May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
thuBA
Genes: A B A+B
Length: 365 270 577
Sequences: 12565 293 194
Seq/Len: 34.42 1.09 0.34
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.62
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.05 0.00 0.23
2 0.07 0.00 0.27
5 0.10 0.00 0.30
10 0.12 0.00 0.30
20 0.13 0.00 0.31
100 0.17 0.01 0.34
∞ 0.24 0.05 0.42
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
317_V 45_L 1.51 0.46 0.00
45_A 169_V 1.41 0.39 0.00
317_V 194_R 1.35 0.35 0.00
139_L 40_T 1.34 0.34 0.00
30_V 218_V 1.31 0.33 0.00
15_G 40_T 1.29 0.32 0.00
7_R 222_L 1.27 0.30 0.00
232_A 18_G 1.27 0.30 0.00
94_V 125_C 1.24 0.28 0.00
148_V 176_V 1.23 0.28 0.00
212_A 156_V 1.22 0.27 0.00
58_S 218_V 1.22 0.27 0.00
71_A 222_L 1.21 0.27 0.00
190_D 112_H 1.20 0.26 0.00
345_R 77_L 1.19 0.26 0.00
71_A 218_V 1.16 0.24 0.00
106_K 30_R 1.15 0.23 0.00
201_Y 138_V 1.14 0.23 0.00
279_T 98_R 1.13 0.23 0.00
30_V 155_F 1.13 0.23 0.00
147_R 31_E 1.13 0.23 0.00
272_G 134_E 1.08 0.20 0.00
143_G 185_E 1.07 0.20 0.00
273_A 111_G 1.07 0.20 0.00
342_E 39_N 1.05 0.19 0.00
151_L 152_G 1.05 0.19 0.00
118_G 200_I 1.05 0.19 0.00
144_E 210_Y 1.04 0.19 0.00
34_G 93_E 1.03 0.18 0.00
32_M 13_N 1.02 0.18 0.00
109_E 90_A 1.02 0.18 0.00
34_G 66_S 1.02 0.17 0.00
45_A 220_K 1.00 0.17 0.00
272_G 192_T 1.00 0.17 0.00
117_A 225_A 1.00 0.17 0.00
190_D 84_H 1.00 0.17 0.00
338_D 94_R 1.00 0.17 0.00
256_A 30_R 1.00 0.17 0.00
106_K 138_V 0.98 0.16 0.00
190_D 167_F 0.98 0.16 0.00
61_D 200_I 0.98 0.16 0.00
259_H 18_G 0.97 0.16 0.00
32_M 149_E 0.97 0.16 0.00
43_A 128_K 0.97 0.16 0.00
71_A 88_D 0.97 0.16 0.00
153_A 77_L 0.96 0.15 0.00
32_M 222_L 0.96 0.15 0.00
232_A 37_M 0.96 0.15 0.00
26_E 88_D 0.96 0.15 0.00
190_D 202_Y 0.96 0.15 0.00
291_P 222_L 0.96 0.15 0.00
241_E 154_N 0.96 0.15 0.00
293_V 225_A 0.96 0.15 0.00
143_G 113_F 0.96 0.15 0.00
279_T 111_G 0.95 0.15 0.00
75_T 174_E 0.94 0.15 0.00
60_D 227_K 0.94 0.15 0.00
8_L 192_T 0.94 0.15 0.00
339_L 199_N 0.94 0.15 0.00
243_E 225_A 0.94 0.15 0.00
352_V 214_H 0.94 0.14 0.00
40_P 40_T 0.93 0.14 0.00
39_D 155_F 0.93 0.14 0.00
112_A 97_K 0.93 0.14 0.00
34_G 57_T 0.92 0.14 0.00
350_L 67_E 0.91 0.14 0.00
348_R 24_Q 0.91 0.14 0.00
105_E 223_R 0.91 0.14 0.00
335_R 60_E 0.91 0.14 0.00
266_R 181_F 0.90 0.13 0.00
271_R 209_T 0.90 0.13 0.00
8_L 148_A 0.90 0.13 0.00
335_R 194_R 0.90 0.13 0.00
320_G 35_D 0.90 0.13 0.00
32_M 39_N 0.90 0.13 0.00
131_A 86_A 0.90 0.13 0.00
123_V 144_R 0.90 0.13 0.00
58_S 178_I 0.90 0.13 0.00
177_R 16_V 0.90 0.13 0.00
190_D 80_G 0.89 0.13 0.00
202_G 169_V 0.89 0.13 0.00
41_S 218_V 0.89 0.13 0.00
137_R 101_E 0.89 0.13 0.00
87_L 69_R 0.89 0.13 0.00
252_A 200_I 0.89 0.13 0.00
350_L 217_T 0.89 0.13 0.00
250_I 30_R 0.89 0.13 0.00
58_S 69_R 0.88 0.13 0.00
58_S 15_I 0.88 0.13 0.00
15_G 214_H 0.88 0.13 0.00
67_E 61_P 0.88 0.13 0.00
333_L 20_N 0.88 0.13 0.00
318_K 13_N 0.87 0.12 0.00
185_N 168_S 0.87 0.12 0.00
82_P 153_E 0.87 0.12 0.00
140_V 229_A 0.87 0.12 0.00
346_S 227_K 0.87 0.12 0.00
242_F 176_V 0.86 0.12 0.00
272_G 228_W 0.86 0.12 0.00
281_D 169_V 0.86 0.12 0.00
319_A 35_D 0.86 0.12 0.00
119_L 13_N 0.86 0.12 0.00
148_V 200_I 0.85 0.12 0.00
120_V 157_I 0.85 0.12 0.00
204_N 72_A 0.85 0.12 0.00
328_R 140_V 0.85 0.12 0.00
115_E 148_A 0.85 0.12 0.00
118_G 148_A 0.85 0.12 0.00
54_N 176_V 0.85 0.12 0.00
266_R 204_R 0.85 0.12 0.00
59_L 177_F 0.85 0.12 0.00
181_K 149_E 0.85 0.12 0.00
344_E 148_A 0.85 0.12 0.00
64_A 52_D 0.85 0.12 0.00
343_T 168_S 0.85 0.12 0.00
93_H 125_C 0.84 0.12 0.00
244_N 131_E 0.84 0.12 0.00
200_G 143_P 0.84 0.12 0.00
57_T 144_R 0.84 0.12 0.00
140_V 193_W 0.84 0.12 0.00
69_D 111_G 0.84 0.12 0.00
351_G 13_N 0.84 0.12 0.00
244_N 207_H 0.84 0.12 0.00
29_G 148_A 0.84 0.11 0.00
151_L 16_V 0.83 0.11 0.00
258_G 174_E 0.83 0.11 0.00
94_V 113_F 0.83 0.11 0.00
212_A 30_R 0.83 0.11 0.00
137_R 222_L 0.83 0.11 0.00
26_E 218_V 0.83 0.11 0.00
41_S 169_V 0.83 0.11 0.00
79_A 220_K 0.83 0.11 0.00
216_A 192_T 0.83 0.11 0.00
43_A 200_I 0.83 0.11 0.00
219_K 177_F 0.83 0.11 0.00
139_L 153_E 0.83 0.11 0.00
206_S 214_H 0.82 0.11 0.00
287_G 176_V 0.82 0.11 0.00
209_R 72_A 0.82 0.11 0.00
279_T 69_R 0.82 0.11 0.00
103_N 67_E 0.82 0.11 0.00
143_G 158_E 0.82 0.11 0.00
28_E 114_S 0.82 0.11 0.00
242_F 15_I 0.82 0.11 0.00
5_P 171_E 0.82 0.11 0.00
71_A 29_V 0.82 0.11 0.00
63_I 235_T 0.82 0.11 0.00
163_R 111_G 0.82 0.11 0.00
27_I 178_I 0.81 0.11 0.00
188_L 225_A 0.81 0.11 0.00
62_A 72_A 0.81 0.11 0.00
117_A 218_V 0.81 0.11 0.00
290_G 14_A 0.81 0.11 0.00
323_V 47_S 0.81 0.11 0.00
61_D 43_A 0.81 0.11 0.00
352_V 45_L 0.81 0.11 0.00
190_D 127_L 0.81 0.11 0.00
244_N 220_K 0.81 0.11 0.00
342_E 31_E 0.81 0.11 0.00
344_E 215_D 0.81 0.11 0.00
30_V 90_A 0.80 0.10 0.00
93_H 59_Q 0.80 0.10 0.00
42_R 93_E 0.80 0.10 0.00
259_H 37_M 0.80 0.10 0.00
267_L 158_E 0.80 0.10 0.00
320_G 77_L 0.80 0.10 0.00
181_K 193_W 0.80 0.10 0.00
272_G 16_V 0.80 0.10 0.00
69_D 218_V 0.79 0.10 0.00
49_T 217_T 0.79 0.10 0.00
56_F 192_T 0.79 0.10 0.00
13_T 96_A 0.79 0.10 0.00
16_M 20_N 0.79 0.10 0.00
94_V 38_H 0.79 0.10 0.00
334_Q 193_W 0.79 0.10 0.00
229_D 225_A 0.79 0.10 0.00
8_L 176_V 0.79 0.10 0.00
10_I 204_R 0.79 0.10 0.00
101_A 103_M 0.79 0.10 0.00
95_L 91_I 0.79 0.10 0.00
268_H 169_V 0.79 0.10 0.00
288_C 151_L 0.78 0.10 0.00
35_A 157_I 0.78 0.10 0.00
56_F 12_I 0.78 0.10 0.00
134_Q 142_N 0.78 0.10 0.00
190_D 162_M 0.78 0.10 0.00
104_Y 176_V 0.78 0.10 0.00
350_L 123_T 0.78 0.10 0.00
48_V 144_R 0.78 0.10 0.00
105_E 61_P 0.78 0.10 0.00
81_H 230_Y 0.78 0.10 0.00
267_L 24_Q 0.78 0.10 0.00
337_L 92_V 0.78 0.10 0.00
43_A 77_L 0.78 0.10 0.00
209_R 13_N 0.78 0.10 0.00
55_T 193_W 0.78 0.10 0.00
68_F 132_A 0.78 0.10 0.00
85_L 229_A 0.78 0.10 0.00
286_R 204_R 0.78 0.10 0.00
26_E 91_I 0.78 0.10 0.00
75_T 151_L 0.78 0.10 0.00
57_T 220_K 0.77 0.10 0.00
123_V 213_Y 0.77 0.10 0.00
63_I 48_D 0.77 0.10 0.00
305_T 225_A 0.77 0.10 0.00
33_V 119_R 0.77 0.10 0.00
131_A 176_V 0.77 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2724 seconds.