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OPENSEQ.org
Lips
Genes: A B A+B
Length: 324 343 613
Sequences: 650 163 147
Seq/Len: 2.01 0.48 0.24
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.04 0.21
2 0.04 0.04 0.22
5 0.04 0.04 0.22
10 0.04 0.04 0.22
20 0.04 0.04 0.22
100 0.05 0.04 0.22
∞ 0.09 0.05 0.22
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
218_P 267_A 2.00 0.67 0.02
104_E 278_R 1.80 0.55 0.01
160_V 123_E 1.77 0.53 0.01
283_R 103_E 1.70 0.49 0.01
112_K 313_R 1.68 0.47 0.01
223_G 267_A 1.66 0.46 0.01
315_H 248_R 1.66 0.46 0.01
266_D 285_V 1.60 0.42 0.01
253_A 309_I 1.54 0.38 0.01
39_A 74_C 1.52 0.37 0.01
282_I 330_E 1.50 0.36 0.01
70_I 219_E 1.49 0.36 0.01
230_K 287_G 1.44 0.32 0.01
238_S 132_L 1.42 0.31 0.01
97_E 325_R 1.42 0.31 0.01
254_L 202_D 1.40 0.31 0.00
87_S 210_K 1.38 0.29 0.00
284_D 271_L 1.34 0.28 0.00
129_Y 325_R 1.33 0.27 0.00
39_A 292_R 1.30 0.26 0.00
104_E 274_L 1.30 0.25 0.00
102_Q 271_L 1.25 0.23 0.00
216_G 121_Y 1.24 0.23 0.00
42_K 331_T 1.24 0.22 0.00
39_A 73_N 1.23 0.22 0.00
246_P 286_T 1.23 0.22 0.00
283_R 102_G 1.22 0.21 0.00
68_Y 160_Q 1.21 0.21 0.00
257_S 309_I 1.19 0.21 0.00
130_V 267_A 1.19 0.21 0.00
314_Q 67_Q 1.18 0.20 0.00
108_A 325_R 1.18 0.20 0.00
191_P 137_L 1.17 0.20 0.00
320_K 123_E 1.17 0.20 0.00
68_Y 196_R 1.17 0.20 0.00
202_S 307_Q 1.17 0.19 0.00
295_N 205_L 1.16 0.19 0.00
127_I 161_K 1.15 0.19 0.00
181_W 326_L 1.15 0.19 0.00
293_E 232_L 1.14 0.19 0.00
230_K 157_N 1.14 0.18 0.00
100_A 199_I 1.13 0.18 0.00
249_P 206_S 1.13 0.18 0.00
253_A 161_K 1.12 0.18 0.00
249_P 77_K 1.11 0.17 0.00
58_G 329_F 1.11 0.17 0.00
265_G 285_V 1.10 0.17 0.00
157_I 310_Q 1.09 0.17 0.00
315_H 191_N 1.08 0.17 0.00
51_M 324_L 1.08 0.17 0.00
283_R 109_V 1.08 0.17 0.00
316_A 222_P 1.08 0.16 0.00
315_H 95_E 1.08 0.16 0.00
91_S 254_E 1.08 0.16 0.00
105_E 278_R 1.08 0.16 0.00
59_T 117_I 1.08 0.16 0.00
96_G 325_R 1.07 0.16 0.00
42_K 203_S 1.07 0.16 0.00
257_S 324_L 1.07 0.16 0.00
233_Y 106_L 1.07 0.16 0.00
127_I 195_D 1.07 0.16 0.00
127_I 68_Q 1.07 0.16 0.00
183_G 74_C 1.07 0.16 0.00
56_R 184_S 1.07 0.16 0.00
231_G 102_G 1.07 0.16 0.00
151_S 146_I 1.06 0.16 0.00
300_I 275_D 1.06 0.16 0.00
203_T 285_V 1.06 0.16 0.00
40_Q 85_V 1.06 0.16 0.00
156_V 266_E 1.06 0.15 0.00
231_G 322_E 1.05 0.15 0.00
304_L 308_A 1.05 0.15 0.00
260_V 266_E 1.05 0.15 0.00
105_E 268_T 1.05 0.15 0.00
183_G 267_A 1.04 0.15 0.00
174_W 253_E 1.04 0.15 0.00
307_D 194_L 1.04 0.15 0.00
183_G 73_N 1.03 0.15 0.00
42_K 254_E 1.03 0.15 0.00
43_Y 270_R 1.03 0.15 0.00
303_I 106_L 1.03 0.15 0.00
214_P 325_R 1.03 0.14 0.00
40_Q 280_A 1.03 0.14 0.00
128_R 76_L 1.02 0.14 0.00
258_S 315_Q 1.02 0.14 0.00
130_V 325_R 1.02 0.14 0.00
312_Y 323_Q 1.01 0.14 0.00
125_P 189_Y 1.00 0.14 0.00
143_T 324_L 1.00 0.14 0.00
202_S 294_E 1.00 0.14 0.00
122_H 67_Q 1.00 0.14 0.00
67_W 264_G 1.00 0.14 0.00
311_V 72_V 1.00 0.14 0.00
141_L 107_Q 0.99 0.14 0.00
86_V 170_R 0.99 0.13 0.00
149_K 133_W 0.99 0.13 0.00
157_I 278_R 0.99 0.13 0.00
100_A 202_D 0.99 0.13 0.00
318_R 84_L 0.98 0.13 0.00
314_Q 308_A 0.98 0.13 0.00
143_T 231_E 0.98 0.13 0.00
209_F 274_L 0.98 0.13 0.00
307_D 113_F 0.98 0.13 0.00
285_D 251_S 0.97 0.13 0.00
240_N 309_I 0.97 0.13 0.00
220_T 327_R 0.97 0.13 0.00
213_F 242_T 0.97 0.13 0.00
40_Q 186_E 0.97 0.13 0.00
226_A 218_F 0.96 0.12 0.00
232_I 167_Q 0.96 0.12 0.00
157_I 273_T 0.96 0.12 0.00
97_E 274_L 0.96 0.12 0.00
246_P 209_E 0.96 0.12 0.00
217_V 251_S 0.95 0.12 0.00
281_T 94_F 0.95 0.12 0.00
74_L 136_Y 0.94 0.12 0.00
68_Y 190_Q 0.94 0.12 0.00
218_P 325_R 0.94 0.12 0.00
97_E 267_A 0.94 0.12 0.00
134_M 106_L 0.94 0.12 0.00
282_I 232_L 0.94 0.12 0.00
108_A 267_A 0.94 0.12 0.00
254_L 174_F 0.94 0.12 0.00
202_S 165_S 0.94 0.12 0.00
98_Q 258_M 0.93 0.12 0.00
127_I 99_T 0.93 0.12 0.00
320_K 237_D 0.93 0.12 0.00
157_I 276_I 0.93 0.12 0.00
208_Q 157_N 0.93 0.12 0.00
277_K 259_R 0.93 0.12 0.00
212_Q 282_Q 0.92 0.12 0.00
282_I 86_V 0.92 0.12 0.00
142_T 185_T 0.92 0.12 0.00
170_T 266_E 0.92 0.11 0.00
30_K 86_V 0.91 0.11 0.00
57_V 122_L 0.91 0.11 0.00
89_F 142_Q 0.91 0.11 0.00
129_Y 267_A 0.91 0.11 0.00
77_N 74_C 0.91 0.11 0.00
209_F 325_R 0.91 0.11 0.00
171_L 81_S 0.91 0.11 0.00
90_N 128_Q 0.91 0.11 0.00
258_S 298_S 0.91 0.11 0.00
45_L 80_S 0.91 0.11 0.00
104_E 277_Q 0.90 0.11 0.00
314_Q 160_Q 0.90 0.11 0.00
271_V 184_S 0.90 0.11 0.00
54_F 103_E 0.90 0.11 0.00
202_S 206_S 0.90 0.11 0.00
162_G 195_D 0.90 0.11 0.00
42_K 310_Q 0.90 0.11 0.00
321_L 81_S 0.90 0.11 0.00
112_K 166_I 0.90 0.11 0.00
109_I 262_L 0.90 0.11 0.00
218_P 264_G 0.90 0.11 0.00
129_Y 274_L 0.90 0.11 0.00
273_R 256_R 0.90 0.11 0.00
219_T 223_E 0.89 0.11 0.00
39_A 241_L 0.89 0.11 0.00
67_W 251_S 0.89 0.11 0.00
261_V 74_C 0.89 0.11 0.00
109_I 263_V 0.89 0.11 0.00
70_I 127_S 0.89 0.11 0.00
103_V 265_A 0.88 0.11 0.00
244_T 169_I 0.88 0.11 0.00
306_A 133_W 0.88 0.11 0.00
246_P 255_L 0.88 0.10 0.00
131_A 270_R 0.88 0.10 0.00
315_H 269_Q 0.88 0.10 0.00
88_P 268_T 0.88 0.10 0.00
232_I 281_W 0.88 0.10 0.00
71_L 197_M 0.88 0.10 0.00
67_W 305_K 0.88 0.10 0.00
79_G 136_Y 0.88 0.10 0.00
71_L 182_L 0.88 0.10 0.00
157_I 138_K 0.88 0.10 0.00
145_G 154_Q 0.87 0.10 0.00
97_E 259_R 0.87 0.10 0.00
97_E 275_D 0.87 0.10 0.00
127_I 241_L 0.87 0.10 0.00
132_G 285_V 0.87 0.10 0.00
201_L 205_L 0.87 0.10 0.00
288_W 69_D 0.87 0.10 0.00
84_T 96_Y 0.87 0.10 0.00
60_D 34_T 0.87 0.10 0.00
202_S 63_L 0.87 0.10 0.00
270_L 157_N 0.87 0.10 0.00
57_V 80_S 0.86 0.10 0.00
320_K 71_Q 0.86 0.10 0.00
58_G 330_E 0.86 0.10 0.00
181_W 140_R 0.86 0.10 0.00
129_Y 275_D 0.86 0.10 0.00
225_G 281_W 0.86 0.10 0.00
47_F 248_R 0.86 0.10 0.00
206_S 310_Q 0.86 0.10 0.00
284_D 99_T 0.86 0.10 0.00
323_G 134_T 0.86 0.10 0.00
307_D 264_G 0.86 0.10 0.00
47_F 192_Y 0.86 0.10 0.00
205_G 97_F 0.86 0.10 0.00
177_A 131_D 0.86 0.10 0.00
307_D 93_C 0.85 0.10 0.00
207_A 125_A 0.85 0.10 0.00
283_R 66_S 0.85 0.10 0.00
235_Y 242_T 0.85 0.10 0.00
244_T 267_A 0.85 0.10 0.00
281_T 121_Y 0.85 0.10 0.00
57_V 163_F 0.85 0.10 0.00
166_S 170_R 0.85 0.10 0.00
38_Y 79_N 0.85 0.10 0.00
230_K 296_L 0.85 0.10 0.00
297_V 137_L 0.85 0.10 0.00
249_P 194_L 0.85 0.10 0.00
193_D 182_L 0.85 0.10 0.00
108_A 274_L 0.84 0.10 0.00
147_P 125_A 0.84 0.10 0.00
322_Q 190_Q 0.84 0.10 0.00
230_K 71_Q 0.84 0.10 0.00
57_V 206_S 0.84 0.10 0.00
283_R 86_V 0.84 0.10 0.00
238_S 129_I 0.84 0.10 0.00
254_L 265_A 0.84 0.10 0.00
64_L 101_Y 0.84 0.10 0.00
48_N 130_I 0.84 0.10 0.00
285_D 324_L 0.84 0.10 0.00
209_F 275_D 0.84 0.10 0.00
37_T 256_R 0.84 0.10 0.00
122_H 330_E 0.84 0.10 0.00
98_Q 113_F 0.84 0.10 0.00
142_T 186_E 0.84 0.10 0.00
225_G 143_L 0.84 0.10 0.00
61_T 20_L 0.83 0.10 0.00
232_I 245_I 0.83 0.10 0.00
193_D 265_A 0.83 0.10 0.00
208_Q 310_Q 0.83 0.10 0.00
161_E 138_K 0.83 0.10 0.00
102_Q 267_A 0.83 0.09 0.00
250_F 263_V 0.83 0.09 0.00
137_K 318_S 0.83 0.09 0.00
132_G 295_V 0.83 0.09 0.00
321_L 192_Y 0.83 0.09 0.00
179_I 82_Q 0.83 0.09 0.00
257_S 201_E 0.83 0.09 0.00
151_S 197_M 0.83 0.09 0.00
278_F 329_F 0.83 0.09 0.00
93_E 102_G 0.83 0.09 0.00
232_I 171_K 0.83 0.09 0.00
315_H 172_R 0.83 0.09 0.00
136_E 282_Q 0.83 0.09 0.00
193_D 127_S 0.83 0.09 0.00
241_K 59_E 0.83 0.09 0.00
46_V 181_G 0.83 0.09 0.00
320_K 256_R 0.83 0.09 0.00
218_P 259_R 0.83 0.09 0.00
47_F 168_D 0.83 0.09 0.00
132_G 209_E 0.83 0.09 0.00
238_S 309_I 0.82 0.09 0.00
143_T 68_Q 0.82 0.09 0.00
90_N 331_T 0.82 0.09 0.00
148_H 120_Q 0.82 0.09 0.00
42_K 248_R 0.82 0.09 0.00
104_E 322_E 0.82 0.09 0.00
284_D 109_V 0.82 0.09 0.00
256_G 299_N 0.82 0.09 0.00
204_Q 206_S 0.82 0.09 0.00
61_T 40_Q 0.82 0.09 0.00
100_A 204_S 0.82 0.09 0.00
126_T 300_M 0.82 0.09 0.00
209_F 202_D 0.81 0.09 0.00
284_D 103_E 0.81 0.09 0.00
156_V 256_R 0.81 0.09 0.00
77_N 73_N 0.81 0.09 0.00
307_D 323_Q 0.81 0.09 0.00
57_V 201_E 0.81 0.09 0.00
45_L 181_G 0.81 0.09 0.00
285_D 80_S 0.81 0.09 0.00
153_M 211_A 0.81 0.09 0.00
258_S 213_K 0.81 0.09 0.00
67_W 156_Q 0.81 0.09 0.00
59_T 330_E 0.81 0.09 0.00
62_L 284_R 0.81 0.09 0.00
205_G 70_T 0.81 0.09 0.00
303_I 290_N 0.81 0.09 0.00
300_I 242_T 0.81 0.09 0.00
258_S 254_E 0.81 0.09 0.00
90_N 165_S 0.81 0.09 0.00
87_S 139_Y 0.81 0.09 0.00
225_G 196_R 0.81 0.09 0.00
257_S 286_T 0.81 0.09 0.00
315_H 212_K 0.81 0.09 0.00
190_Y 240_T 0.81 0.09 0.00
113_P 326_L 0.81 0.09 0.00
322_Q 266_E 0.81 0.09 0.00
180_T 179_I 0.81 0.09 0.00
175_F 291_Q 0.81 0.09 0.00
257_S 212_K 0.80 0.09 0.00
217_V 100_Q 0.80 0.09 0.00
174_W 149_S 0.80 0.09 0.00
132_G 242_T 0.80 0.09 0.00
313_R 73_N 0.80 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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