.84 0.07 0.00
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514_E 23_V 0.84 0.07 0.00
336_Q 175_V 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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