May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
DHAK_DHAL
Genes: A B A+B
Length: 356 210 545
Sequences: 1269 1447 548
Seq/Len: 3.56 6.89 1.01
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 2.17
2 0.10 0.06 2.19
5 0.16 0.07 2.22
10 0.16 0.08 2.22
20 0.16 0.08 2.22
100 0.17 0.08 2.23
∞ 0.19 0.11 2.24
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
186_S 183_G 2.23 0.98 0.93
153_T 80_S 1.28 0.60 0.31
104_K 80_S 1.26 0.58 0.29
60_H 41_N 1.23 0.55 0.26
50_S 165_A 1.21 0.54 0.25
4_L 8_I 1.19 0.51 0.23
186_S 176_K 1.17 0.49 0.21
82_T 136_P 1.16 0.48 0.20
146_G 79_A 1.15 0.48 0.20
173_C 130_M 1.15 0.48 0.20
219_G 121_G 1.14 0.46 0.19
107_T 181_Y 1.13 0.46 0.18
18_G 77_G 1.13 0.46 0.18
157_E 165_A 1.10 0.43 0.17
146_G 38_H 1.09 0.43 0.16
190_A 133_V 1.08 0.41 0.15
74_P 44_R 1.05 0.39 0.14
281_L 51_E 1.05 0.39 0.14
146_G 181_Y 1.05 0.39 0.14
194_C 77_G 1.02 0.36 0.12
336_D 167_Q 1.01 0.35 0.12
159_L 12_L 1.01 0.35 0.12
122_D 113_G 1.00 0.35 0.11
112_N 82_P 1.00 0.35 0.11
84_D 74_S 1.00 0.34 0.11
21_K 113_G 1.00 0.34 0.11
198_A 82_P 1.00 0.34 0.11
69_L 181_Y 0.99 0.33 0.11
118_E 119_S 0.99 0.33 0.11
221_P 45_G 0.99 0.33 0.11
219_G 27_T 0.98 0.33 0.10
310_T 125_P 0.98 0.33 0.10
186_S 205_A 0.98 0.32 0.10
335_V 45_G 0.97 0.32 0.10
319_Y 82_P 0.97 0.31 0.10
118_E 120_R 0.96 0.31 0.10
194_C 16_G 0.96 0.31 0.10
206_L 60_D 0.96 0.31 0.09
193_A 137_V 0.95 0.30 0.09
230_S 102_T 0.95 0.30 0.09
210_E 170_I 0.95 0.30 0.09
157_E 133_V 0.95 0.30 0.09
219_G 117_V 0.94 0.29 0.09
221_P 25_Y 0.93 0.29 0.08
114_E 120_R 0.93 0.29 0.08
193_A 121_G 0.93 0.28 0.08
137_A 179_A 0.92 0.28 0.08
243_L 136_P 0.92 0.28 0.08
49_L 168_S 0.92 0.28 0.08
221_P 186_S 0.92 0.28 0.08
173_C 172_M 0.92 0.28 0.08
43_A 104_E 0.91 0.27 0.08
285_L 158_A 0.91 0.27 0.08
60_H 80_S 0.91 0.27 0.07
351_A 189_H 0.91 0.27 0.07
124_G 126_G 0.90 0.27 0.07
157_E 41_N 0.90 0.27 0.07
331_T 138_V 0.90 0.26 0.07
103_I 42_M 0.90 0.26 0.07
120_L 165_A 0.90 0.26 0.07
111_L 120_R 0.90 0.26 0.07
171_D 14_R 0.90 0.26 0.07
48_L 42_M 0.90 0.26 0.07
150_V 41_N 0.90 0.26 0.07
112_N 113_G 0.89 0.26 0.07
196_V 203_M 0.89 0.26 0.07
60_H 180_S 0.89 0.26 0.07
234_T 50_V 0.89 0.25 0.07
283_N 133_V 0.89 0.25 0.07
315_L 82_P 0.89 0.25 0.07
321_T 179_A 0.88 0.25 0.07
77_I 145_S 0.88 0.25 0.07
188_G 64_I 0.88 0.25 0.07
138_V 128_K 0.88 0.25 0.07
138_V 196_S 0.88 0.25 0.07
316_I 113_G 0.87 0.24 0.06
79_T 86_T 0.87 0.24 0.06
114_E 23_S 0.87 0.24 0.06
157_E 80_S 0.87 0.24 0.06
325_M 187_I 0.87 0.24 0.06
74_P 174_A 0.86 0.24 0.06
168_D 42_M 0.86 0.24 0.06
231_L 29_L 0.86 0.24 0.06
306_Q 140_S 0.86 0.24 0.06
115_T 109_M 0.86 0.24 0.06
17_A 175_R 0.86 0.24 0.06
341_A 51_E 0.86 0.23 0.06
186_S 59_K 0.86 0.23 0.06
172_A 6_T 0.86 0.23 0.06
223_I 88_F 0.85 0.23 0.06
50_S 136_P 0.85 0.23 0.06
144_T 127_D 0.85 0.23 0.06
145_A 71_T 0.85 0.23 0.06
279_I 48_K 0.85 0.23 0.06
118_E 153_V 0.85 0.23 0.06
21_K 33_I 0.84 0.23 0.06
77_I 104_E 0.84 0.22 0.06
349_T 82_P 0.84 0.22 0.05
196_V 23_S 0.84 0.22 0.05
132_I 80_S 0.84 0.22 0.05
215_V 46_F 0.84 0.22 0.05
229_S 117_V 0.84 0.22 0.05
319_Y 88_F 0.83 0.22 0.05
226_R 24_E 0.83 0.21 0.05
110_I 122_K 0.83 0.21 0.05
353_N 113_G 0.83 0.21 0.05
133_D 106_L 0.82 0.21 0.05
49_L 50_V 0.82 0.21 0.05
35_V 67_N 0.82 0.21 0.05
57_E 181_Y 0.82 0.21 0.05
110_I 196_S 0.82 0.21 0.05
33_V 79_A 0.82 0.21 0.05
215_V 114_A 0.82 0.21 0.05
331_T 69_G 0.82 0.21 0.05
159_L 160_S 0.82 0.21 0.05
301_T 12_L 0.82 0.21 0.05
137_A 29_L 0.82 0.21 0.05
150_V 116_G 0.81 0.21 0.05
331_T 118_I 0.81 0.21 0.05
110_I 44_R 0.81 0.21 0.05
131_V 83_L 0.81 0.20 0.05
191_L 84_F 0.81 0.20 0.05
107_T 38_H 0.81 0.20 0.05
324_D 166_A 0.81 0.20 0.05
291_S 76_V 0.81 0.20 0.05
328_F 117_V 0.81 0.20 0.05
351_A 84_F 0.81 0.20 0.05
86_I 86_T 0.80 0.20 0.05
157_E 180_S 0.80 0.20 0.05
77_I 105_E 0.80 0.20 0.05
82_T 158_A 0.80 0.20 0.04
23_H 115_D 0.80 0.20 0.04
20_A 203_M 0.80 0.20 0.04
289_P 76_V 0.80 0.20 0.04
178_R 160_S 0.79 0.20 0.04
63_Y 19_F 0.79 0.19 0.04
74_P 88_F 0.79 0.19 0.04
330_I 51_E 0.79 0.19 0.04
128_T 95_T 0.79 0.19 0.04
59_M 45_G 0.79 0.19 0.04
100_L 51_E 0.79 0.19 0.04
157_E 136_P 0.79 0.19 0.04
285_L 133_V 0.79 0.19 0.04
198_A 76_V 0.79 0.19 0.04
331_T 183_G 0.79 0.19 0.04
172_A 179_A 0.79 0.19 0.04
204_F 65_L 0.79 0.19 0.04
284_N 87_F 0.79 0.19 0.04
115_T 89_I 0.78 0.19 0.04
137_A 89_I 0.78 0.19 0.04
159_L 135_V 0.78 0.19 0.04
288_T 200_M 0.78 0.19 0.04
18_G 58_D 0.78 0.19 0.04
244_V 17_D 0.78 0.19 0.04
332_L 172_M 0.78 0.18 0.04
289_P 73_L 0.78 0.18 0.04
73_C 19_F 0.78 0.18 0.04
288_T 120_R 0.78 0.18 0.04
322_S 180_S 0.78 0.18 0.04
100_L 131_C 0.77 0.18 0.04
282_V 74_S 0.77 0.18 0.04
76_E 92_A 0.77 0.18 0.04
134_D 72_L 0.77 0.18 0.04
11_V 76_V 0.77 0.18 0.04
332_L 131_C 0.77 0.18 0.04
282_V 165_A 0.77 0.18 0.04
119_L 183_G 0.77 0.18 0.04
172_A 108_Q 0.77 0.18 0.04
198_A 41_N 0.77 0.18 0.04
47_A 166_A 0.77 0.18 0.04
99_V 86_T 0.77 0.18 0.04
215_V 61_I 0.77 0.18 0.04
67_G 82_P 0.77 0.18 0.04
107_T 128_K 0.77 0.18 0.04
50_S 181_Y 0.77 0.18 0.04
284_N 38_H 0.77 0.18 0.04
68_M 74_S 0.77 0.18 0.04
129_T 87_F 0.77 0.18 0.04
243_L 126_G 0.76 0.18 0.04
120_L 72_L 0.76 0.18 0.04
193_A 27_T 0.76 0.18 0.04
176_L 153_V 0.76 0.18 0.04
273_Q 17_D 0.76 0.18 0.04
79_T 174_A 0.76 0.18 0.04
57_E 27_T 0.76 0.18 0.04
140_D 24_E 0.76 0.18 0.04
121_H 130_M 0.76 0.18 0.04
159_L 53_L 0.76 0.17 0.04
300_L 95_T 0.76 0.17 0.04
331_T 195_T 0.76 0.17 0.04
155_L 49_V 0.76 0.17 0.04
120_L 33_I 0.76 0.17 0.04
330_I 45_G 0.76 0.17 0.04
194_C 155_L 0.76 0.17 0.04
104_K 29_L 0.76 0.17 0.04
203_S 49_V 0.76 0.17 0.04
15_Q 185_R 0.76 0.17 0.04
68_M 197_V 0.76 0.17 0.04
99_V 200_M 0.75 0.17 0.04
22_A 205_A 0.75 0.17 0.04
144_T 176_K 0.75 0.17 0.04
11_V 82_P 0.75 0.17 0.04
2_K 166_A 0.75 0.17 0.04
235_V 201_M 0.75 0.17 0.04
67_G 133_V 0.75 0.17 0.04
47_A 125_P 0.75 0.17 0.03
68_M 172_M 0.75 0.17 0.03
339_T 11_W 0.75 0.17 0.03
212_E 41_N 0.75 0.17 0.03
352_L 86_T 0.75 0.17 0.03
177_G 40_L 0.74 0.17 0.03
100_L 80_S 0.74 0.17 0.03
7_D 22_E 0.74 0.17 0.03
54_S 10_N 0.74 0.17 0.03
236_D 143_Q 0.74 0.17 0.03
70_S 40_L 0.74 0.17 0.03
297_Y 174_A 0.74 0.17 0.03
279_I 172_M 0.74 0.17 0.03
1_M 203_M 0.74 0.17 0.03
23_H 109_M 0.74 0.17 0.03
234_T 190_Q 0.74 0.17 0.03
111_L 46_F 0.74 0.16 0.03
18_G 41_N 0.74 0.16 0.03
337_D 207_A 0.74 0.16 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0186 1.01 DHAK_DHAL Δgene:(0, 0) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.93 Done - Shared
0179 2.34 DHAK_DHAL Δgene:(0, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.10 Done - Shared
0178 1.32 DHAK_DHAL Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.05 Done - Shared
Page generated in 0.3182 seconds.