May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
VipAVipB coevolution analysis try 2
Genes: A B A+B
Length: 168 492 610
Sequences: 664 514 472
Seq/Len: 3.95 1.04 0.77
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.06 0.71
2 0.00 0.06 0.72
5 0.00 0.06 0.72
10 0.00 0.06 0.72
20 0.01 0.06 0.72
100 0.02 0.08 0.72
∞ 0.11 0.16 0.71
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
110_V 83_I 4.78 1.00 1.00
36_V 114_V 2.35 0.98 0.96
34_T 286_T 2.01 0.93 0.88
104_D 258_S 2.00 0.93 0.88
80_K 82_E 1.97 0.92 0.86
41_K 118_H 1.90 0.90 0.83
10_K 107_D 1.70 0.82 0.71
37_V 139_L 1.64 0.78 0.66
36_V 102_F 1.62 0.78 0.65
49_L 119_V 1.60 0.76 0.63
106_V 80_M 1.58 0.75 0.61
75_A 86_N 1.46 0.66 0.48
14_N 148_Y 1.44 0.65 0.47
47_T 123_E 1.44 0.65 0.47
57_V 143_V 1.43 0.64 0.46
33_K 115_E 1.43 0.64 0.46
106_V 425_S 1.39 0.61 0.42
42_G 332_T 1.35 0.57 0.38
73_I 92_M 1.35 0.57 0.38
49_L 117_L 1.34 0.57 0.37
98_L 133_E 1.34 0.57 0.37
32_L 148_Y 1.34 0.56 0.37
58_D 415_E 1.28 0.51 0.31
66_M 283_T 1.28 0.51 0.31
108_S 440_D 1.28 0.51 0.31
34_T 282_A 1.26 0.50 0.30
66_M 265_V 1.26 0.49 0.29
66_M 213_K 1.25 0.49 0.28
59_K 66_D 1.25 0.49 0.28
40_F 233_A 1.25 0.48 0.28
117_I 393_M 1.23 0.47 0.27
144_L 242_R 1.22 0.46 0.26
34_T 158_A 1.22 0.46 0.26
37_V 231_E 1.22 0.46 0.26
69_S 116_I 1.21 0.45 0.25
49_L 420_E 1.17 0.42 0.22
35_L 337_F 1.17 0.41 0.21
43_H 88_Q 1.16 0.41 0.21
40_F 49_N 1.16 0.41 0.21
53_A 65_V 1.15 0.40 0.20
51_E 59_P 1.15 0.40 0.20
79_N 315_F 1.15 0.40 0.20
36_V 233_A 1.11 0.37 0.17
148_E 332_T 1.10 0.37 0.17
5_G 235_Y 1.09 0.35 0.16
60_N 136_Q 1.09 0.35 0.16
118_E 308_E 1.08 0.34 0.15
51_E 167_P 1.07 0.34 0.15
78_K 82_E 1.07 0.34 0.15
135_A 303_S 1.07 0.34 0.15
117_I 266_S 1.07 0.34 0.15
92_E 405_L 1.06 0.33 0.15
117_I 420_E 1.06 0.33 0.14
41_K 147_G 1.06 0.33 0.14
110_V 237_G 1.05 0.33 0.14
106_V 91_A 1.05 0.32 0.14
24_A 371_P 1.05 0.32 0.14
140_L 87_S 1.05 0.32 0.14
106_V 70_V 1.04 0.32 0.14
18_I 482_E 1.04 0.32 0.13
140_L 488_R 1.04 0.32 0.13
106_V 361_A 1.04 0.31 0.13
21_T 405_L 1.04 0.31 0.13
110_V 415_E 1.04 0.31 0.13
49_L 123_E 1.03 0.31 0.13
146_S 190_I 1.03 0.31 0.12
111_P 410_I 1.02 0.30 0.12
106_V 86_N 1.02 0.30 0.12
11_E 334_R 1.02 0.30 0.12
49_L 127_D 1.02 0.30 0.12
35_L 143_V 1.02 0.30 0.12
15_I 390_P 1.01 0.30 0.12
57_V 72_L 1.01 0.30 0.12
73_I 94_S 1.01 0.29 0.12
138_E 191_S 1.01 0.29 0.12
8_A 134_T 1.01 0.29 0.12
80_K 78_A 1.00 0.28 0.11
16_K 333_D 1.00 0.28 0.11
73_I 89_F 0.99 0.28 0.11
143_L 174_L 0.99 0.28 0.11
67_R 201_D 0.98 0.28 0.10
49_L 83_I 0.98 0.28 0.10
19_P 383_Y 0.98 0.27 0.10
140_L 72_L 0.98 0.27 0.10
55_V 164_A 0.98 0.27 0.10
89_L 169_T 0.97 0.27 0.10
57_V 262_A 0.97 0.27 0.10
55_V 278_A 0.97 0.26 0.10
66_M 242_R 0.97 0.26 0.10
90_P 453_E 0.97 0.26 0.10
106_V 89_F 0.97 0.26 0.10
21_T 404_V 0.96 0.26 0.10
125_A 219_P 0.96 0.26 0.10
131_G 128_F 0.96 0.26 0.09
145_N 190_I 0.96 0.26 0.09
154_L 340_A 0.96 0.26 0.09
24_A 427_I 0.96 0.26 0.09
23_D 345_I 0.95 0.26 0.09
53_A 195_P 0.95 0.26 0.09
107_A 427_I 0.95 0.25 0.09
36_V 278_A 0.95 0.25 0.09
22_G 203_F 0.95 0.25 0.09
143_L 202_S 0.95 0.25 0.09
125_A 179_G 0.95 0.25 0.09
119_L 352_G 0.95 0.25 0.09
148_E 368_K 0.95 0.25 0.09
144_L 178_M 0.94 0.25 0.09
107_A 364_I 0.94 0.25 0.09
155_A 366_K 0.94 0.24 0.08
64_A 209_I 0.94 0.24 0.08
32_L 94_S 0.94 0.24 0.08
148_E 256_V 0.93 0.24 0.08
104_D 348_T 0.93 0.24 0.08
58_D 279_F 0.93 0.24 0.08
40_F 346_A 0.93 0.24 0.08
41_K 439_A 0.93 0.24 0.08
146_S 66_D 0.93 0.24 0.08
69_S 123_E 0.93 0.24 0.08
36_V 483_L 0.92 0.23 0.08
106_V 84_L 0.92 0.23 0.08
37_V 163_Y 0.92 0.23 0.08
132_N 385_L 0.92 0.23 0.08
26_A 193_V 0.92 0.23 0.08
60_N 209_I 0.92 0.23 0.08
99_A 331_I 0.92 0.23 0.08
66_M 285_L 0.92 0.23 0.08
17_Y 430_Y 0.91 0.23 0.07
37_V 119_V 0.91 0.23 0.07
40_F 197_F 0.91 0.23 0.07
69_S 314_V 0.91 0.23 0.07
141_Q 151_F 0.91 0.23 0.07
30_L 155_P 0.91 0.23 0.07
64_A 190_I 0.90 0.22 0.07
159_L 392_M 0.90 0.22 0.07
98_L 287_D 0.90 0.22 0.07
106_V 270_E 0.90 0.22 0.07
74_T 116_I 0.90 0.22 0.07
134_P 49_N 0.90 0.22 0.07
19_P 476_Y 0.90 0.22 0.07
71_L 490_D 0.90 0.22 0.07
33_K 281_F 0.89 0.22 0.07
55_V 119_V 0.89 0.22 0.07
97_S 82_E 0.89 0.22 0.07
96_K 270_E 0.89 0.21 0.07
27_E 429_Q 0.89 0.21 0.07
6_S 242_R 0.89 0.21 0.07
40_F 284_R 0.88 0.21 0.07
41_K 143_V 0.88 0.21 0.07
26_A 154_E 0.88 0.21 0.07
64_A 193_V 0.88 0.21 0.06
55_V 266_S 0.88 0.21 0.06
106_V 272_Y 0.88 0.21 0.06
144_L 256_V 0.88 0.21 0.06
143_L 227_L 0.87 0.21 0.06
51_E 195_P 0.87 0.20 0.06
32_L 46_F 0.87 0.20 0.06
17_Y 215_T 0.87 0.20 0.06
78_K 77_S 0.87 0.20 0.06
119_L 385_L 0.87 0.20 0.06
63_E 95_A 0.87 0.20 0.06
102_A 235_Y 0.87 0.20 0.06
132_N 473_H 0.87 0.20 0.06
131_G 432_A 0.87 0.20 0.06
66_M 143_V 0.87 0.20 0.06
16_K 182_G 0.86 0.20 0.06
57_V 214_S 0.86 0.20 0.06
158_N 160_I 0.86 0.20 0.06
24_A 449_A 0.86 0.20 0.06
8_A 479_A 0.86 0.20 0.06
95_F 447_L 0.86 0.20 0.06
10_K 94_S 0.86 0.20 0.06
5_G 186_H 0.86 0.20 0.06
35_L 135_A 0.86 0.20 0.06
70_E 129_E 0.85 0.19 0.06
66_M 252_I 0.85 0.19 0.06
144_L 303_S 0.85 0.19 0.06
25_Q 278_A 0.85 0.19 0.06
34_T 160_I 0.85 0.19 0.05
80_K 410_I 0.85 0.19 0.05
25_Q 233_A 0.85 0.19 0.05
106_V 428_K 0.85 0.19 0.05
37_V 187_A 0.85 0.19 0.05
45_E 383_Y 0.85 0.19 0.05
72_K 264_N 0.84 0.19 0.05
130_L 138_G 0.84 0.19 0.05
81_L 256_V 0.84 0.19 0.05
33_K 335_K 0.84 0.19 0.05
38_G 365_Q 0.84 0.19 0.05
140_L 94_S 0.84 0.19 0.05
97_S 160_I 0.84 0.19 0.05
93_L 80_M 0.84 0.19 0.05
16_K 72_L 0.84 0.19 0.05
110_V 261_Y 0.84 0.18 0.05
107_A 340_A 0.83 0.18 0.05
9_P 275_G 0.83 0.18 0.05
34_T 315_F 0.83 0.18 0.05
95_F 112_N 0.83 0.18 0.05
68_E 237_G 0.83 0.18 0.05
51_E 119_V 0.83 0.18 0.05
115_K 236_L 0.83 0.18 0.05
23_D 253_E 0.83 0.18 0.05
83_D 205_E 0.83 0.18 0.05
24_A 201_D 0.83 0.18 0.05
92_E 74_K 0.83 0.18 0.05
50_E 427_I 0.83 0.18 0.05
75_A 221_Y 0.83 0.18 0.05
66_M 120_T 0.83 0.18 0.05
36_V 87_S 0.83 0.18 0.05
96_K 74_K 0.83 0.18 0.05
153_L 172_M 0.83 0.18 0.05
75_A 308_E 0.83 0.18 0.05
96_K 78_A 0.83 0.18 0.05
122_A 448_R 0.83 0.18 0.05
97_S 143_V 0.83 0.18 0.05
66_M 261_Y 0.83 0.18 0.05
156_E 125_L 0.82 0.18 0.05
126_L 259_F 0.82 0.18 0.05
3_K 308_E 0.82 0.18 0.05
41_K 288_S 0.82 0.18 0.05
157_L 100_K 0.82 0.18 0.05
140_L 256_V 0.82 0.18 0.05
83_D 366_K 0.82 0.18 0.05
64_A 239_T 0.82 0.18 0.05
108_S 182_G 0.82 0.18 0.05
136_F 393_M 0.82 0.17 0.05
46_Q 92_M 0.82 0.17 0.05
75_A 70_V 0.82 0.17 0.05
117_I 242_R 0.82 0.17 0.05
128_G 420_E 0.82 0.17 0.05
28_V 350_R 0.81 0.17 0.05
98_L 100_K 0.81 0.17 0.05
144_L 114_V 0.81 0.17 0.04
50_E 219_P 0.81 0.17 0.04
117_I 76_I 0.81 0.17 0.04
155_A 88_Q 0.81 0.17 0.04
78_K 384_K 0.81 0.17 0.04
140_L 399_A 0.81 0.17 0.04
40_F 99_L 0.81 0.17 0.04
95_F 98_G 0.81 0.17 0.04
66_M 59_P 0.81 0.17 0.04
71_L 475_K 0.80 0.17 0.04
89_L 240_A 0.80 0.17 0.04
131_G 255_P 0.80 0.17 0.04
22_G 402_V 0.80 0.17 0.04
63_E 456_D 0.80 0.17 0.04
124_V 333_D 0.80 0.17 0.04
36_V 468_L 0.80 0.17 0.04
60_N 265_V 0.80 0.17 0.04
130_L 106_T 0.80 0.17 0.04
32_L 387_T 0.80 0.17 0.04
142_S 282_A 0.79 0.16 0.04
140_L 172_M 0.79 0.16 0.04
117_I 374_K 0.79 0.16 0.04
64_A 164_A 0.79 0.16 0.04
90_P 236_L 0.79 0.16 0.04
11_E 149_G 0.79 0.16 0.04
26_A 388_Q 0.79 0.16 0.04
25_Q 409_Q 0.79 0.16 0.04
19_P 302_Q 0.79 0.16 0.04
137_R 46_F 0.79 0.16 0.04
70_E 88_Q 0.79 0.16 0.04
8_A 68_M 0.79 0.16 0.04
116_L 98_G 0.79 0.16 0.04
41_K 435_E 0.79 0.16 0.04
53_A 315_F 0.79 0.16 0.04
46_Q 372_N 0.79 0.16 0.04
155_A 264_N 0.79 0.16 0.04
75_A 182_G 0.79 0.16 0.04
39_D 131_A 0.79 0.16 0.04
93_L 419_L 0.78 0.16 0.04
131_G 388_Q 0.78 0.16 0.04
110_V 80_M 0.78 0.16 0.04
145_N 143_V 0.78 0.16 0.04
148_E 405_L 0.78 0.16 0.04
21_T 183_A 0.78 0.16 0.04
157_L 47_I 0.78 0.16 0.04
78_K 86_N 0.78 0.16 0.04
130_L 393_M 0.78 0.16 0.04
155_A 377_K 0.78 0.16 0.04
152_K 251_P 0.78 0.16 0.04
141_Q 489_L 0.78 0.16 0.04
58_D 261_Y 0.78 0.16 0.04
56_T 128_F 0.78 0.16 0.04
132_N 432_A 0.78 0.16 0.04
128_G 218_S 0.78 0.16 0.04
42_G 381_T 0.78 0.16 0.04
73_I 196_E 0.78 0.16 0.04
124_V 434_Q 0.78 0.16 0.04
53_A 182_G 0.78 0.16 0.04
13_I 169_T 0.78 0.16 0.04
16_K 168_S 0.78 0.15 0.04
56_T 331_I 0.77 0.15 0.04
158_N 368_K 0.77 0.15 0.04
109_Q 264_N 0.77 0.15 0.04
104_D 370_F 0.77 0.15 0.04
13_I 333_D 0.77 0.15 0.04
151_E 233_A 0.77 0.15 0.04
47_T 182_G 0.77 0.15 0.04
42_G 145_S 0.77 0.15 0.04
119_L 473_H 0.77 0.15 0.04
74_T 159_I 0.77 0.15 0.04
127_K 128_F 0.77 0.15 0.04
9_P 466_V 0.77 0.15 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14060 0.77 VipAVipB coevolution analysis try 2 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done
4275 0.79 vipA_VipB Δgene:(0, 5) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done
4273 0.74 VipA_B Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
0055 0.42 vipAB Δgene:(0, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) (2013_03) Killed
Page generated in 0.2263 seconds.