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OPENSEQ.org
BamA-SurA
Genes: A B A+B
Length: 810 428 1110
Sequences: 1557 2689 73
Seq/Len: 1.92 6.28 0.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.00
2 0.02 0.04 0.00
5 0.02 0.04 0.01
10 0.02 0.04 0.01
20 0.02 0.04 0.06
100 0.02 0.06 0.22
∞ 0.04 0.20 0.69
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
94_I 42_V 1.73 0.23 0.00
377_L 346_P 1.65 0.20 0.00
271_V 89_V 1.63 0.20 0.00
292_P 324_A 1.54 0.17 0.00
177_I 390_D 1.54 0.17 0.00
421_R 195_A 1.52 0.17 0.00
335_V 55_Q 1.49 0.16 0.00
490_F 290_I 1.46 0.15 0.00
240_I 324_A 1.45 0.15 0.00
718_F 42_V 1.45 0.15 0.00
258_V 79_I 1.43 0.15 0.00
365_L 105_K 1.43 0.14 0.00
83_T 146_V 1.42 0.14 0.00
124_S 196_E 1.37 0.13 0.00
322_V 287_A 1.35 0.13 0.00
196_H 389_T 1.34 0.13 0.00
772_I 369_V 1.34 0.13 0.00
432_Y 397_A 1.34 0.13 0.00
273_V 254_D 1.34 0.13 0.00
394_F 279_N 1.33 0.12 0.00
608_Y 261_S 1.33 0.12 0.00
260_I 181_I 1.32 0.12 0.00
341_V 176_L 1.32 0.12 0.00
349_V 121_D 1.32 0.12 0.00
231_L 212_F 1.31 0.12 0.00
787_Y 373_F 1.30 0.12 0.00
610_K 128_Y 1.30 0.12 0.00
484_S 252_K 1.30 0.12 0.00
769_S 385_N 1.30 0.12 0.00
177_I 55_Q 1.29 0.12 0.00
177_I 374_G 1.29 0.12 0.00
42_A 119_A 1.28 0.12 0.00
418_V 118_L 1.28 0.12 0.00
420_E 324_A 1.28 0.12 0.00
766_I 363_G 1.27 0.11 0.00
273_V 87_M 1.27 0.11 0.00
335_V 379_E 1.27 0.11 0.00
391_R 51_L 1.26 0.11 0.00
420_E 326_K 1.26 0.11 0.00
320_P 250_A 1.25 0.11 0.00
608_Y 340_D 1.25 0.11 0.00
341_V 121_D 1.24 0.11 0.00
256_V 364_Q 1.24 0.11 0.00
618_Y 212_F 1.23 0.11 0.00
743_T 37_V 1.23 0.11 0.00
444_V 114_M 1.22 0.10 0.00
243_T 123_L 1.21 0.10 0.00
283_E 397_A 1.21 0.10 0.00
280_H 279_N 1.21 0.10 0.00
449_W 53_A 1.21 0.10 0.00
181_N 251_K 1.21 0.10 0.00
512_D 37_V 1.20 0.10 0.00
337_L 413_W 1.20 0.10 0.00
62_T 310_I 1.20 0.10 0.00
456_V 132_I 1.20 0.10 0.00
807_G 32_V 1.19 0.10 0.00
788_A 89_V 1.18 0.10 0.00
47_P 379_E 1.18 0.10 0.00
716_L 89_V 1.18 0.10 0.00
463_N 214_K 1.18 0.10 0.00
240_I 143_N 1.17 0.10 0.00
582_D 318_K 1.17 0.10 0.00
371_Q 353_F 1.17 0.10 0.00
26_V 382_D 1.17 0.10 0.00
618_Y 191_Q 1.16 0.10 0.00
600_T 153_L 1.16 0.09 0.00
151_V 136_M 1.16 0.09 0.00
579_N 320_T 1.16 0.09 0.00
742_G 100_I 1.15 0.09 0.00
26_V 276_E 1.15 0.09 0.00
152_K 279_N 1.15 0.09 0.00
273_V 382_D 1.15 0.09 0.00
282_A 276_E 1.15 0.09 0.00
394_F 181_I 1.15 0.09 0.00
389_L 209_G 1.15 0.09 0.00
371_Q 314_I 1.15 0.09 0.00
396_E 386_V 1.15 0.09 0.00
581_L 124_N 1.15 0.09 0.00
296_Y 374_G 1.14 0.09 0.00
240_I 135_E 1.14 0.09 0.00
582_D 242_I 1.14 0.09 0.00
443_G 402_M 1.14 0.09 0.00
382_V 322_A 1.14 0.09 0.00
187_A 106_Q 1.14 0.09 0.00
305_E 184_P 1.14 0.09 0.00
575_G 213_G 1.14 0.09 0.00
128_T 194_E 1.14 0.09 0.00
744_V 63_D 1.14 0.09 0.00
628_V 294_P 1.13 0.09 0.00
339_V 70_I 1.13 0.09 0.00
426_F 35_G 1.12 0.09 0.00
579_N 352_A 1.12 0.09 0.00
389_L 258_P 1.12 0.09 0.00
190_T 324_A 1.12 0.09 0.00
517_F 67_R 1.12 0.09 0.00
258_V 52_N 1.12 0.09 0.00
349_V 363_G 1.12 0.09 0.00
202_E 241_G 1.12 0.09 0.00
393_G 42_V 1.12 0.09 0.00
270_G 110_T 1.11 0.09 0.00
298_G 393_Q 1.11 0.09 0.00
62_T 365_M 1.11 0.09 0.00
377_L 93_D 1.11 0.09 0.00
285_E 37_V 1.11 0.09 0.00
240_I 181_I 1.11 0.09 0.00
788_A 140_E 1.11 0.09 0.00
610_K 355_D 1.11 0.09 0.00
614_D 41_D 1.10 0.09 0.00
798_K 55_Q 1.10 0.09 0.00
28_D 37_V 1.09 0.09 0.00
660_V 377_L 1.09 0.09 0.00
718_F 96_L 1.09 0.09 0.00
628_V 150_I 1.09 0.09 0.00
208_V 29_A 1.09 0.09 0.00
450_L 321_F 1.09 0.08 0.00
474_T 55_Q 1.09 0.08 0.00
738_F 118_L 1.09 0.08 0.00
351_K 50_K 1.09 0.08 0.00
199_L 110_T 1.09 0.08 0.00
161_N 344_A 1.09 0.08 0.00
161_N 75_I 1.09 0.08 0.00
342_D 128_Y 1.09 0.08 0.00
180_I 261_S 1.08 0.08 0.00
188_F 181_I 1.08 0.08 0.00
349_V 374_G 1.08 0.08 0.00
349_V 29_A 1.08 0.08 0.00
620_P 212_F 1.07 0.08 0.00
764_S 196_E 1.07 0.08 0.00
26_V 96_L 1.07 0.08 0.00
237_R 187_P 1.07 0.08 0.00
504_Y 189_S 1.07 0.08 0.00
341_V 75_I 1.07 0.08 0.00
283_E 290_I 1.06 0.08 0.00
370_R 196_E 1.06 0.08 0.00
511_T 52_N 1.06 0.08 0.00
165_L 53_A 1.05 0.08 0.00
332_D 386_V 1.05 0.08 0.00
633_T 390_D 1.05 0.08 0.00
527_A 38_L 1.05 0.08 0.00
510_G 70_I 1.05 0.08 0.00
64_R 370_H 1.05 0.08 0.00
148_S 379_E 1.05 0.08 0.00
337_L 66_L 1.05 0.08 0.00
197_F 102_N 1.05 0.08 0.00
608_Y 27_K 1.05 0.08 0.00
664_Q 394_K 1.05 0.08 0.00
125_L 94_E 1.05 0.08 0.00
531_Y 378_I 1.04 0.08 0.00
513_V 294_P 1.04 0.08 0.00
213_K 158_E 1.04 0.08 0.00
301_V 35_G 1.03 0.08 0.00
712_A 386_V 1.03 0.08 0.00
26_V 343_W 1.03 0.08 0.00
97_I 405_K 1.03 0.08 0.00
489_L 363_G 1.03 0.08 0.00
290_I 316_S 1.03 0.08 0.00
672_A 365_M 1.03 0.08 0.00
317_Y 84_G 1.02 0.07 0.00
338_R 404_R 1.02 0.07 0.00
288_T 349_F 1.02 0.07 0.00
437_G 377_L 1.02 0.07 0.00
798_K 111_L 1.02 0.07 0.00
377_L 401_L 1.01 0.07 0.00
740_D 326_K 1.01 0.07 0.00
575_G 325_A 1.01 0.07 0.00
182_I 307_L 1.01 0.07 0.00
67_F 96_L 1.01 0.07 0.00
463_N 149_R 1.01 0.07 0.00
799_A 385_N 1.01 0.07 0.00
744_V 274_R 1.01 0.07 0.00
783_L 327_E 1.01 0.07 0.00
458_I 59_Q 1.00 0.07 0.00
740_D 355_D 1.00 0.07 0.00
740_D 262_G 1.00 0.07 0.00
76_R 89_V 1.00 0.07 0.00
718_F 379_E 1.00 0.07 0.00
723_P 128_Y 1.00 0.07 0.00
102_N 106_Q 1.00 0.07 0.00
471_L 319_T 1.00 0.07 0.00
787_Y 366_S 1.00 0.07 0.00
807_G 75_I 1.00 0.07 0.00
482_G 100_I 0.99 0.07 0.00
59_I 47_Q 0.99 0.07 0.00
85_L 119_A 0.99 0.07 0.00
635_W 123_L 0.99 0.07 0.00
384_Q 356_A 0.99 0.07 0.00
414_V 375_W 0.99 0.07 0.00
240_I 133_R 0.99 0.07 0.00
403_Q 212_F 0.99 0.07 0.00
641_L 316_S 0.99 0.07 0.00
742_G 390_D 0.99 0.07 0.00
533_H 214_K 0.99 0.07 0.00
766_I 345_T 0.98 0.07 0.00
87_Q 100_I 0.98 0.07 0.00
338_R 96_L 0.98 0.07 0.00
186_H 152_I 0.98 0.07 0.00
582_D 196_E 0.98 0.07 0.00
148_S 98_Q 0.98 0.07 0.00
508_S 209_G 0.98 0.07 0.00
483_V 123_L 0.97 0.07 0.00
488_R 104_A 0.97 0.07 0.00
148_S 370_H 0.97 0.07 0.00
806_I 324_A 0.97 0.07 0.00
489_L 181_I 0.97 0.07 0.00
744_V 258_P 0.97 0.07 0.00
50_T 115_R 0.97 0.07 0.00
56_D 188_T 0.97 0.07 0.00
335_V 400_M 0.97 0.07 0.00
445_Q 283_T 0.97 0.07 0.00
82_D 260_R 0.97 0.07 0.00
349_V 391_A 0.97 0.07 0.00
803_Q 212_F 0.96 0.07 0.00
117_S 360_L 0.96 0.07 0.00
183_V 181_I 0.96 0.07 0.00
450_L 342_G 0.96 0.07 0.00
460_G 97_D 0.96 0.07 0.00
122_G 353_F 0.96 0.07 0.00
513_V 66_L 0.96 0.07 0.00
260_I 37_V 0.96 0.07 0.00
505_T 390_D 0.96 0.07 0.00
288_T 177_S 0.96 0.07 0.00
103_K 325_A 0.96 0.07 0.00
127_R 133_R 0.96 0.07 0.00
635_W 355_D 0.96 0.07 0.00
271_V 281_S 0.96 0.07 0.00
505_T 367_A 0.96 0.07 0.00
671_K 125_Y 0.96 0.07 0.00
320_P 89_V 0.96 0.07 0.00
489_L 314_I 0.96 0.07 0.00
578_Y 160_L 0.96 0.07 0.00
519_I 386_V 0.96 0.07 0.00
449_W 123_L 0.95 0.07 0.00
755_S 353_F 0.95 0.07 0.00
97_I 89_V 0.95 0.07 0.00
295_L 363_G 0.95 0.07 0.00
341_V 128_Y 0.95 0.07 0.00
258_V 32_V 0.95 0.07 0.00
399_D 47_Q 0.95 0.07 0.00
733_V 123_L 0.95 0.07 0.00
73_E 61_P 0.95 0.07 0.00
41_A 285_V 0.95 0.07 0.00
487_G 59_Q 0.95 0.07 0.00
154_V 46_M 0.95 0.07 0.00
190_T 177_S 0.95 0.07 0.00
805_N 342_G 0.95 0.07 0.00
474_T 379_E 0.95 0.07 0.00
279_G 399_R 0.95 0.07 0.00
791_F 380_L 0.95 0.07 0.00
773_A 188_T 0.95 0.07 0.00
704_D 251_K 0.95 0.07 0.00
38_A 348_I 0.94 0.07 0.00
780_L 377_L 0.94 0.07 0.00
788_A 266_H 0.94 0.07 0.00
334_T 160_L 0.94 0.07 0.00
358_D 58_Q 0.94 0.07 0.00
244_Q 394_K 0.94 0.07 0.00
349_V 83_M 0.94 0.07 0.00
807_G 306_K 0.94 0.07 0.00
737_F 321_F 0.94 0.07 0.00
620_P 143_N 0.94 0.07 0.00
467_T 361_N 0.94 0.07 0.00
770_A 342_G 0.94 0.07 0.00
511_T 268_L 0.94 0.07 0.00
449_W 98_Q 0.94 0.07 0.00
785_F 261_S 0.94 0.07 0.00
412_V 321_F 0.94 0.07 0.00
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280_H 79_I 0.90 0.06 0.00
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312_L 339_G 0.88 0.06 0.00
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97_I 243_F 0.88 0.06 0.00
490_F 34_N 0.88 0.06 0.00
361_K 373_F 0.88 0.06 0.00
175_A 172_T 0.88 0.06 0.00
740_D 360_L 0.87 0.06 0.00
41_A 358_T 0.87 0.06 0.00
788_A 28_V 0.87 0.06 0.00
345_N 172_T 0.87 0.06 0.00
503_D 396_R 0.87 0.06 0.00
63_I 30_A 0.87 0.06 0.00
105_V 327_E 0.87 0.06 0.00
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53_T 325_A 0.87 0.06 0.00
59_I 181_I 0.87 0.06 0.00
371_Q 122_G 0.87 0.06 0.00
456_V 41_D 0.87 0.06 0.00
58_D 41_D 0.87 0.06 0.00
82_D 364_Q 0.87 0.06 0.00
167_L 33_N 0.87 0.06 0.00
243_T 308_E 0.87 0.06 0.00
97_I 391_A 0.87 0.06 0.00
224_E 55_Q 0.87 0.06 0.00
140_F 41_D 0.87 0.06 0.00
129_T 370_H 0.86 0.06 0.00
443_G 122_G 0.86 0.06 0.00
471_L 195_A 0.86 0.06 0.00
529_L 153_L 0.86 0.06 0.00
589_D 212_F 0.86 0.06 0.00
618_Y 117_R 0.86 0.06 0.00
438_V 327_E 0.86 0.06 0.00
325_M 242_I 0.86 0.06 0.00
238_F 137_I 0.86 0.06 0.00
278_A 73_R 0.86 0.06 0.00
720_T 45_L 0.86 0.06 0.00
724_F 417_Q 0.86 0.06 0.00
742_G 290_I 0.86 0.06 0.00
63_I 380_L 0.86 0.06 0.00
711_M 178_H 0.86 0.06 0.00
122_G 289_H 0.86 0.06 0.00
49_R 364_Q 0.86 0.06 0.00
385_G 338_G 0.86 0.06 0.00
99_F 30_A 0.86 0.06 0.00
177_I 325_A 0.86 0.06 0.00
493_D 400_M 0.86 0.06 0.00
615_T 261_S 0.86 0.06 0.00
463_N 89_V 0.86 0.06 0.00
161_N 151_T 0.86 0.06 0.00
210_G 55_Q 0.86 0.06 0.00
369_M 84_G 0.86 0.06 0.00
517_F 397_A 0.86 0.06 0.00
613_L 390_D 0.86 0.06 0.00
664_Q 328_F 0.86 0.06 0.00
655_G 290_I 0.86 0.06 0.00
281_S 385_N 0.86 0.06 0.00
755_S 176_L 0.86 0.06 0.00
509_Y 374_G 0.86 0.06 0.00
730_A 27_K 0.86 0.06 0.00
225_T 37_V 0.86 0.06 0.00
652_F 190_D 0.86 0.06 0.00
27_K 363_G 0.86 0.06 0.00
708_G 258_P 0.86 0.06 0.00
214_Y 374_G 0.85 0.06 0.00
316_G 108_N 0.85 0.06 0.00
439_S 290_I 0.85 0.06 0.00
768_M 314_I 0.85 0.06 0.00
243_T 275_G 0.85 0.06 0.00
526_R 50_K 0.85 0.06 0.00
351_K 33_N 0.85 0.06 0.00
157_P 38_L 0.85 0.06 0.00
672_A 283_T 0.85 0.06 0.00
710_A 72_E 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13890 0.07 BamA-SurA Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11993 0.74 BamA_SurA Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done
11452 0.24 BamA SurA Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.02 Done
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