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OPENSEQ.org
wspAwspC
Genes: A B A+B
Length: 542 422 958
Sequences: 16042 484 142
Seq/Len: 29.6 1.15 0.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.14 0.00 0.01
2 0.15 0.00 0.12
5 0.17 0.00 0.12
10 0.19 0.00 0.13
20 0.21 0.00 0.15
100 0.27 0.01 0.21
∞ 0.30 0.06 0.30
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
522_A 64_V 1.85 0.44 0.00
249_I 227_L 1.58 0.30 0.00
271_S 138_I 1.56 0.29 0.00
389_L 204_C 1.50 0.26 0.00
542_V 64_V 1.49 0.26 0.00
406_G 107_E 1.47 0.25 0.00
414_V 235_I 1.46 0.25 0.00
503_V 202_V 1.38 0.21 0.00
267_A 45_W 1.32 0.20 0.00
87_I 384_E 1.32 0.20 0.00
446_M 149_N 1.31 0.19 0.00
341_L 65_P 1.31 0.19 0.00
416_R 257_F 1.25 0.17 0.00
518_Q 237_P 1.24 0.17 0.00
222_I 202_V 1.24 0.17 0.00
6_V 138_I 1.23 0.17 0.00
474_V 202_V 1.23 0.16 0.00
200_A 29_V 1.23 0.16 0.00
320_M 99_L 1.23 0.16 0.00
367_E 134_S 1.23 0.16 0.00
365_L 211_F 1.23 0.16 0.00
254_N 378_R 1.22 0.16 0.00
383_A 59_I 1.22 0.16 0.00
449_F 68_W 1.22 0.16 0.00
291_T 99_L 1.20 0.16 0.00
108_D 310_P 1.19 0.15 0.00
421_T 361_G 1.19 0.15 0.00
283_A 334_G 1.19 0.15 0.00
55_L 144_G 1.19 0.15 0.00
28_A 229_P 1.18 0.15 0.00
385_Q 107_E 1.17 0.15 0.00
249_I 182_F 1.17 0.15 0.00
258_E 40_D 1.16 0.14 0.00
317_V 357_F 1.16 0.14 0.00
539_R 109_P 1.16 0.14 0.00
448_K 151_F 1.15 0.14 0.00
388_L 163_F 1.14 0.14 0.00
387_N 107_E 1.14 0.14 0.00
394_A 64_V 1.13 0.14 0.00
184_N 142_S 1.13 0.14 0.00
415_R 28_A 1.13 0.14 0.00
365_L 378_R 1.12 0.13 0.00
380_V 359_W 1.12 0.13 0.00
527_N 248_M 1.12 0.13 0.00
198_L 73_P 1.11 0.13 0.00
389_L 208_L 1.11 0.13 0.00
320_M 131_L 1.11 0.13 0.00
484_V 118_D 1.11 0.13 0.00
15_A 98_I 1.10 0.13 0.00
429_E 99_L 1.10 0.13 0.00
379_I 99_L 1.10 0.13 0.00
415_R 99_L 1.09 0.13 0.00
387_N 27_R 1.09 0.13 0.00
100_S 105_T 1.09 0.13 0.00
392_N 69_F 1.09 0.13 0.00
392_N 71_R 1.09 0.13 0.00
392_N 106_G 1.09 0.13 0.00
392_N 108_E 1.09 0.13 0.00
392_N 110_Y 1.09 0.13 0.00
392_N 132_D 1.09 0.13 0.00
392_N 205_R 1.09 0.13 0.00
392_N 210_Y 1.09 0.13 0.00
396_E 69_F 1.09 0.13 0.00
396_E 71_R 1.09 0.13 0.00
396_E 106_G 1.09 0.13 0.00
396_E 108_E 1.09 0.13 0.00
396_E 110_Y 1.09 0.13 0.00
396_E 132_D 1.09 0.13 0.00
396_E 205_R 1.09 0.13 0.00
396_E 210_Y 1.09 0.13 0.00
397_A 69_F 1.09 0.13 0.00
397_A 71_R 1.09 0.13 0.00
397_A 106_G 1.09 0.13 0.00
397_A 108_E 1.09 0.13 0.00
397_A 110_Y 1.09 0.13 0.00
397_A 132_D 1.09 0.13 0.00
397_A 205_R 1.09 0.13 0.00
397_A 210_Y 1.09 0.13 0.00
407_F 69_F 1.09 0.13 0.00
407_F 71_R 1.09 0.13 0.00
407_F 106_G 1.09 0.13 0.00
407_F 108_E 1.09 0.13 0.00
407_F 110_Y 1.09 0.13 0.00
407_F 132_D 1.09 0.13 0.00
407_F 205_R 1.09 0.13 0.00
407_F 210_Y 1.09 0.13 0.00
411_A 69_F 1.09 0.13 0.00
411_A 71_R 1.09 0.13 0.00
411_A 106_G 1.09 0.13 0.00
411_A 108_E 1.09 0.13 0.00
411_A 110_Y 1.09 0.13 0.00
411_A 132_D 1.09 0.13 0.00
411_A 205_R 1.09 0.13 0.00
411_A 210_Y 1.09 0.13 0.00
413_E 69_F 1.09 0.13 0.00
413_E 71_R 1.09 0.13 0.00
413_E 106_G 1.09 0.13 0.00
413_E 108_E 1.09 0.13 0.00
413_E 110_Y 1.09 0.13 0.00
413_E 132_D 1.09 0.13 0.00
413_E 205_R 1.09 0.13 0.00
413_E 210_Y 1.09 0.13 0.00
418_A 69_F 1.09 0.13 0.00
418_A 71_R 1.09 0.13 0.00
418_A 106_G 1.09 0.13 0.00
418_A 108_E 1.09 0.13 0.00
418_A 110_Y 1.09 0.13 0.00
418_A 132_D 1.09 0.13 0.00
418_A 205_R 1.09 0.13 0.00
418_A 210_Y 1.09 0.13 0.00
390_S 102_P 1.09 0.12 0.00
284_T 45_W 1.09 0.12 0.00
414_V 359_W 1.09 0.12 0.00
141_R 263_S 1.09 0.12 0.00
23_L 64_V 1.08 0.12 0.00
390_S 85_E 1.08 0.12 0.00
513_V 241_S 1.08 0.12 0.00
460_V 130_A 1.08 0.12 0.00
235_T 240_A 1.08 0.12 0.00
233_D 363_L 1.07 0.12 0.00
184_N 128_V 1.07 0.12 0.00
381_K 99_L 1.07 0.12 0.00
415_R 65_P 1.07 0.12 0.00
387_N 204_C 1.07 0.12 0.00
366_N 134_S 1.07 0.12 0.00
357_L 359_W 1.06 0.12 0.00
485_N 347_L 1.06 0.12 0.00
271_S 356_V 1.05 0.12 0.00
363_A 259_F 1.05 0.12 0.00
319_T 115_A 1.05 0.12 0.00
313_S 362_L 1.05 0.12 0.00
398_E 239_E 1.04 0.12 0.00
419_D 48_L 1.04 0.12 0.00
398_E 21_G 1.04 0.12 0.00
440_S 150_S 1.04 0.12 0.00
525_E 207_L 1.04 0.11 0.00
145_A 112_I 1.04 0.11 0.00
442_G 99_L 1.04 0.11 0.00
43_Q 29_V 1.04 0.11 0.00
542_V 234_F 1.03 0.11 0.00
450_S 130_A 1.03 0.11 0.00
498_I 208_L 1.03 0.11 0.00
213_R 48_L 1.03 0.11 0.00
9_R 89_S 1.03 0.11 0.00
22_L 87_L 1.03 0.11 0.00
509_T 133_V 1.02 0.11 0.00
202_V 407_A 1.02 0.11 0.00
499_N 409_R 1.02 0.11 0.00
395_I 204_C 1.02 0.11 0.00
281_I 368_G 1.02 0.11 0.00
512_T 32_R 1.02 0.11 0.00
416_R 361_G 1.02 0.11 0.00
38_G 219_V 1.02 0.11 0.00
318_R 83_A 1.02 0.11 0.00
533_L 103_C 1.02 0.11 0.00
385_Q 130_A 1.01 0.11 0.00
401_G 67_T 1.01 0.11 0.00
133_V 98_I 1.01 0.11 0.00
25_A 133_V 1.01 0.11 0.00
249_I 207_L 1.00 0.11 0.00
166_E 143_L 1.00 0.11 0.00
256_M 58_L 1.00 0.11 0.00
398_E 131_L 1.00 0.11 0.00
391_L 204_C 1.00 0.11 0.00
288_Q 181_R 1.00 0.10 0.00
390_S 413_R 1.00 0.10 0.00
222_I 227_L 1.00 0.10 0.00
457_I 378_R 1.00 0.10 0.00
386_T 61_A 0.99 0.10 0.00
296_A 377_Y 0.99 0.10 0.00
319_T 134_S 0.99 0.10 0.00
527_N 195_G 0.99 0.10 0.00
140_K 144_G 0.99 0.10 0.00
416_R 99_L 0.99 0.10 0.00
362_L 85_E 0.99 0.10 0.00
13_S 211_F 0.98 0.10 0.00
428_I 54_E 0.98 0.10 0.00
448_K 99_L 0.98 0.10 0.00
540_F 99_L 0.98 0.10 0.00
512_T 44_Y 0.98 0.10 0.00
428_I 99_L 0.97 0.10 0.00
527_N 240_A 0.97 0.10 0.00
381_K 131_L 0.97 0.10 0.00
291_T 149_N 0.97 0.10 0.00
386_T 44_Y 0.97 0.10 0.00
295_T 80_A 0.97 0.10 0.00
448_K 116_L 0.97 0.10 0.00
406_G 208_L 0.97 0.10 0.00
285_S 137_V 0.97 0.10 0.00
449_F 21_G 0.97 0.10 0.00
410_V 107_E 0.97 0.10 0.00
252_G 104_S 0.97 0.10 0.00
373_N 99_L 0.96 0.10 0.00
470_I 187_L 0.96 0.10 0.00
392_N 103_C 0.96 0.10 0.00
396_E 103_C 0.96 0.10 0.00
397_A 103_C 0.96 0.10 0.00
407_F 103_C 0.96 0.10 0.00
411_A 103_C 0.96 0.10 0.00
413_E 103_C 0.96 0.10 0.00
418_A 103_C 0.96 0.10 0.00
214_A 133_V 0.96 0.10 0.00
402_E 96_L 0.96 0.10 0.00
56_V 128_V 0.96 0.10 0.00
392_N 206_N 0.96 0.10 0.00
396_E 206_N 0.96 0.10 0.00
397_A 206_N 0.96 0.10 0.00
407_F 206_N 0.96 0.10 0.00
411_A 206_N 0.96 0.10 0.00
413_E 206_N 0.96 0.10 0.00
418_A 206_N 0.96 0.10 0.00
498_I 134_S 0.96 0.10 0.00
392_N 141_A 0.96 0.10 0.00
396_E 141_A 0.96 0.10 0.00
397_A 141_A 0.96 0.10 0.00
407_F 141_A 0.96 0.10 0.00
411_A 141_A 0.96 0.10 0.00
413_E 141_A 0.96 0.10 0.00
418_A 141_A 0.96 0.10 0.00
438_A 170_Y 0.95 0.10 0.00
274_V 162_H 0.95 0.10 0.00
135_E 230_D 0.95 0.10 0.00
432_V 54_E 0.95 0.10 0.00
203_V 367_A 0.95 0.10 0.00
10_I 342_A 0.95 0.10 0.00
383_A 151_F 0.95 0.10 0.00
301_E 188_L 0.95 0.10 0.00
324_S 29_V 0.95 0.10 0.00
146_G 95_A 0.95 0.10 0.00
362_L 102_P 0.95 0.10 0.00
445_G 237_P 0.95 0.09 0.00
222_I 221_E 0.95 0.09 0.00
9_R 161_R 0.94 0.09 0.00
387_N 65_P 0.94 0.09 0.00
304_A 200_D 0.94 0.09 0.00
427_D 240_A 0.94 0.09 0.00
417_L 69_F 0.94 0.09 0.00
417_L 71_R 0.94 0.09 0.00
417_L 106_G 0.94 0.09 0.00
417_L 108_E 0.94 0.09 0.00
417_L 110_Y 0.94 0.09 0.00
417_L 132_D 0.94 0.09 0.00
417_L 205_R 0.94 0.09 0.00
417_L 210_Y 0.94 0.09 0.00
313_S 51_S 0.94 0.09 0.00
313_S 150_S 0.94 0.09 0.00
278_V 60_E 0.94 0.09 0.00
542_V 94_R 0.94 0.09 0.00
96_Q 81_R 0.94 0.09 0.00
442_G 68_W 0.94 0.09 0.00
381_K 65_P 0.94 0.09 0.00
389_L 65_P 0.94 0.09 0.00
126_Y 219_V 0.93 0.09 0.00
516_L 102_P 0.93 0.09 0.00
93_R 327_I 0.93 0.09 0.00
463_V 230_D 0.93 0.09 0.00
343_R 105_T 0.93 0.09 0.00
414_V 366_V 0.93 0.09 0.00
447_D 102_P 0.93 0.09 0.00
245_E 231_G 0.93 0.09 0.00
470_I 32_R 0.93 0.09 0.00
315_D 207_L 0.93 0.09 0.00
393_A 69_F 0.93 0.09 0.00
393_A 71_R 0.93 0.09 0.00
393_A 106_G 0.93 0.09 0.00
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63_N 211_F 0.86 0.08 0.00
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114_E 321_V 0.86 0.08 0.00
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251_T 261_R 0.85 0.08 0.00
373_N 395_A 0.85 0.08 0.00
30_V 248_M 0.85 0.08 0.00
87_I 176_V 0.85 0.08 0.00
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381_K 258_V 0.84 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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