May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-60
Genes: A B A+B
Length: 513 460 961
Sequences: 1366 1977 862
Seq/Len: 2.66 4.3 0.9
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.07
2 0.00 0.01 0.71
5 0.00 0.01 0.74
10 0.00 0.01 0.85
20 0.00 0.01 0.89
100 0.01 0.03 0.93
∞ 0.07 0.32 1.31
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. Blue filled circles are GREMLIN results (Scaled_score >1). The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment confidence. Inter-chain contacts in the pdb are in shades of red. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
141_S 192_H 3.14 1.00 1.00
137_I 191_Y 2.26 0.98 0.95
132_I 58_G 2.19 0.97 0.94
372_I 328_S 1.81 0.90 0.82
266_Q 120_L 1.80 0.89 0.81
250_R 89_M 1.50 0.74 0.58
401_R 328_S 1.48 0.72 0.56
38_V 262_M 1.47 0.72 0.55
136_V 207_Y 1.46 0.71 0.54
259_I 453_A 1.43 0.69 0.51
251_D 207_Y 1.36 0.63 0.44
259_I 96_V 1.35 0.62 0.42
420_Q 442_Q 1.34 0.61 0.41
394_R 328_S 1.33 0.60 0.40
273_I 134_I 1.30 0.58 0.38
1_M 1_M 1.29 0.57 0.36
354_F 191_Y 1.29 0.57 0.36
136_V 96_V 1.27 0.55 0.34
369_N 328_S 1.27 0.55 0.34
250_R 227_M 1.25 0.54 0.33
399_Q 399_R 1.24 0.53 0.32
341_V 250_L 1.21 0.50 0.29
115_I 117_Y 1.19 0.48 0.27
250_R 207_Y 1.18 0.47 0.26
399_Q 445_Y 1.17 0.46 0.25
209_V 117_Y 1.16 0.45 0.24
250_R 92_L 1.16 0.45 0.24
356_E 328_S 1.13 0.42 0.22
404_A 137_M 1.10 0.40 0.19
361_N 362_Q 1.09 0.39 0.19
137_I 396_K 1.09 0.39 0.19
372_I 398_Q 1.06 0.37 0.17
67_E 8_Q 1.06 0.37 0.17
380_A 410_V 1.06 0.37 0.17
251_D 89_M 1.06 0.37 0.17
244_A 61_D 1.06 0.36 0.17
184_I 433_E 1.05 0.36 0.17
141_S 1_M 1.05 0.36 0.16
268_V 273_A 1.04 0.35 0.16
141_S 188_N 1.04 0.35 0.15
202_A 120_L 1.04 0.35 0.15
495_E 55_I 1.03 0.34 0.15
157_I 134_I 1.03 0.34 0.15
165_E 96_V 1.02 0.33 0.14
272_Q 218_L 1.02 0.33 0.14
138_E 98_M 1.01 0.33 0.14
372_I 120_L 1.01 0.33 0.14
420_Q 207_Y 1.00 0.32 0.13
92_G 6_I 1.00 0.32 0.13
272_Q 274_E 1.00 0.32 0.13
243_C 216_N 0.99 0.31 0.13
172_Q 321_V 0.99 0.31 0.12
172_Q 191_Y 0.98 0.30 0.12
62_I 380_M 0.98 0.30 0.12
258_I 262_M 0.98 0.30 0.12
256_A 410_V 0.98 0.30 0.12
462_S 438_H 0.98 0.30 0.12
395_T 327_A 0.97 0.30 0.12
47_C 14_V 0.97 0.30 0.12
341_V 246_Y 0.97 0.30 0.12
266_Q 249_T 0.97 0.29 0.12
182_A 78_V 0.97 0.29 0.12
27_N 69_V 0.97 0.29 0.12
90_C 297_V 0.96 0.29 0.11
403_L 127_L 0.96 0.29 0.11
248_Y 207_Y 0.95 0.28 0.11
464_I 432_M 0.95 0.28 0.11
258_I 55_I 0.95 0.28 0.11
379_G 410_V 0.95 0.28 0.11
394_R 223_T 0.95 0.28 0.11
218_L 455_E 0.95 0.28 0.11
259_I 47_L 0.95 0.28 0.11
400_Y 224_G 0.95 0.28 0.11
391_G 314_A 0.95 0.28 0.11
76_M 178_A 0.95 0.28 0.10
63_A 6_I 0.95 0.28 0.10
268_V 216_N 0.95 0.28 0.10
410_A 248_Y 0.95 0.28 0.10
66_L 222_L 0.94 0.28 0.10
250_R 218_L 0.94 0.27 0.10
38_V 84_T 0.94 0.27 0.10
380_A 327_A 0.94 0.27 0.10
182_A 452_E 0.94 0.27 0.10
97_V 359_R 0.94 0.27 0.10
207_N 120_L 0.93 0.27 0.10
503_I 102_I 0.93 0.27 0.10
136_V 165_R 0.93 0.27 0.10
249_F 427_G 0.93 0.26 0.10
73_A 137_M 0.92 0.26 0.09
35_S 71_D 0.92 0.26 0.09
141_S 410_V 0.92 0.26 0.09
9_S 57_M 0.91 0.25 0.09
247_E 289_G 0.91 0.25 0.09
234_L 96_V 0.91 0.25 0.09
137_I 399_R 0.91 0.25 0.09
394_R 446_M 0.91 0.25 0.09
250_R 203_V 0.91 0.25 0.09
256_A 203_V 0.91 0.25 0.09
198_I 117_Y 0.91 0.25 0.09
457_A 178_A 0.90 0.24 0.09
224_V 73_E 0.90 0.24 0.09
218_L 450_I 0.90 0.24 0.09
214_E 348_L 0.90 0.24 0.08
229_S 114_A 0.90 0.24 0.08
324_L 128_E 0.90 0.24 0.08
189_S 207_Y 0.90 0.24 0.08
68_R 17_E 0.90 0.24 0.08
324_L 446_M 0.89 0.24 0.08
428_T 388_K 0.89 0.24 0.08
320_K 190_F 0.89 0.24 0.08
412_D 377_I 0.89 0.23 0.08
246_G 297_V 0.89 0.23 0.08
336_D 241_F 0.88 0.23 0.08
272_Q 88_I 0.88 0.23 0.08
404_A 396_K 0.88 0.23 0.08
58_N 26_V 0.88 0.23 0.07
255_D 92_L 0.87 0.23 0.07
35_S 28_D 0.87 0.23 0.07
44_L 65_R 0.87 0.23 0.07
395_T 60_S 0.87 0.23 0.07
333_Q 310_A 0.87 0.23 0.07
272_Q 273_A 0.87 0.23 0.07
258_I 192_H 0.87 0.23 0.07
500_L 55_I 0.87 0.23 0.07
246_G 184_T 0.87 0.23 0.07
399_Q 404_P 0.87 0.22 0.07
113_A 69_V 0.86 0.22 0.07
156_M 262_M 0.86 0.22 0.07
249_F 211_N 0.86 0.22 0.07
358_N 160_M 0.86 0.22 0.07
379_G 427_G 0.86 0.22 0.07
141_S 323_S 0.86 0.22 0.07
172_Q 311_T 0.86 0.22 0.07
13_K 96_V 0.85 0.21 0.07
461_L 54_T 0.85 0.21 0.07
157_I 71_D 0.85 0.21 0.07
268_V 406_F 0.85 0.21 0.07
47_C 451_E 0.85 0.21 0.07
370_P 50_G 0.85 0.21 0.07
417_T 54_T 0.85 0.21 0.07
356_E 398_Q 0.85 0.21 0.07
492_Y 335_V 0.85 0.21 0.07
151_K 184_T 0.85 0.21 0.07
56_P 349_V 0.84 0.21 0.07
449_F 341_T 0.84 0.21 0.07
416_A 314_A 0.84 0.21 0.07
404_A 353_E 0.84 0.21 0.07
256_A 44_Q 0.84 0.21 0.07
418_R 5_K 0.84 0.21 0.07
430_L 427_G 0.84 0.21 0.06
47_C 349_V 0.84 0.21 0.06
129_V 82_K 0.84 0.21 0.06
272_Q 242_V 0.84 0.21 0.06
399_Q 387_D 0.84 0.21 0.06
48_M 64_R 0.84 0.20 0.06
412_D 57_M 0.84 0.20 0.06
404_A 399_R 0.84 0.20 0.06
272_Q 205_L 0.83 0.20 0.06
41_I 10_I 0.83 0.20 0.06
236_Y 67_L 0.83 0.20 0.06
442_A 341_T 0.83 0.20 0.06
79_Y 27_Y 0.83 0.20 0.06
256_A 148_L 0.83 0.20 0.06
172_Q 343_R 0.83 0.20 0.06
73_A 396_K 0.83 0.20 0.06
210_R 224_G 0.83 0.20 0.06
307_E 386_E 0.83 0.20 0.06
329_I 304_L 0.83 0.20 0.06
358_N 323_S 0.83 0.20 0.06
204_T 140_F 0.82 0.20 0.06
507_F 235_G 0.82 0.20 0.06
303_R 60_S 0.82 0.20 0.06
320_K 250_L 0.82 0.20 0.06
443_Q 127_L 0.82 0.20 0.06
251_D 120_L 0.82 0.19 0.06
354_F 249_T 0.82 0.19 0.06
394_R 169_I 0.81 0.19 0.06
379_G 191_Y 0.81 0.19 0.06
41_I 396_K 0.81 0.19 0.06
356_E 344_Q 0.81 0.19 0.05
79_Y 218_L 0.81 0.19 0.05
47_C 262_M 0.81 0.19 0.05
393_I 345_L 0.81 0.19 0.05
248_Y 323_S 0.81 0.19 0.05
430_L 349_V 0.81 0.19 0.05
320_K 159_N 0.81 0.19 0.05
190_G 85_L 0.80 0.19 0.05
385_I 248_Y 0.80 0.19 0.05
415_D 435_E 0.80 0.19 0.05
74_V 134_I 0.80 0.18 0.05
501_K 134_I 0.80 0.18 0.05
97_V 370_E 0.80 0.18 0.05
340_F 250_L 0.80 0.18 0.05
207_N 124_Q 0.80 0.18 0.05
504_L 28_D 0.80 0.18 0.05
442_A 61_D 0.80 0.18 0.05
152_A 230_K 0.80 0.18 0.05
94_I 127_L 0.79 0.18 0.05
415_D 406_F 0.79 0.18 0.05
126_F 165_R 0.79 0.18 0.05
165_E 216_N 0.79 0.18 0.05
362_A 370_E 0.79 0.18 0.05
207_N 117_Y 0.79 0.18 0.05
182_A 458_K 0.79 0.18 0.05
272_Q 100_G 0.79 0.18 0.05
236_Y 147_G 0.79 0.18 0.05
379_G 412_T 0.79 0.18 0.05
273_I 278_V 0.79 0.18 0.05
280_P 56_A 0.78 0.18 0.05
11_L 165_R 0.78 0.17 0.05
436_Y 421_L 0.78 0.17 0.05
196_V 180_V 0.78 0.17 0.05
2_Q 294_V 0.78 0.17 0.05
177_A 109_A 0.78 0.17 0.05
357_T 12_A 0.78 0.17 0.05
4_N 2_A 0.78 0.17 0.05
264_S 200_I 0.78 0.17 0.05
190_G 96_V 0.78 0.17 0.05
233_A 248_Y 0.78 0.17 0.05
66_L 176_V 0.78 0.17 0.05
235_Q 207_Y 0.78 0.17 0.05
247_E 87_R 0.78 0.17 0.04
471_L 326_I 0.77 0.17 0.04
49_Q 274_E 0.77 0.17 0.04
201_K 317_D 0.77 0.17 0.04
268_V 304_L 0.77 0.17 0.04
218_L 452_E 0.77 0.17 0.04
324_L 445_Y 0.77 0.17 0.04
301_A 75_P 0.77 0.17 0.04
39_I 198_N 0.77 0.17 0.04
463_K 452_E 0.77 0.17 0.04
301_A 288_T 0.77 0.17 0.04
1_M 192_H 0.77 0.17 0.04
67_E 257_A 0.77 0.17 0.04
90_C 44_Q 0.77 0.17 0.04
273_I 44_Q 0.77 0.17 0.04
358_N 304_L 0.77 0.17 0.04
84_E 48_G 0.77 0.17 0.04
390_S 275_E 0.77 0.17 0.04
5_S 49_G 0.77 0.17 0.04
337_V 12_A 0.77 0.17 0.04
380_A 57_M 0.76 0.17 0.04
324_L 370_E 0.76 0.17 0.04
75_V 50_G 0.76 0.17 0.04
11_L 294_V 0.76 0.17 0.04
388_K 453_A 0.76 0.16 0.04
290_V 369_Q 0.76 0.16 0.04
482_L 390_V 0.76 0.16 0.04
301_A 432_M 0.76 0.16 0.04
99_V 361_V 0.76 0.16 0.04
357_T 224_G 0.76 0.16 0.04
250_R 58_G 0.76 0.16 0.04
28_E 216_N 0.76 0.16 0.04
324_L 203_V 0.76 0.16 0.04
194_I 431_I 0.76 0.16 0.04
66_L 65_R 0.76 0.16 0.04
150_Y 346_D 0.76 0.16 0.04
362_A 262_M 0.75 0.16 0.04
202_A 88_I 0.75 0.16 0.04
264_S 195_T 0.75 0.16 0.04
354_F 359_R 0.75 0.16 0.04
235_Q 304_L 0.75 0.16 0.04
211_K 67_L 0.75 0.16 0.04
204_T 320_V 0.75 0.16 0.04
97_V 39_L 0.75 0.16 0.04
63_A 12_A 0.75 0.16 0.04
389_L 236_R 0.75 0.16 0.04
140_Q 423_D 0.75 0.16 0.04
321_T 203_V 0.75 0.16 0.04
247_E 211_N 0.75 0.16 0.04
411_S 319_T 0.75 0.16 0.04
404_A 392_A 0.75 0.16 0.04
208_V 47_L 0.75 0.16 0.04
182_A 242_V 0.75 0.16 0.04
240_Y 138_C 0.75 0.16 0.04
59_R 5_K 0.75 0.16 0.04
393_I 396_K 0.75 0.16 0.04
50_G 148_L 0.75 0.16 0.04
12_I 7_V 0.74 0.16 0.04
240_Y 423_D 0.74 0.16 0.04
321_T 190_F 0.74 0.16 0.04
132_I 138_C 0.74 0.15 0.04
161_R 314_A 0.74 0.15 0.04
385_I 308_S 0.74 0.15 0.04
13_K 98_M 0.74 0.15 0.04
247_E 166_N 0.74 0.15 0.04
447_V 380_M 0.74 0.15 0.04
223_V 323_S 0.74 0.15 0.04
9_S 191_Y 0.74 0.15 0.04
198_I 84_T 0.74 0.15 0.04
66_L 266_V 0.74 0.15 0.04
321_T 160_M 0.74 0.15 0.04
372_I 362_Q 0.74 0.15 0.04
244_A 335_V 0.74 0.15 0.04
32_V 54_T 0.74 0.15 0.04
64_L 404_P 0.74 0.15 0.04
222_I 137_M 0.73 0.15 0.04
52_M 432_M 0.73 0.15 0.04
340_F 190_F 0.73 0.15 0.04
182_A 390_V 0.73 0.15 0.04
259_I 278_V 0.73 0.15 0.04
9_S 203_V 0.73 0.15 0.04
124_D 452_E 0.73 0.15 0.04
33_S 396_K 0.73 0.15 0.04
372_I 275_E 0.73 0.15 0.04
324_L 161_M 0.73 0.15 0.04
159_I 242_V 0.73 0.15 0.04
370_P 119_E 0.73 0.15 0.04
255_D 46_Q 0.73 0.15 0.04
156_M 442_Q 0.73 0.15 0.04
59_R 435_E 0.73 0.15 0.04
472_L 326_I 0.73 0.15 0.04
74_V 320_V 0.73 0.15 0.04
92_G 288_T 0.73 0.15 0.04
335_G 317_D 0.73 0.15 0.04
208_V 40_V 0.73 0.15 0.04
468_E 249_T 0.73 0.15 0.04
471_L 421_L 0.73 0.15 0.04
180_I 426_R 0.73 0.15 0.04
321_T 248_Y 0.73 0.15 0.04
412_D 385_E 0.72 0.15 0.04
240_Y 92_L 0.72 0.15 0.04
341_V 216_N 0.72 0.15 0.03
435_Q 346_D 0.72 0.15 0.03
354_F 446_M 0.72 0.15 0.03
280_P 257_A 0.72 0.15 0.03
482_L 125_E 0.72 0.15 0.03
156_M 370_E 0.72 0.15 0.03
251_D 204_S 0.72 0.15 0.03
150_Y 423_D 0.72 0.14 0.03
457_A 224_G 0.72 0.14 0.03
394_R 345_L 0.72 0.14 0.03
90_C 137_M 0.72 0.14 0.03
143_D 192_H 0.72 0.14 0.03
50_G 320_V 0.72 0.14 0.03
340_F 207_Y 0.72 0.14 0.03
69_D 389_L 0.72 0.14 0.03
272_Q 95_P 0.72 0.14 0.03
41_I 19_P 0.72 0.14 0.03
235_Q 294_V 0.72 0.14 0.03
428_T 362_Q 0.72 0.14 0.03
137_I 323_S 0.72 0.14 0.03
381_A 262_M 0.72 0.14 0.03
256_A 161_M 0.72 0.14 0.03
27_N 137_M 0.71 0.14 0.03
109_N 134_I 0.71 0.14 0.03
329_I 134_I 0.71 0.14 0.03
453_R 32_V 0.71 0.14 0.03
435_Q 348_L 0.71 0.14 0.03
226_A 367_R 0.71 0.14 0.03
207_N 122_N 0.71 0.14 0.03
369_N 327_A 0.71 0.14 0.03
226_A 439_L 0.71 0.14 0.03
196_V 317_D 0.71 0.14 0.03
7_E 381_D 0.71 0.14 0.03
45_A 385_E 0.71 0.14 0.03
396_A 328_S 0.71 0.14 0.03
410_A 274_E 0.71 0.14 0.03
276_L 207_Y 0.71 0.14 0.03
196_V 434_G 0.71 0.14 0.03
250_R 240_L 0.71 0.14 0.03
127_S 28_D 0.71 0.14 0.03
264_S 364_I 0.71 0.14 0.03
471_L 67_L 0.71 0.14 0.03
63_A 67_L 0.71 0.14 0.03
356_E 399_R 0.71 0.14 0.03
74_V 6_I 0.71 0.14 0.03
188_D 318_A 0.71 0.14 0.03
418_R 137_M 0.71 0.14 0.03
459_V 386_E 0.71 0.14 0.03
393_I 88_I 0.71 0.14 0.03
46_D 96_V 0.70 0.14 0.03
427_V 45_Q 0.70 0.14 0.03
259_I 227_M 0.70 0.14 0.03
321_T 207_Y 0.70 0.14 0.03
194_I 195_T 0.70 0.14 0.03
109_N 432_M 0.70 0.14 0.03
51_E 281_E 0.70 0.14 0.03
109_N 22_A 0.70 0.14 0.03
156_M 9_V 0.70 0.14 0.03
101_R 452_E 0.70 0.14 0.03
251_D 218_L 0.70 0.14 0.03
308_Y 20_Q 0.70 0.14 0.03
500_L 455_E 0.70 0.14 0.03
113_A 6_I 0.70 0.14 0.03
358_N 31_E 0.70 0.14 0.03
214_E 6_I 0.70 0.14 0.03
12_I 84_T 0.70 0.14 0.03
307_E 224_G 0.70 0.14 0.03
335_G 331_I 0.70 0.14 0.03
226_A 50_G 0.70 0.14 0.03
53_I 7_V 0.70 0.14 0.03
446_L 167_I 0.70 0.14 0.03
220_N 250_L 0.70 0.14 0.03
488_Q 460_L 0.70 0.14 0.03
468_E 184_T 0.70 0.14 0.03
303_R 297_V 0.70 0.14 0.03
345_V 241_F 0.70 0.14 0.03
345_V 189_D 0.70 0.14 0.03
50_G 294_V 0.70 0.14 0.03
503_I 23_V 0.70 0.14 0.03
400_Y 169_I 0.70 0.14 0.03
12_I 92_L 0.70 0.14 0.03
74_V 124_Q 0.70 0.13 0.03
16_I 257_A 0.70 0.13 0.03
290_V 380_M 0.70 0.13 0.03
353_I 163_L 0.70 0.13 0.03
357_T 321_V 0.70 0.13 0.03
410_A 203_V 0.70 0.13 0.03
64_L 329_L 0.69 0.13 0.03
364_I 410_V 0.69 0.13 0.03
228_A 434_G 0.69 0.13 0.03
256_A 218_L 0.69 0.13 0.03
273_I 435_E 0.69 0.13 0.03
68_R 49_G 0.69 0.13 0.03
156_M 26_V 0.69 0.13 0.03
102_G 31_E 0.69 0.13 0.03
153_V 314_A 0.69 0.13 0.03
445_S 344_Q 0.69 0.13 0.03
97_V 362_Q 0.69 0.13 0.03
394_R 197_S 0.69 0.13 0.03
36_D 437_D 0.69 0.13 0.03
11_L 118_E 0.69 0.13 0.03
491_G 101_E 0.69 0.13 0.03
47_C 12_A 0.69 0.13 0.03
83_A 46_Q 0.69 0.13 0.03
338_S 311_T 0.69 0.13 0.03
82_L 17_E 0.69 0.13 0.03
370_P 370_E 0.69 0.13 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
HHsearch results
1fx0A:B:A:BContact Map
2ck3ABC:DEF:ABC:DEFContact Map
3gqbBD:AC:BD:ACContact Map
3vr4DEF:ABC:DEF:ABCContact Map
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0192 1.22 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-401E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 4) B:(1E-80, 4) msa: Jackhmmer (2014_03) 1.00 Done
0191 0 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-401E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) Killed
0190 0 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-401E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) Killed
0020 0.01 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-401E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-40, 8) B:(1E-60, 8) (2013_03) Killed - Shared
0019 0.9 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) (2013_03) 1.00 Done - Shared
0018 0.88 ATPA - ATPB decreasing evalue Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) (2013_03) 1.00 Done - Shared
0017 0 ATPA - ATPB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) (2013_03) Killed - Shared
Page generated in 0.1895 seconds.