May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
HscAHscB
Genes: A B A+B
Length: 616 171 784
Sequences: 5112 3234 393
Seq/Len: 8.3 18.91 0.5
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.47
2 0.02 0.01 0.50
5 0.02 0.01 0.51
10 0.03 0.02 0.53
20 0.03 0.02 0.57
100 0.04 0.03 0.79
∞ 0.08 0.05 1.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
615_E 161_A 1.50 0.56 0.00
506_D 45_L 1.50 0.56 0.00
509_I 111_E 1.37 0.46 0.00
368_I 41_Q 1.30 0.41 0.00
496_I 7_F 1.30 0.41 0.00
270_A 57_A 1.29 0.40 0.00
462_L 13_Y 1.27 0.39 0.00
7_S 160_S 1.27 0.39 0.00
438_M 48_V 1.24 0.36 0.00
338_S 54_I 1.23 0.36 0.00
586_K 103_D 1.22 0.35 0.00
18_R 25_Q 1.22 0.35 0.00
317_R 165_E 1.19 0.33 0.00
392_I 46_A 1.18 0.33 0.00
310_R 106_E 1.16 0.31 0.00
505_T 147_T 1.15 0.31 0.00
586_K 167_K 1.15 0.31 0.00
361_D 45_L 1.15 0.30 0.00
502_Y 51_S 1.14 0.30 0.00
409_I 57_A 1.14 0.30 0.00
422_D 156_K 1.13 0.29 0.00
144_A 57_A 1.13 0.29 0.00
414_T 25_Q 1.12 0.28 0.00
463_P 45_L 1.10 0.27 0.00
521_E 157_L 1.10 0.27 0.00
56_V 76_G 1.08 0.26 0.00
577_D 103_D 1.08 0.26 0.00
588_V 43_E 1.08 0.26 0.00
419_R 9_L 1.08 0.26 0.00
490_T 103_D 1.07 0.26 0.00
601_D 121_V 1.07 0.25 0.00
11_L 2_D 1.07 0.25 0.00
318_A 39_G 1.06 0.25 0.00
385_E 140_T 1.06 0.25 0.00
215_I 102_L 1.06 0.25 0.00
434_S 58_W 1.05 0.24 0.00
586_K 161_A 1.05 0.24 0.00
191_I 148_V 1.05 0.24 0.00
241_F 24_F 1.04 0.24 0.00
175_A 57_A 1.04 0.24 0.00
7_S 40_S 1.04 0.24 0.00
66_V 46_A 1.04 0.24 0.00
605_R 15_L 1.04 0.24 0.00
368_I 1_M 1.03 0.23 0.00
53_L 78_D 1.03 0.23 0.00
251_E 44_Q 1.03 0.23 0.00
47_H 98_L 1.02 0.23 0.00
334_M 54_I 1.02 0.23 0.00
215_I 48_V 1.01 0.22 0.00
299_Q 26_D 1.01 0.22 0.00
346_E 104_E 1.01 0.22 0.00
304_I 88_D 1.00 0.22 0.00
167_G 71_L 1.00 0.22 0.00
560_Q 8_G 1.00 0.21 0.00
505_T 113_R 1.00 0.21 0.00
125_N 45_L 1.00 0.21 0.00
229_A 78_D 1.00 0.21 0.00
122_G 153_F 0.99 0.21 0.00
139_A 15_L 0.99 0.21 0.00
204_A 46_A 0.99 0.21 0.00
470_R 95_Q 0.99 0.21 0.00
466_G 96_L 0.98 0.21 0.00
18_R 2_D 0.98 0.21 0.00
601_D 156_K 0.98 0.20 0.00
296_S 123_K 0.98 0.20 0.00
488_K 152_R 0.98 0.20 0.00
490_T 133_V 0.97 0.20 0.00
455_A 152_R 0.97 0.20 0.00
354_R 103_D 0.97 0.20 0.00
74_A 106_E 0.97 0.20 0.00
311_T 97_E 0.97 0.20 0.00
66_V 157_L 0.96 0.20 0.00
279_S 167_K 0.96 0.20 0.00
245_L 65_L 0.96 0.20 0.00
124_L 161_A 0.96 0.20 0.00
125_N 152_R 0.96 0.20 0.00
200_E 59_Q 0.95 0.19 0.00
95_D 54_I 0.95 0.19 0.00
542_S 43_E 0.95 0.19 0.00
42_E 39_G 0.95 0.19 0.00
146_A 160_S 0.95 0.19 0.00
233_D 62_R 0.95 0.19 0.00
30_N 24_F 0.95 0.19 0.00
30_N 25_Q 0.94 0.19 0.00
18_R 164_L 0.94 0.19 0.00
446_Q 120_R 0.94 0.19 0.00
311_T 70_Y 0.94 0.18 0.00
565_A 46_A 0.94 0.18 0.00
143_E 15_L 0.94 0.18 0.00
11_L 155_D 0.93 0.18 0.00
162_D 126_D 0.93 0.18 0.00
245_L 110_D 0.93 0.18 0.00
260_D 152_R 0.93 0.18 0.00
221_S 161_A 0.93 0.18 0.00
39_G 5_T 0.93 0.18 0.00
279_S 102_L 0.93 0.18 0.00
338_S 27_L 0.93 0.18 0.00
344_V 150_K 0.93 0.18 0.00
602_Q 168_L 0.93 0.18 0.00
135_K 125_F 0.93 0.18 0.00
392_I 74_L 0.92 0.18 0.00
167_G 1_M 0.92 0.18 0.00
408_V 154_L 0.92 0.18 0.00
532_Q 88_D 0.92 0.18 0.00
91_R 161_A 0.92 0.18 0.00
530_A 31_Y 0.92 0.18 0.00
506_D 104_E 0.92 0.17 0.00
284_V 130_Q 0.92 0.17 0.00
364_K 52_A 0.91 0.17 0.00
301_N 107_Q 0.91 0.17 0.00
299_Q 141_W 0.91 0.17 0.00
559_R 25_Q 0.91 0.17 0.00
7_S 156_K 0.91 0.17 0.00
198_G 9_L 0.91 0.17 0.00
22_A 124_M 0.91 0.17 0.00
261_N 51_S 0.91 0.17 0.00
614_D 31_Y 0.90 0.17 0.00
484_T 162_E 0.90 0.17 0.00
375_D 88_D 0.90 0.17 0.00
233_D 104_E 0.90 0.17 0.00
276_I 31_Y 0.90 0.17 0.00
331_E 21_S 0.90 0.17 0.00
267_L 25_Q 0.90 0.17 0.00
326_A 35_K 0.90 0.17 0.00
7_S 150_K 0.90 0.17 0.00
435_I 161_A 0.89 0.17 0.00
490_T 111_E 0.89 0.17 0.00
56_V 114_L 0.89 0.17 0.00
537_A 5_T 0.89 0.16 0.00
611_H 152_R 0.89 0.16 0.00
296_S 158_R 0.89 0.16 0.00
438_M 103_D 0.89 0.16 0.00
533_K 154_L 0.89 0.16 0.00
611_H 12_R 0.89 0.16 0.00
12_S 112_A 0.89 0.16 0.00
413_T 165_E 0.88 0.16 0.00
613_V 18_Q 0.88 0.16 0.00
497_Q 162_E 0.88 0.16 0.00
93_L 36_F 0.88 0.16 0.00
140_R 70_Y 0.88 0.16 0.00
253_A 19_A 0.88 0.16 0.00
284_V 128_R 0.87 0.16 0.00
241_F 25_Q 0.87 0.16 0.00
204_A 49_Q 0.87 0.16 0.00
613_V 158_R 0.87 0.16 0.00
484_T 77_F 0.87 0.15 0.00
152_V 140_T 0.87 0.15 0.00
197_S 56_Q 0.87 0.15 0.00
11_L 62_R 0.87 0.15 0.00
513_I 69_E 0.86 0.15 0.00
521_E 41_Q 0.86 0.15 0.00
415_I 82_E 0.86 0.15 0.00
572_V 119_K 0.86 0.15 0.00
311_T 44_Q 0.86 0.15 0.00
457_R 23_R 0.86 0.15 0.00
420_A 95_Q 0.86 0.15 0.00
88_L 77_F 0.86 0.15 0.00
197_S 151_L 0.86 0.15 0.00
563_D 63_H 0.85 0.15 0.00
215_I 26_D 0.85 0.15 0.00
129_V 37_A 0.85 0.15 0.00
398_L 63_H 0.85 0.15 0.00
382_P 163_Q 0.85 0.15 0.00
279_S 54_I 0.85 0.15 0.00
599_R 93_M 0.85 0.15 0.00
434_S 15_L 0.85 0.15 0.00
360_I 79_L 0.85 0.15 0.00
215_I 44_Q 0.85 0.15 0.00
408_V 25_Q 0.85 0.15 0.00
564_D 112_A 0.85 0.15 0.00
494_A 105_I 0.85 0.15 0.00
286_V 42_A 0.85 0.15 0.00
175_A 70_Y 0.85 0.15 0.00
83_S 5_T 0.84 0.14 0.00
41_A 54_I 0.84 0.14 0.00
562_I 63_H 0.84 0.14 0.00
145_L 44_Q 0.84 0.14 0.00
151_G 95_Q 0.84 0.14 0.00
151_G 91_F 0.84 0.14 0.00
106_Q 54_I 0.84 0.14 0.00
487_E 92_L 0.84 0.14 0.00
493_E 58_W 0.84 0.14 0.00
592_T 48_V 0.84 0.14 0.00
426_F 51_S 0.84 0.14 0.00
368_I 109_K 0.84 0.14 0.00
462_L 57_A 0.84 0.14 0.00
118_E 163_Q 0.84 0.14 0.00
244_L 141_W 0.84 0.14 0.00
435_I 9_L 0.84 0.14 0.00
244_L 56_Q 0.83 0.14 0.00
205_V 31_Y 0.83 0.14 0.00
524_V 94_E 0.83 0.14 0.00
297_R 54_I 0.83 0.14 0.00
222_R 36_F 0.83 0.14 0.00
199_Q 69_E 0.83 0.14 0.00
509_I 26_D 0.83 0.14 0.00
497_Q 41_Q 0.83 0.14 0.00
466_G 13_Y 0.83 0.14 0.00
555_S 126_D 0.83 0.14 0.00
530_A 29_R 0.83 0.14 0.00
528_M 152_R 0.83 0.14 0.00
108_Q 167_K 0.83 0.14 0.00
601_D 151_L 0.83 0.14 0.00
304_I 56_Q 0.82 0.14 0.00
88_L 162_E 0.82 0.14 0.00
184_N 132_M 0.82 0.14 0.00
351_F 11_A 0.82 0.14 0.00
435_I 157_L 0.82 0.14 0.00
279_S 146_D 0.82 0.14 0.00
575_G 123_K 0.82 0.14 0.00
47_H 127_T 0.82 0.14 0.00
221_S 38_S 0.82 0.14 0.00
296_S 15_L 0.82 0.14 0.00
255_I 58_W 0.82 0.14 0.00
125_N 1_M 0.82 0.14 0.00
606_R 121_V 0.82 0.14 0.00
325_E 122_K 0.81 0.14 0.00
92_S 89_T 0.81 0.14 0.00
564_D 22_L 0.81 0.13 0.00
83_S 154_L 0.81 0.13 0.00
118_E 8_G 0.81 0.13 0.00
599_R 95_Q 0.81 0.13 0.00
263_V 21_S 0.81 0.13 0.00
484_T 70_Y 0.81 0.13 0.00
310_R 164_L 0.81 0.13 0.00
351_F 54_I 0.81 0.13 0.00
276_I 117_F 0.81 0.13 0.00
177_L 62_R 0.81 0.13 0.00
509_I 45_L 0.81 0.13 0.00
334_M 157_L 0.81 0.13 0.00
468_H 152_R 0.81 0.13 0.00
11_L 162_E 0.81 0.13 0.00
455_A 31_Y 0.81 0.13 0.00
11_L 152_R 0.81 0.13 0.00
53_L 25_Q 0.81 0.13 0.00
436_H 68_A 0.81 0.13 0.00
317_R 21_S 0.81 0.13 0.00
334_M 27_L 0.80 0.13 0.00
595_F 36_F 0.80 0.13 0.00
611_H 57_A 0.80 0.13 0.00
405_V 28_Q 0.80 0.13 0.00
234_S 28_Q 0.80 0.13 0.00
269_D 150_K 0.80 0.13 0.00
323_G 23_R 0.80 0.13 0.00
497_Q 69_E 0.80 0.13 0.00
593_Q 105_I 0.80 0.13 0.00
496_I 143_A 0.80 0.13 0.00
289_A 163_Q 0.80 0.13 0.00
368_I 155_D 0.79 0.13 0.00
276_I 24_F 0.79 0.13 0.00
408_V 132_M 0.79 0.13 0.00
445_V 62_R 0.79 0.13 0.00
283_S 127_T 0.79 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2744 0.55 hbp1 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done
2100 0.5 HscAHscB Δgene:(1, 2) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
1969 0.5 HscAHscB Δgene:(1, 2) A:(1E-10, 2) B:(1E-20, 2) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.145 seconds.