May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1
Genes: A B A+B
Length: 317 510 778
Sequences: 718 1099 652
Seq/Len: 2.26 2.15 0.84
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.67
2 0.02 0.02 0.69
5 0.04 0.03 0.79
10 0.04 0.04 0.79
20 0.06 0.05 0.79
100 0.07 0.06 0.79
∞ 0.15 0.15 0.80
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
50_Q 51_M 2.22 0.97 0.88
122_Y 111_G 1.55 0.76 0.44
87_E 480_A 1.41 0.65 0.31
252_D 170_R 1.35 0.60 0.27
113_S 62_R 1.32 0.57 0.24
178_L 24_V 1.28 0.54 0.22
286_W 249_G 1.26 0.53 0.20
124_I 50_G 1.24 0.51 0.19
258_A 108_L 1.24 0.50 0.18
116_V 382_T 1.23 0.49 0.18
251_Y 388_A 1.20 0.47 0.16
188_V 393_L 1.18 0.45 0.15
55_C 116_Q 1.16 0.44 0.14
83_V 325_S 1.15 0.42 0.14
51_G 450_N 1.14 0.42 0.13
294_V 453_D 1.14 0.41 0.13
190_I 385_M 1.14 0.41 0.13
280_D 484_R 1.13 0.41 0.13
288_G 174_E 1.13 0.41 0.13
291_N 181_G 1.13 0.41 0.13
70_V 424_S 1.10 0.39 0.12
75_I 92_E 1.10 0.38 0.11
204_V 494_V 1.09 0.38 0.11
59_L 428_Y 1.09 0.38 0.11
149_V 164_E 1.08 0.36 0.10
106_F 314_S 1.07 0.36 0.10
188_V 108_L 1.07 0.36 0.10
3_L 445_S 1.06 0.35 0.10
265_G 371_L 1.06 0.35 0.10
123_C 51_M 1.05 0.34 0.09
89_E 262_F 1.04 0.34 0.09
196_H 187_Q 1.04 0.34 0.09
75_I 300_E 1.04 0.33 0.09
237_F 276_D 1.04 0.33 0.09
237_F 377_A 1.03 0.33 0.09
148_A 70_I 1.03 0.33 0.09
170_G 111_G 1.03 0.33 0.09
169_T 58_I 1.02 0.32 0.08
143_G 276_D 1.02 0.32 0.08
113_S 226_Y 1.02 0.32 0.08
280_D 187_Q 1.02 0.32 0.08
152_V 470_V 1.01 0.31 0.08
113_S 49_G 1.01 0.31 0.08
83_V 138_P 1.01 0.31 0.08
189_N 392_W 1.01 0.31 0.08
111_E 451_P 1.00 0.31 0.08
291_N 102_G 1.00 0.31 0.08
61_N 169_R 1.00 0.30 0.08
161_I 384_Y 1.00 0.30 0.07
209_D 175_M 1.00 0.30 0.07
161_I 436_I 0.98 0.29 0.07
190_I 380_E 0.98 0.29 0.07
113_S 325_S 0.97 0.28 0.07
305_P 392_W 0.97 0.28 0.07
29_V 391_G 0.97 0.28 0.07
254_G 483_I 0.97 0.28 0.07
294_V 276_D 0.97 0.28 0.07
65_P 331_L 0.96 0.28 0.06
161_I 55_F 0.96 0.27 0.06
154_T 180_G 0.96 0.27 0.06
168_E 58_I 0.96 0.27 0.06
55_C 77_V 0.96 0.27 0.06
58_T 74_I 0.95 0.27 0.06
150_L 92_E 0.95 0.27 0.06
96_R 432_K 0.95 0.27 0.06
67_I 290_A 0.95 0.27 0.06
293_C 79_P 0.95 0.27 0.06
107_F 326_L 0.95 0.27 0.06
303_V 248_V 0.95 0.26 0.06
246_P 328_V 0.94 0.26 0.06
293_C 120_L 0.94 0.26 0.06
16_V 450_N 0.94 0.26 0.06
86_W 429_V 0.94 0.26 0.06
114_V 385_M 0.94 0.26 0.06
289_G 249_G 0.94 0.26 0.06
94_H 116_Q 0.93 0.26 0.06
237_F 336_V 0.93 0.25 0.06
93_E 424_S 0.93 0.25 0.06
48_Q 52_Y 0.93 0.25 0.06
58_T 212_K 0.93 0.25 0.05
85_A 131_V 0.92 0.25 0.05
287_N 177_A 0.92 0.25 0.05
293_C 169_R 0.92 0.25 0.05
288_G 245_A 0.92 0.25 0.05
191_P 179_F 0.92 0.25 0.05
53_T 72_Q 0.92 0.25 0.05
144_P 435_K 0.92 0.24 0.05
188_V 420_A 0.91 0.24 0.05
198_D 201_E 0.91 0.24 0.05
201_V 321_Y 0.91 0.24 0.05
279_A 327_E 0.91 0.24 0.05
174_V 41_K 0.91 0.24 0.05
313_P 470_V 0.90 0.24 0.05
70_V 445_S 0.90 0.23 0.05
261_T 44_D 0.90 0.23 0.05
172_T 71_V 0.90 0.23 0.05
62_S 301_G 0.90 0.23 0.05
204_V 95_G 0.90 0.23 0.05
117_E 445_S 0.90 0.23 0.05
178_L 157_A 0.90 0.23 0.05
98_V 289_F 0.90 0.23 0.05
29_V 450_N 0.90 0.23 0.05
84_M 483_I 0.90 0.23 0.05
55_C 120_L 0.90 0.23 0.05
298_V 504_V 0.90 0.23 0.05
161_I 429_V 0.90 0.23 0.05
57_V 243_K 0.89 0.23 0.05
236_F 179_F 0.89 0.23 0.05
47_L 454_D 0.89 0.23 0.05
291_N 173_H 0.89 0.23 0.05
305_P 494_V 0.89 0.23 0.05
152_V 189_Q 0.89 0.22 0.04
113_S 212_K 0.89 0.22 0.04
282_F 52_Y 0.88 0.22 0.04
286_W 333_R 0.88 0.22 0.04
273_K 244_A 0.88 0.22 0.04
19_F 311_G 0.88 0.22 0.04
124_I 428_Y 0.88 0.22 0.04
69_D 41_K 0.88 0.22 0.04
267_R 99_P 0.88 0.22 0.04
300_I 69_Q 0.87 0.22 0.04
286_W 187_Q 0.87 0.22 0.04
172_T 207_A 0.87 0.21 0.04
150_L 228_I 0.87 0.21 0.04
252_D 178_L 0.87 0.21 0.04
70_V 194_A 0.86 0.21 0.04
276_M 111_G 0.86 0.21 0.04
87_E 484_R 0.86 0.21 0.04
50_Q 494_V 0.86 0.21 0.04
3_L 459_G 0.86 0.21 0.04
73_K 385_M 0.86 0.21 0.04
199_W 187_Q 0.86 0.21 0.04
156_A 278_S 0.86 0.21 0.04
286_W 181_G 0.86 0.21 0.04
116_V 100_N 0.86 0.21 0.04
231_G 472_D 0.85 0.21 0.04
55_C 169_R 0.85 0.20 0.04
67_I 245_A 0.85 0.20 0.04
208_L 469_P 0.85 0.20 0.04
49_G 333_R 0.85 0.20 0.04
156_A 284_V 0.85 0.20 0.04
23_Q 19_I 0.85 0.20 0.04
61_N 216_F 0.85 0.20 0.04
218_G 62_R 0.85 0.20 0.04
250_K 21_I 0.85 0.20 0.04
197_P 194_A 0.85 0.20 0.04
87_E 212_K 0.85 0.20 0.04
251_Y 87_V 0.85 0.20 0.04
59_L 395_E 0.84 0.20 0.04
148_A 127_A 0.84 0.20 0.04
177_F 435_K 0.84 0.20 0.04
170_G 365_E 0.84 0.20 0.04
86_W 141_P 0.84 0.20 0.04
115_P 132_Q 0.84 0.20 0.04
294_V 119_I 0.84 0.20 0.04
227_L 201_E 0.84 0.20 0.04
59_L 445_S 0.84 0.20 0.04
173_A 109_I 0.84 0.20 0.04
87_E 470_V 0.84 0.20 0.04
203_T 174_E 0.84 0.20 0.04
240_N 449_C 0.83 0.20 0.04
139_L 419_E 0.83 0.19 0.04
73_K 181_G 0.83 0.19 0.04
173_A 379_A 0.83 0.19 0.04
77_L 286_Y 0.83 0.19 0.04
111_E 450_N 0.83 0.19 0.04
22_S 110_F 0.83 0.19 0.03
231_G 96_A 0.82 0.19 0.03
253_E 19_I 0.82 0.19 0.03
164_A 70_I 0.82 0.19 0.03
203_T 35_V 0.82 0.19 0.03
77_L 101_N 0.82 0.19 0.03
199_W 381_E 0.82 0.19 0.03
33_L 86_S 0.82 0.19 0.03
164_A 66_D 0.82 0.19 0.03
62_S 92_E 0.82 0.19 0.03
296_N 303_T 0.82 0.19 0.03
173_A 36_V 0.82 0.18 0.03
187_V 322_D 0.81 0.18 0.03
273_K 194_A 0.81 0.18 0.03
147_A 483_I 0.81 0.18 0.03
229_S 269_K 0.81 0.18 0.03
150_L 39_N 0.81 0.18 0.03
281_C 182_R 0.81 0.18 0.03
84_M 206_Y 0.81 0.18 0.03
287_N 465_L 0.81 0.18 0.03
98_V 108_L 0.81 0.18 0.03
190_I 359_K 0.81 0.18 0.03
160_G 451_P 0.81 0.18 0.03
3_L 350_K 0.81 0.18 0.03
311_K 138_P 0.81 0.18 0.03
7_D 160_D 0.81 0.18 0.03
285_K 299_K 0.81 0.18 0.03
238_G 332_A 0.81 0.18 0.03
47_L 70_I 0.80 0.18 0.03
258_A 51_M 0.80 0.18 0.03
148_A 398_A 0.80 0.18 0.03
234_T 459_G 0.80 0.18 0.03
61_N 173_H 0.80 0.18 0.03
151_A 280_I 0.80 0.18 0.03
31_E 389_I 0.80 0.18 0.03
187_V 441_I 0.80 0.18 0.03
7_D 436_I 0.80 0.18 0.03
307_F 186_V 0.80 0.17 0.03
241_I 459_G 0.80 0.17 0.03
244_N 460_A 0.80 0.17 0.03
158_Y 291_E 0.80 0.17 0.03
60_L 204_V 0.80 0.17 0.03
122_Y 134_P 0.80 0.17 0.03
168_E 396_I 0.79 0.17 0.03
304_E 123_Y 0.79 0.17 0.03
197_P 450_N 0.79 0.17 0.03
287_N 381_E 0.79 0.17 0.03
260_F 19_I 0.79 0.17 0.03
76_S 421_P 0.79 0.17 0.03
54_G 275_F 0.79 0.17 0.03
26_H 350_K 0.79 0.17 0.03
300_I 266_V 0.79 0.17 0.03
237_F 485_A 0.78 0.17 0.03
174_V 128_Q 0.78 0.17 0.03
4_T 280_I 0.78 0.17 0.03
60_L 428_Y 0.78 0.17 0.03
278_M 322_D 0.78 0.17 0.03
198_D 57_T 0.78 0.17 0.03
86_W 240_Q 0.78 0.17 0.03
64_H 208_A 0.78 0.17 0.03
12_C 452_R 0.78 0.17 0.03
114_V 262_F 0.78 0.17 0.03
280_D 102_G 0.78 0.17 0.03
287_N 320_R 0.78 0.17 0.03
237_F 255_N 0.78 0.17 0.03
154_T 326_L 0.78 0.17 0.03
70_V 230_S 0.78 0.16 0.03
173_A 266_V 0.78 0.16 0.03
218_G 328_V 0.78 0.16 0.03
10_K 47_L 0.78 0.16 0.03
149_V 445_S 0.77 0.16 0.03
286_W 74_I 0.77 0.16 0.03
187_V 74_I 0.77 0.16 0.03
187_V 394_K 0.77 0.16 0.03
117_E 264_P 0.77 0.16 0.03
33_L 194_A 0.77 0.16 0.03
122_Y 194_A 0.77 0.16 0.03
171_A 486_F 0.77 0.16 0.03
67_I 167_E 0.77 0.16 0.03
120_G 305_P 0.77 0.16 0.03
144_P 18_T 0.77 0.16 0.03
242_H 488_P 0.77 0.16 0.03
284_R 484_R 0.77 0.16 0.03
134_S 155_N 0.77 0.16 0.03
257_S 88_L 0.77 0.16 0.03
93_E 142_R 0.77 0.16 0.03
309_D 249_G 0.77 0.16 0.03
118_A 40_G 0.76 0.16 0.03
281_C 317_K 0.76 0.16 0.03
68_A 450_N 0.76 0.16 0.03
173_A 418_T 0.76 0.16 0.03
170_G 83_S 0.76 0.16 0.02
110_I 463_E 0.76 0.16 0.02
149_V 470_V 0.76 0.16 0.02
126_G 154_L 0.76 0.16 0.02
69_D 455_M 0.76 0.16 0.02
108_L 464_A 0.76 0.16 0.02
86_W 166_L 0.76 0.16 0.02
156_A 424_S 0.76 0.16 0.02
179_G 24_V 0.76 0.15 0.02
169_T 419_E 0.76 0.15 0.02
55_C 22_D 0.76 0.15 0.02
309_D 62_R 0.76 0.15 0.02
293_C 116_Q 0.76 0.15 0.02
257_S 72_Q 0.76 0.15 0.02
113_S 473_I 0.75 0.15 0.02
19_F 130_F 0.75 0.15 0.02
204_V 220_K 0.75 0.15 0.02
149_V 16_R 0.75 0.15 0.02
158_Y 490_L 0.75 0.15 0.02
118_A 328_V 0.75 0.15 0.02
98_V 499_A 0.75 0.15 0.02
252_D 412_A 0.75 0.15 0.02
286_W 426_L 0.75 0.15 0.02
53_T 30_H 0.75 0.15 0.02
305_P 111_G 0.75 0.15 0.02
29_V 474_Q 0.75 0.15 0.02
209_D 165_A 0.75 0.15 0.02
162_P 58_I 0.75 0.15 0.02
136_V 314_S 0.75 0.15 0.02
136_V 376_V 0.75 0.15 0.02
66_S 179_F 0.74 0.15 0.02
163_A 305_P 0.74 0.15 0.02
171_A 92_E 0.74 0.15 0.02
18_G 208_A 0.74 0.15 0.02
161_I 39_N 0.74 0.15 0.02
196_H 480_A 0.74 0.15 0.02
237_F 424_S 0.74 0.15 0.02
304_E 289_F 0.74 0.15 0.02
188_V 95_G 0.74 0.15 0.02
134_S 99_P 0.74 0.15 0.02
18_G 301_G 0.74 0.15 0.02
237_F 203_L 0.74 0.15 0.02
206_L 142_R 0.74 0.15 0.02
68_A 166_L 0.74 0.15 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.499 seconds.