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OPENSEQ.org
ImcF_dotU
Genes: A B A+B
Length: 320 261 514
Sequences: 730 631 572
Seq/Len: 2.28 2.42 1.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.67
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.73
2 0.02 0.01 0.74
5 0.02 0.01 0.89
10 0.02 0.01 0.93
20 0.05 0.04 0.98
100 0.07 0.06 0.99
∞ 0.13 0.13 1.00
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_K 204_F 1.62 0.86 0.15
147_I 230_I 1.60 0.85 0.14
158_S 192_I 1.49 0.79 0.10
171_K 203_L 1.49 0.79 0.10
82_T 192_I 1.45 0.76 0.09
124_K 156_I 1.40 0.73 0.08
193_Q 206_E 1.37 0.70 0.07
298_L 179_Q 1.34 0.68 0.07
104_I 80_S 1.34 0.68 0.07
292_Y 220_T 1.27 0.62 0.06
99_K 79_H 1.25 0.60 0.05
131_I 106_I 1.20 0.55 0.04
107_V 118_T 1.20 0.55 0.04
13_K 224_T 1.18 0.53 0.04
196_Q 206_E 1.18 0.53 0.04
255_T 82_L 1.17 0.53 0.04
5_L 71_I 1.16 0.51 0.04
201_L 173_L 1.16 0.51 0.04
172_P 207_N 1.16 0.51 0.04
225_P 41_L 1.15 0.50 0.04
180_V 235_F 1.15 0.50 0.04
26_L 146_K 1.15 0.50 0.04
15_I 84_A 1.15 0.50 0.04
40_S 113_R 1.14 0.49 0.04
151_M 176_D 1.14 0.49 0.04
93_K 167_F 1.14 0.49 0.04
98_L 141_I 1.13 0.48 0.04
32_T 143_N 1.12 0.47 0.03
292_Y 97_Y 1.11 0.47 0.03
151_M 141_I 1.10 0.46 0.03
302_Q 156_I 1.09 0.45 0.03
298_L 170_E 1.08 0.44 0.03
5_L 54_R 1.08 0.43 0.03
201_L 99_L 1.07 0.43 0.03
289_F 114_V 1.07 0.43 0.03
13_K 154_D 1.05 0.41 0.03
228_L 64_V 1.05 0.41 0.03
115_A 103_I 1.05 0.41 0.03
52_P 122_K 1.05 0.41 0.03
43_L 158_L 1.04 0.40 0.03
143_E 121_F 1.04 0.40 0.03
154_L 170_E 1.04 0.40 0.03
300_T 52_L 1.04 0.40 0.03
128_L 184_T 1.04 0.40 0.03
251_S 135_Q 1.03 0.39 0.03
45_Q 93_S 1.03 0.39 0.03
247_F 228_V 1.03 0.39 0.02
80_S 43_A 1.03 0.39 0.02
14_K 92_I 1.02 0.39 0.02
154_L 75_L 1.02 0.38 0.02
97_H 48_I 1.02 0.38 0.02
254_F 143_N 1.02 0.38 0.02
214_S 168_E 1.00 0.36 0.02
104_I 231_V 1.00 0.36 0.02
125_K 188_L 0.99 0.35 0.02
145_A 135_Q 0.99 0.35 0.02
133_R 221_W 0.98 0.35 0.02
167_N 118_T 0.97 0.34 0.02
194_F 193_Q 0.97 0.34 0.02
285_Q 167_F 0.97 0.34 0.02
293_F 121_F 0.96 0.33 0.02
48_M 95_A 0.96 0.33 0.02
87_T 101_A 0.96 0.33 0.02
104_I 212_T 0.96 0.33 0.02
96_R 148_R 0.96 0.33 0.02
143_E 135_Q 0.95 0.33 0.02
46_S 138_F 0.95 0.33 0.02
210_H 152_F 0.95 0.32 0.02
156_G 97_Y 0.95 0.32 0.02
197_L 95_A 0.95 0.32 0.02
32_T 138_F 0.94 0.32 0.02
253_F 207_N 0.94 0.31 0.02
27_S 135_Q 0.94 0.31 0.02
186_K 102_T 0.94 0.31 0.02
79_N 45_A 0.94 0.31 0.02
171_K 228_V 0.94 0.31 0.02
119_Q 218_K 0.94 0.31 0.02
94_C 180_C 0.94 0.31 0.02
244_P 151_Q 0.94 0.31 0.02
254_F 191_I 0.94 0.31 0.02
228_L 82_L 0.93 0.31 0.02
74_E 165_A 0.93 0.30 0.02
70_V 82_L 0.93 0.30 0.02
234_P 75_L 0.93 0.30 0.02
68_I 44_A 0.92 0.30 0.02
68_I 42_V 0.92 0.30 0.02
233_A 92_I 0.92 0.29 0.02
55_S 75_L 0.92 0.29 0.02
144_L 180_C 0.92 0.29 0.02
34_K 203_L 0.91 0.29 0.02
40_S 143_N 0.91 0.29 0.02
66_K 63_P 0.91 0.29 0.02
221_I 201_H 0.91 0.29 0.02
250_H 135_Q 0.91 0.29 0.02
302_Q 155_L 0.90 0.28 0.01
100_I 151_Q 0.90 0.28 0.01
68_I 40_V 0.90 0.28 0.01
94_C 222_I 0.90 0.28 0.01
80_S 52_L 0.89 0.28 0.01
235_I 94_I 0.89 0.28 0.01
8_L 192_I 0.89 0.28 0.01
19_L 138_F 0.89 0.27 0.01
231_L 119_T 0.89 0.27 0.01
33_G 165_A 0.89 0.27 0.01
273_H 65_E 0.89 0.27 0.01
227_Q 125_T 0.89 0.27 0.01
177_L 235_F 0.88 0.27 0.01
92_N 228_V 0.88 0.27 0.01
243_S 232_I 0.88 0.27 0.01
218_R 152_F 0.88 0.26 0.01
232_R 71_I 0.88 0.26 0.01
99_K 96_Q 0.88 0.26 0.01
73_G 79_H 0.87 0.26 0.01
125_K 216_N 0.87 0.26 0.01
223_E 43_A 0.87 0.26 0.01
96_R 162_C 0.87 0.26 0.01
70_V 103_I 0.87 0.26 0.01
69_I 229_G 0.87 0.26 0.01
281_D 167_F 0.87 0.26 0.01
196_Q 233_L 0.86 0.26 0.01
36_A 75_L 0.86 0.26 0.01
147_I 126_P 0.86 0.25 0.01
43_L 154_D 0.86 0.25 0.01
154_L 71_I 0.86 0.25 0.01
131_I 181_L 0.86 0.25 0.01
22_Q 192_I 0.86 0.25 0.01
38_G 97_Y 0.86 0.25 0.01
212_A 231_V 0.86 0.25 0.01
43_L 153_L 0.85 0.25 0.01
27_S 171_Y 0.85 0.24 0.01
13_K 107_L 0.85 0.24 0.01
53_V 143_N 0.85 0.24 0.01
35_N 54_R 0.84 0.24 0.01
36_A 192_I 0.84 0.24 0.01
246_L 184_T 0.84 0.24 0.01
69_I 204_F 0.84 0.24 0.01
253_F 78_F 0.84 0.24 0.01
30_V 180_C 0.84 0.24 0.01
37_Q 210_P 0.84 0.24 0.01
218_R 144_Y 0.84 0.24 0.01
302_Q 161_F 0.84 0.23 0.01
252_I 160_Y 0.84 0.23 0.01
30_V 139_F 0.83 0.23 0.01
300_T 59_P 0.83 0.23 0.01
195_N 249_V 0.83 0.23 0.01
200_A 139_F 0.83 0.23 0.01
30_V 191_I 0.83 0.23 0.01
170_S 156_I 0.83 0.23 0.01
122_E 233_L 0.83 0.23 0.01
98_L 170_E 0.83 0.23 0.01
174_G 104_D 0.82 0.23 0.01
96_R 218_K 0.82 0.23 0.01
132_Q 92_I 0.82 0.23 0.01
119_Q 55_L 0.82 0.23 0.01
203_Q 174_K 0.82 0.23 0.01
228_L 194_K 0.82 0.23 0.01
147_I 194_K 0.82 0.22 0.01
201_L 55_L 0.82 0.22 0.01
251_S 121_F 0.82 0.22 0.01
217_K 231_V 0.82 0.22 0.01
76_W 103_I 0.82 0.22 0.01
224_F 161_F 0.82 0.22 0.01
7_A 155_L 0.82 0.22 0.01
70_V 225_I 0.82 0.22 0.01
107_V 74_E 0.82 0.22 0.01
13_K 232_I 0.82 0.22 0.01
93_K 228_V 0.81 0.22 0.01
190_F 160_Y 0.81 0.22 0.01
97_H 115_Y 0.81 0.22 0.01
172_P 156_I 0.81 0.22 0.01
135_G 141_I 0.81 0.22 0.01
209_M 246_A 0.81 0.22 0.01
157_F 196_R 0.81 0.22 0.01
270_K 235_F 0.81 0.22 0.01
166_V 198_N 0.81 0.22 0.01
78_T 184_T 0.81 0.22 0.01
116_E 218_K 0.81 0.22 0.01
201_L 171_Y 0.81 0.22 0.01
97_H 214_K 0.81 0.22 0.01
91_L 219_A 0.81 0.21 0.01
157_F 121_F 0.81 0.21 0.01
7_A 73_H 0.81 0.21 0.01
61_L 113_R 0.81 0.21 0.01
138_L 249_V 0.81 0.21 0.01
98_L 149_P 0.80 0.21 0.01
172_P 79_H 0.80 0.21 0.01
52_P 100_S 0.80 0.21 0.01
112_L 39_N 0.80 0.21 0.01
93_K 204_F 0.80 0.21 0.01
80_S 143_N 0.80 0.21 0.01
67_G 48_I 0.80 0.21 0.01
134_L 188_L 0.80 0.21 0.01
90_Q 94_I 0.80 0.21 0.01
110_N 118_T 0.80 0.21 0.01
144_L 160_Y 0.80 0.21 0.01
61_L 221_W 0.80 0.21 0.01
181_N 225_I 0.80 0.21 0.01
206_I 145_I 0.79 0.21 0.01
292_Y 235_F 0.79 0.21 0.01
131_I 144_Y 0.79 0.20 0.01
40_S 52_L 0.79 0.20 0.01
24_N 136_Q 0.79 0.20 0.01
40_S 117_L 0.79 0.20 0.01
165_H 245_K 0.79 0.20 0.01
277_L 214_K 0.79 0.20 0.01
91_L 224_T 0.79 0.20 0.01
147_I 245_K 0.79 0.20 0.01
40_S 75_L 0.79 0.20 0.01
220_L 91_I 0.79 0.20 0.01
181_N 224_T 0.79 0.20 0.01
235_I 232_I 0.79 0.20 0.01
106_C 140_E 0.79 0.20 0.01
170_S 250_L 0.79 0.20 0.01
67_G 155_L 0.79 0.20 0.01
154_L 187_D 0.78 0.20 0.01
138_L 197_F 0.78 0.20 0.01
161_Y 99_L 0.78 0.20 0.01
240_Q 145_I 0.78 0.20 0.01
120_F 246_A 0.78 0.20 0.01
298_L 72_Q 0.78 0.20 0.01
66_K 209_L 0.78 0.20 0.01
102_G 104_D 0.78 0.20 0.01
106_C 141_I 0.78 0.20 0.01
242_I 92_I 0.78 0.20 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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