May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
CjPatAB_test
Genes: A B A+B
Length: 457 335 734
Sequences: 1760 64 53
Seq/Len: 3.85 0.19 0.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.07
2 0.03 0.00 0.07
5 0.04 0.00 0.07
10 0.04 0.00 0.07
20 0.05 0.00 0.07
100 0.07 0.00 0.07
∞ 0.13 0.00 0.07
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
209_I 239_A 1.96 0.31 0.00
362_F 237_H 1.66 0.21 0.00
172_A 199_A 1.63 0.20 0.00
310_L 255_N 1.61 0.19 0.00
14_A 301_I 1.55 0.18 0.00
156_T 255_N 1.52 0.17 0.00
285_Y 214_F 1.51 0.17 0.00
150_F 280_K 1.47 0.15 0.00
79_M 289_Y 1.46 0.15 0.00
286_I 11_I 1.46 0.15 0.00
147_L 298_N 1.44 0.15 0.00
362_F 118_F 1.44 0.15 0.00
37_S 302_K 1.41 0.14 0.00
359_F 213_R 1.40 0.14 0.00
131_Y 31_Q 1.38 0.14 0.00
228_Y 31_Q 1.38 0.14 0.00
359_F 312_T 1.38 0.13 0.00
57_F 63_N 1.38 0.13 0.00
191_G 319_M 1.36 0.13 0.00
72_R 312_T 1.34 0.13 0.00
128_S 141_Q 1.33 0.12 0.00
281_F 32_K 1.32 0.12 0.00
227_A 298_N 1.31 0.12 0.00
193_V 153_N 1.30 0.12 0.00
131_Y 164_Q 1.30 0.12 0.00
228_Y 164_Q 1.30 0.12 0.00
286_I 193_L 1.29 0.12 0.00
255_P 31_Q 1.28 0.12 0.00
209_I 188_S 1.26 0.11 0.00
72_R 125_E 1.25 0.11 0.00
333_V 13_V 1.25 0.11 0.00
318_T 155_N 1.25 0.11 0.00
86_L 284_S 1.24 0.11 0.00
235_D 250_K 1.23 0.11 0.00
286_I 259_Q 1.22 0.10 0.00
327_L 299_R 1.22 0.10 0.00
229_A 257_K 1.21 0.10 0.00
249_M 196_L 1.21 0.10 0.00
16_F 227_V 1.20 0.10 0.00
42_I 147_L 1.20 0.10 0.00
157_L 312_T 1.20 0.10 0.00
303_N 204_D 1.20 0.10 0.00
255_P 164_Q 1.20 0.10 0.00
56_T 187_N 1.20 0.10 0.00
123_F 265_Y 1.20 0.10 0.00
233_Y 265_Y 1.20 0.10 0.00
262_Y 265_Y 1.20 0.10 0.00
333_V 251_K 1.20 0.10 0.00
364_W 265_Y 1.20 0.10 0.00
151_L 311_F 1.19 0.10 0.00
264_A 190_I 1.19 0.10 0.00
157_L 213_R 1.18 0.10 0.00
227_A 299_R 1.18 0.10 0.00
72_R 213_R 1.18 0.10 0.00
226_Y 327_I 1.17 0.10 0.00
327_L 28_Y 1.16 0.10 0.00
327_L 298_N 1.16 0.09 0.00
294_R 251_K 1.16 0.09 0.00
294_R 189_N 1.16 0.09 0.00
131_Y 141_Q 1.16 0.09 0.00
228_Y 141_Q 1.16 0.09 0.00
207_K 289_Y 1.15 0.09 0.00
198_I 35_F 1.15 0.09 0.00
129_I 248_P 1.15 0.09 0.00
148_A 213_R 1.14 0.09 0.00
304_I 37_F 1.14 0.09 0.00
199_A 250_K 1.13 0.09 0.00
14_A 207_K 1.13 0.09 0.00
221_L 187_N 1.13 0.09 0.00
147_L 299_R 1.12 0.09 0.00
224_A 159_T 1.12 0.09 0.00
306_I 76_Q 1.12 0.09 0.00
33_I 173_Y 1.12 0.09 0.00
241_D 153_N 1.12 0.09 0.00
181_A 258_I 1.12 0.09 0.00
106_F 233_I 1.12 0.09 0.00
78_C 39_P 1.11 0.09 0.00
235_D 319_M 1.11 0.09 0.00
329_G 226_R 1.10 0.09 0.00
209_I 22_N 1.10 0.09 0.00
301_V 26_S 1.10 0.09 0.00
323_V 139_L 1.10 0.09 0.00
35_I 15_G 1.10 0.09 0.00
285_Y 161_L 1.10 0.09 0.00
148_A 289_Y 1.09 0.09 0.00
127_T 255_N 1.09 0.08 0.00
359_F 135_I 1.09 0.08 0.00
72_R 282_F 1.09 0.08 0.00
63_A 283_F 1.08 0.08 0.00
281_F 280_K 1.08 0.08 0.00
85_N 326_H 1.08 0.08 0.00
199_A 6_F 1.08 0.08 0.00
129_I 17_V 1.08 0.08 0.00
61_Y 329_L 1.08 0.08 0.00
301_V 255_N 1.08 0.08 0.00
352_G 191_K 1.07 0.08 0.00
241_D 169_S 1.07 0.08 0.00
268_K 135_I 1.07 0.08 0.00
225_I 12_I 1.07 0.08 0.00
179_K 131_E 1.07 0.08 0.00
165_S 196_L 1.07 0.08 0.00
250_L 216_S 1.07 0.08 0.00
15_F 251_K 1.07 0.08 0.00
227_A 9_I 1.07 0.08 0.00
362_F 24_S 1.06 0.08 0.00
255_P 141_Q 1.06 0.08 0.00
235_D 6_F 1.06 0.08 0.00
12_M 184_F 1.06 0.08 0.00
81_F 8_F 1.06 0.08 0.00
286_I 195_V 1.06 0.08 0.00
34_L 298_N 1.06 0.08 0.00
281_F 244_F 1.05 0.08 0.00
267_L 270_L 1.05 0.08 0.00
137_Q 329_L 1.05 0.08 0.00
195_K 284_S 1.05 0.08 0.00
130_T 224_T 1.05 0.08 0.00
331_G 265_Y 1.04 0.08 0.00
34_L 28_Y 1.04 0.08 0.00
213_P 175_D 1.04 0.08 0.00
254_L 31_Q 1.04 0.08 0.00
229_A 283_F 1.04 0.08 0.00
184_I 316_A 1.04 0.08 0.00
210_L 316_A 1.04 0.08 0.00
308_F 316_A 1.04 0.08 0.00
336_H 37_F 1.04 0.08 0.00
15_F 3_V 1.04 0.08 0.00
43_L 30_E 1.03 0.08 0.00
198_I 267_D 1.03 0.08 0.00
191_G 20_V 1.03 0.08 0.00
321_F 202_P 1.03 0.08 0.00
4_F 51_K 1.03 0.08 0.00
326_L 179_A 1.03 0.08 0.00
116_V 173_Y 1.03 0.08 0.00
193_V 251_K 1.03 0.08 0.00
95_I 237_H 1.03 0.08 0.00
330_I 102_S 1.03 0.08 0.00
294_R 175_D 1.03 0.08 0.00
195_K 319_M 1.02 0.07 0.00
197_L 32_K 1.02 0.07 0.00
230_I 323_L 1.02 0.07 0.00
4_F 292_Y 1.02 0.07 0.00
163_M 224_T 1.02 0.07 0.00
218_F 326_H 1.02 0.07 0.00
235_D 246_I 1.02 0.07 0.00
227_A 309_V 1.02 0.07 0.00
241_D 175_D 1.02 0.07 0.00
92_F 289_Y 1.02 0.07 0.00
267_L 265_Y 1.01 0.07 0.00
254_L 28_Y 1.01 0.07 0.00
260_M 293_I 1.01 0.07 0.00
6_L 298_N 1.01 0.07 0.00
354_F 57_I 1.01 0.07 0.00
361_C 305_T 1.01 0.07 0.00
295_K 195_V 1.00 0.07 0.00
254_L 25_I 1.00 0.07 0.00
301_V 302_K 1.00 0.07 0.00
73_Y 187_N 1.00 0.07 0.00
154_F 311_F 1.00 0.07 0.00
245_A 212_H 0.99 0.07 0.00
188_L 22_N 0.99 0.07 0.00
60_H 141_Q 0.99 0.07 0.00
193_V 37_F 0.99 0.07 0.00
3_Y 227_V 0.98 0.07 0.00
72_R 99_E 0.98 0.07 0.00
81_F 322_L 0.98 0.07 0.00
56_T 73_T 0.98 0.07 0.00
303_N 144_A 0.98 0.07 0.00
336_H 38_Y 0.98 0.07 0.00
327_L 148_N 0.98 0.07 0.00
117_L 175_D 0.98 0.07 0.00
86_L 319_M 0.98 0.07 0.00
319_L 312_T 0.98 0.07 0.00
10_I 28_Y 0.98 0.07 0.00
216_Y 13_V 0.98 0.07 0.00
358_Q 208_G 0.98 0.07 0.00
207_K 302_K 0.98 0.07 0.00
263_L 268_E 0.98 0.07 0.00
51_V 126_L 0.97 0.07 0.00
336_H 29_I 0.97 0.07 0.00
259_N 13_V 0.97 0.07 0.00
32_L 164_Q 0.97 0.07 0.00
365_I 251_K 0.97 0.07 0.00
162_I 289_Y 0.97 0.07 0.00
95_I 283_F 0.97 0.07 0.00
375_D 94_T 0.97 0.07 0.00
132_L 39_P 0.97 0.07 0.00
73_Y 63_N 0.97 0.07 0.00
135_V 133_L 0.97 0.07 0.00
117_L 154_L 0.96 0.07 0.00
253_T 133_L 0.96 0.07 0.00
55_Y 265_Y 0.96 0.07 0.00
132_L 283_F 0.96 0.07 0.00
86_L 244_F 0.96 0.07 0.00
224_A 297_N 0.96 0.07 0.00
140_R 163_K 0.96 0.07 0.00
202_L 129_G 0.96 0.07 0.00
319_L 328_K 0.96 0.07 0.00
375_D 134_F 0.96 0.07 0.00
296_G 216_S 0.96 0.07 0.00
37_S 204_D 0.96 0.07 0.00
95_I 187_N 0.96 0.07 0.00
134_E 7_F 0.95 0.07 0.00
342_K 232_K 0.95 0.07 0.00
112_N 124_L 0.95 0.07 0.00
184_I 50_F 0.95 0.07 0.00
210_L 50_F 0.95 0.07 0.00
308_F 50_F 0.95 0.07 0.00
241_D 282_F 0.95 0.07 0.00
123_F 257_K 0.95 0.07 0.00
233_Y 257_K 0.95 0.07 0.00
262_Y 257_K 0.95 0.07 0.00
364_W 257_K 0.95 0.07 0.00
63_A 209_G 0.95 0.07 0.00
130_T 6_F 0.95 0.07 0.00
285_Y 171_K 0.94 0.07 0.00
362_F 207_K 0.94 0.07 0.00
88_F 221_D 0.94 0.07 0.00
84_L 326_H 0.94 0.07 0.00
132_L 25_I 0.94 0.07 0.00
95_I 180_T 0.94 0.07 0.00
221_L 1_M 0.94 0.07 0.00
306_I 228_D 0.94 0.07 0.00
86_L 21_M 0.94 0.07 0.00
40_I 25_I 0.94 0.07 0.00
163_M 248_P 0.94 0.07 0.00
53_F 319_M 0.94 0.07 0.00
33_I 165_N 0.94 0.07 0.00
127_T 135_I 0.94 0.07 0.00
365_I 153_N 0.94 0.07 0.00
188_L 323_L 0.93 0.07 0.00
139_R 248_P 0.93 0.07 0.00
357_F 265_Y 0.93 0.07 0.00
33_I 264_I 0.93 0.07 0.00
241_D 44_L 0.93 0.07 0.00
77_T 266_S 0.93 0.07 0.00
195_K 250_K 0.93 0.06 0.00
199_A 319_M 0.93 0.06 0.00
368_Y 146_A 0.93 0.06 0.00
55_Y 292_Y 0.93 0.06 0.00
185_I 263_K 0.93 0.06 0.00
369_Y 233_I 0.93 0.06 0.00
313_M 331_E 0.93 0.06 0.00
373_L 182_E 0.93 0.06 0.00
235_D 300_S 0.92 0.06 0.00
366_F 205_I 0.92 0.06 0.00
4_F 283_F 0.92 0.06 0.00
195_K 246_I 0.92 0.06 0.00
243_V 226_R 0.92 0.06 0.00
162_I 29_I 0.92 0.06 0.00
327_L 312_T 0.92 0.06 0.00
35_I 225_S 0.92 0.06 0.00
318_T 323_L 0.92 0.06 0.00
94_S 291_A 0.92 0.06 0.00
351_L 323_L 0.92 0.06 0.00
4_F 25_I 0.92 0.06 0.00
60_H 53_K 0.92 0.06 0.00
294_R 301_I 0.92 0.06 0.00
267_L 255_N 0.92 0.06 0.00
177_E 228_D 0.92 0.06 0.00
93_P 39_P 0.92 0.06 0.00
139_R 224_T 0.92 0.06 0.00
277_S 231_I 0.92 0.06 0.00
252_F 24_S 0.92 0.06 0.00
196_V 284_S 0.92 0.06 0.00
34_L 306_D 0.92 0.06 0.00
192_I 289_Y 0.92 0.06 0.00
37_S 208_G 0.92 0.06 0.00
383_C 44_L 0.92 0.06 0.00
361_C 29_I 0.92 0.06 0.00
137_Q 3_V 0.92 0.06 0.00
74_I 233_I 0.91 0.06 0.00
294_R 129_G 0.91 0.06 0.00
157_L 287_D 0.91 0.06 0.00
131_Y 33_Y 0.91 0.06 0.00
228_Y 33_Y 0.91 0.06 0.00
285_Y 144_A 0.91 0.06 0.00
112_N 53_K 0.91 0.06 0.00
229_A 39_P 0.91 0.06 0.00
229_A 148_N 0.91 0.06 0.00
249_M 316_A 0.91 0.06 0.00
130_T 175_D 0.91 0.06 0.00
249_M 184_F 0.91 0.06 0.00
293_N 186_K 0.91 0.06 0.00
148_A 38_Y 0.91 0.06 0.00
361_C 279_T 0.91 0.06 0.00
94_S 249_V 0.91 0.06 0.00
93_P 297_N 0.91 0.06 0.00
59_I 301_I 0.90 0.06 0.00
281_F 205_I 0.90 0.06 0.00
86_L 279_T 0.90 0.06 0.00
130_T 246_I 0.90 0.06 0.00
227_A 160_D 0.90 0.06 0.00
9_S 283_F 0.90 0.06 0.00
337_L 296_E 0.90 0.06 0.00
256_P 13_V 0.90 0.06 0.00
61_Y 262_N 0.90 0.06 0.00
121_I 284_S 0.90 0.06 0.00
313_M 2_S 0.90 0.06 0.00
221_L 233_I 0.90 0.06 0.00
55_Y 141_Q 0.90 0.06 0.00
309_I 119_I 0.89 0.06 0.00
72_R 118_F 0.89 0.06 0.00
134_E 146_A 0.89 0.06 0.00
327_L 139_L 0.89 0.06 0.00
305_L 317_R 0.89 0.06 0.00
114_D 152_R 0.89 0.06 0.00
40_I 155_N 0.89 0.06 0.00
119_I 317_R 0.89 0.06 0.00
260_M 141_Q 0.89 0.06 0.00
113_I 264_I 0.89 0.06 0.00
293_N 192_Y 0.89 0.06 0.00
299_R 178_K 0.88 0.06 0.00
57_F 296_E 0.88 0.06 0.00
318_T 305_T 0.88 0.06 0.00
191_G 246_I 0.88 0.06 0.00
9_S 319_M 0.88 0.06 0.00
333_V 37_F 0.88 0.06 0.00
190_F 11_I 0.88 0.06 0.00
281_F 279_T 0.88 0.06 0.00
82_I 134_F 0.88 0.06 0.00
254_L 164_Q 0.88 0.06 0.00
165_S 132_F 0.88 0.06 0.00
82_I 238_K 0.88 0.06 0.00
183_L 175_D 0.88 0.06 0.00
159_S 58_R 0.88 0.06 0.00
326_L 329_L 0.88 0.06 0.00
92_F 274_E 0.88 0.06 0.00
18_I 81_I 0.88 0.06 0.00
199_A 199_A 0.88 0.06 0.00
224_A 123_K 0.88 0.06 0.00
114_D 175_D 0.88 0.06 0.00
334_F 56_Q 0.88 0.06 0.00
189_V 244_F 0.88 0.06 0.00
241_D 117_S 0.88 0.06 0.00
229_A 38_Y 0.88 0.06 0.00
18_I 94_T 0.88 0.06 0.00
156_T 199_A 0.88 0.06 0.00
354_F 294_K 0.88 0.06 0.00
181_A 183_A 0.88 0.06 0.00
151_L 194_V 0.87 0.06 0.00
361_C 162_S 0.87 0.06 0.00
149_T 162_S 0.87 0.06 0.00
149_T 132_F 0.87 0.06 0.00
269_D 139_L 0.87 0.06 0.00
184_I 156_L 0.87 0.06 0.00
210_L 156_L 0.87 0.06 0.00
308_F 156_L 0.87 0.06 0.00
38_Y 205_I 0.87 0.06 0.00
382_A 65_P 0.87 0.06 0.00
202_L 195_V 0.87 0.06 0.00
28_I 301_I 0.87 0.06 0.00
184_I 177_S 0.87 0.06 0.00
210_L 177_S 0.87 0.06 0.00
229_A 268_E 0.87 0.06 0.00
308_F 177_S 0.87 0.06 0.00
68_V 187_N 0.87 0.06 0.00
13_I 14_L 0.87 0.06 0.00
39_I 155_N 0.87 0.06 0.00
355_L 287_D 0.87 0.06 0.00
128_S 265_Y 0.87 0.06 0.00
156_T 302_K 0.87 0.06 0.00
149_T 316_A 0.87 0.06 0.00
184_I 196_L 0.87 0.06 0.00
210_L 196_L 0.87 0.06 0.00
308_F 196_L 0.87 0.06 0.00
21_T 74_T 0.86 0.06 0.00
252_F 25_I 0.86 0.06 0.00
358_Q 184_F 0.86 0.06 0.00
230_I 283_F 0.86 0.06 0.00
44_I 266_S 0.86 0.06 0.00
86_L 246_I 0.86 0.06 0.00
254_L 283_F 0.86 0.06 0.00
250_L 162_S 0.86 0.06 0.00
327_L 18_V 0.86 0.06 0.00
115_L 152_R 0.86 0.06 0.00
229_A 298_N 0.86 0.06 0.00
376_A 204_D 0.86 0.06 0.00
41_Y 212_H 0.86 0.06 0.00
71_K 209_G 0.86 0.06 0.00
15_F 153_N 0.86 0.06 0.00
190_F 158_V 0.86 0.06 0.00
76_A 324_L 0.86 0.06 0.00
225_I 153_N 0.86 0.06 0.00
163_M 284_S 0.86 0.06 0.00
248_L 265_Y 0.86 0.06 0.00
14_A 237_H 0.86 0.06 0.00
268_K 180_T 0.86 0.06 0.00
295_K 293_I 0.86 0.06 0.00
368_Y 50_F 0.86 0.06 0.00
184_I 249_V 0.85 0.06 0.00
210_L 249_V 0.85 0.06 0.00
308_F 249_V 0.85 0.06 0.00
137_Q 314_S 0.85 0.06 0.00
125_T 25_I 0.85 0.06 0.00
12_M 196_L 0.85 0.06 0.00
192_I 212_H 0.85 0.06 0.00
53_F 211_Y 0.85 0.06 0.00
333_V 52_I 0.85 0.06 0.00
41_Y 266_S 0.85 0.06 0.00
209_I 262_N 0.85 0.06 0.00
34_L 294_K 0.85 0.06 0.00
331_G 6_F 0.85 0.06 0.00
119_I 160_D 0.85 0.06 0.00
152_S 289_Y 0.85 0.06 0.00
368_Y 224_T 0.85 0.06 0.00
305_L 7_F 0.85 0.06 0.00
112_N 147_L 0.85 0.06 0.00
64_L 12_I 0.85 0.06 0.00
383_C 33_Y 0.85 0.06 0.00
1_M 245_E 0.85 0.06 0.00
184_I 22_N 0.85 0.06 0.00
210_L 22_N 0.85 0.06 0.00
308_F 22_N 0.85 0.06 0.00
143_S 10_L 0.85 0.06 0.00
293_N 270_L 0.85 0.06 0.00
172_A 156_L 0.85 0.06 0.00
158_L 153_N 0.85 0.06 0.00
229_A 29_I 0.85 0.06 0.00
64_L 121_N 0.85 0.06 0.00
119_I 15_G 0.85 0.06 0.00
83_I 251_K 0.85 0.06 0.00
113_I 227_V 0.85 0.06 0.00
37_S 144_A 0.85 0.06 0.00
226_Y 203_W 0.85 0.06 0.00
362_F 299_R 0.84 0.06 0.00
129_I 278_N 0.84 0.06 0.00
318_T 229_E 0.84 0.06 0.00
200_N 258_I 0.84 0.06 0.00
174_Q 286_N 0.84 0.06 0.00
191_G 175_D 0.84 0.06 0.00
2_T 213_R 0.84 0.06 0.00
135_V 283_F 0.84 0.06 0.00
144_F 207_K 0.84 0.06 0.00
4_F 63_N 0.84 0.06 0.00
158_L 160_D 0.84 0.06 0.00
313_M 148_N 0.84 0.06 0.00
43_L 21_M 0.84 0.06 0.00
302_A 189_N 0.84 0.06 0.00
92_F 159_T 0.84 0.06 0.00
158_L 309_V 0.84 0.06 0.00
158_L 305_T 0.84 0.06 0.00
281_F 27_S 0.84 0.06 0.00
16_F 1_M 0.84 0.06 0.00
162_I 37_F 0.84 0.06 0.00
217_N 262_N 0.84 0.06 0.00
365_I 189_N 0.84 0.06 0.00
18_I 220_I 0.84 0.06 0.00
28_I 12_I 0.84 0.06 0.00
318_T 131_E 0.84 0.06 0.00
59_I 40_H 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1292 seconds.