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OPENSEQ.org
BamA-SurA (A, 1-150)
Genes: A B A+B
Length: 150 428 497
Sequences: 1363 2689 73
Seq/Len: 9.09 6.28 0.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.00
2 0.02 0.04 0.01
5 0.02 0.04 0.02
10 0.02 0.04 0.03
20 0.02 0.04 0.13
100 0.02 0.06 0.47
∞ 0.03 0.20 1.47
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
94_I 42_V 1.87 0.45 0.00
124_S 196_E 1.69 0.35 0.00
42_A 119_A 1.60 0.31 0.00
128_T 194_E 1.58 0.30 0.00
26_V 96_L 1.54 0.28 0.00
83_T 146_V 1.50 0.26 0.00
47_P 379_E 1.41 0.23 0.00
97_I 89_V 1.39 0.22 0.00
122_G 289_H 1.38 0.21 0.00
62_T 365_M 1.37 0.21 0.00
125_L 94_E 1.34 0.20 0.00
122_G 353_F 1.33 0.20 0.00
90_E 358_T 1.32 0.19 0.00
26_V 382_D 1.30 0.19 0.00
122_G 339_G 1.29 0.18 0.00
41_A 285_V 1.29 0.18 0.00
67_F 96_L 1.28 0.18 0.00
26_V 362_K 1.27 0.18 0.00
37_V 89_V 1.25 0.17 0.00
126_D 196_E 1.25 0.17 0.00
28_D 37_V 1.24 0.17 0.00
35_Q 404_R 1.23 0.17 0.00
106_K 87_M 1.23 0.17 0.00
99_F 283_T 1.23 0.16 0.00
41_A 358_T 1.23 0.16 0.00
62_T 135_E 1.23 0.16 0.00
32_E 212_F 1.22 0.16 0.00
94_I 257_G 1.22 0.16 0.00
26_V 343_W 1.22 0.16 0.00
102_N 106_Q 1.19 0.15 0.00
87_Q 100_I 1.19 0.15 0.00
117_S 353_F 1.18 0.15 0.00
127_R 133_R 1.17 0.15 0.00
148_S 379_E 1.17 0.15 0.00
96_S 52_N 1.17 0.15 0.00
73_E 61_P 1.16 0.14 0.00
97_I 405_K 1.15 0.14 0.00
38_A 348_I 1.15 0.14 0.00
39_V 89_V 1.15 0.14 0.00
48_V 143_N 1.15 0.14 0.00
93_T 209_G 1.14 0.14 0.00
85_L 122_G 1.14 0.14 0.00
37_V 194_E 1.13 0.14 0.00
52_D 81_L 1.13 0.14 0.00
43_L 132_I 1.13 0.14 0.00
119_V 132_I 1.12 0.13 0.00
99_F 30_A 1.12 0.13 0.00
64_R 68_H 1.11 0.13 0.00
148_S 98_Q 1.11 0.13 0.00
148_S 370_H 1.10 0.13 0.00
67_F 55_Q 1.10 0.13 0.00
88_V 92_S 1.09 0.13 0.00
42_A 294_P 1.09 0.13 0.00
97_I 252_K 1.09 0.13 0.00
84_L 389_T 1.09 0.12 0.00
65_A 386_V 1.09 0.12 0.00
50_T 115_R 1.08 0.12 0.00
104_S 314_I 1.07 0.12 0.00
88_V 406_F 1.07 0.12 0.00
56_D 188_T 1.07 0.12 0.00
130_I 386_V 1.07 0.12 0.00
75_V 92_S 1.06 0.12 0.00
59_I 243_F 1.06 0.12 0.00
143_S 172_T 1.06 0.12 0.00
50_T 186_N 1.06 0.12 0.00
63_I 30_A 1.06 0.12 0.00
23_G 196_E 1.05 0.12 0.00
26_V 139_S 1.05 0.12 0.00
97_I 391_A 1.05 0.12 0.00
63_I 37_V 1.05 0.12 0.00
82_D 410_A 1.04 0.12 0.00
38_A 263_V 1.04 0.12 0.00
85_L 119_A 1.04 0.12 0.00
82_D 189_S 1.04 0.11 0.00
140_F 288_R 1.04 0.11 0.00
62_T 310_I 1.03 0.11 0.00
64_R 279_N 1.03 0.11 0.00
103_K 359_R 1.02 0.11 0.00
110_L 133_R 1.02 0.11 0.00
133_I 358_T 1.01 0.11 0.00
99_F 366_S 1.01 0.11 0.00
138_E 100_I 1.01 0.11 0.00
31_F 358_T 1.01 0.11 0.00
97_I 243_F 1.01 0.11 0.00
86_V 117_R 1.01 0.11 0.00
117_S 108_N 1.00 0.11 0.00
26_V 98_Q 1.00 0.11 0.00
32_E 85_Q 1.00 0.11 0.00
83_T 212_F 1.00 0.10 0.00
62_T 417_Q 1.00 0.10 0.00
119_V 41_D 1.00 0.10 0.00
42_A 408_E 1.00 0.10 0.00
137_L 337_Q 0.99 0.10 0.00
59_I 47_Q 0.99 0.10 0.00
38_A 41_D 0.99 0.10 0.00
72_F 299_T 0.98 0.10 0.00
106_K 292_L 0.98 0.10 0.00
125_L 176_L 0.98 0.10 0.00
84_L 413_W 0.97 0.10 0.00
130_I 190_D 0.97 0.10 0.00
88_V 285_V 0.97 0.10 0.00
91_R 33_N 0.97 0.10 0.00
117_S 360_L 0.97 0.10 0.00
89_K 74_L 0.97 0.10 0.00
124_S 308_E 0.97 0.10 0.00
97_I 245_Q 0.96 0.10 0.00
68_A 54_A 0.96 0.10 0.00
103_K 71_M 0.95 0.10 0.00
133_I 33_N 0.95 0.10 0.00
46_M 132_I 0.95 0.10 0.00
94_I 100_I 0.95 0.10 0.00
27_K 363_G 0.95 0.10 0.00
94_I 252_K 0.95 0.10 0.00
82_D 260_R 0.95 0.10 0.00
129_T 50_K 0.95 0.09 0.00
143_S 412_S 0.94 0.09 0.00
39_V 402_M 0.94 0.09 0.00
35_Q 352_A 0.94 0.09 0.00
24_F 382_D 0.94 0.09 0.00
150_S 249_T 0.94 0.09 0.00
147_Y 154_P 0.94 0.09 0.00
92_P 57_R 0.94 0.09 0.00
26_V 352_A 0.94 0.09 0.00
52_D 132_I 0.94 0.09 0.00
70_G 84_G 0.94 0.09 0.00
82_D 364_Q 0.94 0.09 0.00
21_A 159_S 0.94 0.09 0.00
77_V 36_V 0.94 0.09 0.00
133_I 285_V 0.93 0.09 0.00
128_T 377_L 0.93 0.09 0.00
43_L 338_G 0.93 0.09 0.00
21_A 250_A 0.93 0.09 0.00
149_A 196_E 0.93 0.09 0.00
72_F 285_V 0.93 0.09 0.00
26_V 276_E 0.92 0.09 0.00
68_A 142_R 0.92 0.09 0.00
120_R 119_A 0.92 0.09 0.00
64_R 312_A 0.92 0.09 0.00
92_P 274_R 0.92 0.09 0.00
76_R 291_L 0.92 0.09 0.00
98_T 380_L 0.92 0.09 0.00
45_S 88_G 0.91 0.09 0.00
44_L 79_I 0.91 0.09 0.00
82_D 360_L 0.91 0.09 0.00
82_D 390_D 0.91 0.09 0.00
41_A 33_N 0.91 0.09 0.00
121_V 394_K 0.91 0.09 0.00
104_S 159_S 0.91 0.09 0.00
43_L 241_G 0.91 0.09 0.00
90_E 374_G 0.91 0.09 0.00
76_R 363_G 0.91 0.09 0.00
55_N 322_A 0.90 0.09 0.00
70_G 381_L 0.90 0.09 0.00
120_R 408_E 0.90 0.09 0.00
35_Q 141_V 0.90 0.09 0.00
54_V 183_L 0.90 0.09 0.00
90_E 285_V 0.90 0.09 0.00
67_F 381_L 0.90 0.09 0.00
85_L 359_R 0.90 0.09 0.00
41_A 153_L 0.90 0.09 0.00
61_N 130_N 0.90 0.09 0.00
62_T 52_N 0.89 0.09 0.00
149_A 363_G 0.89 0.09 0.00
119_V 94_E 0.89 0.09 0.00
77_V 72_E 0.89 0.08 0.00
143_S 353_F 0.89 0.08 0.00
76_R 37_V 0.89 0.08 0.00
130_I 34_N 0.89 0.08 0.00
66_L 307_L 0.89 0.08 0.00
77_V 371_S 0.89 0.08 0.00
36_R 285_V 0.89 0.08 0.00
126_D 195_A 0.89 0.08 0.00
64_R 181_I 0.89 0.08 0.00
99_F 356_A 0.89 0.08 0.00
26_V 416_E 0.89 0.08 0.00
92_P 128_Y 0.89 0.08 0.00
38_A 65_T 0.88 0.08 0.00
86_V 263_V 0.88 0.08 0.00
126_D 35_G 0.88 0.08 0.00
67_F 130_N 0.88 0.08 0.00
44_L 68_H 0.88 0.08 0.00
109_M 189_S 0.88 0.08 0.00
39_V 254_D 0.88 0.08 0.00
83_T 407_S 0.88 0.08 0.00
97_I 312_A 0.88 0.08 0.00
121_V 61_P 0.88 0.08 0.00
21_A 136_M 0.88 0.08 0.00
138_E 395_D 0.88 0.08 0.00
65_A 30_A 0.88 0.08 0.00
98_T 284_E 0.88 0.08 0.00
65_A 82_Q 0.87 0.08 0.00
64_R 373_F 0.87 0.08 0.00
99_F 380_L 0.87 0.08 0.00
42_A 124_N 0.87 0.08 0.00
27_K 254_D 0.87 0.08 0.00
29_I 363_G 0.87 0.08 0.00
106_K 355_D 0.87 0.08 0.00
150_S 291_L 0.87 0.08 0.00
31_F 33_N 0.87 0.08 0.00
72_F 383_T 0.86 0.08 0.00
84_L 390_D 0.86 0.08 0.00
58_D 41_D 0.86 0.08 0.00
142_Y 110_T 0.86 0.08 0.00
133_I 65_T 0.86 0.08 0.00
36_R 358_T 0.86 0.08 0.00
27_K 31_V 0.86 0.08 0.00
65_A 293_K 0.86 0.08 0.00
55_N 179_I 0.86 0.08 0.00
120_R 89_V 0.86 0.08 0.00
122_G 329_S 0.86 0.08 0.00
22_E 141_V 0.85 0.08 0.00
123_E 184_P 0.85 0.08 0.00
142_Y 52_N 0.85 0.08 0.00
115_E 387_D 0.85 0.08 0.00
144_V 246_A 0.85 0.08 0.00
68_A 247_L 0.85 0.08 0.00
32_E 315_K 0.85 0.08 0.00
49_R 114_M 0.85 0.08 0.00
68_A 69_Q 0.85 0.08 0.00
140_F 41_D 0.85 0.08 0.00
128_T 155_Q 0.85 0.08 0.00
94_I 376_H 0.85 0.08 0.00
22_E 77_D 0.85 0.08 0.00
54_V 310_I 0.85 0.08 0.00
116_A 88_G 0.84 0.08 0.00
133_I 187_P 0.84 0.08 0.00
99_F 108_N 0.84 0.08 0.00
46_M 127_T 0.84 0.08 0.00
76_R 295_S 0.84 0.08 0.00
126_D 403_N 0.84 0.08 0.00
137_L 30_A 0.84 0.08 0.00
26_V 35_G 0.84 0.08 0.00
120_R 314_I 0.84 0.08 0.00
72_F 88_G 0.84 0.08 0.00
110_L 355_D 0.84 0.08 0.00
89_K 137_I 0.84 0.08 0.00
54_V 94_E 0.84 0.07 0.00
142_Y 322_A 0.83 0.07 0.00
141_Y 118_L 0.83 0.07 0.00
129_T 390_D 0.83 0.07 0.00
107_D 106_Q 0.83 0.07 0.00
122_G 67_R 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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