May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
CdaA-CdaR
Genes: A B A+B
Length: 273 483 672
Sequences: 1178 425 383
Seq/Len: 4.32 0.88 0.57
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.51
2 0.00 0.00 0.51
5 0.00 0.00 0.51
10 0.00 0.00 0.51
20 0.00 0.00 0.51
100 0.00 0.00 0.51
∞ 0.01 0.00 0.51
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
22_W 16_L 2.68 0.98 0.97
25_I 18_F 1.72 0.75 0.56
22_W 19_A 1.63 0.70 0.48
19_L 16_L 1.60 0.68 0.45
214_T 82_S 1.56 0.65 0.41
113_I 382_D 1.47 0.58 0.33
181_I 380_L 1.40 0.53 0.28
15_A 285_L 1.36 0.49 0.24
46_V 332_K 1.36 0.49 0.24
174_V 133_V 1.35 0.48 0.23
92_L 6_N 1.32 0.46 0.22
150_L 53_T 1.30 0.45 0.20
240_L 14_I 1.30 0.44 0.20
15_A 290_K 1.30 0.44 0.20
271_K 263_V 1.27 0.42 0.18
22_W 363_I 1.25 0.41 0.17
207_A 128_P 1.25 0.41 0.17
16_V 265_V 1.24 0.40 0.16
155_S 7_N 1.23 0.39 0.15
220_I 166_V 1.22 0.38 0.15
267_W 1_M 1.22 0.38 0.15
150_L 148_E 1.21 0.38 0.15
146_T 300_L 1.21 0.38 0.14
30_M 11_V 1.20 0.37 0.14
33_R 268_S 1.20 0.37 0.14
39_Q 107_G 1.19 0.36 0.13
88_A 250_G 1.18 0.36 0.13
133_T 23_Y 1.18 0.35 0.13
210_I 237_V 1.17 0.34 0.12
243_E 408_I 1.17 0.34 0.12
155_S 140_T 1.16 0.34 0.12
152_A 340_Q 1.16 0.34 0.12
80_I 308_S 1.15 0.33 0.12
240_L 260_P 1.15 0.33 0.12
140_M 205_V 1.15 0.33 0.11
111_K 367_K 1.14 0.32 0.11
185_A 74_T 1.13 0.32 0.11
191_S 241_I 1.13 0.32 0.11
17_D 299_P 1.13 0.32 0.10
241_T 397_V 1.12 0.31 0.10
217_L 89_A 1.12 0.31 0.10
155_S 216_P 1.12 0.31 0.10
61_T 99_A 1.11 0.30 0.10
133_T 176_S 1.11 0.30 0.10
54_S 280_G 1.10 0.30 0.09
217_L 198_T 1.10 0.29 0.09
217_L 263_V 1.08 0.29 0.09
141_G 331_I 1.08 0.28 0.09
176_M 356_A 1.08 0.28 0.09
23_Y 174_T 1.07 0.28 0.08
175_I 227_T 1.07 0.28 0.08
13_G 297_D 1.06 0.27 0.08
47_I 227_T 1.06 0.27 0.08
207_A 109_H 1.05 0.27 0.08
235_D 133_V 1.05 0.26 0.08
217_L 226_I 1.05 0.26 0.07
25_I 239_F 1.05 0.26 0.07
265_W 43_P 1.04 0.26 0.07
44_I 171_V 1.04 0.26 0.07
77_I 354_V 1.04 0.26 0.07
116_I 245_G 1.04 0.26 0.07
187_Y 12_K 1.04 0.26 0.07
267_W 265_V 1.03 0.26 0.07
264_R 42_F 1.03 0.26 0.07
219_I 317_E 1.03 0.25 0.07
20_L 319_D 1.03 0.25 0.07
264_R 43_P 1.03 0.25 0.07
46_V 116_K 1.02 0.25 0.07
65_L 20_L 1.02 0.25 0.07
44_I 198_T 1.02 0.24 0.07
181_I 400_S 1.02 0.24 0.07
220_I 70_G 1.02 0.24 0.07
59_L 280_G 1.02 0.24 0.07
142_D 149_Y 1.02 0.24 0.07
78_I 408_I 1.02 0.24 0.07
240_L 190_V 1.01 0.24 0.07
240_L 16_L 1.01 0.24 0.07
65_L 298_I 1.01 0.24 0.06
85_L 168_P 1.01 0.24 0.06
34_G 66_Y 1.00 0.24 0.06
41_L 194_N 1.00 0.24 0.06
179_N 263_V 1.00 0.24 0.06
228_V 54_D 1.00 0.23 0.06
144_I 259_S 1.00 0.23 0.06
42_K 81_G 0.99 0.23 0.06
36_K 124_I 0.99 0.23 0.06
24_V 147_V 0.99 0.23 0.06
220_I 343_E 0.99 0.23 0.06
78_I 79_I 0.99 0.23 0.06
187_Y 66_Y 0.98 0.23 0.06
127_R 304_V 0.98 0.22 0.06
193_S 95_F 0.98 0.22 0.06
265_W 349_S 0.98 0.22 0.06
79_I 223_V 0.97 0.22 0.06
94_R 81_G 0.97 0.22 0.05
122_Y 2_D 0.97 0.22 0.05
220_I 143_F 0.97 0.22 0.05
219_I 284_D 0.97 0.22 0.05
48_V 324_Q 0.97 0.22 0.05
152_A 211_D 0.97 0.22 0.05
79_I 108_T 0.96 0.21 0.05
240_L 238_P 0.96 0.21 0.05
36_K 50_A 0.96 0.21 0.05
14_N 23_Y 0.96 0.21 0.05
27_K 168_P 0.96 0.21 0.05
53_A 278_I 0.96 0.21 0.05
123_M 338_S 0.95 0.21 0.05
23_Y 319_D 0.95 0.21 0.05
29_I 226_I 0.95 0.21 0.05
187_Y 29_N 0.95 0.21 0.05
113_I 182_N 0.95 0.21 0.05
150_L 178_N 0.95 0.21 0.05
58_G 255_N 0.95 0.21 0.05
20_L 366_L 0.95 0.21 0.05
56_Y 339_S 0.95 0.21 0.05
144_I 179_V 0.95 0.21 0.05
124_A 374_Y 0.95 0.21 0.05
214_T 181_D 0.95 0.20 0.05
41_L 158_G 0.94 0.20 0.05
181_I 331_I 0.94 0.20 0.05
75_L 61_Y 0.94 0.20 0.05
214_T 138_R 0.94 0.20 0.05
49_L 298_I 0.94 0.20 0.05
78_I 18_F 0.94 0.20 0.05
73_G 286_S 0.94 0.20 0.05
70_I 379_D 0.94 0.20 0.05
97_F 367_K 0.94 0.20 0.05
219_I 96_E 0.94 0.20 0.04
218_T 183_I 0.94 0.20 0.04
113_I 249_D 0.93 0.20 0.04
231_A 394_P 0.93 0.20 0.04
45_V 289_N 0.93 0.20 0.04
220_I 142_S 0.93 0.20 0.04
49_L 165_I 0.93 0.20 0.04
167_T 209_D 0.93 0.20 0.04
263_N 349_S 0.93 0.20 0.04
228_V 112_E 0.92 0.19 0.04
14_N 83_T 0.92 0.19 0.04
74_F 376_N 0.92 0.19 0.04
217_L 354_V 0.92 0.19 0.04
22_W 202_E 0.92 0.19 0.04
152_A 314_L 0.92 0.19 0.04
123_M 205_V 0.92 0.19 0.04
216_S 13_I 0.92 0.19 0.04
208_V 96_E 0.92 0.19 0.04
79_I 230_V 0.92 0.19 0.04
65_L 317_E 0.91 0.19 0.04
243_E 184_S 0.91 0.19 0.04
150_L 103_H 0.91 0.19 0.04
176_M 226_I 0.91 0.19 0.04
75_L 74_T 0.91 0.19 0.04
220_I 52_L 0.91 0.19 0.04
157_E 183_I 0.91 0.19 0.04
142_D 230_V 0.91 0.18 0.04
22_W 13_I 0.91 0.18 0.04
12_L 133_V 0.90 0.18 0.04
217_L 162_E 0.90 0.18 0.04
68_Q 75_V 0.90 0.18 0.04
150_L 182_N 0.90 0.18 0.04
228_V 160_S 0.90 0.18 0.04
97_F 124_I 0.90 0.18 0.04
152_A 97_I 0.90 0.18 0.04
119_A 297_D 0.90 0.18 0.04
16_V 273_D 0.90 0.18 0.04
271_K 138_R 0.90 0.18 0.04
207_A 367_K 0.90 0.18 0.04
116_I 397_V 0.90 0.18 0.04
241_T 360_P 0.90 0.18 0.04
82_Q 267_G 0.90 0.18 0.04
155_S 302_D 0.89 0.18 0.04
164_I 34_P 0.89 0.18 0.04
12_L 312_V 0.89 0.18 0.04
35_T 174_T 0.89 0.18 0.04
142_D 265_V 0.89 0.18 0.04
53_A 272_L 0.89 0.18 0.04
79_I 248_P 0.89 0.18 0.04
176_M 213_N 0.89 0.18 0.04
142_D 326_F 0.89 0.18 0.04
118_K 316_I 0.89 0.17 0.04
64_W 26_V 0.89 0.17 0.04
69_A 384_E 0.88 0.17 0.04
217_L 139_T 0.88 0.17 0.04
57_L 55_I 0.88 0.17 0.04
24_V 236_K 0.88 0.17 0.04
29_I 18_F 0.88 0.17 0.04
191_S 166_V 0.88 0.17 0.04
106_E 58_K 0.88 0.17 0.04
37_A 158_G 0.88 0.17 0.03
132_L 56_P 0.88 0.17 0.03
191_S 168_P 0.88 0.17 0.03
183_A 167_S 0.88 0.17 0.03
70_I 278_I 0.88 0.17 0.03
23_Y 94_N 0.88 0.17 0.03
31_V 151_N 0.88 0.17 0.03
250_E 354_V 0.87 0.17 0.03
36_K 18_F 0.87 0.17 0.03
53_A 194_N 0.87 0.17 0.03
186_C 158_G 0.87 0.17 0.03
216_S 105_K 0.87 0.17 0.03
42_K 7_N 0.87 0.17 0.03
16_V 283_L 0.87 0.17 0.03
68_Q 80_K 0.87 0.17 0.03
243_E 22_L 0.87 0.17 0.03
28_L 375_V 0.87 0.17 0.03
246_K 408_I 0.87 0.17 0.03
80_I 221_P 0.87 0.17 0.03
20_L 153_S 0.87 0.17 0.03
136_R 341_N 0.87 0.17 0.03
181_I 364_N 0.87 0.17 0.03
46_V 316_I 0.87 0.17 0.03
79_I 109_H 0.87 0.17 0.03
34_G 221_P 0.87 0.17 0.03
78_I 25_A 0.86 0.17 0.03
33_R 365_K 0.86 0.17 0.03
79_I 53_T 0.86 0.17 0.03
207_A 124_I 0.86 0.17 0.03
89_L 235_K 0.86 0.17 0.03
119_A 57_V 0.86 0.16 0.03
161_N 158_G 0.86 0.16 0.03
81_F 168_P 0.86 0.16 0.03
59_L 11_V 0.86 0.16 0.03
76_A 299_P 0.86 0.16 0.03
74_F 124_I 0.86 0.16 0.03
155_S 398_T 0.86 0.16 0.03
181_I 353_D 0.86 0.16 0.03
65_L 341_N 0.86 0.16 0.03
152_A 260_P 0.86 0.16 0.03
44_I 235_K 0.85 0.16 0.03
29_I 49_E 0.85 0.16 0.03
42_K 376_N 0.85 0.16 0.03
150_L 351_A 0.85 0.16 0.03
243_E 163_Q 0.85 0.16 0.03
79_I 129_S 0.85 0.16 0.03
46_V 285_L 0.85 0.16 0.03
10_Q 16_L 0.85 0.16 0.03
191_S 68_V 0.85 0.16 0.03
23_Y 54_D 0.85 0.16 0.03
186_C 80_K 0.85 0.16 0.03
117_T 257_E 0.85 0.16 0.03
47_I 218_D 0.85 0.16 0.03
232_K 75_V 0.84 0.16 0.03
236_L 77_V 0.84 0.16 0.03
44_I 338_S 0.84 0.16 0.03
207_A 221_P 0.84 0.16 0.03
15_A 234_S 0.84 0.16 0.03
100_R 13_I 0.84 0.16 0.03
181_I 155_M 0.84 0.16 0.03
79_I 300_L 0.84 0.16 0.03
134_I 79_I 0.84 0.16 0.03
17_D 131_T 0.84 0.16 0.03
220_I 182_N 0.84 0.16 0.03
139_G 145_V 0.84 0.16 0.03
230_V 164_P 0.84 0.16 0.03
56_Y 191_N 0.84 0.16 0.03
58_G 112_E 0.84 0.16 0.03
117_T 63_D 0.84 0.15 0.03
248_M 99_A 0.84 0.15 0.03
48_V 344_F 0.84 0.15 0.03
75_L 59_A 0.84 0.15 0.03
52_M 389_L 0.84 0.15 0.03
95_G 99_A 0.84 0.15 0.03
266_Y 284_D 0.84 0.15 0.03
70_I 176_S 0.83 0.15 0.03
265_W 42_F 0.83 0.15 0.03
38_V 61_Y 0.83 0.15 0.03
181_I 17_L 0.83 0.15 0.03
113_I 378_S 0.83 0.15 0.03
23_Y 285_L 0.83 0.15 0.03
183_A 113_L 0.83 0.15 0.03
177_K 23_Y 0.83 0.15 0.03
192_E 99_A 0.83 0.15 0.03
256_N 331_I 0.83 0.15 0.03
67_D 230_V 0.83 0.15 0.03
208_V 270_D 0.83 0.15 0.03
220_I 256_I 0.83 0.15 0.03
16_V 294_I 0.83 0.15 0.03
75_L 283_L 0.83 0.15 0.03
220_I 279_D 0.83 0.15 0.03
96_R 213_N 0.83 0.15 0.03
57_L 395_Q 0.83 0.15 0.03
74_F 119_S 0.83 0.15 0.03
228_V 181_D 0.83 0.15 0.03
142_D 94_N 0.83 0.15 0.03
77_I 194_N 0.83 0.15 0.03
197_S 382_D 0.83 0.15 0.03
16_V 367_K 0.83 0.15 0.03
64_W 85_A 0.82 0.15 0.03
46_V 346_D 0.82 0.15 0.03
27_K 273_D 0.82 0.15 0.03
70_I 139_T 0.82 0.15 0.03
157_E 168_P 0.82 0.15 0.03
18_I 390_E 0.82 0.15 0.03
52_M 239_F 0.82 0.15 0.03
32_I 15_A 0.82 0.15 0.03
55_Q 83_T 0.82 0.15 0.03
143_Y 57_V 0.82 0.15 0.03
228_V 95_F 0.82 0.15 0.03
25_I 130_V 0.82 0.15 0.03
137_D 230_V 0.82 0.15 0.03
127_R 7_N 0.82 0.15 0.03
25_I 22_L 0.82 0.15 0.03
22_W 200_E 0.82 0.15 0.03
79_I 9_W 0.82 0.15 0.03
92_L 155_M 0.82 0.15 0.03
231_A 387_V 0.82 0.15 0.03
65_L 368_K 0.82 0.15 0.03
29_I 359_S 0.82 0.15 0.03
59_L 81_G 0.82 0.15 0.03
60_S 375_V 0.82 0.15 0.03
51_R 23_Y 0.82 0.15 0.03
57_L 352_I 0.82 0.15 0.03
32_I 388_K 0.81 0.14 0.03
46_V 248_P 0.81 0.14 0.03
120_I 354_V 0.81 0.14 0.03
41_L 257_E 0.81 0.14 0.03
57_L 265_V 0.81 0.14 0.03
78_I 16_L 0.81 0.14 0.03
142_D 286_S 0.81 0.14 0.03
196_I 256_I 0.81 0.14 0.03
105_V 356_A 0.81 0.14 0.03
95_G 158_G 0.81 0.14 0.03
181_I 58_K 0.81 0.14 0.03
174_V 97_I 0.81 0.14 0.03
64_W 291_D 0.81 0.14 0.03
250_E 58_K 0.81 0.14 0.02
178_N 389_L 0.81 0.14 0.02
134_I 18_F 0.81 0.14 0.02
92_L 263_V 0.81 0.14 0.02
128_I 62_D 0.81 0.14 0.02
193_S 68_V 0.81 0.14 0.02
73_G 140_T 0.81 0.14 0.02
176_M 180_I 0.81 0.14 0.02
197_S 278_I 0.81 0.14 0.02
22_W 262_E 0.81 0.14 0.02
22_W 379_D 0.81 0.14 0.02
155_S 269_Q 0.81 0.14 0.02
33_R 147_V 0.81 0.14 0.02
79_I 333_T 0.81 0.14 0.02
31_V 206_T 0.81 0.14 0.02
228_V 11_V 0.81 0.14 0.02
143_Y 205_V 0.81 0.14 0.02
157_E 107_G 0.80 0.14 0.02
141_G 305_K 0.80 0.14 0.02
145_E 228_V 0.80 0.14 0.02
175_I 308_S 0.80 0.14 0.02
161_N 136_Q 0.80 0.14 0.02
55_Q 278_I 0.80 0.14 0.02
56_Y 293_D 0.80 0.14 0.02
57_L 192_L 0.80 0.14 0.02
219_I 52_L 0.80 0.14 0.02
114_E 148_E 0.80 0.14 0.02
151_N 216_P 0.80 0.14 0.02
196_I 146_E 0.80 0.14 0.02
25_I 363_I 0.80 0.14 0.02
40_L 226_I 0.80 0.14 0.02
124_A 315_H 0.80 0.14 0.02
33_R 228_V 0.79 0.14 0.02
139_G 15_A 0.79 0.14 0.02
142_D 9_W 0.79 0.14 0.02
16_V 272_L 0.79 0.14 0.02
187_Y 233_P 0.79 0.14 0.02
233_N 15_A 0.79 0.14 0.02
167_T 12_K 0.79 0.14 0.02
107_E 311_K 0.79 0.14 0.02
113_I 351_A 0.79 0.14 0.02
53_A 13_I 0.79 0.14 0.02
149_P 56_P 0.79 0.14 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0898 seconds.