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OPENSEQ.org
HDAC6
Genes: A B A+B
Length: 395 357 713
Sequences: 495 2017 375
Seq/Len: 1.25 5.65 0.53
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.99
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.01 0.50
2 0.03 0.01 0.50
5 0.03 0.01 0.50
10 0.03 0.01 0.50
20 0.03 0.01 0.50
100 0.03 0.03 0.50
∞ 0.05 0.13 0.50
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
56_E 56_A 4.43 1.00 1.00
65_E 65_E 4.28 1.00 1.00
150_V 150_V 4.19 1.00 1.00
183_Q 184_D 4.18 1.00 1.00
63_S 63_S 4.14 1.00 1.00
243_V 244_L 4.12 1.00 1.00
216_Q 217_A 4.08 1.00 1.00
276_T 277_S 4.06 1.00 1.00
190_F 191_V 4.01 1.00 1.00
68_D 68_G 4.00 1.00 1.00
64_L 64_A 3.98 1.00 1.00
137_S 137_D 3.97 1.00 1.00
292_G 293_S 3.96 1.00 1.00
117_G 117_S 3.94 1.00 1.00
218_Q 219_T 3.91 1.00 1.00
252_Q 253_N 3.91 1.00 1.00
212_T 213_I 3.87 1.00 1.00
224_V 225_V 3.86 1.00 1.00
289_G 290_G 3.85 1.00 1.00
119_E 119_E 3.84 1.00 1.00
192_I 193_L 3.81 1.00 1.00
54_E 54_T 3.81 1.00 1.00
234_A 235_A 3.66 1.00 1.00
164_V 165_I 3.62 1.00 1.00
67_I 67_V 3.62 1.00 1.00
220_Y 221_F 3.60 1.00 1.00
48_F 48_L 3.58 1.00 1.00
71_E 71_R 3.57 1.00 1.00
316_L 317_T 3.57 1.00 1.00
38_Q 38_E 3.56 1.00 1.00
167_V 168_V 3.56 1.00 1.00
294_K 295_R 3.56 1.00 1.00
60_L 60_T 3.55 1.00 1.00
59_M 59_L 3.52 1.00 1.00
37_I 37_E 3.52 1.00 1.00
136_H 136_Q 3.50 1.00 1.00
109_L 109_C 3.48 1.00 1.00
180_T 181_M 3.47 1.00 1.00
153_R 153_R 3.47 1.00 1.00
126_I 126_V 3.47 1.00 1.00
162_R 163_L 3.46 1.00 1.00
138_L 138_A 3.46 1.00 1.00
255_L 256_L 3.45 1.00 1.00
55_K 55_E 3.45 1.00 1.00
214_F 215_R 3.45 1.00 1.00
254_Q 255_E 3.45 1.00 1.00
34_E 34_C 3.44 1.00 1.00
296_I 297_I 3.44 1.00 1.00
249_L 250_Y 3.44 1.00 1.00
121_R 121_L 3.43 1.00 1.00
49_Q 49_T 3.43 1.00 1.00
105_S 105_T 3.39 1.00 1.00
247_V 248_I 3.38 1.00 1.00
52_F 52_P 3.36 1.00 1.00
43_D 43_G 3.36 1.00 1.00
256_V 257_V 3.34 1.00 1.00
258_V 259_V 3.32 1.00 1.00
248_A 249_A 3.31 1.00 1.00
266_Q 267_R 3.27 1.00 0.99
285_H 286_H 3.26 1.00 0.99
95_P 95_P 3.25 1.00 0.99
99_S 99_A 3.23 1.00 0.99
161_I 162_A 3.22 1.00 0.99
44_R 44_R 3.21 1.00 0.99
275_A 276_V 3.16 1.00 0.99
318_T 319_S 3.16 1.00 0.99
144_M 144_F 3.15 1.00 0.99
72_T 72_A 3.14 1.00 0.99
58_L 58_L 3.14 1.00 0.99
295_L 296_I 3.14 1.00 0.99
222_I 223_V 3.13 1.00 0.99
163_R 164_R 3.12 0.99 0.99
113_D 113_E 3.12 0.99 0.99
120_I 120_V 3.11 0.99 0.99
148_V 148_V 3.11 0.99 0.99
50_A 50_P 3.10 0.99 0.99
46_V 46_L 3.07 0.99 0.99
171_V 172_V 3.07 0.99 0.99
257_L 258_L 3.07 0.99 0.99
107_S 107_A 3.06 0.99 0.99
41_L 41_L 3.06 0.99 0.99
114_A 114_A 3.06 0.99 0.99
232_R 233_G 3.06 0.99 0.99
250_E 251_E 3.05 0.99 0.99
116_L 116_L 3.05 0.99 0.99
108_V 108_A 3.03 0.99 0.99
123_G 123_G 3.03 0.99 0.99
112_V 112_V 3.02 0.99 0.99
311_G 312_S 3.01 0.99 0.99
21_S 21_H 2.99 0.99 0.99
197_Q 198_H 2.99 0.99 0.99
282_Q 283_H 2.98 0.99 0.99
110_R 110_R 2.97 0.99 0.99
244_L 245_V 2.97 0.99 0.99
298_S 299_I 2.96 0.99 0.99
274_A 275_Q 2.96 0.99 0.99
29_L 29_I 2.96 0.99 0.99
182_D 183_E 2.94 0.99 0.99
157_Q 157_T 2.94 0.99 0.99
305_L 306_L 2.93 0.99 0.99
179_F 180_H 2.93 0.99 0.99
287_L 288_L 2.92 0.99 0.99
42_L 42_A 2.90 0.99 0.99
33_K 33_M 2.90 0.99 0.99
30_H 30_L 2.90 0.99 0.99
278_A 279_E 2.89 0.99 0.99
306_R 307_T 2.88 0.99 0.98
241_L 242_H 2.87 0.99 0.98
115_V 115_V 2.87 0.99 0.98
77_N 77_K 2.86 0.99 0.98
320_L 321_L 2.85 0.99 0.98
61_V 61_C 2.83 0.99 0.98
237_I 238_L 2.82 0.99 0.98
96_N 96_S 2.82 0.99 0.98
215_G 216_A 2.81 0.99 0.98
57_E 57_E 2.81 0.99 0.98
100_C 100_C 2.80 0.99 0.98
307_A 308_S 2.79 0.99 0.98
264_A 265_A 2.78 0.99 0.98
27_E 27_Q 2.77 0.99 0.98
101_A 101_A 2.77 0.99 0.98
25_G 25_V 2.77 0.99 0.98
281_A 282_A 2.77 0.99 0.98
186_S 187_S 2.76 0.99 0.98
53_A 53_A 2.71 0.98 0.98
154_Y 154_H 2.71 0.98 0.98
103_L 103_L 2.71 0.98 0.98
9_E 9_Q 2.70 0.98 0.97
139_M 139_A 2.69 0.98 0.97
111_L 111_L 2.68 0.98 0.97
165_L 166_L 2.67 0.98 0.97
185_P 186_P 2.67 0.98 0.97
229_V 230_P 2.66 0.98 0.97
304_N 305_N 2.66 0.98 0.97
231_M 232_M 2.65 0.98 0.97
288_M 289_M 2.65 0.98 0.97
20_D 20_S 2.65 0.98 0.97
317_H 318_R 2.64 0.98 0.97
321_G 322_G 2.64 0.98 0.97
322_D 323_D 2.64 0.98 0.97
47_S 47_T 2.63 0.98 0.97
127_I 127_V 2.63 0.98 0.97
225_P 226_A 2.63 0.98 0.97
313_S 314_A 2.59 0.98 0.97
291_A 292_A 2.59 0.98 0.97
235_D 236_D 2.58 0.98 0.96
66_Y 66_Y 2.58 0.98 0.96
195_Y 196_Y 2.57 0.98 0.96
159_H 160_G 2.57 0.97 0.96
40_G 40_G 2.56 0.97 0.96
80_E 80_E 2.55 0.97 0.96
283_L 284_L 2.55 0.97 0.96
242_H 243_R 2.55 0.97 0.96
70_M 70_L 2.55 0.97 0.96
297_L 298_L 2.54 0.97 0.96
36_L 36_L 2.54 0.97 0.96
286_L 287_L 2.53 0.97 0.96
5_L 5_L 2.50 0.97 0.95
279_G 280_G 2.50 0.97 0.95
323_P 324_P 2.49 0.97 0.95
6_V 6_V 2.49 0.97 0.95
290_L 291_L 2.47 0.97 0.95
74_Q 74_E 2.46 0.96 0.95
309_A 310_S 2.45 0.96 0.95
45_C 45_C 2.44 0.96 0.95
39_E 39_L 2.44 0.96 0.95
210_S 211_S 2.42 0.96 0.94
75_Y 75_K 2.42 0.96 0.94
140_D 140_C 2.42 0.96 0.94
79_G 79_R 2.41 0.96 0.94
230_G 231_R 2.41 0.96 0.94
211_T 212_Q 2.40 0.96 0.94
272_E 273_G 2.39 0.96 0.94
221_T 222_T 2.38 0.96 0.94
314_A 315_A 2.34 0.95 0.93
102_C 102_Q 2.34 0.95 0.93
118_A 118_G 2.34 0.95 0.93
51_R 51_R 2.33 0.95 0.93
203_H 204_M 2.32 0.95 0.92
196_E 197_D 2.32 0.95 0.92
124_M 124_A 2.31 0.95 0.92
251_F 252_F 2.28 0.94 0.91
78_E 78_T 2.27 0.94 0.91
152_A 152_A 2.26 0.94 0.91
260_A 261_A 2.26 0.94 0.91
98_Y 98_F 2.25 0.94 0.91
178_Q 179_Q 2.25 0.93 0.91
97_S 97_T 2.24 0.93 0.90
155_A 155_A 2.23 0.93 0.90
104_A 104_A 2.23 0.93 0.90
238_A 239_A 2.20 0.93 0.89
310_E 311_E 2.19 0.92 0.89
10_Q 10_N 2.19 0.92 0.89
151_A 151_A 2.19 0.92 0.89
245_L 246_L 2.18 0.92 0.89
145_F 145_F 2.17 0.92 0.88
319_L 320_L 2.17 0.92 0.88
156_Q 156_Q 2.15 0.91 0.88
31_A 31_R 2.14 0.91 0.87
269_P 270_P 2.14 0.91 0.87
280_F 281_Y 2.13 0.91 0.87
240_F 241_W 2.12 0.91 0.87
284_T 285_T 2.11 0.90 0.86
267_G 268_G 2.10 0.90 0.86
324_C 325_P 2.10 0.90 0.86
239_A 240_A 2.10 0.90 0.85
149_A 149_A 2.08 0.90 0.85
35_Q 35_R 2.05 0.89 0.83
69_L 69_H 2.05 0.88 0.83
350_P 351_R 2.03 0.88 0.83
270_K 271_L 2.01 0.87 0.81
76_M 76_M 2.00 0.87 0.81
32_I 32_I 1.99 0.86 0.80
217_G 218_G 1.96 0.85 0.79
277_P 278_P 1.95 0.85 0.78
188_L 189_L 1.94 0.84 0.77
93_L 93_I 1.93 0.84 0.77
169_W 170_W 1.91 0.83 0.75
87_T 87_N 1.91 0.83 0.75
346_E 347_Q 1.90 0.83 0.75
160_R 161_H 1.90 0.83 0.75
227_N 228_N 1.89 0.82 0.74
8_D 8_D 1.89 0.82 0.74
187_V 188_V 1.88 0.82 0.73
26_P 26_P 1.85 0.81 0.72
209_W 210_S 1.85 0.81 0.71
312_V 313_M 1.85 0.81 0.71
208_N 209_A 1.84 0.80 0.71
122_N 122_N 1.83 0.80 0.70
341_V 342_I 1.83 0.80 0.70
177_T 178_T 1.82 0.79 0.69
343_C 344_E 1.81 0.79 0.69
273_M 274_C 1.81 0.79 0.69
135_Q 135_E 1.81 0.79 0.69
73_T 73_T 1.81 0.79 0.69
13_E 13_N 1.81 0.79 0.68
94_H 94_C 1.81 0.79 0.68
198_G 199_G 1.80 0.78 0.68
23_P 23_P 1.80 0.78 0.68
315_S 316_C 1.80 0.78 0.67
184_D 185_D 1.79 0.78 0.67
349_E 350_R 1.77 0.76 0.65
347_A 348_V 1.76 0.76 0.65
351_F 352_Y 1.76 0.76 0.64
91_V 91_I 1.75 0.75 0.63
233_D 234_D 1.75 0.75 0.63
226_W 227_W 1.75 0.75 0.63
262_F 263_F 1.74 0.75 0.62
271_G 272_G 1.74 0.74 0.62
228_Q 229_G 1.73 0.74 0.62
354_V 355_S 1.72 0.73 0.60
199_R 200_T 1.72 0.73 0.60
189_Y 190_Y 1.70 0.72 0.59
308_L 309_I 1.69 0.72 0.58
12_N 12_M 1.69 0.71 0.58
201_W 202_F 1.68 0.71 0.57
342_S 343_T 1.66 0.70 0.55
246_P 247_P 1.64 0.68 0.53
84_L 84_E 1.61 0.66 0.50
345_L 346_I 1.58 0.64 0.48
325_P 326_P 1.58 0.64 0.48
348_L 349_H 1.58 0.64 0.47
166_I 167_I 1.57 0.63 0.47
339_A 340_A 1.57 0.63 0.47
353_E 354_R 1.57 0.63 0.46
355_L 356_L 1.56 0.62 0.46
125_A 125_A 1.52 0.60 0.42
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4_G 4_G 1.50 0.58 0.40
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116_L 162_A 0.31 0.03 0.00
130_P 300_L 0.31 0.03 0.00
167_V 259_V 0.31 0.03 0.00
292_G 115_V 0.31 0.03 0.00
154_Y 155_A 0.31 0.03 0.00
299_L 130_P 0.31 0.03 0.00
155_A 154_H 0.31 0.03 0.00
67_I 59_L 0.31 0.03 0.00
283_L 295_R 0.31 0.03 0.00
294_K 225_V 0.31 0.03 0.00
182_D 215_R 0.31 0.03 0.00
328_E 346_I 0.31 0.03 0.00
117_G 150_V 0.31 0.03 0.00
349_E 351_R 0.31 0.03 0.00
59_M 67_V 0.31 0.03 0.00
262_F 316_C 0.31 0.03 0.00
147_H 128_R 0.31 0.03 0.00
267_G 272_G 0.31 0.03 0.00
287_L 257_V 0.31 0.03 0.00
315_S 263_F 0.31 0.03 0.00
129_P 24_E 0.31 0.03 0.00
315_S 298_L 0.31 0.03 0.00
300_E 24_E 0.31 0.03 0.00
128_R 147_S 0.31 0.03 0.00
265_L 227_W 0.31 0.03 0.00
178_Q 183_E 0.31 0.03 0.00
243_V 223_V 0.31 0.03 0.00
204_L 208_G 0.31 0.03 0.00
32_I 176_N 0.31 0.03 0.00
348_L 348_V 0.31 0.03 0.00
239_A 223_V 0.31 0.03 0.00
296_I 299_I 0.31 0.03 0.00
271_G 265_A 0.30 0.03 0.00
158_K 66_Y 0.30 0.03 0.00
166_I 301_E 0.30 0.03 0.00
24_E 128_R 0.30 0.03 0.00
113_D 160_G 0.30 0.03 0.00
214_F 183_E 0.30 0.03 0.00
4_G 247_P 0.30 0.03 0.00
238_A 342_I 0.30 0.03 0.00
150_V 117_S 0.30 0.03 0.00
259_A 301_E 0.30 0.03 0.00
246_P 263_F 0.30 0.03 0.00
280_F 309_I 0.30 0.03 0.00
36_L 314_A 0.30 0.03 0.00
162_R 164_R 0.30 0.03 0.00
116_L 225_V 0.30 0.03 0.00
244_L 240_A 0.30 0.03 0.00
300_E 167_I 0.30 0.03 0.00
181_F 188_V 0.30 0.03 0.00
147_H 129_P 0.30 0.03 0.00
248_A 223_V 0.30 0.03 0.00
187_V 182_F 0.30 0.03 0.00
283_L 258_L 0.30 0.03 0.00
127_I 148_V 0.30 0.03 0.00
335_R 340_A 0.30 0.03 0.00
300_E 260_S 0.30 0.03 0.00
147_H 92_Y 0.30 0.03 0.00
129_P 147_S 0.30 0.03 0.00
194_R 197_D 0.30 0.03 0.00
211_T 166_L 0.30 0.03 0.00
128_R 24_E 0.30 0.03 0.00
236_Y 14_H 0.30 0.03 0.00
182_D 179_Q 0.30 0.03 0.00
46_V 306_L 0.30 0.03 0.00
264_A 272_G 0.30 0.03 0.00
148_V 127_V 0.30 0.03 0.00
264_A 67_V 0.30 0.03 0.00
93_L 94_C 0.30 0.03 0.00
203_H 207_E 0.30 0.03 0.00
347_A 349_H 0.30 0.03 0.00
125_A 127_V 0.30 0.03 0.00
239_A 245_V 0.30 0.03 0.00
217_G 175_G 0.30 0.03 0.00
294_K 70_L 0.30 0.03 0.00
104_A 131_G 0.30 0.03 0.00
299_L 301_E 0.29 0.03 0.00
300_E 300_L 0.29 0.03 0.00
16_C 16_N 0.29 0.03 0.00
201_W 208_G 0.29 0.03 0.00
308_L 281_Y 0.29 0.03 0.00
167_V 111_L 0.29 0.03 0.00
38_Q 59_L 0.29 0.03 0.00
57_E 320_L 0.29 0.03 0.00
154_Y 231_R 0.29 0.03 0.00
157_Q 187_S 0.29 0.03 0.00
268_D 280_G 0.29 0.03 0.00
214_F 218_G 0.29 0.03 0.00
167_V 257_V 0.29 0.03 0.00
213_G 182_F 0.29 0.03 0.00
131_G 285_T 0.29 0.03 0.00
299_L 263_F 0.29 0.03 0.00
103_L 106_G 0.29 0.03 0.00
165_L 212_Q 0.29 0.03 0.00
291_A 257_V 0.29 0.03 0.00
273_M 90_S 0.29 0.03 0.00
190_F 166_L 0.29 0.03 0.00
308_L 164_R 0.29 0.03 0.00
163_R 255_E 0.29 0.03 0.00
262_F 300_L 0.29 0.03 0.00
340_S 335_L 0.29 0.03 0.00
163_R 79_R 0.29 0.03 0.00
256_V 288_L 0.29 0.03 0.00
279_G 282_A 0.29 0.03 0.00
262_F 247_P 0.29 0.03 0.00
201_W 147_S 0.29 0.03 0.00
224_V 41_L 0.29 0.03 0.00
267_G 172_V 0.29 0.03 0.00
22_F 208_G 0.29 0.03 0.00
212_T 183_E 0.29 0.03 0.00
77_N 217_A 0.29 0.03 0.00
169_W 285_T 0.28 0.03 0.00
280_F 259_V 0.28 0.03 0.00
246_P 178_T 0.28 0.03 0.00
263_D 264_D 0.28 0.03 0.00
183_Q 164_R 0.28 0.03 0.00
347_A 351_R 0.28 0.03 0.00
259_A 190_Y 0.28 0.03 0.00
223_N 214_G 0.28 0.03 0.00
44_R 297_I 0.28 0.03 0.00
63_S 66_Y 0.28 0.03 0.00
104_A 127_V 0.28 0.03 0.00
129_P 300_L 0.28 0.03 0.00
180_T 3_T 0.28 0.03 0.00
140_D 208_G 0.28 0.03 0.00
120_I 200_T 0.28 0.03 0.00
177_T 247_P 0.28 0.03 0.00
292_G 119_E 0.28 0.03 0.00
163_R 163_L 0.28 0.03 0.00
197_Q 209_A 0.28 0.03 0.00
250_E 353_W 0.28 0.03 0.00
284_T 170_W 0.28 0.03 0.00
217_G 215_R 0.28 0.03 0.00
284_T 131_G 0.28 0.03 0.00
56_E 293_S 0.28 0.03 0.00
167_V 213_I 0.28 0.03 0.00
92_Y 94_C 0.28 0.03 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • Sequence A is very similar to Sequence B (HHΔ = 0.024), these maybe paralogs! HHΔ is a measure (0 to 1) of how different two alignments are (the larger the value the more different they are).
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
1380 0.53 HDAC6 Δgene:(0, 20) A:(1E-02, 1) B:(1E-04, 1) msa: HHblits (2013_03) 1.00 Done
1378 0 HDAC6 Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 1) B:(1E-02, 1) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
1377 0 HDAC6 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed - Shared
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