May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cysi_cysj_e-2
Genes: A B A+B
Length: 570 599 1108
Sequences: 1870 2568 653
Seq/Len: 3.28 4.29 0.59
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.67
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.03 0.35
2 0.04 0.03 0.36
5 0.04 0.03 0.36
10 0.04 0.03 0.36
20 0.04 0.04 0.37
100 0.04 0.04 0.39
∞ 0.08 0.09 0.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
40_L 506_V 1.71 0.76 0.01
40_L 514_I 1.50 0.61 0.01
507_G 471_M 1.43 0.56 0.01
99_I 464_I 1.33 0.48 0.01
240_I 577_D 1.33 0.47 0.01
522_I 278_V 1.26 0.42 0.01
142_L 518_W 1.21 0.38 0.00
116_N 164_S 1.18 0.36 0.00
103_A 598_V 1.17 0.35 0.00
477_T 99_G 1.16 0.35 0.00
134_H 532_L 1.16 0.35 0.00
415_A 291_V 1.13 0.32 0.00
149_N 391_A 1.12 0.32 0.00
461_L 132_H 1.11 0.31 0.00
362_I 571_A 1.11 0.31 0.00
498_P 506_V 1.10 0.30 0.00
72_Q 249_G 1.09 0.30 0.00
430_N 458_I 1.09 0.30 0.00
82_L 364_V 1.09 0.30 0.00
71_E 133_K 1.08 0.29 0.00
498_P 160_F 1.07 0.29 0.00
107_T 241_L 1.07 0.28 0.00
231_H 345_V 1.07 0.28 0.00
474_M 98_A 1.05 0.27 0.00
72_Q 250_R 1.05 0.27 0.00
400_I 364_V 1.05 0.27 0.00
404_P 583_E 1.04 0.27 0.00
477_T 408_V 1.03 0.26 0.00
553_V 455_V 1.03 0.26 0.00
362_I 290_L 1.02 0.25 0.00
409_A 295_W 1.02 0.25 0.00
94_K 172_L 1.02 0.25 0.00
543_E 588_L 1.01 0.24 0.00
122_F 196_E 1.01 0.24 0.00
312_E 24_A 1.00 0.24 0.00
145_L 156_S 1.00 0.24 0.00
535_I 531_K 0.99 0.24 0.00
323_V 490_P 0.99 0.24 0.00
420_L 113_I 0.99 0.23 0.00
477_T 168_F 0.99 0.23 0.00
311_L 385_P 0.99 0.23 0.00
149_N 518_W 0.99 0.23 0.00
276_Y 549_I 0.98 0.23 0.00
496_K 126_E 0.98 0.23 0.00
384_K 268_M 0.98 0.23 0.00
332_E 173_A 0.97 0.23 0.00
399_I 453_T 0.97 0.23 0.00
379_L 177_G 0.97 0.23 0.00
276_Y 435_V 0.97 0.22 0.00
286_A 391_A 0.97 0.22 0.00
82_L 71_Q 0.97 0.22 0.00
474_M 255_D 0.96 0.22 0.00
35_D 71_Q 0.96 0.22 0.00
455_I 406_G 0.96 0.22 0.00
84_C 359_P 0.96 0.22 0.00
159_S 460_P 0.96 0.22 0.00
18_A 589_R 0.96 0.22 0.00
59_Q 188_V 0.96 0.22 0.00
179_E 588_L 0.95 0.21 0.00
463_A 146_T 0.95 0.21 0.00
80_M 518_W 0.95 0.21 0.00
237_F 376_L 0.95 0.21 0.00
129_N 424_F 0.95 0.21 0.00
378_G 152_S 0.95 0.21 0.00
555_A 377_I 0.94 0.21 0.00
32_I 368_P 0.94 0.21 0.00
154_N 558_M 0.94 0.21 0.00
455_I 42_G 0.94 0.21 0.00
107_T 329_V 0.94 0.21 0.00
32_I 555_A 0.94 0.20 0.00
43_G 71_Q 0.94 0.20 0.00
437_F 104_K 0.94 0.20 0.00
122_F 165_G 0.93 0.20 0.00
311_L 548_H 0.93 0.20 0.00
389_D 42_G 0.93 0.20 0.00
15_L 71_Q 0.93 0.20 0.00
15_L 233_K 0.93 0.20 0.00
289_V 53_A 0.92 0.20 0.00
125_I 580_A 0.92 0.20 0.00
367_I 303_T 0.92 0.20 0.00
505_L 362_D 0.92 0.20 0.00
163_E 131_L 0.92 0.20 0.00
116_N 518_W 0.92 0.19 0.00
433_A 487_F 0.92 0.19 0.00
492_G 117_S 0.92 0.19 0.00
470_E 147_A 0.91 0.19 0.00
320_K 295_W 0.91 0.19 0.00
545_G 198_R 0.91 0.19 0.00
394_A 458_I 0.91 0.19 0.00
24_E 50_A 0.91 0.19 0.00
220_V 123_E 0.91 0.19 0.00
445_A 391_A 0.91 0.19 0.00
436_S 512_T 0.91 0.19 0.00
27_Y 469_A 0.91 0.19 0.00
228_I 551_V 0.90 0.19 0.00
98_A 387_L 0.90 0.19 0.00
129_N 430_E 0.90 0.19 0.00
136_M 288_K 0.90 0.19 0.00
367_I 229_S 0.90 0.19 0.00
277_L 579_E 0.89 0.18 0.00
236_N 247_I 0.89 0.18 0.00
425_T 208_R 0.89 0.18 0.00
534_L 443_D 0.89 0.18 0.00
265_K 570_I 0.89 0.18 0.00
163_E 363_M 0.89 0.18 0.00
312_E 42_G 0.89 0.18 0.00
318_T 458_I 0.88 0.18 0.00
37_N 80_E 0.88 0.18 0.00
251_L 434_E 0.88 0.18 0.00
406_S 192_A 0.88 0.17 0.00
491_V 40_F 0.87 0.17 0.00
492_G 406_G 0.87 0.17 0.00
43_G 99_G 0.87 0.17 0.00
343_G 499_Q 0.87 0.17 0.00
433_A 437_V 0.87 0.17 0.00
447_A 76_R 0.86 0.17 0.00
317_E 268_M 0.86 0.17 0.00
144_A 543_I 0.86 0.17 0.00
257_L 240_S 0.86 0.17 0.00
177_I 424_F 0.86 0.17 0.00
102_F 537_A 0.85 0.16 0.00
103_A 288_K 0.85 0.16 0.00
92_T 490_P 0.85 0.16 0.00
436_S 464_I 0.85 0.16 0.00
68_E 250_R 0.85 0.16 0.00
356_W 119_Q 0.85 0.16 0.00
500_R 33_L 0.85 0.16 0.00
272_S 313_E 0.85 0.16 0.00
90_V 575_G 0.85 0.16 0.00
403_V 126_E 0.85 0.16 0.00
507_G 233_K 0.85 0.16 0.00
70_A 191_Q 0.85 0.16 0.00
461_L 269_R 0.85 0.16 0.00
414_I 482_K 0.84 0.16 0.00
165_Q 455_V 0.84 0.16 0.00
317_E 166_K 0.84 0.16 0.00
145_L 137_S 0.84 0.16 0.00
504_H 124_P 0.84 0.16 0.00
289_V 406_G 0.84 0.16 0.00
142_L 477_D 0.84 0.16 0.00
491_V 201_V 0.84 0.16 0.00
289_V 148_F 0.84 0.16 0.00
24_E 75_A 0.84 0.16 0.00
497_A 163_Q 0.84 0.16 0.00
103_A 332_Y 0.84 0.16 0.00
346_I 248_T 0.84 0.16 0.00
521_N 244_N 0.84 0.16 0.00
421_M 336_T 0.84 0.16 0.00
489_A 352_Q 0.84 0.16 0.00
70_A 138_K 0.84 0.16 0.00
166_L 296_L 0.83 0.16 0.00
415_A 324_N 0.83 0.16 0.00
84_C 127_E 0.83 0.16 0.00
312_E 148_F 0.83 0.16 0.00
158_T 530_D 0.83 0.15 0.00
447_A 198_R 0.83 0.15 0.00
289_V 423_S 0.83 0.15 0.00
393_T 356_A 0.83 0.15 0.00
159_S 532_L 0.83 0.15 0.00
403_V 569_V 0.83 0.15 0.00
407_E 478_E 0.83 0.15 0.00
110_G 505_Y 0.82 0.15 0.00
403_V 560_K 0.82 0.15 0.00
276_Y 64_I 0.82 0.15 0.00
71_E 438_F 0.82 0.15 0.00
503_L 385_P 0.82 0.15 0.00
94_K 549_I 0.82 0.15 0.00
319_F 565_A 0.82 0.15 0.00
156_L 483_N 0.82 0.15 0.00
484_G 423_S 0.82 0.15 0.00
552_T 67_I 0.82 0.15 0.00
308_K 114_V 0.82 0.15 0.00
15_L 368_P 0.82 0.15 0.00
544_A 583_E 0.81 0.15 0.00
177_I 170_S 0.81 0.15 0.00
456_D 39_Y 0.81 0.15 0.00
235_M 516_L 0.81 0.15 0.00
550_D 585_L 0.81 0.15 0.00
130_V 186_A 0.81 0.15 0.00
144_A 580_A 0.81 0.15 0.00
401_A 349_A 0.81 0.15 0.00
522_I 530_D 0.81 0.15 0.00
324_E 41_W 0.81 0.15 0.00
171_Y 302_V 0.81 0.15 0.00
381_E 268_M 0.81 0.14 0.00
273_E 23_A 0.81 0.14 0.00
93_T 263_L 0.81 0.14 0.00
71_E 121_E 0.80 0.14 0.00
81_L 13_L 0.80 0.14 0.00
145_L 36_V 0.80 0.14 0.00
159_S 467_F 0.80 0.14 0.00
425_T 342_L 0.80 0.14 0.00
238_V 115_V 0.80 0.14 0.00
40_L 516_L 0.80 0.14 0.00
437_F 58_A 0.80 0.14 0.00
40_L 100_D 0.80 0.14 0.00
507_G 391_A 0.80 0.14 0.00
436_S 78_V 0.80 0.14 0.00
433_A 95_L 0.80 0.14 0.00
102_F 532_L 0.80 0.14 0.00
319_F 278_V 0.80 0.14 0.00
301_D 66_I 0.79 0.14 0.00
477_T 446_R 0.79 0.14 0.00
68_E 249_G 0.79 0.14 0.00
253_V 338_S 0.79 0.14 0.00
271_A 66_I 0.79 0.14 0.00
392_I 436_R 0.79 0.14 0.00
251_L 208_R 0.79 0.14 0.00
84_C 13_L 0.79 0.14 0.00
277_L 272_P 0.79 0.14 0.00
535_I 539_L 0.79 0.14 0.00
363_E 424_F 0.79 0.14 0.00
500_R 119_Q 0.78 0.14 0.00
272_S 435_V 0.78 0.14 0.00
536_G 291_V 0.78 0.14 0.00
298_N 572_E 0.78 0.14 0.00
272_S 42_G 0.78 0.14 0.00
312_E 516_L 0.78 0.14 0.00
529_A 577_D 0.78 0.13 0.00
132_P 421_A 0.78 0.13 0.00
545_G 284_P 0.78 0.13 0.00
36_L 42_G 0.78 0.13 0.00
231_H 313_E 0.78 0.13 0.00
312_E 514_I 0.77 0.13 0.00
394_A 16_E 0.77 0.13 0.00
400_I 302_V 0.77 0.13 0.00
410_K 278_V 0.77 0.13 0.00
476_V 98_A 0.77 0.13 0.00
473_V 452_E 0.77 0.13 0.00
120_F 502_W 0.77 0.13 0.00
269_R 86_L 0.77 0.13 0.00
507_G 234_D 0.77 0.13 0.00
288_A 490_P 0.77 0.13 0.00
318_T 471_M 0.77 0.13 0.00
436_S 202_V 0.77 0.13 0.00
290_V 149_A 0.77 0.13 0.00
84_C 41_W 0.77 0.13 0.00
489_A 234_D 0.77 0.13 0.00
172_E 361_V 0.77 0.13 0.00
534_L 342_L 0.77 0.13 0.00
349_V 66_I 0.77 0.13 0.00
404_P 482_K 0.76 0.13 0.00
118_Q 472_Q 0.76 0.13 0.00
260_E 188_V 0.76 0.13 0.00
137_L 434_E 0.76 0.13 0.00
505_L 172_L 0.76 0.13 0.00
18_A 99_G 0.76 0.13 0.00
331_F 329_V 0.76 0.13 0.00
394_A 347_D 0.76 0.13 0.00
113_R 359_P 0.76 0.13 0.00
308_K 514_I 0.76 0.13 0.00
325_R 471_M 0.76 0.13 0.00
493_L 286_L 0.76 0.13 0.00
77_R 244_N 0.76 0.13 0.00
40_L 409_R 0.76 0.13 0.00
400_I 292_E 0.76 0.13 0.00
388_G 314_A 0.76 0.13 0.00
553_V 37_S 0.76 0.13 0.00
504_H 384_T 0.76 0.13 0.00
102_F 580_A 0.76 0.13 0.00
103_A 471_M 0.76 0.13 0.00
129_N 432_E 0.76 0.13 0.00
311_L 18_L 0.76 0.13 0.00
492_G 487_F 0.76 0.13 0.00
311_L 403_V 0.76 0.13 0.00
323_V 539_L 0.76 0.13 0.00
551_F 363_M 0.76 0.13 0.00
311_L 538_E 0.75 0.12 0.00
291_T 129_V 0.75 0.12 0.00
42_G 483_N 0.75 0.12 0.00
489_A 493_T 0.75 0.12 0.00
39_G 76_R 0.75 0.12 0.00
107_T 443_D 0.75 0.12 0.00
470_E 291_V 0.75 0.12 0.00
90_V 439_I 0.75 0.12 0.00
103_A 387_L 0.75 0.12 0.00
125_I 292_E 0.75 0.12 0.00
405_E 560_K 0.75 0.12 0.00
18_A 494_E 0.75 0.12 0.00
265_K 19_A 0.75 0.12 0.00
432_M 591_E 0.75 0.12 0.00
206_I 137_S 0.75 0.12 0.00
406_S 482_K 0.75 0.12 0.00
413_K 207_S 0.75 0.12 0.00
125_I 455_V 0.75 0.12 0.00
544_A 526_V 0.75 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14016 0.59 cysi_cysj_e-2 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
14015 0.39 cysi_cysj Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.09 Done - Shared
Page generated in 0.1819 seconds.