May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
HscAHscB
Genes: A B A+B
Length: 616 171 786
Sequences: 4361 732 391
Seq/Len: 7.08 4.28 0.5
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.48
2 0.01 0.00 0.50
5 0.01 0.00 0.50
10 0.02 0.00 0.50
20 0.02 0.00 0.51
100 0.03 0.00 0.55
∞ 0.07 0.00 0.61
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
496_I 7_F 1.47 0.54 0.00
506_D 45_L 1.40 0.48 0.00
167_G 71_L 1.38 0.47 0.00
338_S 54_I 1.34 0.44 0.00
615_E 161_A 1.30 0.41 0.00
255_I 58_W 1.28 0.39 0.00
119_T 153_F 1.27 0.39 0.00
422_D 156_K 1.25 0.37 0.00
368_I 41_Q 1.22 0.35 0.00
375_D 88_D 1.21 0.34 0.00
577_D 103_D 1.19 0.33 0.00
310_R 44_Q 1.15 0.31 0.00
317_R 165_E 1.14 0.30 0.00
124_L 161_A 1.14 0.29 0.00
318_A 39_G 1.13 0.29 0.00
215_I 44_Q 1.12 0.29 0.00
125_N 152_R 1.11 0.28 0.00
364_K 52_A 1.11 0.28 0.00
275_K 28_Q 1.09 0.27 0.00
229_A 78_D 1.09 0.27 0.00
122_G 153_F 1.09 0.27 0.00
360_I 165_E 1.07 0.25 0.00
398_L 75_H 1.07 0.25 0.00
30_N 25_Q 1.07 0.25 0.00
586_K 161_A 1.06 0.25 0.00
407_K 24_F 1.06 0.25 0.00
586_K 167_K 1.06 0.25 0.00
601_D 156_K 1.06 0.25 0.00
509_I 111_E 1.05 0.24 0.00
462_L 13_Y 1.05 0.24 0.00
368_I 155_D 1.05 0.24 0.00
18_R 25_Q 1.04 0.24 0.00
118_E 135_Q 1.04 0.24 0.00
515_D 36_F 1.03 0.23 0.00
448_C 149_R 1.03 0.23 0.00
328_E 63_H 1.03 0.23 0.00
115_P 52_A 1.02 0.23 0.00
398_L 63_H 1.02 0.23 0.00
125_N 45_L 1.02 0.23 0.00
276_I 31_Y 1.02 0.23 0.00
277_A 128_R 1.02 0.23 0.00
533_K 154_L 1.01 0.22 0.00
344_V 82_E 1.01 0.22 0.00
146_A 51_S 1.01 0.22 0.00
470_R 95_Q 1.01 0.22 0.00
346_E 104_E 1.01 0.22 0.00
149_L 153_F 1.00 0.22 0.00
121_A 143_A 1.00 0.22 0.00
7_S 160_S 1.00 0.22 0.00
354_R 103_D 1.00 0.22 0.00
215_I 48_V 1.00 0.21 0.00
245_L 57_A 1.00 0.21 0.00
455_A 152_R 1.00 0.21 0.00
513_I 81_S 1.00 0.21 0.00
434_S 58_W 0.99 0.21 0.00
315_C 27_L 0.99 0.21 0.00
304_I 88_D 0.99 0.21 0.00
144_A 57_A 0.99 0.21 0.00
589_D 72_L 0.99 0.21 0.00
488_K 152_R 0.98 0.21 0.00
509_I 26_D 0.98 0.21 0.00
566_A 2_D 0.98 0.20 0.00
250_R 56_Q 0.98 0.20 0.00
66_V 46_A 0.97 0.20 0.00
129_V 37_A 0.97 0.20 0.00
88_L 77_F 0.97 0.20 0.00
270_A 57_A 0.97 0.20 0.00
149_L 13_Y 0.97 0.20 0.00
267_L 156_K 0.97 0.20 0.00
334_M 54_I 0.97 0.20 0.00
275_K 72_L 0.96 0.20 0.00
327_D 119_K 0.96 0.20 0.00
586_K 103_D 0.96 0.20 0.00
338_S 27_L 0.96 0.20 0.00
398_L 40_S 0.96 0.20 0.00
572_V 154_L 0.95 0.19 0.00
565_A 46_A 0.95 0.19 0.00
259_S 10_P 0.95 0.19 0.00
502_Y 51_S 0.95 0.19 0.00
126_P 96_L 0.95 0.19 0.00
462_L 57_A 0.95 0.19 0.00
231_G 47_A 0.95 0.19 0.00
222_R 40_S 0.94 0.19 0.00
241_F 156_K 0.94 0.19 0.00
592_T 48_V 0.94 0.19 0.00
310_R 60_T 0.94 0.19 0.00
468_H 69_E 0.94 0.19 0.00
217_I 39_G 0.94 0.19 0.00
317_R 21_S 0.94 0.18 0.00
466_G 96_L 0.94 0.18 0.00
581_I 5_T 0.94 0.18 0.00
611_H 152_R 0.94 0.18 0.00
53_L 78_D 0.93 0.18 0.00
107_F 105_I 0.93 0.18 0.00
409_I 57_A 0.93 0.18 0.00
59_Y 70_Y 0.93 0.18 0.00
175_A 57_A 0.93 0.18 0.00
152_V 158_R 0.93 0.18 0.00
497_Q 162_E 0.92 0.18 0.00
463_P 45_L 0.92 0.18 0.00
229_A 38_S 0.92 0.17 0.00
598_R 65_L 0.92 0.17 0.00
494_A 153_F 0.91 0.17 0.00
609_K 14_Q 0.91 0.17 0.00
540_L 170_D 0.91 0.17 0.00
489_S 83_Q 0.91 0.17 0.00
264_Q 105_I 0.91 0.17 0.00
573_A 51_S 0.91 0.17 0.00
438_M 48_V 0.91 0.17 0.00
295_I 121_V 0.91 0.17 0.00
435_I 161_A 0.91 0.17 0.00
455_A 31_Y 0.91 0.17 0.00
457_R 152_R 0.91 0.17 0.00
435_I 47_A 0.91 0.17 0.00
341_V 31_Y 0.91 0.17 0.00
542_S 43_E 0.91 0.17 0.00
605_R 15_L 0.91 0.17 0.00
215_I 102_L 0.90 0.17 0.00
145_L 25_Q 0.90 0.17 0.00
606_R 121_V 0.90 0.17 0.00
245_L 65_L 0.90 0.17 0.00
94_A 121_V 0.90 0.17 0.00
56_V 76_G 0.89 0.17 0.00
413_T 29_R 0.89 0.17 0.00
93_L 36_F 0.89 0.17 0.00
174_L 99_R 0.89 0.17 0.00
49_G 78_D 0.89 0.17 0.00
509_I 45_L 0.89 0.16 0.00
351_F 132_M 0.89 0.16 0.00
275_K 24_F 0.89 0.16 0.00
601_D 121_V 0.89 0.16 0.00
279_S 102_L 0.89 0.16 0.00
514_K 46_A 0.89 0.16 0.00
368_I 1_M 0.89 0.16 0.00
496_I 119_K 0.89 0.16 0.00
177_L 19_A 0.88 0.16 0.00
320_K 117_F 0.88 0.16 0.00
204_A 46_A 0.88 0.16 0.00
10_G 93_M 0.88 0.16 0.00
488_K 69_E 0.88 0.16 0.00
560_Q 8_G 0.88 0.16 0.00
414_T 25_Q 0.88 0.16 0.00
513_I 69_E 0.88 0.16 0.00
18_R 164_L 0.88 0.16 0.00
129_V 137_D 0.88 0.16 0.00
264_Q 117_F 0.88 0.16 0.00
593_Q 72_L 0.88 0.16 0.00
296_S 158_R 0.87 0.16 0.00
203_I 87_R 0.87 0.16 0.00
78_T 20_L 0.87 0.16 0.00
7_S 150_K 0.87 0.16 0.00
231_G 88_D 0.87 0.15 0.00
323_G 51_S 0.87 0.15 0.00
315_C 88_D 0.86 0.15 0.00
375_D 87_R 0.86 0.15 0.00
310_R 106_E 0.86 0.15 0.00
468_H 169_L 0.86 0.15 0.00
325_E 122_K 0.86 0.15 0.00
30_N 24_F 0.86 0.15 0.00
11_L 62_R 0.86 0.15 0.00
490_T 133_V 0.86 0.15 0.00
74_A 106_E 0.86 0.15 0.00
261_N 19_A 0.86 0.15 0.00
533_K 44_Q 0.86 0.15 0.00
341_V 165_E 0.85 0.15 0.00
385_E 112_A 0.85 0.15 0.00
505_T 113_R 0.85 0.15 0.00
478_D 100_E 0.85 0.15 0.00
521_E 157_L 0.85 0.15 0.00
490_T 169_L 0.85 0.15 0.00
372_I 166_E 0.85 0.15 0.00
311_T 72_L 0.85 0.15 0.00
602_Q 140_T 0.85 0.15 0.00
324_V 18_Q 0.85 0.15 0.00
468_H 56_Q 0.85 0.15 0.00
354_R 72_L 0.85 0.15 0.00
125_N 41_Q 0.85 0.15 0.00
49_G 70_Y 0.85 0.15 0.00
599_R 93_M 0.84 0.15 0.00
241_F 24_F 0.84 0.15 0.00
420_A 95_Q 0.84 0.15 0.00
98_Q 19_A 0.84 0.14 0.00
204_A 49_Q 0.84 0.14 0.00
443_E 24_F 0.84 0.14 0.00
234_S 5_T 0.84 0.14 0.00
542_S 105_I 0.84 0.14 0.00
139_A 15_L 0.84 0.14 0.00
251_E 44_Q 0.84 0.14 0.00
317_R 88_D 0.84 0.14 0.00
426_F 60_T 0.84 0.14 0.00
535_E 136_L 0.84 0.14 0.00
512_M 95_Q 0.83 0.14 0.00
175_A 70_Y 0.83 0.14 0.00
42_E 39_G 0.83 0.14 0.00
267_L 13_Y 0.83 0.14 0.00
392_I 46_A 0.83 0.14 0.00
480_L 95_Q 0.83 0.14 0.00
279_S 76_G 0.83 0.14 0.00
264_Q 72_L 0.83 0.14 0.00
508_E 150_K 0.83 0.14 0.00
543_L 150_K 0.83 0.14 0.00
279_S 29_R 0.83 0.14 0.00
315_C 2_D 0.83 0.14 0.00
95_D 54_I 0.83 0.14 0.00
419_R 9_L 0.83 0.14 0.00
50_R 65_L 0.83 0.14 0.00
405_V 63_H 0.83 0.14 0.00
310_R 63_H 0.83 0.14 0.00
398_L 133_V 0.82 0.14 0.00
96_I 6_L 0.82 0.14 0.00
585_I 51_S 0.82 0.14 0.00
143_E 15_L 0.82 0.14 0.00
276_I 141_W 0.82 0.14 0.00
361_D 52_A 0.82 0.14 0.00
42_E 161_A 0.82 0.14 0.00
197_S 56_Q 0.82 0.14 0.00
334_M 27_L 0.82 0.14 0.00
341_V 81_S 0.82 0.14 0.00
103_L 113_R 0.82 0.14 0.00
75_A 154_L 0.82 0.14 0.00
248_Y 51_S 0.82 0.14 0.00
290_G 123_K 0.82 0.14 0.00
549_A 96_L 0.82 0.14 0.00
599_R 95_Q 0.81 0.14 0.00
245_L 145_A 0.81 0.13 0.00
244_L 6_L 0.81 0.13 0.00
296_S 123_K 0.81 0.13 0.00
11_L 2_D 0.81 0.13 0.00
616_V 22_L 0.81 0.13 0.00
280_D 110_D 0.81 0.13 0.00
543_L 88_D 0.81 0.13 0.00
413_T 165_E 0.81 0.13 0.00
348_V 7_F 0.81 0.13 0.00
63_G 117_F 0.81 0.13 0.00
470_R 100_E 0.81 0.13 0.00
2_A 153_F 0.81 0.13 0.00
354_R 71_L 0.81 0.13 0.00
443_E 72_L 0.81 0.13 0.00
80_N 153_F 0.81 0.13 0.00
468_H 152_R 0.81 0.13 0.00
233_D 70_Y 0.81 0.13 0.00
604_V 40_S 0.81 0.13 0.00
589_D 56_Q 0.80 0.13 0.00
592_T 72_L 0.80 0.13 0.00
331_E 50_Q 0.80 0.13 0.00
334_M 122_K 0.80 0.13 0.00
469_I 64_P 0.80 0.13 0.00
151_G 153_F 0.80 0.13 0.00
117_I 129_H 0.80 0.13 0.00
164_Q 153_F 0.80 0.13 0.00
572_V 133_V 0.80 0.13 0.00
353_G 129_H 0.80 0.13 0.00
493_E 140_T 0.80 0.13 0.00
445_V 62_R 0.80 0.13 0.00
341_V 88_D 0.80 0.13 0.00
570_S 114_L 0.79 0.13 0.00
56_V 114_L 0.79 0.13 0.00
301_N 107_Q 0.79 0.13 0.00
291_W 98_L 0.79 0.13 0.00
172_A 28_Q 0.79 0.13 0.00
276_I 35_K 0.79 0.13 0.00
73_N 112_A 0.79 0.13 0.00
602_Q 72_L 0.79 0.13 0.00
490_T 103_D 0.79 0.13 0.00
183_L 6_L 0.79 0.13 0.00
463_P 82_E 0.79 0.13 0.00
334_M 157_L 0.79 0.12 0.00
13_A 79_L 0.79 0.12 0.00
528_M 161_A 0.79 0.12 0.00
338_S 7_F 0.79 0.12 0.00
498_V 8_G 0.79 0.12 0.00
222_R 36_F 0.79 0.12 0.00
508_E 120_R 0.79 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2744 0.55 hbp1 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done
2100 0.5 HscAHscB Δgene:(1, 2) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
1969 0.5 HscAHscB Δgene:(1, 2) A:(1E-10, 2) B:(1E-20, 2) msa: Jackhmmer (2015_03) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.0807 seconds.